南方水稻黑条矮缩病苗期抗性的全基因组关联分析 被引量：9

1

作者 农保选 秦碧霞 +11 位作者 夏秀忠 杨行海 张宗琼 曾宇 刘驰 蔡健和 谢慧婷 崔丽贤 罗群昌 邓国富 刘丕庆 李丹婷 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1069-1079,共11页

由白背飞虱传播的南方水稻黑条矮缩病(Southern Rice Black-streaked Dwarf Virus, SRBSDV)给水稻的生产造成巨大的产量损失,开展SRBSDV抗性鉴定及全基因组关联分析,可为有效防治水稻SRBSDV提供科学依据。本研究利用人工接种方法,对419... 由白背飞虱传播的南方水稻黑条矮缩病(Southern Rice Black-streaked Dwarf Virus, SRBSDV)给水稻的生产造成巨大的产量损失,开展SRBSDV抗性鉴定及全基因组关联分析,可为有效防治水稻SRBSDV提供科学依据。本研究利用人工接种方法,对419份广西地方稻种资源核心种质进行SRBSDV苗期抗性鉴定。结果表明,其SRBSDV苗期发病率变异范围为6.11%～100%,平均值为84.80%,抗性变异系数为23.29%。利用211 818个高质量SNPs对水稻SRBSDV苗期抗性进行全基因组关联分析(GWAS),共检测到10个与水稻SRBSDV苗期抗性显著相关的SNP位点,可解释7.84%～18.30%的表型变异。在所有的显著性关联SNP位点中,共检测到8个抗病基因(R基因),分别位于第1、第5及第11染色体上,可能参与SRBS-DV苗期抗性的调控。本研究结果将为水稻抗SRBSDV分子育种和抗SRBSDV基因克隆提供基础信息。 展开更多

关键词 南方水稻黑条矮缩病 核心种质 抗性 全基因组关联分析 SNP

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南方水稻黑条矮缩病抗性的遗传分析及主效QTL的精细定位 被引量：8

2

作者 农保选 秦碧霞 +8 位作者 夏秀忠 杨行海 张宗琼 曾宇 邓国富 蔡健和 李战彪 刘丕庆 李丹婷 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期135-143,共9页

【目的】近年来由白背飞虱传播的南方水稻黑条矮缩病给水稻生产造成了巨大损失,开展该病的抗性遗传分析和基因精细定位,将为抗性育种提供材料和理论依据。【方法】分析了抗性材料D4对南方水稻黑条矮缩病的抗性特征,并通过广恢998/D4F2... 【目的】近年来由白背飞虱传播的南方水稻黑条矮缩病给水稻生产造成了巨大损失,开展该病的抗性遗传分析和基因精细定位,将为抗性育种提供材料和理论依据。【方法】分析了抗性材料D4对南方水稻黑条矮缩病的抗性特征,并通过广恢998/D4F2群体分析该病抗性的遗传规律,利用QTL-seq技术联合遗传连锁分析定位主效抗性QTL。【结果】D4对南方水稻黑条矮缩病的抗性表现为抗病毒性而非抗虫性,且受主效基因和微效基因共同控制。QTL-seq和连锁分析将南方水稻黑条矮缩病主效抗性QTL定位于第9染色体上,命名为qSRBSDV9。利用代换作图法进一步将qSRBSDV9定位在102.3kb的区间内,该区间包含21个预测基因,其中9个基因与赤霉素信号传导相关。【结论】揭示了D4对南方水稻黑条矮缩病的抗性特征及遗传规律,精细定位了南方水稻黑条矮缩病主效抗性QTL qSRBSDV9。这为该QTL的图位克隆及育种利用奠定了基础。 展开更多

关键词 南方水稻黑条矮缩病 白背飞虱 遗传分析 QTL 精细定位

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基于RNA-Seq的甘蔗响应鞭黑粉菌侵染的早花相关基因挖掘

3

作者 王致远 梁鸿翠 +2 位作者 蔡健和 陈保善 许雄彪 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1102-1109,共8页

甘蔗鞭黑粉菌(Sporisorium scitamineum)是引起甘蔗鞭黑穗病(sugarcane smut)的重要病原菌,侵染甘蔗后通常诱导顶端分生组织产生灰黑色“黑鞭”,在部分甘蔗品种(系)中能诱导植株提前开花,但其作用机制仍不明确。为了探究甘蔗响应鞭黑粉... 甘蔗鞭黑粉菌(Sporisorium scitamineum)是引起甘蔗鞭黑穗病(sugarcane smut)的重要病原菌,侵染甘蔗后通常诱导顶端分生组织产生灰黑色“黑鞭”,在部分甘蔗品种(系)中能诱导植株提前开花,但其作用机制仍不明确。为了探究甘蔗响应鞭黑粉菌侵染的开花相关基因及其表达模式,本研究以同期健康和感染鞭黑粉菌的桂糖42甘蔗品种为实验材料进行转录组测序分析,共筛选出了3276个显著差异表达基因,其中1677个基因上调表达(P<0.05),1599个基因下调表达(P<0.05)。GO富集分析发现差异表达基因主要集中在生物合成过程、核糖体、核糖核蛋白复合体、核糖体结构成分等小类中。KEGG富集结果显示差异表达基因主要集中在氨基酸的生物合成、嘌呤代谢、碳代谢、吞噬作用等代谢通路。筛选到30个与开花途径相关的差异表达基因,并对其中的FT1、PIE1、GID1、GA20ox-1、GA20ox-2等基因进行了qRT-PCR验证,qRT-PCR结果与转录组测序结果基本一致,验证了转录组测序结果的可靠性。本研究结果为解析甘蔗鞭黑粉菌诱导甘蔗提前开花表型的分子机理提供了重要的候选基因,对甘蔗的育种也有重要的参考价值。 展开更多

关键词 甘蔗 甘蔗鞭黑粉菌 转录组 开花相关基因

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甘蔗线条花叶病毒RT-LAMP检测方法的建立及应用 被引量：3

4

作者 李战彪 谢慧婷 +2 位作者 崔丽贤 蔡健和 秦碧霞 《广东农业科学》 CAS 2020年第4期92-98,共7页

【目的】建立甘蔗线条花叶病毒(Sugarcane streak mosaic virus,SCSMV)的RT-LAMP检测方法,为SCSMV的检测提供技术支持。【方法】根据甘蔗线条花叶病毒外壳蛋白基因的保守序列设计特异引物,优化RT-LAMP的反应条件,对比分析RT-LAMP的检测... 【目的】建立甘蔗线条花叶病毒(Sugarcane streak mosaic virus,SCSMV)的RT-LAMP检测方法,为SCSMV的检测提供技术支持。【方法】根据甘蔗线条花叶病毒外壳蛋白基因的保守序列设计特异引物,优化RT-LAMP的反应条件,对比分析RT-LAMP的检测灵敏度和特异性;并在RT-LAMP反应产物中加入SYBR GREEN I进行可视化检测,方便快速判定结果。【结果】成功建立了一种用于检测SCSMV的RT-LAMP方法,可在60~63℃下60 min完成对SCSMV的检测,且具有较高的灵敏度,比传统RT-PCR高100倍,最低检测RNA浓度为167.9×10-5 ng。此外,该方法具有较高的特异性,可特异检测SCSMV。【结论】建立了一种灵敏、简便、快速的SCSMV RT-LAMP检测方法并用于田间甘蔗样品的检测。 展开更多

关键词 甘蔗 甘蔗线条花叶病毒(SCSMV) 环介导等温扩增(RT-LAMP) 外壳蛋白基因 田间检测

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侵染湖北圆叶牵牛的甘薯曲叶病毒分子鉴定及遗传进化分析

5

作者 罗婉笛 王鹏 +3 位作者 莫翠萍 蔡健和 章松柏 李战彪 《广东农业科学》 CAS 2022年第10期96-103,共8页

【目的】明确湖北省荆州市1株表现黄脉的圆叶牵牛的病毒病原,为该类病害的防控提供理论依据。【方法】从湖北省荆州市采集1株表现黄脉、卷叶的圆叶牵牛植株叶片,采用双生病毒简并引物PA、PB进行PCR检测,通过分段克隆、核苷酸序列比对分... 【目的】明确湖北省荆州市1株表现黄脉的圆叶牵牛的病毒病原,为该类病害的防控提供理论依据。【方法】从湖北省荆州市采集1株表现黄脉、卷叶的圆叶牵牛植株叶片,采用双生病毒简并引物PA、PB进行PCR检测,通过分段克隆、核苷酸序列比对分析和进化树构建等方法对获得的全长基因组序列进行比对及遗传进化分析。【结果】PCR检测结果显示,采集的样品中可扩增一条大小为363 bp的目的靶标序列,证实所采集的圆叶牵牛植株受到双生病毒的侵染;通过分段克隆的方法从阳性样品中拼接获得一条全长为2 827 bp的全基因组序列,核苷酸相似性比较发现,该序列与GenBank已登录序列的甘薯曲叶病毒(Sweet Potato Leaf Curl Virus,SPLCV)各分离物的相似性均在91%以上,其中与湖南分离物(GenBank登录号:KY783941)和江苏分离物(GenBank登录号:FJ176701)的核苷酸序列相似性分别为97.52%和96.81%,根据国际病毒分类委员会对菜豆金色黄花叶病毒属病毒种核苷酸相似性>91%为同一病毒的分类标准,确定侵染圆叶牵牛的双生病毒为SPLCV的一个分离物。进化树分析发现,该分离物(GenBank登录号:OM287440)与中国及多个亚洲分离物处于一个大分支,特别是与湖南分离物处于同一小分支,说明该研究获得的分离物与湖南分离物具有较近的亲缘关系。【结论】侵染湖北圆叶牵牛的病原为SPLCV,而该病毒可能通过种苗或烟粉虱经湖南传入。该研究为SPLCV侵染湖北牵牛花的首次报道。 展开更多

关键词 湖北 圆叶牵牛 甘薯双生病毒 甘薯曲叶病毒 序列分析

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甜瓜坏死斑点病毒广西分离物近全基因组序列克隆及分析 被引量：6

6

作者 李战彪 杨世安 +3 位作者 谢慧婷 秦碧霞 崔丽贤 蔡健和 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期647-648,共2页

甜瓜坏死斑点病由甜瓜坏死斑点病毒（Melon necrotic spot virus,MNSV）引起,最早报道于日本（Kishi,1966）,中国于2008年首次在江苏省海门市的甜瓜上发现,随后在山东省寿光、泰安等市陆续被报道,严重影响瓜类的品质与质量。吴会杰和古... 甜瓜坏死斑点病由甜瓜坏死斑点病毒（Melon necrotic spot virus,MNSV）引起,最早报道于日本（Kishi,1966）,中国于2008年首次在江苏省海门市的甜瓜上发现,随后在山东省寿光、泰安等市陆续被报道,严重影响瓜类的品质与质量。吴会杰和古勤生（2017）分析了MNSV-HM和MNSV-Shangdong甜瓜分离物基因组,进化分析结果显示二者亲缘关系较近,可能具有相同来源。 展开更多

关键词 全基因组序列 斑点病毒 分离物 甜瓜 坏死 克隆 广西 VIRUS

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西瓜和甜瓜上西瓜银斑驳病毒的鉴定及广西分离物S RNA序列分析 被引量：3

7

作者 李战彪 杨世安 +4 位作者 秦碧霞 谢慧婷 崔丽贤 陈锦清 蔡健和 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期534-538,共5页

0引言西瓜银斑驳病毒(watermelon silver mottle virus,WSMoV)是番茄斑萎病毒科(Tospoviridae)正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)病毒,主要通过蓟马以持久增殖型方式传播[1-2]。WSMoV病毒粒子球状,外具包膜,基因组为三分体负单链RNA,... 0引言西瓜银斑驳病毒(watermelon silver mottle virus,WSMoV)是番茄斑萎病毒科(Tospoviridae)正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus)病毒,主要通过蓟马以持久增殖型方式传播[1-2]。WSMoV病毒粒子球状,外具包膜,基因组为三分体负单链RNA,分别为L RNA、M RNA和S RNA[1,3]。1982年IWAKI等最先在日本冲绳县发现WSMoV为害西瓜,在叶片上产生银色斑驳症状. 展开更多

关键词 番茄斑萎病毒 分离物 斑驳病毒 病毒粒子 增殖型 甜瓜

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基于原噬菌体类型的广西柑橘黄龙病菌种群分析 被引量：2

8

作者 李战彪 林林 +6 位作者 陈锦清 谢慧婷 崔丽贤 莫翠萍 刘丽辉 秦碧霞 蔡健和 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期312-317,333,共7页

2016年-2021年,从广西各柑橘产区采集叶片斑驳、黄化等疑似黄龙病症状的柑橘样品,利用黄龙病特异引物和基于原噬菌体类型的特异引物对样品进行鉴定及分析,结果显示,所采集的3293份样品中有856份样品为黄龙病阳性样品,阳性样品的检出率为... 2016年-2021年,从广西各柑橘产区采集叶片斑驳、黄化等疑似黄龙病症状的柑橘样品,利用黄龙病特异引物和基于原噬菌体类型的特异引物对样品进行鉴定及分析,结果显示,所采集的3293份样品中有856份样品为黄龙病阳性样品,阳性样品的检出率为25.99%,阳性样品在广西的14个地市均有分布。基于原噬菌体类型的黄龙病菌种群分析发现,广西存在7种类型的菌株,分别是type 1菌株、type 2菌株、type 3菌株、type 1+type 2菌株、type 2+type 3菌株、type 1+type 2+type 3菌株及未检出任何类型菌株(none type),其中,type 2类型原噬菌体菌株为优势种群。 展开更多

关键词 广西 柑橘 柑橘黄龙病 原噬菌体 种群类型

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侵染广西番茄的番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定 被引量：3

9

作者 苏琴 崔丽贤 +6 位作者 陈起民 谢慧婷 陈锦清 秦碧霞 朱英芝 李战彪 蔡健和 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期146-151,共6页

番茄黄化曲叶病毒病是番茄生产上的毁灭性病害,严重影响番茄产量及品质。2019年从广西百色市采集疑似番茄黄化曲叶病叶片样品,采用滚环扩增(RCA)及基因克隆等方法,获得了4个烟粉虱传双生病毒的全基因序列,4个分离物的全长序列分别为2776... 番茄黄化曲叶病毒病是番茄生产上的毁灭性病害,严重影响番茄产量及品质。2019年从广西百色市采集疑似番茄黄化曲叶病叶片样品,采用滚环扩增(RCA)及基因克隆等方法,获得了4个烟粉虱传双生病毒的全基因序列,4个分离物的全长序列分别为2776、2781、2752、2781 bp,均编码6个开放阅读框;核苷酸相似性比较发现,4个分离物彼此间的相似性均在90%以上,与已报道的番茄黄化曲叶病毒Tomato yellow leaf curl virus(TYLCV)各分离物间的相似性也在91%以上;系统进化分析表明,TYLCV广西分离物BS-2和BS-4与TYLCV-Hunan,BS-1和BS-3与TYLCV-YN6553等分离物处于独立的小分支,说明TYLCV广西分离物与TYLCV-Hunan、TYLCV-YN6553具有较近的亲缘关系。本研究首次报道TYLCV在广西发生。 展开更多

关键词 番茄 番茄黄化曲叶病毒(TYLCV) 分子鉴定 序列分析

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侵染广西西番莲的双生病毒基因组克隆与序列分析 被引量：2

10

作者 李战彪 谢慧婷 +4 位作者 陈锦清 崔丽贤 秦碧霞 汤亚飞 蔡健和 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期613-620,共8页

2018—2020年,从南宁市武鸣区、宾阳县的西番莲果园中采集疑似感染双生病毒的西番莲叶片样品,利用PCR、RCA、基因克隆、序列比对和进化树分析等方法,明确了其感染的病毒及系统进化关系。结果显示:采集的23份西番莲样本中有19份扩增出一... 2018—2020年,从南宁市武鸣区、宾阳县的西番莲果园中采集疑似感染双生病毒的西番莲叶片样品,利用PCR、RCA、基因克隆、序列比对和进化树分析等方法,明确了其感染的病毒及系统进化关系。结果显示:采集的23份西番莲样本中有19份扩增出一条570 bp的目的条带,证实受到双生病毒侵染;从部分阳性样品中共获得11条病毒全长基因组序列,其中10条序列与已报道的广东番木瓜曲叶病毒(papaya leaf curl Guangdong virus, PaLCuGdV)各分离物的核苷酸相似性达92%以上;1条序列与已报道的一品红曲叶病毒(euphorbia leaf curl virus, EuLCV)各分离物的相似性达92%以上;依据双生病毒分类标准,确定侵染广西西番莲的双生病毒为PaLCuGdV和EuLCV的分离物;进化树分析发现,PaLCuGdV广西西番莲分离物与PaLCuGdV韩国各西番莲分离物和中国台湾西番莲分离物处于同一大分支,说明PaLCuGdV广西西番莲各分离物与PaLCuGdV韩国各西番莲分离物和中国台湾西番莲分离物具有较近的亲缘关系;EuLCV广西西番莲分离物与EuLCV韩国分离物、中国山东一品红分离物和福建一品红分离物等处于一个大分支,但广西分离物却又独处一个小的分支,说明广西分离物虽然与上述几个分离物亲缘较近,但可能存在较为独立的进化。这是PaLCuGdV和EuLCV侵染广西西番莲的首次报道。 展开更多

关键词 广西 西番莲 广东番木瓜曲叶病毒 一品红曲叶病毒 序列分析

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不同提取方法对检测单头白背飞虱携带SRBSDV灵敏度的影响 被引量：1

11

作者 崔丽贤 李战彪 +2 位作者 谢慧婷 秦碧霞 蔡健和 《贵州农业科学》 CAS 2019年第10期56-59,共4页

为找到较好的白背飞虱RNA提取方法用于大规模带毒率检测、SRBSDV的早期监测及科学防控提供参考,采用Trizol试剂盒法、改良Trizol法、改良CTAB-LiCl法、改良异硫氰酸胍法和NaOH粗提法5种方法提取单头白背飞虱的总RNA,进行检测比较其提取... 为找到较好的白背飞虱RNA提取方法用于大规模带毒率检测、SRBSDV的早期监测及科学防控提供参考,采用Trizol试剂盒法、改良Trizol法、改良CTAB-LiCl法、改良异硫氰酸胍法和NaOH粗提法5种方法提取单头白背飞虱的总RNA,进行检测比较其提取速率和稳定性。结果表明:采用Trizol试剂盒法、改良Trizol法、改良CTAB-LiCl法、改良异硫氰酸胍法和NaOH粗提法5种方法提取单头白背飞虱的总RNA浓度分别为113.08ng/μL、222.43ng/μL、57.68ng/μL、102.16ng/μL和31.06ng/μL,改良Trizol法和改良CTAB-LiCl法提取的RNA纯度较高。5种方法提取的RNA均能用于SRBSDV的检测,其中改良Trizol法RT-PCR扩增的灵敏度最高,稀释梯度为10-4,NaOH粗提法灵敏度最差,稀释梯度仅为10-1,其余3种均能达到10-3。改良Trizol法提取的虫体RNA较完整且扩增效果稳定,但试剂价格较昂贵,不适合做大量样品提取;NaOH粗提法的灵敏度虽相对较低,但由于操作简便,经济快速,更适合用于大量样品的检测。 展开更多

关键词 白背飞虱 总RNA 南方水稻黑条矮缩病毒 RT-PCR灵敏度

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广西番茄花叶病毒和番茄褪绿病毒的分子鉴定

12

作者 李战彪 莫翠萍 +6 位作者 陈锦清 秦碧霞 崔丽贤 谢慧婷 蒋雅琴 汤亚飞 蔡健和 《中国农学通报》 2023年第28期92-98,共7页

为明确引起广西番茄呈现褪绿斑驳和花叶症状的病毒病原,采集4个疑似病毒感染的番茄样品,利用小RNA深度测序、RT-PCR、序列分析、遗传进化树的构建等方法对样品进行鉴定及遗传进化分析。研究结果发现,小RNA数据中的41条contigs分别被注... 为明确引起广西番茄呈现褪绿斑驳和花叶症状的病毒病原,采集4个疑似病毒感染的番茄样品,利用小RNA深度测序、RT-PCR、序列分析、遗传进化树的构建等方法对样品进行鉴定及遗传进化分析。研究结果发现,小RNA数据中的41条contigs分别被注释为番茄花叶病毒(tomato mosaic virus,ToMV)和番茄褪绿病毒(tomato chlorosis virus,ToCV);RT-PCR证实了s RNA的结果,且所有样品均存在ToMV和To CV的复合侵染。通过拼接获得ToMV和ToCV RNA2的近全基因序列,ToMV近全基因序列为6383 bp,命名为ToMV-GX;ToCV RNA2的近全基因序列为8031 bp,命名为ToCV-GX。进化树分析发现,本研究获得的ToMV-GX与ToMV中国山西、内蒙古、呼和浩特3个分离物处于一个分支,说明其具有较近的亲缘关系;ToCV-GX与ToCV中国台湾、广东分离物处于一个大分支,说明具有较近的亲缘关系。上述结果证实,引起广西番茄呈现褪绿斑驳和花叶症状的病原是To MV和ToCV,本研究是ToMV和ToCV复合侵染广西番茄的首次报道。 展开更多

关键词 番茄花叶病毒 番茄褪绿病毒 广西 小RNA深度测序 遗传进化分析

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