鼠疫耶尔森菌基因组进化与生态位适应研究 被引量：77

1

作者 周冬生 韩延平 +18 位作者 宋亚军 童宗中 裴德翠 戴二黑 张玲 包静月 李敏 崔百忠 张秀清 王津 郭兆彪 祁芝珍 金丽霞 翟俊辉 杜宗敏 王效义 汪建 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期204-210,共7页

目的　探索鼠疫耶尔森菌基因组进化的基本规律及其与该菌在自然界适应性演化之间的内在联系。方法　对 36株鼠疫耶尔森菌和 7株假结核耶尔森菌进行芯片比较基因组分析 ,鉴定差异区段 (DFR) ,并对 2 6 0株鼠疫耶尔森菌进行PCR验证 ,分析... 目的　探索鼠疫耶尔森菌基因组进化的基本规律及其与该菌在自然界适应性演化之间的内在联系。方法　对 36株鼠疫耶尔森菌和 7株假结核耶尔森菌进行芯片比较基因组分析 ,鉴定差异区段 (DFR) ,并对 2 6 0株鼠疫耶尔森菌进行PCR验证 ,分析各DFR在这些鼠疫耶尔森菌中的分布 ,同时进行基因组岛分析。结果　在鼠疫耶尔森菌基因组中鉴定出 2 2个DFR ,基于DFR图谱 ,将鼠疫耶尔森菌中国分离株分成 14个基因组型。鼠疫耶尔森菌共有 2 1个基因组岛 ,其中 18个已存在于假结核杆菌中 ,余下 3个为鼠疫耶尔森菌独有。结论　探明了各基因组岛在鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌间的差异分布 ,探究了鼠疫耶尔森菌的起源进化 ;建立了鼠疫耶尔森菌基因组分型系统 ;建立了各基因组型别间的系统发育关系 ,初步揭示了鼠疫耶尔森菌基因组的进化规律及其与鼠疫耶尔森菌生态位适应和鼠疫疫源地扩展之间的关系 。 展开更多

关键词 耶尔森氏菌 鼠疫 DNA芯片 基因组进化 生态位适应

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鼠疫耶尔森菌菌株91001全基因组序列测定及初步分析 被引量：40

2

作者 宋亚军 童宗中 +26 位作者 王津 郭兆彪 汪莉 韩延平 张建国 裴德翠 周冬生 秦海鸥 庞昕 韩玉军 翟俊辉 李敏 祁芝珍 金丽霞 戴瑞霞 崔百忠 陈峰 李胜霆 叶辰 杜宗敏 王效义 王俊 于军 杨焕明 汪建 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期192-199,共8页

目的　测定对人不致病的鼠疫耶尔森菌布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1的全基因组序列 ,并通过比较基因组学研究 ,探索鼠疫耶尔森菌致病性的遗传学机制和进化路线。方法　采用全基因组鸟枪法测定 910 0 1菌株的全基因组序列 ,利用比较基因组... 目的　测定对人不致病的鼠疫耶尔森菌布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1的全基因组序列 ,并通过比较基因组学研究 ,探索鼠疫耶尔森菌致病性的遗传学机制和进化路线。方法　采用全基因组鸟枪法测定 910 0 1菌株的全基因组序列 ,利用比较基因组方法对 910 0 1与另外 2株鼠疫耶尔森菌(CO92和KIM)的全基因组进行比较研究。结果　910 0 1菌株的基因组包括 1条染色体和 4个质粒 (pPCP1、pCD1、pMT1和pCRY)。pPCP1质粒长度为 96 0 9bp,与参考菌株基本一致 ;pCD1质粒是编码Ⅲ型分泌系统的质粒 ,长度为70 15 9bp,编码情况与参考菌株基本相同 ,但重排导致了质粒的结构与参考菌株存在差异 ;pMT1质粒长度为10 6 6 4 2bp,保留了较多的原始质粒片段 ,毒力相关基因与参考菌株没有差异 ;pCRY质粒是本研究中新发现的质粒 ,在国内外研究中未曾报道 ,这一质粒长度为2 174 2bp ,具有独立复制能力 ,有一群编码Ⅳ型分泌系统的基因。 910 0 1菌株的染色体长度为4 5 95 0 6 5bp,有 4 0 37个编码序列 (CDS) ,其中 14 1个是假基因 ;染色体中存在着非常丰富的插入序列 ,由于存在IS序列介导的基因组重排 ,910 0 1菌株染色体的结构与参考菌株存在较大差异。通过比较基因组学分析 ,初步确定了910 0 1菌株甘油降解阳性、硝酸盐还原阴性、阿拉? 展开更多

关键词 耶尔森氏菌 鼠疫 基因组 进化 序列分析 DNA

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鼠疫耶尔森菌生物型变异遗传基础的研究和新生物型——田鼠型的提出 被引量：24

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作者 周冬生 童宗中 +16 位作者 宋亚军 张玲 裴德翠 庞昕 韩延平 李敏 崔百忠 王津 郭兆彪 祁芝珍 金丽霞 翟俊辉 杜宗敏 王效义 汪建 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期211-215,共5页

目的　探究鼠疫耶尔森菌生物型变异的遗传基础。方法　通过全基因组序列的比较分析 ,鉴定可能与生物型变异相关的基因突变 ,采用DNA测序和位点特异性PCR的方法 ,分析基因突变在鼠疫耶尔森菌自然分离株中的分布。结果　田鼠鼠疫自然疫源... 目的　探究鼠疫耶尔森菌生物型变异的遗传基础。方法　通过全基因组序列的比较分析 ,鉴定可能与生物型变异相关的基因突变 ,采用DNA测序和位点特异性PCR的方法 ,分析基因突变在鼠疫耶尔森菌自然分离株中的分布。结果　田鼠鼠疫自然疫源地菌株在毒力、生化表型和分子特征上与其他型别鼠疫耶尔森菌相差很大。所有脱氮阴性菌株的napA基因发生了突变 ,所有甘油利用阴性菌株的 glpD基因发生了突变 ,所有阿拉伯糖利用阴性菌株的araC基因发生了突变。结论　提出了一个新的生物型———田鼠型 ;相应糖醇代谢相关基因发生突变是 4个生物型变异的遗传基础。 展开更多

关键词 耶尔森氏菌 鼠疫 生物型 突变

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需氧芽孢杆菌分类学研究进展 被引量：21

4

作者 韩延平 杨瑞馥 《微生物学免疫学进展》 2001年第4期73-78,共6页

随着细菌多相分类学技术的发展 ,需氧芽孢杆菌在分类及命名方面发生了很大的变化。

关键词 需氧芽孢杆菌 多相分类 特征

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鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片的研制及用于比较基因组学分析 被引量：21

5

作者 周冬生 韩延平 +17 位作者 戴二黑 宋亚军 包静月 裴德翠 李敏 崔百忠 张秀清 童宗中 王津 郭兆彪 祁芝珍 金丽霞 翟俊辉 杜宗敏 王效义 汪建 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期200-203,共4页

目的　研制鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片 ,并将其用于比较基因组分析。方法　挑选出 4 0 0 5条鼠疫耶尔森菌基因 ,PCR扩增各基因 ,以纯化的PCR产物点样制备芯片 ,采用双色荧光杂交策略 ,进行芯片比较基因组杂交。结果　设计了若干质控... 目的　研制鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片 ,并将其用于比较基因组分析。方法　挑选出 4 0 0 5条鼠疫耶尔森菌基因 ,PCR扩增各基因 ,以纯化的PCR产物点样制备芯片 ,采用双色荧光杂交策略 ,进行芯片比较基因组杂交。结果　设计了若干质控杂交组合 ,芯片杂交结果与全基因组测序结果完全一致。 展开更多

关键词 耶尔森氏菌 鼠疫 DNA芯片 比较基因组学

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炭疽芽孢杆菌检测鉴定技术研究进展 被引量：16

6

作者 杨瑞馥 韩延平 +3 位作者 宋亚军 杜宗敏 翟俊辉 甄蓓 《微生物学免疫学进展》 2002年第2期53-56,共4页

炭疽芽孢杆菌的感染 ,无论是自然感染 ,还是作为生物恐怖和生物战的手段 ,快速检验和鉴定炭疽芽孢杆菌是最为关键的 ,只有正确识别生物战剂的种类 ,才能为正确实施防治措施指明方向。本文讨论了炭疽芽孢杆菌的检验鉴定技术 ,包括常规的... 炭疽芽孢杆菌的感染 ,无论是自然感染 ,还是作为生物恐怖和生物战的手段 ,快速检验和鉴定炭疽芽孢杆菌是最为关键的 ,只有正确识别生物战剂的种类 ,才能为正确实施防治措施指明方向。本文讨论了炭疽芽孢杆菌的检验鉴定技术 ,包括常规的分离培养、免疫学技术、核酸分析技术、生物传感器、基因芯片技术的应用和新诊断分子 ,如肽核酸与适配子的应用。 展开更多

关键词 炭疽芽孢杆菌 检验 鉴定

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鼠疫耶尔森菌DNA标识序列的鉴定及其应用研究 被引量：16

7

作者 韩延平 周冬生 +16 位作者 宋亚军 裴德翠 李敏 崔百忠 包静月 张秀清 童宗中 王津 郭兆彪 祁芝珍 金丽霞 翟俊辉 杜宗敏 王效义 汪建 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期307-309,共3页

目的　确定鼠疫耶尔森菌DNA标识序列 ,以用于鼠疫耶尔森菌的快速检测和鉴定。方法　通过芯片比较基因组杂交和PCR验证 ,鉴定鼠疫耶尔森菌DNA标识序列 ,针对标识序列设计特定的PCR引物。结果　鼠疫耶尔森菌基因组中存在 3个区段 ,共 2 8... 目的　确定鼠疫耶尔森菌DNA标识序列 ,以用于鼠疫耶尔森菌的快速检测和鉴定。方法　通过芯片比较基因组杂交和PCR验证 ,鉴定鼠疫耶尔森菌DNA标识序列 ,针对标识序列设计特定的PCR引物。结果　鼠疫耶尔森菌基因组中存在 3个区段 ,共 2 8条基因 ,均是鼠疫耶尔森菌DNA标识序列。针对其中 3条基因设计PCR引物 ,能特异性扩增出鼠疫耶尔森菌 ,与来自其他非鼠疫耶尔森菌的DNA无交叉反应。结论　鼠疫耶尔森菌存在DNA标识序列 ,并能用于鼠疫耶尔森菌的快速检测与鉴定。 展开更多

关键词 耶尔森氏菌 鼠疫 DNA芯片 标识序列

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空气和空调器样本中SARS冠状病毒的检测 被引量：13

8

作者 杜宗敏 王效义 +9 位作者 戴二黑 刘海洪 韩延平 庞昕 翟俊辉 杨瑞馥 吴清发 李京湘 杨玲 汪建 《中国消毒学杂志》 CAS 北大核心 2005年第2期156-158,共3页

为研究SARS的传播途径,给医务人员防护提供依据。采用8级安德森空气微生物采样器对SARS病房中空气进行采样、收集空调器冷凝水和空调器滤网尘土标本,应用常规反转录套式PCR检测样本中SARS冠状病毒。结果,共检测40份样,检出阳性标本18份... 为研究SARS的传播途径,给医务人员防护提供依据。采用8级安德森空气微生物采样器对SARS病房中空气进行采样、收集空调器冷凝水和空调器滤网尘土标本,应用常规反转录套式PCR检测样本中SARS冠状病毒。结果,共检测40份样,检出阳性标本18份,阳性率为45%;其中空气标本36份,阳性15份,2份空调滤网尘土标本均为阳性,2份空调冷凝水标本检出1份阳性。随机挑选PCR阳性标本2份进行病毒分离试验,2份均为阳性。结果显示,检测SARS病房空气标本以及空调器冷凝水和空调器滤网尘土标本,均获得较高的SARS冠状病毒阳性率并分离到存活病毒。表明环境空气中存在活的SARS冠状病毒,推测SARS确有可能通过空气飞沫传播,本结果可供SARS病房的医护人员采取防护措施参考。 展开更多

关键词 安德森采样器 反转录套式PCR 重症呼吸综合症 冠状病毒

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模拟失重对大肠杆菌K12基因表达及表型的影响 被引量：5

9

作者 容丹 王佳平 +4 位作者 王海立 高建义 韩延平 杨瑞馥 李勇枝 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期1038-1046,共9页

【目的】通过低剪切力模拟失重(Low-shear modeled microgravity,LSMMG)连续传代培养大肠杆菌,检测大肠杆菌在模拟失重条件下的表型变化及基因改变。【方法】利用旋转细胞培养系统模拟失重环境对大肠杆菌K12进行连续传代培养,对菌株进... 【目的】通过低剪切力模拟失重(Low-shear modeled microgravity,LSMMG)连续传代培养大肠杆菌,检测大肠杆菌在模拟失重条件下的表型变化及基因改变。【方法】利用旋转细胞培养系统模拟失重环境对大肠杆菌K12进行连续传代培养,对菌株进行增殖速率、耐酸性和生物膜形成的测定,以此评估LSMMG对大肠杆菌K12表型的影响。利用转录组测序检测模拟失重条件下差异表达的基因,与表型作比对。【结果】模拟失重导致大肠杆菌增殖速率降低,耐酸性下降,生物膜形成能力增强;模拟失重条件下,营养代谢相关差异表达基因有25个,其中20个表达下降,2个与耐酸相关基因表达均下降。【结论】模拟失重会引起大肠杆菌表型及相应的基因变化,其中生物膜形成能力的增强可能对航天飞行造成潜在威胁。 展开更多

关键词 模拟失重 大肠杆菌 转录组测序

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环介导恒温扩增技术快速检测鼠疫耶尔森菌 被引量：5

10

作者 冯娜 周亚洲 +6 位作者 范艳晓 汪琼 毕玉晶 韩延平 杨瑞馥 周育森 王效义 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期868-872,共5页

目的建立简单、快速环介导恒温扩增技术(LAMP)检测鼠疫耶尔森菌的方法。方法基于鼠疫菌染色体上特异的核酸序列3a设计引物;应用浊度仪和目视法对反应结果进行检测;通过对鼠疫菌和其他近源菌同时进行检测评价方法的特异性;通过对不同稀... 目的建立简单、快速环介导恒温扩增技术(LAMP)检测鼠疫耶尔森菌的方法。方法基于鼠疫菌染色体上特异的核酸序列3a设计引物;应用浊度仪和目视法对反应结果进行检测;通过对鼠疫菌和其他近源菌同时进行检测评价方法的特异性;通过对不同稀释浓度的鼠疫菌DNA模板进行LAMP和PCR检测以确定方法的灵敏度。结果用建立的LAMP法对与鼠疫菌近源30种其他菌株进行扩增,结果均为阴性,该方法具有很高的特异性。LAMP法检测鼠疫菌DNA的灵敏度可达到20 pg,比常规PCR法高10倍。检测反应在25 min以内完成。结论该方法具有快速、灵敏、特异、操作简单的特点,有望发展成为现场快速检测鼠疫菌的有效手段。 展开更多

关键词 鼠疫耶尔森菌 环介导恒温扩增技术 检测

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鼠疫耶尔森菌pgm位点及其侧翼序列遗传变异的比较分析 被引量：4

11

作者 童宗中 周冬生 +17 位作者 宋亚军 张玲 韩延平 裴德翠 庞昕 李敏 崔百忠 王津 郭兆彪 祁芝珍 金丽霞 翟俊辉 杜宗敏 王效义 汪建 杨焕明 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期300-306,共7页

目的　研究鼠疫耶尔森菌中国自然分离株 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,了解不同疫源地菌株间的毒力差异 ,为鼠疫防治提供帮助。方法　比较分析现有 4株菌的 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,采用PCR、等位基因特异性PCR扩增 2 6 0株中国自然... 目的　研究鼠疫耶尔森菌中国自然分离株 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,了解不同疫源地菌株间的毒力差异 ,为鼠疫防治提供帮助。方法　比较分析现有 4株菌的 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,采用PCR、等位基因特异性PCR扩增 2 6 0株中国自然分离株和 7株假结核耶尔森菌。结果　除锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株外 ,其他菌株均缺失了YP16 6 6的 70～ 87bp之间的 18bp碱基。 14 0 6bp处T的缺失仅存在于东方型菌株中。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点下游都没有IS10 0插入 ;锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株的色素沉着区有 1个IS2 85插入 ,在其下游 3kb区域还有 1个IS10 0插入。冈底斯山型和昆仑山A、B型菌株的 pgm位点上游侧翼区与其他菌株不同。36株菌的 pgm位点缺失 ,缺失的菌株主要集中在鄂尔多斯高原型 ,松辽平原B型 ,昆仑山A、B型 4种生态型菌株中。结论　北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株是中国鼠疫耶尔森菌中比较古老的菌株。锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株是一个独特的分支 ,建议归为第 4个生物型———田鼠型。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点 ,由于在其下游没有IS10 0插入 ,所以稳定、不易缺失? 展开更多

关键词 鼠疫 耶尔森菌 pgm位点 侧翼序列 遗传变异 比较分析

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优化大学科技园高新技术产品创新环境的研究 被引量：4

12

作者 王宏起 韩延平 王丽娜 《技术经济》 2001年第9期25-27,共3页

关键词 高校科技园 高新技术产品 科技成果转化 技术创新 创新环境

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两步PCR介导的Red重组技术快速敲除鼠疫耶尔森菌sRNA及染色体大片段 被引量：4

13

作者 王仁霞 刘荣娇 +4 位作者 李子微 王瑞欢 杨瑞馥 韩延平 邓仲良 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1126-1137,共12页

【目的】利用Red同源重组系统,通过二步PCR法建立一种适合鼠疫耶尔森菌s RNA和大片段染色体基因敲除的方法。【方法】第一步PCR先扩增出目的基因的上、下游同源臂(600–1000 bp)及卡那抗性盒,再以上、下游同源臂及卡那抗性盒等摩尔混合... 【目的】利用Red同源重组系统,通过二步PCR法建立一种适合鼠疫耶尔森菌s RNA和大片段染色体基因敲除的方法。【方法】第一步PCR先扩增出目的基因的上、下游同源臂(600–1000 bp)及卡那抗性盒,再以上、下游同源臂及卡那抗性盒等摩尔混合物为模板,通过融合PCR获得含上下游同源臂及卡那抗性盒的线性突变盒,再将此突变盒的PCR产物电转到含有pKD46质粒的鼠疫201菌株,在阿拉伯糖的诱导下,p KD46质粒表达Red重组酶,促使卡那抗性盒替换目的基因,最后对获得的重组克隆进行PCR鉴定。【结果】本研究通过两步PCR法构建600–1000 bp的同源臂,提高了同源重组效率,并将鼠疫菌sRNA RyhB1(108 bp)和RyhB2(106 bp)和染色体大片段47-2(10.4 kb)、47-3(21.6 kb)、47-3a(9.2 kb)及47-3b(6.1 kb)成功敲除。【结论】基于Red重组系统构建的二步法突变技术,是一种简单、高效的精确修饰鼠疫菌s RNA及大片段染色体的方法,适合于鼠疫菌全基因组的基因敲除,为鼠疫菌基因表达与调控、致病和毒力等研究提供有力的工具。 展开更多

关键词 鼠疫耶尔森菌 RED重组系统 SRNA 大片段染色体 基因敲除

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逆转录套式PCR检测粪便样本中的SARS冠状病毒 被引量：2

14

作者 戴二黑 李京湘 +15 位作者 杜宗敏 吴清发 王效义 杨玲 刘海洪 庞昕 韩延平 翟俊辉 江凌晓 陈泽良 邱茂锋 王津 王宏霞 郭兆彪 汪建 杨瑞馥 《微生物学免疫学进展》 2004年第4期22-25,共4页

为了观察SARS冠状病毒在SARS患者粪便中的存在规律,建立了检测SARS冠状病毒RNA的逆转录聚合酶链反应(RTPCR)方法,并应用该方法检测了241份SARS患者粪便样本。部分PCR产物应用测序技术进行验证。RTPCR的灵敏度为1010稀释度的病毒原液(原... 为了观察SARS冠状病毒在SARS患者粪便中的存在规律,建立了检测SARS冠状病毒RNA的逆转录聚合酶链反应(RTPCR)方法,并应用该方法检测了241份SARS患者粪便样本。部分PCR产物应用测序技术进行验证。RTPCR的灵敏度为1010稀释度的病毒原液(原液为108TCID50/ml)。241份粪便样本的总体检出率为24.1%(58/241),其中发病后的前10d和20d的检出率均为50.0%。随着发病时间的延长,阳性检出率呈下降趋势。应用RTPCR从粪便中检测SARS冠状病毒是可行的,在发病50d以后仍有17.0%左右的阳性检出率,提示SARS恢复期患者具有排毒的可能性,给后续的卫生防疫措施提供了一定的参考数据。 展开更多

关键词 逆转录-聚合酶链反应 SARS冠状病毒 检测 粪便

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基于DNA芯片的细菌基因表达谱技术的建立与评价 被引量：2

15

作者 庞昕 韩延平 +6 位作者 周冬生 宋亚军 张玲 翟俊辉 王津 郭兆彪 杨瑞馥 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期179-184,共6页

目的建立和优化基于全基因组DNA芯片的细菌基因表达谱技术,并用实时定量RT-PCR对此技术平台进行评价。方法提取并纯化鼠疫耶尔森菌总RNA,以六核苷酸随机引物(N6)和/或基因组特异引物(GDP)逆转录合成cDNA,用CY染料直接或间接标记后,与包... 目的建立和优化基于全基因组DNA芯片的细菌基因表达谱技术,并用实时定量RT-PCR对此技术平台进行评价。方法提取并纯化鼠疫耶尔森菌总RNA,以六核苷酸随机引物(N6)和/或基因组特异引物(GDP)逆转录合成cDNA,用CY染料直接或间接标记后,与包括鼠疫耶尔森菌4005个ORF的全基因组芯片杂交,通过芯片扫描仪获得表达谱分析结果,归一化后进行分析。结果用实时定量PCR技术验证。结果采用N6+GDP混合引物以间接法标记获得了较为理想的结果,表达谱技术与实时定量PCR技术所得结果高度相关,证明了此技术的可靠性和实验设计与数据分析的合理性。结论合理的设计和归一化的分析方法是基于DNA芯片的细菌基因表达谱分析成功的关键,该技术的建立为细菌功能基因组研究奠定了基础。 展开更多

关键词 DNA芯片 细菌 基因表达谱

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FM4-64和Hoechst染料在活细菌胞膜和拟核标记定位中的条件优化与应用 被引量：3

16

作者 王净 韩延平 +1 位作者 杨瑞馥 赵兴绪 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1068-1073,共6页

【目的】为了观察细菌细胞膜和拟核的形态结构,准确对亚细胞进行定位。【方法】本文利用FM4-64和Hoechst两种染料,分别采用不同浓度和不同时间对大肠杆菌活细胞进行染色和荧光共聚焦显微成像,并对7种细菌的活细胞(金黄色葡萄球菌、铜绿... 【目的】为了观察细菌细胞膜和拟核的形态结构,准确对亚细胞进行定位。【方法】本文利用FM4-64和Hoechst两种染料,分别采用不同浓度和不同时间对大肠杆菌活细胞进行染色和荧光共聚焦显微成像,并对7种细菌的活细胞(金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、鼠疫耶尔森菌、军团菌、霍乱弧菌和炭疽芽孢杆菌)进行染色观察。【结果】相同观察条件下,不同染料浓度和不同的染色时间影响了细胞膜、拟核的荧光强度;确定了FM4-64染色通用条件(浓度20μg/m L染色1 min)和Hoechst的最佳条件(浓度20μg/m L染色20min)。上述条件下,Hoechst对8种细菌染色效果均较理想,然而FM4-64对细菌染色效果不同,革兰氏阴性菌(大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、鼠疫耶尔森菌、霍乱弧菌、铜绿假单胞菌和军团菌)表现较好的细胞膜轮廓,革兰氏阳性菌(炭疽芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌)效果较差。【结论】FM4-64和Hoechst两种染料共染8种细菌,对细胞膜和拟核的染色观察,可为原核细胞结构染色提供借鉴,并为大分子的亚细胞定位研究奠定基础。 展开更多

关键词 两种染料FM4-64和Hoechst 活细菌 细胞膜 拟核 标记定位

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链替代扩增反应研究进展 被引量：1

17

作者 韩延平 杨瑞馥 《生物技术通讯》 CAS 2002年第3期205-208,共4页

链替代扩增反应作为一种体外恒温酶控扩增体系,主要基于限制酶打开缺口和无外切酶活性的DNA聚合酶的聚合替代的原理。随着该反应体系各环节的不断改进,目前该方法已应用于细菌尤其是分枝杆菌DNA的检测、体外进化模型的建立、核酸定量及... 链替代扩增反应作为一种体外恒温酶控扩增体系,主要基于限制酶打开缺口和无外切酶活性的DNA聚合酶的聚合替代的原理。随着该反应体系各环节的不断改进,目前该方法已应用于细菌尤其是分枝杆菌DNA的检测、体外进化模型的建立、核酸定量及芯片杂交等多个方面。 展开更多

关键词 链替代扩增反应 研究进展 限制酶/DNA聚合酶体系 等温DNA扩增

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鼠疫耶尔森菌Pla毒力蛋白的表达、纯化及其活性研究 被引量：2

18

作者 范艳晓 周亚洲 +5 位作者 冯娜 汪琼 毕玉晶 韩延平 杨瑞馥 王效义 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期677-681,687,共6页

目的制备鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)重组纤溶酶原激活剂(Pla)蛋白,为研究鼠疫菌蛋白之间相互作用和鼠疫的免疫学诊断奠定基础。方法应用PCR从鼠疫菌基因组中扩增pla基因,将其克隆到p ET28a表达载体中;转化大肠杆菌BL21中,IPTG诱导表... 目的制备鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)重组纤溶酶原激活剂(Pla)蛋白,为研究鼠疫菌蛋白之间相互作用和鼠疫的免疫学诊断奠定基础。方法应用PCR从鼠疫菌基因组中扩增pla基因,将其克隆到p ET28a表达载体中;转化大肠杆菌BL21中,IPTG诱导表达;SDS-PAGE电泳检测表达结果;应用8 mol/L尿素将包涵体变性,梯度稀释透析法将其复性,SDS-PAGE电泳和Western印迹检测目的蛋白;奶粉平板法检测纤溶酶原激活剂活性。结果与结论琼脂糖凝胶电泳和测序结果证明表达质粒构建成功;SDS-PAGE电泳结果表明Pla蛋白以包涵体形式表达,表达产物主要为目的蛋白,且目的蛋白的表达量较高;包涵体经变性、复性得到了电泳纯Pla蛋白,并具有纤溶酶原激活剂活性。该研究提供了一种简单、快速、高效制备具有活性的Pla蛋白的方法。 展开更多

关键词 鼠疫耶尔森菌 纤维蛋白酶原激活剂 表达 纯化

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鼠疫耶尔森菌菌株91001的蛋白质组学初步研究 被引量：1

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作者 宋亚军 童宗中 +18 位作者 王津 郭兆彪 汪莉 韩延平 裴德翠 周冬生 王敬强 李晓雷 祁芝珍 金丽霞 戴瑞霞 李敏 翟俊辉 杜宗敏 王效义 杨焕明 汪建 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期315-319,共5页

目的　建立鼠疫耶尔森菌的蛋白质组学研究方法 ,获得鼠疫耶尔森菌的基本蛋白质组数据。方法　以对人无致病能力的布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1为研究对象 ,按照溶解性的不同分别收集菌体蛋白 ,以 3种不同方法 (Shotgun LC MS MS ,1D LC M... 目的　建立鼠疫耶尔森菌的蛋白质组学研究方法 ,获得鼠疫耶尔森菌的基本蛋白质组数据。方法　以对人无致病能力的布氏田鼠疫源地菌株 910 0 1为研究对象 ,按照溶解性的不同分别收集菌体蛋白 ,以 3种不同方法 (Shotgun LC MS MS ,1D LC MS MS和2D MS)进行分析 ,将分析数据与基于 910 0 1菌株基因组全序列建立的蛋白质理论数据库进行比对 ,确定 910 0 1菌株本实验培养条件下所表达的蛋白组分。结果　Shotgun LC MS MS方法鉴定了 971种蛋白 ,1D LC MS MS鉴定了 915种 ,而 2D MS方法则鉴定了 2 33种蛋白质 ,三者合计为 1193种蛋白质 ,占基因组预测CDS的 2 8 7% (1193/414 3)。结论　不同的蛋白质组分析方法鉴定的蛋白质种类和数目都存在差异 ,为更全面地获得鼠疫耶尔森菌蛋白质组数据 ,有必要同时采取多种方法进行分析。 展开更多

关键词 耶尔森氏菌 鼠疫 蛋白质组

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温度和酸度对田鼠型鼠疫耶尔森菌psa位点的转录调控研究 被引量：1

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作者 刘子中 张义全 +2 位作者 周冬生 杨瑞馥 韩延平 《军事医学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期587-590,共4页

目的研究温度和酸度对田鼠型鼠疫耶尔森菌psa位点的转录调控作用。方法首先设计相关跨基因引物,用RT-PCR方法验证psa位点的相关操纵子结构。扩增操纵子首基因上游启动子区500 nt序列,并克隆入pRW50质粒β-半乳糖苷酶基因的上游,将重组... 目的研究温度和酸度对田鼠型鼠疫耶尔森菌psa位点的转录调控作用。方法首先设计相关跨基因引物,用RT-PCR方法验证psa位点的相关操纵子结构。扩增操纵子首基因上游启动子区500 nt序列,并克隆入pRW50质粒β-半乳糖苷酶基因的上游,将重组质粒转入鼠疫菌中,通过测定β-半乳糖苷酶活性差异来判断不同温度(26和37℃)和酸度(pH 6.0和pH 8.0)对psaE和psaA的调控关系。最后提取鼠疫菌在上述不同温度和酸度条件下的总RNA,采用引物延伸实验进一步明确温度和酸度对psaA的调控关系。结果与结论 RT-PCR结果证实了田鼠型鼠疫菌的psa位点由操纵子psaEF和psaABC构成;半乳糖苷酶和引物延伸实验结果显示在37℃、pH 6.0培养条件下psaABC的转录水平最高,而psaEF的转录水平无明显变化,提示psaA的表达水平在37℃酸性条件下表达量最高,psaE则不受温度和酸度的调控。 展开更多

关键词 田鼠型鼠疫耶尔森菌 转录调控 温度 酸度 psa位点

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