目的探讨来源于冷冻整鸡样本的单株猪红斑丹毒丝菌致病性、耐药性及生物学特征,为该菌防治提供科学依据。方法通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,...目的探讨来源于冷冻整鸡样本的单株猪红斑丹毒丝菌致病性、耐药性及生物学特征,为该菌防治提供科学依据。方法通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)和全基因组测序技术进行菌株鉴定和分子生物学研究,采用纸片扩散法(K-B法)检测其耐药表型,通过体外生物被膜形成实验检测其生物被膜形成能力,通过ParSNP构建亲缘关系图。结果MALDI-TOF MS可以准确鉴定猪红斑丹毒丝菌,该菌染色体大小为1791362 bp,鸟嘌呤(G)+胞嘧啶(C)含量为36.5%,含有1730个蛋白质编码序列,53个tRNA和2个rRNA,基因组分析暂未发现质粒;携带四环素类耐药基因tet(M),抗菌药物敏感性实验结果显示仅对四环素耐药,耐药基因和耐药表型一致;携带7个与黏附和荚膜形成相关的毒力基因;体外生物被膜形成能力适中(2+);与韩国分离株KC-Sb-R1亲缘关系较相近。结论本研究阐明了冷冻整鸡样本中猪红斑丹毒丝菌分离株的生物学特性,为该菌科学有效防控提供理论依据。展开更多
目的研究基于rpoC1序列分析,建立山药物种鉴定的新方法。方法利用DNA条形码技术对收集到的7个山药样本提取基因组DNA,以rpoC1基因引物进行PCR扩增、测序,将所得序列在美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Informati...目的研究基于rpoC1序列分析,建立山药物种鉴定的新方法。方法利用DNA条形码技术对收集到的7个山药样本提取基因组DNA,以rpoC1基因引物进行PCR扩增、测序,将所得序列在美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库中进行BLAST比对,从GenBank获取薯蓣属、木薯属和番薯属rpoC1序列,应用MEGA 7.0软件计算种内和种间的(K2P)遗传距离,并构建邻接(neighbor joining,NJ)系统聚类树。结果7个山药样本rpoC1基因获得成功扩增和测序。山药样本最大种内K2P遗传距离为0.009,远远小于山药与木薯、番薯的种间K2P遗传距离0.104~0.118,也小于山药与盾叶薯蓣和穿龙薯蓣的种间K2P遗传距离0.026~0.035,构建的系统发育树显示山药与盾叶薯蓣、穿龙薯蓣、木薯和番薯单独聚为一类。结论rpoC1序列作为DNA条形码候选序列,能够实现对山药和混伪品的鉴定,同时也适用于食用山药和药用山药物种的区分,rpoC1序列可为山药物种鉴定提供新的分子鉴定方法。展开更多
文摘目的探讨来源于冷冻整鸡样本的单株猪红斑丹毒丝菌致病性、耐药性及生物学特征,为该菌防治提供科学依据。方法通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)和全基因组测序技术进行菌株鉴定和分子生物学研究,采用纸片扩散法(K-B法)检测其耐药表型,通过体外生物被膜形成实验检测其生物被膜形成能力,通过ParSNP构建亲缘关系图。结果MALDI-TOF MS可以准确鉴定猪红斑丹毒丝菌,该菌染色体大小为1791362 bp,鸟嘌呤(G)+胞嘧啶(C)含量为36.5%,含有1730个蛋白质编码序列,53个tRNA和2个rRNA,基因组分析暂未发现质粒;携带四环素类耐药基因tet(M),抗菌药物敏感性实验结果显示仅对四环素耐药,耐药基因和耐药表型一致;携带7个与黏附和荚膜形成相关的毒力基因;体外生物被膜形成能力适中(2+);与韩国分离株KC-Sb-R1亲缘关系较相近。结论本研究阐明了冷冻整鸡样本中猪红斑丹毒丝菌分离株的生物学特性,为该菌科学有效防控提供理论依据。
文摘目的研究基于rpoC1序列分析,建立山药物种鉴定的新方法。方法利用DNA条形码技术对收集到的7个山药样本提取基因组DNA,以rpoC1基因引物进行PCR扩增、测序,将所得序列在美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)数据库中进行BLAST比对,从GenBank获取薯蓣属、木薯属和番薯属rpoC1序列,应用MEGA 7.0软件计算种内和种间的(K2P)遗传距离,并构建邻接(neighbor joining,NJ)系统聚类树。结果7个山药样本rpoC1基因获得成功扩增和测序。山药样本最大种内K2P遗传距离为0.009,远远小于山药与木薯、番薯的种间K2P遗传距离0.104~0.118,也小于山药与盾叶薯蓣和穿龙薯蓣的种间K2P遗传距离0.026~0.035,构建的系统发育树显示山药与盾叶薯蓣、穿龙薯蓣、木薯和番薯单独聚为一类。结论rpoC1序列作为DNA条形码候选序列,能够实现对山药和混伪品的鉴定,同时也适用于食用山药和药用山药物种的区分,rpoC1序列可为山药物种鉴定提供新的分子鉴定方法。
