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菜豆根瘤菌Rhizobium etli CFN42全基因组含信号肽分泌蛋白的鉴定与分析
被引量:
5
1
作者
张武
马
金田
+1 位作者
潘伟
雷腾英
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第5期961-969,共9页
利用菜豆根瘤菌Rhizobium etli CFN42全基因组测序结果,结合计算机技术和生物信息学分析方法,对菜豆根瘤菌蛋白质组中的分泌蛋白进行预测和分析,以便更深入地了解共生固氮的分子机制。经过分析发现,在该根瘤菌5 963个蛋白质中,具有信号...
利用菜豆根瘤菌Rhizobium etli CFN42全基因组测序结果,结合计算机技术和生物信息学分析方法,对菜豆根瘤菌蛋白质组中的分泌蛋白进行预测和分析,以便更深入地了解共生固氮的分子机制。经过分析发现,在该根瘤菌5 963个蛋白质中,具有信号肽的分泌蛋白332个,占总数的5.4%主要涉及底物转运、物质代谢和信号转导等方面。在有功能描述的186个分泌蛋白中,识别了Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型分泌系统和丝氨酸蛋白酶,这些蛋白质可能参与了根瘤菌对宿主植物的侵染,是两者分子对话的关键参与者;在假定蛋白中,通过结构域分析,发现了SH3b、BA14K和EFh结构域,含有这些结构域的分泌蛋白可能参与了根瘤信号转导途径。在根瘤菌共生结瘤过程中,分泌蛋白发挥了重要作用。
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关键词
菜豆根瘤菌
全基因组
分泌蛋白
信号肽
原文传递
菜豆根瘤菌CFN42全基因组非经典分泌蛋白的预测与分析
被引量:
2
2
作者
张武
潘伟
+1 位作者
马
金田
郭涛
《大理学院学报(综合版)》
CAS
2015年第6期45-48,共4页
为了深入了解生物固氮的分子机理,利用Secretome P2.0和Signal P4.1对菜豆根瘤菌CFN42全基因组进行预测,结果发现,在5 963个蛋白质中,非经典分泌蛋白596个,约占总数的10%,主要涉及底物转运,毒力侵染,物质代谢等方面。在有功能描述的215...
为了深入了解生物固氮的分子机理,利用Secretome P2.0和Signal P4.1对菜豆根瘤菌CFN42全基因组进行预测,结果发现,在5 963个蛋白质中,非经典分泌蛋白596个,约占总数的10%,主要涉及底物转运,毒力侵染,物质代谢等方面。在有功能描述的215个分泌蛋白中,识别了I、III、IV型分泌系统,这些蛋白质在侵染和根瘤发育方面发挥了重要作用;在381个假定蛋白中,通过结构域分析,发现了Tad、Cupin、Om PA和Csb D结构域,含有这些结构域的非经典分泌蛋白可能参与了根瘤菌的宿主专一性。在豆科植物-根瘤菌固氮体系中,非经典分泌蛋白发挥了重要作用。
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关键词
菜豆根瘤菌
全基因组
非经典分泌蛋白
生物信息学
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题名
菜豆根瘤菌Rhizobium etli CFN42全基因组含信号肽分泌蛋白的鉴定与分析
被引量:
5
1
作者
张武
马
金田
潘伟
雷腾英
机构
大理学院农学与生物科学学院
大理学院艺术学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第5期961-969,共9页
基金
大理学院青年教师科研基金项目(KYQN201217)
云南省高校滇西生物多样性科技创新团队基金资助项目(云教函〔2011〕93号)
大理学院质量工程项目(TDⅠ-05)共同资助
文摘
利用菜豆根瘤菌Rhizobium etli CFN42全基因组测序结果,结合计算机技术和生物信息学分析方法,对菜豆根瘤菌蛋白质组中的分泌蛋白进行预测和分析,以便更深入地了解共生固氮的分子机制。经过分析发现,在该根瘤菌5 963个蛋白质中,具有信号肽的分泌蛋白332个,占总数的5.4%主要涉及底物转运、物质代谢和信号转导等方面。在有功能描述的186个分泌蛋白中,识别了Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型分泌系统和丝氨酸蛋白酶,这些蛋白质可能参与了根瘤菌对宿主植物的侵染,是两者分子对话的关键参与者;在假定蛋白中,通过结构域分析,发现了SH3b、BA14K和EFh结构域,含有这些结构域的分泌蛋白可能参与了根瘤信号转导途径。在根瘤菌共生结瘤过程中,分泌蛋白发挥了重要作用。
关键词
菜豆根瘤菌
全基因组
分泌蛋白
信号肽
Keywords
Rhizobium etli, Whole genome, Secreted protein, Signal peptides
分类号
Q939.114 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
菜豆根瘤菌CFN42全基因组非经典分泌蛋白的预测与分析
被引量:
2
2
作者
张武
潘伟
马
金田
郭涛
机构
大理学院农学与生物科学学院
出处
《大理学院学报(综合版)》
CAS
2015年第6期45-48,共4页
基金
大理学院青年教师科研基金资助项目(KYQN201217)
云南省高校滇西生物多样性科技创新团队基金资助项目(云教函〔2011〕93号)
大理学院质量工程项目(TDI-05)
文摘
为了深入了解生物固氮的分子机理,利用Secretome P2.0和Signal P4.1对菜豆根瘤菌CFN42全基因组进行预测,结果发现,在5 963个蛋白质中,非经典分泌蛋白596个,约占总数的10%,主要涉及底物转运,毒力侵染,物质代谢等方面。在有功能描述的215个分泌蛋白中,识别了I、III、IV型分泌系统,这些蛋白质在侵染和根瘤发育方面发挥了重要作用;在381个假定蛋白中,通过结构域分析,发现了Tad、Cupin、Om PA和Csb D结构域,含有这些结构域的非经典分泌蛋白可能参与了根瘤菌的宿主专一性。在豆科植物-根瘤菌固氮体系中,非经典分泌蛋白发挥了重要作用。
关键词
菜豆根瘤菌
全基因组
非经典分泌蛋白
生物信息学
Keywords
Rhizobium etli
genome-wide
non-classical secreted protein
bioinformatics
分类号
S154.381 [农业科学—土壤学]
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1
菜豆根瘤菌Rhizobium etli CFN42全基因组含信号肽分泌蛋白的鉴定与分析
张武
马
金田
潘伟
雷腾英
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2014
5
原文传递
2
菜豆根瘤菌CFN42全基因组非经典分泌蛋白的预测与分析
张武
潘伟
马
金田
郭涛
《大理学院学报(综合版)》
CAS
2015
2
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