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题名白羊草叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
被引量：7
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作者
高守舆
李钰莹
杨志青
董宽虎
夏方山
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机构
山西农业大学草业学院
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出处
《草业学报》
CSCD
北大核心
2023年第7期85-95,共11页
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基金
山西农业大学科技创新基金项目(2017YJ06),山西农业大学“十四五”生物育种工程项目(YZGC134)
山西省重点研发计划项目(201903D221091,202102140601006)资助。
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文摘
叶绿体基因组具有高度的保守性和较慢的进化速率,研究叶绿体基因组密码子偏好性可以明确基因表达效率,确定植物系统发育和物种进化。为解析白羊草及其近缘种的系统发育关系,利用CAIcal和CodonW 1.4. 2等软件分析了白羊草的叶绿体基因组密码子使用模式,并利用白羊草及其近缘种的同义密码子相对使用度(RSCU)数据构建了聚类图。结果显示:经筛选后的白羊草叶绿体基因组序列中GC的平均含量为38.79%,其中GC1>GC2>GC3;密码子第3位碱基多为A或U;有效密码子数(ENC)的取值为36~61,密码子偏好性较弱;高频率使用的密码子共计26个,其中25个高频密码子以A或U结尾。结合中性绘图、ENC-plot、ENC比值和PR2-plot分析,结果表明白羊草叶绿体基因的密码子偏好性同时受到突变压力和自然选择的影响,且突变压力的影响较大。RSCU数据分析共筛选出15个最优密码子,均以A或U结尾。RSCU聚类结果显示白羊草在密码子使用模式上与近缘物种有所不同。本结果可为孔颖草属植物系统发育研究提供参考。
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关键词
叶绿体基因组
白羊草
密码子偏好性
最优密码子
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Keywords
chloroplast genome
Bothriochloa ischaemum
codon usage bias
optimal codons
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分类号
S543.9
[农业科学—作物学]
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题名盐胁迫对‘太行’白羊草生长与生理特性的影响
被引量：3
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作者
刘文静
杨志青
李钰莹
高守舆
张新荣
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机构
山西农业大学草业学院
山西省太原市晋源区综合检验检测中心
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出处
《草业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期2651-2658,共8页
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基金
山西农业大学科技创新基金项目(2017YJ06)
山西农业大学“十四五”生物育种工程项目(YZGC134)。
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文摘
盐胁迫可能是影响山西草地重要建群植物白羊草(Bothriochloa ischaemum)分布的主要因素。为探究盐胁迫对白羊草生长的影响,本研究采用水培法对‘太行’白羊草进行浓度分别为0、50、100、200和300 mmol·L^(-1)NaCl溶液的盐处理,并测定地上部和地下部的生长势以及地上部叶片的细胞膜透性、渗透调节物质含量和膜脂过氧化程度等相关指标。结果表明,盐胁迫对白羊草地上部和地下部的生长均具有显著抑制作用(P<0.05),且随着盐浓度的增加,抑制作用增强。叶片相对电导率大小及脯氨酸、丙二醛和可溶性糖含量均随盐处理浓度的增加呈上升趋势。叶片内超氧化物歧化酶和过氧化氢酶活性均随盐处理浓度的增加呈先升高后降低的趋势,且两者均在200 mmol·L^(-1)NaCl浓度处理时达到最大。本研究表明,白羊草在较高浓度的盐环境下,其生长发育会受到抑制。
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关键词
白羊草
NACL胁迫
抑制作用
膜质过氧化
膜透性
渗透调节
抗氧化
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Keywords
Bothriochloa ischaemum
NaCl stress
inhibitory effect
membrane lipid peroxidation
membrane permeability
osmotic regulation
antioxidation
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分类号
S543.9
[农业科学—作物学]
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