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基于28S rDNA部分序列的石磺科系统发育研究 被引量：10
1
作者 陈诚 沈和定 +2 位作者 吴文健 魏峦峦 王玲 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期172-178,共7页
采用PCR技术对采集自中国大陆沿海5地8个群体石磺的28S rDNA部分序列进行扩增。将测序结果与Gen-Bank中的另外3条石磺科贝类的对应序列一起,以小鼠28S rDNA基因序列进行参照,截取D1、D2、D3区域,拼接后进行比对分析。在获得的689bp的序... 采用PCR技术对采集自中国大陆沿海5地8个群体石磺的28S rDNA部分序列进行扩增。将测序结果与Gen-Bank中的另外3条石磺科贝类的对应序列一起,以小鼠28S rDNA基因序列进行参照,截取D1、D2、D3区域,拼接后进行比对分析。在获得的689bp的序列中,有76个变异位点,28个简约信息位点,A+T平均含量为30.9%,C+G平均含量为69.0%。以分类关系较近的菊花螺科(Siphonaria alternate)为外群,用NJ、MP、ML和贝叶斯法构建分子系统树。4种方法得到的进化树拓扑结构很相似,得到的结果也与沈和定提出的中国大陆沿海石磺科贝类可划分为Peronia、Platevindex、Onchidium、Paraoncidium4个属的观点基本一致。同时,28S rDNA部分序列的系统分析还显示,4个属中Peronia属与Paraoncidium属亲缘关系较近,Platevindex属与Onchidium属关系比较近。 展开更多
关键词 28S RDNA D区 石磺 系统发育
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瘤背石磺线粒体基因组全序列分析 被引量：4
2
作者 魏峦峦 沈和定 +3 位作者 张雨 方磊 张坤霞 陈诚 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期493-500,共8页
采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链... 采用LA-PCR技术对瘤背石磺线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,瘤背石磺线粒体基因组序列全长13 957 bp,由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和19个长度为2～138 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和8个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为TTG以外,均为典型的起始密码子ATN。COⅢ和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非编码区含有类似于tRNA的二级结构。基于线粒体基因组编码的13个蛋白质的氨基酸序列,用NJ、MP、ME和UPGMA法构建系统进化树。分析6种软体动物之间的亲缘关系,结果与传统的系统分类基本一致。研究初步确定瘤背石磺与平疣桑椹石磺的亲缘关系比与凯尔特石磺的亲缘关系近。 展开更多
关键词 瘤背石磺 线粒体基因组 序列分析 系统进化树
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基于18S rRNA的中国大陆沿海石磺科贝类分类的初步分析 被引量：2
3
作者 吴文健 沈斌 +4 位作者 陈诚 沈和定 魏峦峦 王玲 李凯 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期381-386,共6页
对采自上海崇明、福建宁德、海南海口等沿海地区9个群体的石磺科贝类进行外部形态特征差异分析和内部结构比较,在初步分类基础上利用核糖体小亚基18S rRNA基因部分序列对9个群体进行系统发育分析,以菊花螺为外群,结合GenBank上石磺科4个... 对采自上海崇明、福建宁德、海南海口等沿海地区9个群体的石磺科贝类进行外部形态特征差异分析和内部结构比较,在初步分类基础上利用核糖体小亚基18S rRNA基因部分序列对9个群体进行系统发育分析,以菊花螺为外群,结合GenBank上石磺科4个18S rRNA基因序列构建系统发生树来探讨我国大陆沿海石磺科属种间的亲缘关系。结果显示:我国石磺科贝类南方沿海种类多于北方沿海;除报道的瘤背石磺(Onchidium struma)和石磺(O.verruculatum)外,可能还有新记录5种:Onchidium属1种、Platevindex属2种、Peronia属1种和Paraoncidium属1种。分子系统发生树显示,我国大陆沿海石磺科9个群体可分为4个亚群,分别为Onchidium、Platevindex、Paraoncidium、Peronia,其中Peronia亚群的置信度较高;Onchidium verruculatum应更名为Peronia verruculata。 展开更多
关键词 石磺科 初步分类 18S RRNA 系统发育
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一种石磺科贝类线粒体基因组全序列分析 被引量：1
4
作者 魏峦峦 沈斌 +3 位作者 沈和定 陈诚 方磊 吴文健 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期188-194,213,共8页
石磺线粒体基因组全序列对研究石磺科分子系统进化具有重要意义。利用LA-PCR技术对一种石磺Platevin-dexmortoni线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,线粒体基因组序列全长13 991 bp,碱基组成分别为27.27%A、16.78%C、20.23%G... 石磺线粒体基因组全序列对研究石磺科分子系统进化具有重要意义。利用LA-PCR技术对一种石磺Platevin-dexmortoni线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,线粒体基因组序列全长13 991 bp,碱基组成分别为27.27%A、16.78%C、20.23%G、35.72%T;由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和25个长度为2-118 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和5个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为GTG以外,均为典型的起始密码子ATN。ND2和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer和TrnaAsn缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非编码区含有两个类似于的tRNAGln和tRNAPhy的二级结构。 展开更多
关键词 石磺科 Platevindex mortoni 线粒体基因组 基因组成 基因结构 序列分析
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六种石磺科贝类超氧化物歧化酶和酯酶同工酶分析 被引量：1
5
作者 张坤霞 沈和定 +3 位作者 陈诚 魏峦峦 张雨 方磊 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期193-197,共5页
采用聚丙烯酰胺垂直板凝胶电泳分离技术对中国东南沿海的石磺科6种石磺的腹足、肝胰脏两种组织的超氧化物歧化酶和酯酶同工酶进行分析。明确了其酶谱的特征及分布,并利用聚类分析方法对种间的亲缘关系进行了研究。同工酶聚类分析显示,... 采用聚丙烯酰胺垂直板凝胶电泳分离技术对中国东南沿海的石磺科6种石磺的腹足、肝胰脏两种组织的超氧化物歧化酶和酯酶同工酶进行分析。明确了其酶谱的特征及分布,并利用聚类分析方法对种间的亲缘关系进行了研究。同工酶聚类分析显示,紫色疣石磺(Peronia verruculata)和小紫疣石磺(Peronia sp.)的亲缘关系最近;里氏拟石磺(Paraoncidium reevesii)和白底拟石磺(Paraoncidium sp.)聚为一类;平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)和瘤背石磺(Onchidium struma)聚为一类。种间的个体酶谱表型有差异,同属的种间差异小于不同属的种间差异。酶谱的差异程度与形态分类学中的亲缘关系相近。利用超氧化物歧化酶同工酶和酯酶同工酶酶谱袁型也可以作为一种蛋白分子标记应用于石磺科属种的分类鉴定。 展开更多
关键词 石磺科 同工酶 聚丙烯酰胺凝胶电泳 聚类分析
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