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菜豆根瘤菌Rhizobium etli CFN42全基因组含信号肽分泌蛋白的鉴定与分析 被引量:5
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作者 张武 金田 +1 位作者 潘伟 雷腾英 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期961-969,共9页
利用菜豆根瘤菌Rhizobium etli CFN42全基因组测序结果,结合计算机技术和生物信息学分析方法,对菜豆根瘤菌蛋白质组中的分泌蛋白进行预测和分析,以便更深入地了解共生固氮的分子机制。经过分析发现,在该根瘤菌5 963个蛋白质中,具有信号... 利用菜豆根瘤菌Rhizobium etli CFN42全基因组测序结果,结合计算机技术和生物信息学分析方法,对菜豆根瘤菌蛋白质组中的分泌蛋白进行预测和分析,以便更深入地了解共生固氮的分子机制。经过分析发现,在该根瘤菌5 963个蛋白质中,具有信号肽的分泌蛋白332个,占总数的5.4%主要涉及底物转运、物质代谢和信号转导等方面。在有功能描述的186个分泌蛋白中,识别了Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型分泌系统和丝氨酸蛋白酶,这些蛋白质可能参与了根瘤菌对宿主植物的侵染,是两者分子对话的关键参与者;在假定蛋白中,通过结构域分析,发现了SH3b、BA14K和EFh结构域,含有这些结构域的分泌蛋白可能参与了根瘤信号转导途径。在根瘤菌共生结瘤过程中,分泌蛋白发挥了重要作用。 展开更多
关键词 菜豆根瘤菌 全基因组 分泌蛋白 信号肽
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菜豆根瘤菌CFN42全基因组非经典分泌蛋白的预测与分析 被引量:2
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作者 张武 潘伟 +1 位作者 金田 郭涛 《大理学院学报(综合版)》 CAS 2015年第6期45-48,共4页
为了深入了解生物固氮的分子机理,利用Secretome P2.0和Signal P4.1对菜豆根瘤菌CFN42全基因组进行预测,结果发现,在5 963个蛋白质中,非经典分泌蛋白596个,约占总数的10%,主要涉及底物转运,毒力侵染,物质代谢等方面。在有功能描述的215... 为了深入了解生物固氮的分子机理,利用Secretome P2.0和Signal P4.1对菜豆根瘤菌CFN42全基因组进行预测,结果发现,在5 963个蛋白质中,非经典分泌蛋白596个,约占总数的10%,主要涉及底物转运,毒力侵染,物质代谢等方面。在有功能描述的215个分泌蛋白中,识别了I、III、IV型分泌系统,这些蛋白质在侵染和根瘤发育方面发挥了重要作用;在381个假定蛋白中,通过结构域分析,发现了Tad、Cupin、Om PA和Csb D结构域,含有这些结构域的非经典分泌蛋白可能参与了根瘤菌的宿主专一性。在豆科植物-根瘤菌固氮体系中,非经典分泌蛋白发挥了重要作用。 展开更多
关键词 菜豆根瘤菌 全基因组 非经典分泌蛋白 生物信息学
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