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NT5DC2是三阴性乳腺癌潜在的肿瘤标志物
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作者 谢先冬 莫丽梅 +4 位作者 王甜 谢小妹 韦万硕 冯雪萍 蒋利和 《右江民族医学院学报》 2024年第4期463-473,共11页
目的本研究利用生物信息学分析NT5DC2基因在三阴性乳腺癌中的作用,探究三阴性乳腺癌的潜在肿瘤标志物。方法从TCGA数据库中获取乳腺癌患者的mRNA表达数据及对应的临床数据,从GEO数据库中获取三阴性乳腺癌患者的单细胞测序数据,并利用R... 目的本研究利用生物信息学分析NT5DC2基因在三阴性乳腺癌中的作用,探究三阴性乳腺癌的潜在肿瘤标志物。方法从TCGA数据库中获取乳腺癌患者的mRNA表达数据及对应的临床数据,从GEO数据库中获取三阴性乳腺癌患者的单细胞测序数据,并利用R语言对NT5DC2进行表达、机器学习、生存、免疫浸润、GSEA基因富集、单细胞测序数据等分析。结果三阴性乳腺癌组织的NT5DC2表达水平较正常组织及非三阴性乳腺癌组织的显著上调,且高表达NT5DC2水平在三阴性乳腺癌患者中显示出较差的总生存期。NT5DC2基因在三阴性乳腺癌患者中有较高的诊断价值。NT5DC2的表达水平与多个免疫细胞的浸润呈负相关,并与多个免疫相关功能及通路呈负相关。此外,高表达NT5DC2水平在三阴性乳腺癌中提示着较高的肿瘤纯度。最后,NT5DC2在三阴性乳腺癌上皮细胞中表达明显高表达,而在免疫细胞中几乎不表达,可以考虑NT5DC2通过抑制免疫细胞从而促进三阴性乳腺癌的进展。结论NT5DC2基因可能是三阴性乳腺癌的诊断及预后肿瘤标志物,并可能通过抑制免疫细胞从而促进三阴性乳腺癌的进展。 展开更多
关键词 NT5DC2基因 三阴性乳腺癌 生物信息学
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SERINC1表达在肺癌中的预后作用及与肿瘤免疫浸润的关系
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作者 李永乐 韦万硕 蒋利和 《右江民族医学院学报》 2024年第4期486-496,共11页
目的本研究旨在探讨血清素转运蛋白1(SERINC1)在肺癌预后中的作用。方法从GEO数据库下载了肺癌的单细胞测序scRNA数据,提取上皮细胞显著表达基因。同时Xena数据库下载TCGA数据,并进行了差异分析。将以上两者差异显著表达基因取交集,得... 目的本研究旨在探讨血清素转运蛋白1(SERINC1)在肺癌预后中的作用。方法从GEO数据库下载了肺癌的单细胞测序scRNA数据,提取上皮细胞显著表达基因。同时Xena数据库下载TCGA数据,并进行了差异分析。将以上两者差异显著表达基因取交集,得到了上皮细胞差异基因。使用LASSO、随机森林、GBM、XGBoost等多种机器学习算法取交集,得到了FAM107A、SERINC1、MDK、GGCT、AVL9和FEZ16个交集基因。由于SERINC1在肺癌中还未被研究,对SERINC1进行了一系列的临床相关性分析,包括诊断ROC分析、表达分析、富集分析、生存分析、蛋白表达、蛋白互作分析以及免疫浸润分析。结果通过单细胞测序和机器学习筛选出了目标基因SERINC1。ROC分析SERINC1的AUC值高达0.972,显示出很高的诊断效能。K-M曲线显示,SERINC1表达高的患者的预后明显好于表达量低的患者,其HR值为0.71(95%CI:0.63~0.81)和0.48(95%CI:0.39~0.61),这表明基因表达量越高的患者预后更好。免疫浸润分析揭示,SERINC1与多种免疫细胞相关,且与多种T细胞的标志基因集相关。结论SERINC1是肺癌的一个有前景的预后标志物,且与免疫浸润相关。 展开更多
关键词 肺肿瘤 单细胞测序 机器学习 血清素转运蛋白1
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DNAJC2对肝细胞癌细胞生物学功能影响的初步研究
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作者 徐子云 范玉纯 +4 位作者 韦万硕 张朝升 张林莉 吴桐 蒋利和 《现代肿瘤医学》 CAS 2024年第8期1375-1381,共7页
目的:探究DNAJC2在肝细胞癌中的作用,以及对肝癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡能力的影响。方法:基于生物信息学分析DNAJC2在肝癌中的表达和预后作用,使用TCGA数据库对DNAJC2的正、负相关基因进行KEGG富集分析,GDSC数据库分析DNAJC2表达... 目的:探究DNAJC2在肝细胞癌中的作用,以及对肝癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡能力的影响。方法:基于生物信息学分析DNAJC2在肝癌中的表达和预后作用,使用TCGA数据库对DNAJC2的正、负相关基因进行KEGG富集分析,GDSC数据库分析DNAJC2表达量不同时药物敏感性的差异。CCK-8和集落形成实验、Transwell和划痕实验、Hoechst和JC-1实验检测敲低DNAJC2对肝癌MHCC97H细胞增殖能力、细胞迁移和侵袭能力、细胞凋亡能力的影响。结果:DNAJC2在肝癌中高表达并与患者的预后显著相关。DNAJC2的正相关基因与主要富集于核质转运、泛素介导的蛋白质降解等通路,负相关基因与补体和凝血级联反应有关。DNAJC2高表达组对索拉菲尼和舒尼替尼更敏感。细胞实验表明,敲低DNAJC2可抑制肝癌细胞MHCC97H的增殖、迁移及侵袭,并促进其凋亡。结论:DNAJC2在肝癌中高表达并具有良好的预后价值,且高水平DNAJC2对索拉菲尼敏感;在肝癌中可能与核质转运、泛素介导的蛋白质降解、补体和凝血级联反应等信号通路相关;敲低DNAJC2能抑制肝癌细胞恶性行为。 展开更多
关键词 肝癌 DNAJC2 生物信息学分析 细胞实验
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