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简州大耳羊早期胎儿到新出生阶段背最长肌中可变剪接的鉴定与分析 被引量：3
1
作者 郭家中 陶海溪 +2 位作者 李鹏飞 李利 张红平 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期316-325,共10页
可变剪接广泛存在于动植物的各个组织中,是形成动植物体内蛋白质多样性和复杂性的重要机制之一。以简州大耳羊为研究对象,采集母羊妊娠期第45天、60天、105天胎儿以及出生后第3天羔羊的背最长肌组织,进行转录组测序。测序数据经比对、... 可变剪接广泛存在于动植物的各个组织中,是形成动植物体内蛋白质多样性和复杂性的重要机制之一。以简州大耳羊为研究对象,采集母羊妊娠期第45天、60天、105天胎儿以及出生后第3天羔羊的背最长肌组织,进行转录组测序。测序数据经比对、组装后,共鉴定出来自于4 562个(16.77%)已注释基因的137 308个可变剪接事件。其中,所占比例最高的类型为外显子跳跃(30.64%),而3′端可变剪接位点、内含子保留、5′端可变剪接位点的比例分别为19.47%、18.07%和10.92%。对RBMs、HNRNPs和SRSFs 3类可变剪接调控因子中58个基因表达量分析表明,19个基因的表达量呈现显著差异(P<0.05);其中15个基因在妊娠期第45天和第60天的表达量显著高于其他2个阶段。GO功能注释和富集分析结果表明,4个阶段均发生可变剪接的基因显著富集在细胞表达调控和物质合成等过程(P<0.05)。值得注意的是,在妊娠期第60天,可变剪接事件、可变剪接基因的数量和可变剪接因子表达量均显著高于其他阶段,并且特异性基因显著富集在有丝分裂和大分子合成相关过程。上述结果表明,妊娠期第60天胎儿的成肌过程非常活跃,暗示可变剪接在山羊背最长肌发育过程中具有重要作用,为深入探索可变剪接在山羊肌肉发育中的作用提供理论依据。 展开更多
关键词 RNA-SEQ 可变剪接 背最长肌 简州大耳羊
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哈萨克羊和藏绵羊尾部脂肪组织差异表达基因和可变剪接的鉴定与分析 被引量：2
2
作者 陶海溪 李贵林 郭家中 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期342-349,共8页
为鉴定哈萨克羊和藏绵羊尾部脂肪组织的差异表达基因和可变剪接,分别提取6只(3公,3母)无亲缘关系的2岁成年哈萨克羊与藏绵羊尾部脂肪组织总RNA,构建2个高通量测序文库,利用TopHat2软件将短序列定位到绵羊参考基因组,采用cuffdiff软件分... 为鉴定哈萨克羊和藏绵羊尾部脂肪组织的差异表达基因和可变剪接,分别提取6只(3公,3母)无亲缘关系的2岁成年哈萨克羊与藏绵羊尾部脂肪组织总RNA,构建2个高通量测序文库,利用TopHat2软件将短序列定位到绵羊参考基因组,采用cuffdiff软件分析基因表达丰度和差异表达基因。结果表明,共有19个基因在2个品种绵羊尾脂中的表达丰度均高于1 000FPKM,包括ADIPOQ、SPARC、VIM等。其中,2个品种尾部脂肪组织中表达量最高的转录本均定位于线粒体基因组5 331~14 154bp,该区域主要包含COX1、COX2、ATP8等基因,其表达丰度在哈萨克羊和藏绵羊中分别高达29 724.20和28 818.80FPKM。而FABP4则是表达丰度最高的核基因,在哈萨克羊和藏绵羊中的表达量分别为3 194.03和2 667.09。差异表达基因分析共鉴定出627个差异表达的基因,与藏绵羊尾部脂肪组织的表达量相比,哈萨克羊的尾部脂肪组织中共有221个上调基因和406个下调基因。其中,HBB基因表达量的变化倍数最大,下调约98倍。差异表达基因的富集分析结果表明,哈萨克羊尾脂中上调表达的基因主要参与脂肪酸代谢过程。另外,在2个品种尾脂中鉴定出11 870个可变剪接事件,其中383个为差异剪接事件。对相关差异表达基因和可变剪接的进一步研究将有助于揭示绵羊肥脂尾形成的分子机制。 展开更多
关键词 肥脂尾 差异表达基因 哈萨克羊 藏绵羊 转录组
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