目的:从分子信息层面分析中药骨碎补药效的物质基础和作用机制,进而对其可能具有的未知疗效进行初步预测。方法:运用系统药理学研究方法,从中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacolo)中检索出...目的:从分子信息层面分析中药骨碎补药效的物质基础和作用机制,进而对其可能具有的未知疗效进行初步预测。方法:运用系统药理学研究方法,从中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacolo)中检索出与骨碎补相关的所有化学成分,设定口服利用度(OB)≥50%和类药性(DL)≥0.18为高活性化合物分子的筛选条件。通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)寻找与所得化合物相关的潜在靶点以及与靶点相关的所有疾病,进而构建化合物-靶点、靶点-疾病相互作用网络图并进行统计分析。结果:筛选得到7个候选活性分子,相应靶点有56个,相关疾病有131种。化合物按度值降序排列依次为naringenin、Aureusidin、(+)-catechin、eriodictyol、davallioside A_qt、digallate、marioside_qt;度值较高的潜在靶标为Prostaglandin G/H synthase 2、DNA topoisomerase II、Heat shock protein HSP 90等;度值较高的相关疾病为乳腺癌、前列腺癌、炎症疾病、神经退行性疾病、骨质疏松等。结论:本研究初步验证了骨碎补"疗伤止痛,补肾强骨"的功效,为挖掘骨碎补的临床应用及深入研究其作用机制奠定了基础。展开更多
目的：通过系统药理学方法探讨葛根芩连汤治疗2型糖尿病的作用机制及原理。方法：利用中药系统药理学分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）数据库筛选葛根芩连汤有效...目的：通过系统药理学方法探讨葛根芩连汤治疗2型糖尿病的作用机制及原理。方法：利用中药系统药理学分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）数据库筛选葛根芩连汤有效成分和相关靶标蛋白;运用网络可视化软件Cytoscape 3.5.1构建葛根芩连汤＂有效成分-靶标＂相互作用网络进行拓扑学分析;借助STRING 10.5在线数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用（protein-protein interaction networks,PPI）网络的构建与分析;通过Uniprot数据库获取靶标蛋白的基因名称,借助David数据库进行基因通路功能富集分析京都基因和基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）,研究葛根芩连汤治疗2型糖尿病的作用机制及原理。结果：葛根芩连汤的核心化合物有槲皮素（quercetin）,山柰酚（kaempferol）,β-谷甾醇（beta-sitosteroll）等,核心靶标前列腺素G/H合成酶2（prostaglandin G/H synthase 2）等;PPI网络图显示葛根芩连汤有效成分中关键蛋白主要有c-Jun氨基末端激酶（JUN）,肿瘤坏死因子（TNF）,fos蛋白（FOS）,丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）等;KEGG结果表明葛根芩连汤主要作用与肿瘤坏死因子信号通路（TNF signaling pathway）,丝裂原活化蛋白激酶信号通路（MAPK signaling pathway）等信号通路有关。结论：葛根芩连汤主要通过多种途径,多种信号通路作用于多种靶点发挥其药物功效,起到抗炎功效,治疗2型糖尿病的作用。展开更多
目的运用网络药理学分析方法进行仙灵骨葆治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药理机制分析。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台以及中药综合数据库获取仙灵骨葆活性成分以及相关靶标,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“活性成分-靶标...目的运用网络药理学分析方法进行仙灵骨葆治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药理机制分析。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台以及中药综合数据库获取仙灵骨葆活性成分以及相关靶标,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“活性成分-靶标”网络图,以“osteoporosis”为关键词从GeneCards:The Human Gene Database获取OP相关基因,运用STRING数据分析平台进行PPI(protein-protein interaction)网络分析,运用DAVID数据分析平台进行基因本体(gene ontology,GO)生物过程富集以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“通路-靶标”网络图。结果共获取仙灵骨葆相关活性成分115种,核心活性成分有槲皮素、山奈酚、木犀草素、淫羊藿苷元、丹参酮IIA等。活性成分所涉及的靶标共有301个,核心靶标有PTGS2、PTGS1、ESR1等。PPI网络显示了111种核心蛋白之间的互作关系,主要与调节细胞周期有关。GO富集生物过程经筛选后共获得46项,所得生物过程亦与细胞周期有关,正调控NF-kappaB转录活性因子的过程是OP发生的机制之一,与现有研究符合。KEGG通路富集共获得37项,提示仙灵骨葆治疗OP作用集中于PI3K-Akt、TNF、MAPK、Estrogen等信号通路。结论仙灵骨葆核心活性成分中,黄酮类化合物主要通过调节OPG/RANK/RANKL,抑制破骨细胞,促进成骨细胞分化;淫羊藿苷元可增强成骨细胞活性。核心靶标PTGS2可限制M-CSF以及RANKL的表达,进而影响成骨/破骨细胞分化;雌激素受体与绝经后骨质疏松密切相关。核心通路如PI3K-Akt信号通路可增加骨量、促进成骨细胞分化;TNF信号通路、MAPK信号通路等均与成骨细胞分化有关;雌激素信号通路以及GnRh信号通路为仙灵骨葆干预绝经后骨质疏松提供依据。因此仙灵骨葆干预OP机制是通过多种途径、多种靶标、多种信号通路同时�展开更多
目的运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取半夏泻心汤化合物及靶标,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶标输入...目的运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取半夏泻心汤化合物及靶标,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶标输入Uniprot获取靶标对应的基因Symbol;从人类基因数据库(Gene Card:The Human Gene Database)获取CAG疾病基因,并筛选出与半夏泻心汤靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制"疾病-中药-化合物-交集靶标(基因)"网络图、STRING构建蛋白互作(PPI)网络、利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。G∶Profiler数据分析平台进行GO富集以及KEGG通路富集分析。结果通过设置OB和DL值筛选得到半夏泻心汤化合物189种,在获得交集基因80个后,剔除不含交集基因(靶标)的化学成分后,最终筛得化合物148种,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1188条,其中分子功能59条、生物过程1086条、细胞组成43条,KEGG富集分析共获得97条。槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱等为半夏泻心汤的主要活性成分,STAT3、TNF、AKT1、HSP90AA1、TP53等为主要作用靶标。分子对接结果显示,筛选的化合物和核心靶点HSP90AA1、潜在靶点EGFR之间均能较好的结合,涉及氮化合物的代谢、氧化反应、细胞凋亡等生物过程,调控PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、胃癌通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞通路。结论半夏泻心汤的主要活性成分有槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱,通过多靶点多通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎作用。展开更多
文摘目的:从分子信息层面分析中药骨碎补药效的物质基础和作用机制,进而对其可能具有的未知疗效进行初步预测。方法:运用系统药理学研究方法,从中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacolo)中检索出与骨碎补相关的所有化学成分,设定口服利用度(OB)≥50%和类药性(DL)≥0.18为高活性化合物分子的筛选条件。通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)寻找与所得化合物相关的潜在靶点以及与靶点相关的所有疾病,进而构建化合物-靶点、靶点-疾病相互作用网络图并进行统计分析。结果:筛选得到7个候选活性分子,相应靶点有56个,相关疾病有131种。化合物按度值降序排列依次为naringenin、Aureusidin、(+)-catechin、eriodictyol、davallioside A_qt、digallate、marioside_qt;度值较高的潜在靶标为Prostaglandin G/H synthase 2、DNA topoisomerase II、Heat shock protein HSP 90等;度值较高的相关疾病为乳腺癌、前列腺癌、炎症疾病、神经退行性疾病、骨质疏松等。结论:本研究初步验证了骨碎补"疗伤止痛,补肾强骨"的功效,为挖掘骨碎补的临床应用及深入研究其作用机制奠定了基础。
文摘目的：通过系统药理学方法探讨葛根芩连汤治疗2型糖尿病的作用机制及原理。方法：利用中药系统药理学分析平台（traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP）数据库筛选葛根芩连汤有效成分和相关靶标蛋白;运用网络可视化软件Cytoscape 3.5.1构建葛根芩连汤＂有效成分-靶标＂相互作用网络进行拓扑学分析;借助STRING 10.5在线数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用（protein-protein interaction networks,PPI）网络的构建与分析;通过Uniprot数据库获取靶标蛋白的基因名称,借助David数据库进行基因通路功能富集分析京都基因和基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）,研究葛根芩连汤治疗2型糖尿病的作用机制及原理。结果：葛根芩连汤的核心化合物有槲皮素（quercetin）,山柰酚（kaempferol）,β-谷甾醇（beta-sitosteroll）等,核心靶标前列腺素G/H合成酶2（prostaglandin G/H synthase 2）等;PPI网络图显示葛根芩连汤有效成分中关键蛋白主要有c-Jun氨基末端激酶（JUN）,肿瘤坏死因子（TNF）,fos蛋白（FOS）,丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）等;KEGG结果表明葛根芩连汤主要作用与肿瘤坏死因子信号通路（TNF signaling pathway）,丝裂原活化蛋白激酶信号通路（MAPK signaling pathway）等信号通路有关。结论：葛根芩连汤主要通过多种途径,多种信号通路作用于多种靶点发挥其药物功效,起到抗炎功效,治疗2型糖尿病的作用。
文摘目的运用网络药理学分析方法进行仙灵骨葆治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药理机制分析。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台以及中药综合数据库获取仙灵骨葆活性成分以及相关靶标,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“活性成分-靶标”网络图,以“osteoporosis”为关键词从GeneCards:The Human Gene Database获取OP相关基因,运用STRING数据分析平台进行PPI(protein-protein interaction)网络分析,运用DAVID数据分析平台进行基因本体(gene ontology,GO)生物过程富集以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“通路-靶标”网络图。结果共获取仙灵骨葆相关活性成分115种,核心活性成分有槲皮素、山奈酚、木犀草素、淫羊藿苷元、丹参酮IIA等。活性成分所涉及的靶标共有301个,核心靶标有PTGS2、PTGS1、ESR1等。PPI网络显示了111种核心蛋白之间的互作关系,主要与调节细胞周期有关。GO富集生物过程经筛选后共获得46项,所得生物过程亦与细胞周期有关,正调控NF-kappaB转录活性因子的过程是OP发生的机制之一,与现有研究符合。KEGG通路富集共获得37项,提示仙灵骨葆治疗OP作用集中于PI3K-Akt、TNF、MAPK、Estrogen等信号通路。结论仙灵骨葆核心活性成分中,黄酮类化合物主要通过调节OPG/RANK/RANKL,抑制破骨细胞,促进成骨细胞分化;淫羊藿苷元可增强成骨细胞活性。核心靶标PTGS2可限制M-CSF以及RANKL的表达,进而影响成骨/破骨细胞分化;雌激素受体与绝经后骨质疏松密切相关。核心通路如PI3K-Akt信号通路可增加骨量、促进成骨细胞分化;TNF信号通路、MAPK信号通路等均与成骨细胞分化有关;雌激素信号通路以及GnRh信号通路为仙灵骨葆干预绝经后骨质疏松提供依据。因此仙灵骨葆干预OP机制是通过多种途径、多种靶标、多种信号通路同时�
文摘目的运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取半夏泻心汤化合物及靶标,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶标输入Uniprot获取靶标对应的基因Symbol;从人类基因数据库(Gene Card:The Human Gene Database)获取CAG疾病基因,并筛选出与半夏泻心汤靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制"疾病-中药-化合物-交集靶标(基因)"网络图、STRING构建蛋白互作(PPI)网络、利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。G∶Profiler数据分析平台进行GO富集以及KEGG通路富集分析。结果通过设置OB和DL值筛选得到半夏泻心汤化合物189种,在获得交集基因80个后,剔除不含交集基因(靶标)的化学成分后,最终筛得化合物148种,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1188条,其中分子功能59条、生物过程1086条、细胞组成43条,KEGG富集分析共获得97条。槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱等为半夏泻心汤的主要活性成分,STAT3、TNF、AKT1、HSP90AA1、TP53等为主要作用靶标。分子对接结果显示,筛选的化合物和核心靶点HSP90AA1、潜在靶点EGFR之间均能较好的结合,涉及氮化合物的代谢、氧化反应、细胞凋亡等生物过程,调控PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、胃癌通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞通路。结论半夏泻心汤的主要活性成分有槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱,通过多靶点多通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎作用。
