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免疫细胞介导脂质性状对结直肠癌的作用:两步、双样本孟德尔随机化研究
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作者 龚万里 侯雅琪 +4 位作者 王钺 李渊 齐荣 于琦 章娟 《肿瘤防治研究》 CAS 2024年第10期831-839,共9页
目的利用两步、双样本孟德尔随机化(MR)方法阐明脂质性状与结直肠癌(CRC)的双向因果关系,同时探讨免疫细胞作为中介因素的介导作用和比例。方法将研究相关的汇总统计数据进行筛选,主要采用IVW方法对179个脂类与CRC进行双样本、双向MR分... 目的利用两步、双样本孟德尔随机化(MR)方法阐明脂质性状与结直肠癌(CRC)的双向因果关系,同时探讨免疫细胞作为中介因素的介导作用和比例。方法将研究相关的汇总统计数据进行筛选,主要采用IVW方法对179个脂类与CRC进行双样本、双向MR分析。同时通过贝叶斯加权MR验证因果效应。通过two-step MR分析确定免疫细胞性状是否存在介导作用。通过敏感性分析、异质性分析、水平多效性分析验证因果关系的可靠性。结果初步确定了9个脂质性状与CRC之间的因果关系,且不存在反向因果效应(P>0.05)。贝叶斯加权MR验证了结果的稳健性(P<0.05)。提示27种免疫细胞与CRC存在因果效应。通过中介分析确定了磷脂酰胆碱(O-18:2_20:4)对CRC的因果作用(OR:0.8579,95%CI=0.7395~0.9952,P=0.0429),CD45-RA+CD4+T细胞上的CD127的介导比例为9.14%(β=-0.1052,P=0.0155)。结论脂质性状与CRC存在因果关系,CD45RA+CD4+T细胞上的CD127干预有助于磷脂酰胆碱降低CRC的发病风险。 展开更多
关键词 结直肠癌 孟德尔随机化 因果关系 免疫细胞 脂质体
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基于机器学习算法筛选胰腺癌诊断标志物及药物敏感性分析
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作者 齐荣 胡超扬 +7 位作者 李渊 穆俊芳 王灿 薛丹阳 纪之琳 葛川 贺培凤 于琦 《现代消化及介入诊疗》 2023年第5期644-648,共5页
目的通过生物信息学方法和机器学习算法挖掘基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中胰腺癌的关键表达基因,探究胰腺癌的诊断标志物。方法以GEO数据库获得的芯片数据集GSE15471、GSE16515作为训练组,GSE28735作为验证组,用... 目的通过生物信息学方法和机器学习算法挖掘基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中胰腺癌的关键表达基因,探究胰腺癌的诊断标志物。方法以GEO数据库获得的芯片数据集GSE15471、GSE16515作为训练组,GSE28735作为验证组,用于筛选出差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs)。利用套索算法(Least absolute shrinkage and selection operator,Lasso)与支持向量机的递归特征消除算法(Support Vector Machines with Recursive Feature Elimination,SVM-RFE)从DEGs中筛选出胰腺癌的关键表达基因,并在验证组中进行验证。采用受试者工作特征(Receiver Operating Characteristic,ROC)曲线的曲线下面积(Area Under Curve,AUC)评价关键表达基因的诊断效能。使用Kaplan-Meier生存曲线对关键表达基因进行预后生存分析。通过CellMiner数据库探究关键表达基因与药物敏感性之间关系。结果训练组中筛选得到123个DEGs,其中上调基因85个,下调基因38个。LASSO筛选获得19个特征基因,SVM-RFE筛选获得16个特征基因,两种算法取交集得到2个关键表达基因(ITGA2、KRT19)。ITGA2、KRT19在训练组中的AUC值分别为0.933和0.903,在验证组中的AUC值分别为0.900和0.903,均表现出了较高的敏感性与特异性。生存分析结果显示不同表达量的ITGA2(P=0.0019)、KRT19(P=0.0045)患者生存率有显著差异。药物敏感性分析显示,ITGA2,KRT19和多种肿瘤的化疗药物的耐药性增加有关(P<0.05)。结论通过生物信息学与机器学算法筛选出的关键表达基因与胰腺癌发生发展密切相关,可作为胰腺癌的诊断标志物在指导肿瘤靶向治疗方面发挥潜在作用。 展开更多
关键词 胰腺癌 机器学习 诊断标志物 药物敏感性
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基于唾液酸化相关长链非编码RNA构建卵巢癌预后模型的研究
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作者 胡超扬 曹晓华 +5 位作者 刘格良 李渊 齐荣 张豪 于琦 孙焱 《实用临床医药杂志》 2023年第16期29-36,42,共9页
目的基于唾液酸化相关长链非编码RNA(lncRNA)构建卵巢癌(OC)预后模型,分析患者预后免疫反应与抗癌药物敏感性。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库获取OC基因表达数据和临床数据;采用相关性分析筛选唾液酸化相关lncRNA;采用Lasso和Cox回归... 目的基于唾液酸化相关长链非编码RNA(lncRNA)构建卵巢癌(OC)预后模型,分析患者预后免疫反应与抗癌药物敏感性。方法从癌症基因图谱(TCGA)数据库获取OC基因表达数据和临床数据;采用相关性分析筛选唾液酸化相关lncRNA;采用Lasso和Cox回归分析筛选卵巢癌生存相关唾液酸化lncRNA(OCSS lncRNA)并构建预后模型;通过生存分析、受试者工作特征(ROC)曲线等评估模型的效能;应用单因素和多因素Cox回归分析筛选OC的独立预后因素,并绘制列线图;采用CIBERSORT算法、肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)评分评估OC患者免疫细胞浸润与免疫治疗获益情况;采用药物敏感性分析获取潜在治疗药物。结果构建了7个OCSS lncRNA组成的OC预后模型;生存分析显示,总数据集、训练组和验证组中,高风险者的总体生存率(OS)均低于低风险者,差异有统计学意义(P<0.05),总数据集中高风险者的无进展生存期OS低于低风险者,差异有统计学意义(P<0.05)。OC预后模型1、3、5年的ROC曲线显示,模型效能较好且优于其他临床特征;单因素和多因素Cox回归证实,年龄和风险评分是独立预后因素(P<0.05);列线图结合校正曲线表明,预测的患者OS与实际OS基本一致。免疫细胞浸润分析显示,γδT细胞和M1巨噬细胞的含量在高、低风险组中的差异有统计学意义(P<0.05);免疫治疗敏感性分析显示,高、低风险组的TIDE评分差异有统计学意义(P<0.05)。药物敏感性分析筛选出9种对高风险OC患者具有较高治疗价值的药物(P<0.01)。结论7个OCSS lncRNA构建的OC预后模型有助于预测OC患者预后,并为OC患者的临床应用、免疫与药物治疗提供参考依据。 展开更多
关键词 卵巢癌 唾液酸化长链非编码RNA 转录组 生存预后 免疫浸润 药物敏感性
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结肠癌免疫相关基因筛选和预后模型建立
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作者 齐荣 刘格良 +4 位作者 穆俊芳 李晨龙 李渊 贺培凤 于琦 《实用临床医药杂志》 2023年第14期63-71,77,共10页
目的筛选结肠癌(CC)关键预后相关免疫基因(KIGs),构建免疫相关预后模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载CC患者的基因表达数据和临床数据,基于免疫分型筛选差异表达基因(DEGs),将DEGs与ImmPort数据库中免疫基因取交集得到差异... 目的筛选结肠癌(CC)关键预后相关免疫基因(KIGs),构建免疫相关预后模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载CC患者的基因表达数据和临床数据,基于免疫分型筛选差异表达基因(DEGs),将DEGs与ImmPort数据库中免疫基因取交集得到差异表达免疫基因(DEIGs)。通过单因素Cox回归分析、Lasso-Cox回归分析筛选出KIGs,建立免疫相关预后模型,并验证预后模型的预测性能。分析风险评分与临床特征、免疫浸润细胞、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性的相关性。应用单因素和多因素Cox回归分析筛选CC的独立预后因素,进一步构建用于预测CC患者总生存率(OS)的列线图。结果基于免疫分型筛选出1439个DEGs,DEGs与ImmPort数据库免疫基因取交集得到379个DEIGs,通过单因素Cox回归分析、Lasso-Cox回归分析筛选出12个KIGs,构建免疫相关预后模型。高风险评分(高风险组)患者和低风险评分(低风险组)患者的OS差异有统计学意义(P<0.05);预后模型预测1、3、5年OS的受试者工作特征曲线的曲线下面积(AUC)分别为0.735、0.725、0.699,表明预后模型的预测效果较好。不同疾病分期、不同TNM分期患者的风险评分比较,差异有统计学意义(P<0.05);KIGs与众多免疫浸润细胞均存在相关性(P<0.05);高风险组与低风险组的肿瘤突变负荷比较,差异有统计学意义(P<0.05);高风险组的微卫星不稳定性比低风险组更强。单因素和多因素Cox回归分析发现,风险评分是CC的独立预后因素(P<0.001),进一步构建的列线图对CC患者生存状态具有良好的预测能力和准确性。结论本研究构建了基于12个KIGs的免疫相关预后模型,并建立了可用于预测CC患者OS的列线图,有助于医生做出个体化治疗决策。 展开更多
关键词 结肠癌 癌症基因组图谱 转录组 免疫基因 肿瘤微环境 预后模型
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