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苜蓿DUS测试标准品种SSR分子标记指纹图谱的构建
被引量：
20
1
作者
闵学阳
刘文献
+5 位作者
张正社
韦
兴
燚
齐晓
张义
刘志鹏
王彦荣
《草业学报》
CSCD
北大核心
2017年第11期47-56,共10页
苜蓿在育种过程中,由于其异花授粉特性和骨干亲本的集中使用,导致品种间的遗传差异日益缩小,品种之间通过形态学鉴定愈加困难。通过构建苜蓿DUS测试标准品种DNA指纹图谱数据库,可以实现苜蓿品种的快速、准确鉴定。本研究利用筛选得到的1...
苜蓿在育种过程中,由于其异花授粉特性和骨干亲本的集中使用,导致品种间的遗传差异日益缩小,品种之间通过形态学鉴定愈加困难。通过构建苜蓿DUS测试标准品种DNA指纹图谱数据库,可以实现苜蓿品种的快速、准确鉴定。本研究利用筛选得到的10个SSR标记对33个苜蓿DUS测试标准品种进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,10对SSR引物共扩增出69个等位基因,平均每个标记可产生6.9个等位基因;多态性比率(PPB)从25%到90%不等,平均值为56.7%;各SSR标记的多态信息含量(PIC)范围为0.56~0.87,平均值为0.75。利用不同引物间的组合能有效区分33个苜蓿DUS标准品种,并为每份标准品种建立了唯一标识的指纹代码,为苜蓿品种的审定和保护以及遗传背景分析提供了技术依据。
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关键词
苜蓿
SSR标记
指纹图谱
标准品种
DUS测试
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职称材料
箭筈豌豆品种间遗传差异的SSR分析及指纹图谱构建
被引量：
6
2
作者
闵学阳
韦
兴
燚
+6 位作者
刘文献
张正社
金小煜
NDAYAMBAZA Boniface
吴洪林
李昱
王彦荣
《草业学报》
CSCD
北大核心
2019年第4期116-128,共13页
转录因子(transcription factors,TFs)可以通过调控基因表达来调节多种生物学过程;目前随着基因组学大数据的不断开发,使得大量TFs基因家族得以鉴定,为TF-SSR标记的开发利用提供了宝贵资源。本研究基于已有的转录组数据,鉴定出箭筈豌豆...
转录因子(transcription factors,TFs)可以通过调控基因表达来调节多种生物学过程;目前随着基因组学大数据的不断开发,使得大量TFs基因家族得以鉴定,为TF-SSR标记的开发利用提供了宝贵资源。本研究基于已有的转录组数据,鉴定出箭筈豌豆转录因子282个;并从中设计了208对SSR引物,筛选出35对多态性高、稳定性好和谱带清晰的引物,进一步在30个箭筈豌豆品种中共扩增到288个等位基因;平均每个标记可产生8.23个等位基因,多态性比率(PPB)均为100%,多态信息含量(PIC)范围为0.42～1.00,平均值为0.80。另外,从35对引物中筛选出具备多个品种特征谱带的核心引物6对,可将供试的30个箭筈豌豆品种完全分开。同时,基于6对核心引物构建了箭筈豌豆品种测试的指纹图谱,可为箭筈豌豆DUS(特异性、一致性、稳定性)测试、新品种保护,以及遗传背景分析提供技术依据。
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关键词
箭筈豌豆
DUS测试
转录因子
SSR标记
指纹图谱
遗传差异
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职称材料
大豆和百脉根古老原核基因的全基因组鉴定与比较分析
被引量：
2
3
作者
韦
兴
燚
李昱
+5 位作者
刘文献
金小煜
闵学阳
张正社
Ndayambaza Boniface
王彦荣
《草业学报》
CSCD
北大核心
2018年第11期49-57,共9页
在漫长的进化过程中,高等真核生物从原核生物中获取了大量基因,对这些基因进行鉴定分析,可为研究高等植物系统演化及基因组水平比较分析提供理论依据。为了进一步解析大豆和百脉根古老原核基因在其基因组中所起的作用及进化关系,本研究...
在漫长的进化过程中,高等真核生物从原核生物中获取了大量基因,对这些基因进行鉴定分析,可为研究高等植物系统演化及基因组水平比较分析提供理论依据。为了进一步解析大豆和百脉根古老原核基因在其基因组中所起的作用及进化关系,本研究利用生物信息学技术对大豆和百脉根基因组古老原核基因进行全基因组鉴定,并对其特征及功能进行了比较分析。研究结果表明,大豆(40.6%)古老原核基因的占比高于百脉根(33.9%),且多分布于内共生细胞器线粒体、叶绿体中。此外,古老原核蛋白质的结构域在大豆和百脉根基因组中的分布相似,表明其在大豆和百脉根进化过程中具有较高的共线性和保守性。通过GO注释发现大豆与百脉根中古老原核蛋白主要分布在膜系统、细胞、细胞组分中。在分子功能上,大豆古老原核蛋白更多地参与代谢和发育过程,这可能与其接受了更多的人为选育有关。在生物过程中,古老原核蛋白更多参与催化反应和结合反应,主要以酶的形式在发挥作用。通过比较分析,本研究揭示了古老原核蛋白在大豆和百脉根中进化的独特模式,可为其他豆科植物基因组分析提供一定理论基础。
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关键词
大豆
百脉根
古老原核蛋白
进化
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职称材料
题名
苜蓿DUS测试标准品种SSR分子标记指纹图谱的构建
被引量：
20
1
作者
闵学阳
刘文献
张正社
韦
兴
燚
齐晓
张义
刘志鹏
王彦荣
机构
草地农业生态系统国家重点实验室
全国畜牧总站
全国畜牧总站
出处
《草业学报》
CSCD
北大核心
2017年第11期47-56,共10页
基金
国家自然科学基金项目(31502000)
教育部创新团队(IRT_17R50)
+2 种基金
高等学校学科创新引智计划(B12002)
国家草品种区域试验项目(21301060001)
兰州大学中央高校基本科研业务费专项资金(lzujbky-2016-8)资助
文摘
苜蓿在育种过程中,由于其异花授粉特性和骨干亲本的集中使用,导致品种间的遗传差异日益缩小,品种之间通过形态学鉴定愈加困难。通过构建苜蓿DUS测试标准品种DNA指纹图谱数据库,可以实现苜蓿品种的快速、准确鉴定。本研究利用筛选得到的10个SSR标记对33个苜蓿DUS测试标准品种进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,10对SSR引物共扩增出69个等位基因,平均每个标记可产生6.9个等位基因;多态性比率(PPB)从25%到90%不等,平均值为56.7%;各SSR标记的多态信息含量(PIC)范围为0.56~0.87,平均值为0.75。利用不同引物间的组合能有效区分33个苜蓿DUS标准品种,并为每份标准品种建立了唯一标识的指纹代码,为苜蓿品种的审定和保护以及遗传背景分析提供了技术依据。
关键词
苜蓿
SSR标记
指纹图谱
标准品种
DUS测试
Keywords
alfalfa
SSR markers
DNA fingerprinting
example varieties
DUS testing
分类号
S54 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
箭筈豌豆品种间遗传差异的SSR分析及指纹图谱构建
被引量：
6
2
作者
闵学阳
韦
兴
燚
刘文献
张正社
金小煜
NDAYAMBAZA Boniface
吴洪林
李昱
王彦荣
机构
兰州大学草地农业生态系统国家重点实验室兰州大学农业农村部草牧业创新重点实验室兰州大学草地农业科技学院
出处
《草业学报》
CSCD
北大核心
2019年第4期116-128,共13页
基金
国家自然科学基金项目(31502000)
国家草品种区域试验项目(农财发[2018]33号)资助
文摘
转录因子(transcription factors,TFs)可以通过调控基因表达来调节多种生物学过程;目前随着基因组学大数据的不断开发,使得大量TFs基因家族得以鉴定,为TF-SSR标记的开发利用提供了宝贵资源。本研究基于已有的转录组数据,鉴定出箭筈豌豆转录因子282个;并从中设计了208对SSR引物,筛选出35对多态性高、稳定性好和谱带清晰的引物,进一步在30个箭筈豌豆品种中共扩增到288个等位基因;平均每个标记可产生8.23个等位基因,多态性比率(PPB)均为100%,多态信息含量(PIC)范围为0.42～1.00,平均值为0.80。另外,从35对引物中筛选出具备多个品种特征谱带的核心引物6对,可将供试的30个箭筈豌豆品种完全分开。同时,基于6对核心引物构建了箭筈豌豆品种测试的指纹图谱,可为箭筈豌豆DUS(特异性、一致性、稳定性)测试、新品种保护,以及遗传背景分析提供技术依据。
关键词
箭筈豌豆
DUS测试
转录因子
SSR标记
指纹图谱
遗传差异
Keywords
Vicia sativa
transcription factors
DUS testing
SSR markers
DNA fingerprinting
genetic differences
分类号
S551.9 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
大豆和百脉根古老原核基因的全基因组鉴定与比较分析
被引量：
2
3
作者
韦
兴
燚
李昱
刘文献
金小煜
闵学阳
张正社
Ndayambaza Boniface
王彦荣
机构
兰州大学草地农业生态系统国家重点实验室
出处
《草业学报》
CSCD
北大核心
2018年第11期49-57,共9页
基金
教育部创新团队(IRT_17R50)
国家自然科学基金项目(31502000)
高等学校学科创新引智计划(B12002)资助。
文摘
在漫长的进化过程中,高等真核生物从原核生物中获取了大量基因,对这些基因进行鉴定分析,可为研究高等植物系统演化及基因组水平比较分析提供理论依据。为了进一步解析大豆和百脉根古老原核基因在其基因组中所起的作用及进化关系,本研究利用生物信息学技术对大豆和百脉根基因组古老原核基因进行全基因组鉴定,并对其特征及功能进行了比较分析。研究结果表明,大豆(40.6%)古老原核基因的占比高于百脉根(33.9%),且多分布于内共生细胞器线粒体、叶绿体中。此外,古老原核蛋白质的结构域在大豆和百脉根基因组中的分布相似,表明其在大豆和百脉根进化过程中具有较高的共线性和保守性。通过GO注释发现大豆与百脉根中古老原核蛋白主要分布在膜系统、细胞、细胞组分中。在分子功能上,大豆古老原核蛋白更多地参与代谢和发育过程,这可能与其接受了更多的人为选育有关。在生物过程中,古老原核蛋白更多参与催化反应和结合反应,主要以酶的形式在发挥作用。通过比较分析,本研究揭示了古老原核蛋白在大豆和百脉根中进化的独特模式,可为其他豆科植物基因组分析提供一定理论基础。
关键词
大豆
百脉根
古老原核蛋白
进化
Keywords
Glycine max
Lotus corniculatus
old prokaryotic proteins
evolution
分类号
S541.6 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
苜蓿DUS测试标准品种SSR分子标记指纹图谱的构建
闵学阳
刘文献
张正社
韦
兴
燚
齐晓
张义
刘志鹏
王彦荣
《草业学报》
CSCD
北大核心
2017
20
下载PDF
职称材料
2
箭筈豌豆品种间遗传差异的SSR分析及指纹图谱构建
闵学阳
韦
兴
燚
刘文献
张正社
金小煜
NDAYAMBAZA Boniface
吴洪林
李昱
王彦荣
《草业学报》
CSCD
北大核心
2019
6
下载PDF
职称材料
3
大豆和百脉根古老原核基因的全基因组鉴定与比较分析
韦
兴
燚
李昱
刘文献
金小煜
闵学阳
张正社
Ndayambaza Boniface
王彦荣
《草业学报》
CSCD
北大核心
2018
2
下载PDF
职称材料
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