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题名罗马洋甘菊HMGR基因的克隆与表达分析
被引量：2
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作者
孟想想
闫佳萍
刘晓梦
廖咏玲
常杰
许锋
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机构
长江大学园艺园林学院
靶向抗肿瘤药物湖北省协同创新中心
荆楚理工学院化工与药学院
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出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2016年第6期68-75,共8页
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基金
国家自然科学基金项目(31400603)
大学生创新创业训练计划项目(201207014)
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文摘
3-羟基-3-甲基戊二酰-CoA还原酶(3-hydroxy-3-methyl glutaryl coenzyme A reductase,HMGR)是植物萜类化合物甲羟戊酸合成途径中的关键限速酶。为研究HMGR基因在洋甘菊萜类化合物合成代谢中的功能,根据前期罗马洋甘菊转录组注释HMGR的Unigene序列设计引物,以罗马洋甘菊c DNA为模板,采用RT-PCR方法,从罗马洋甘菊中克隆得到一个长为1 856 bp的HMGR基因,命名为CnHMGR(Gen Bank登录号为KU589282)。CnHMGR基因序列包含1个1 746 bp长的开放阅读框,编码582个氨基酸,生物信息学软件预测蛋白质分子量和等电点分别为62.5 k Da和6.80。氨基酸序列多重比对结果显示,CnHMGR蛋白质与其他植物的HMGR蛋白具有高度相似性,并包含HMGR蛋白质家族中的2个HMG-CoA结合基序:TTEGCLUA、EMPVGYVQIP以及2个NADP(H)结合基序:TVGGGT、DAMGMNM,表明CnHMGR属千罗马洋甘菊HMGR家族成员。组织表达分析显示CnHMGR在罗马洋甘菊的不同组织均有表达,在花中表达量最高,在茎中表达量最低。通过对CnHMGR基因的克隆及表达特性分析,为后续深入研究其在洋甘菊倍半萜合成途径中的功能奠定了理论基础。
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关键词
罗马洋甘菊
CnHMGR
基因克隆
组织表达
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Keywords
Chamaemelum nobile
CnHMGR
Gene cloning
Tissue expression
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分类号
Q78
[生物学—分子生物学]
S682.03
[农业科学—观赏园艺]
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题名罗马洋甘菊吉马烯A合成酶基因的克隆与表达分析
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作者
闫佳萍
孟想想
朱丽
张威威
常杰
许锋
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机构
长江大学园艺园林学院
靶向抗肿瘤药物湖北省协同创新中心
荆楚理工学院化工与药学院
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出处
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第9期1851-1859,共9页
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基金
国家自然科学基金资助项目(31400603)
大学生创新创业训练计划项目(201207014)
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文摘
目的从罗马洋甘菊Chamaemelum nobile中克隆萜类化合物合成关键酶吉马烯A合成酶(germacrene A synthase,GAS)cDNA全长,并对其进行生物信息学和组织表达分析。方法基于前期对罗马洋甘菊转录组测序结果,设计特异性引物,利用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增得到GAS的cDNA全长,利用生物信息学手段对其核苷酸和编码的氨基酸序列进行分析,并预测其编码的蛋白质的理化性质和功能。通过实时定量PCR技术(qRT-PCR)检测罗马洋甘菊GAS基因(CnGAS)在罗马洋甘菊不同组织的表达水平。结果扩增得到的罗马洋甘菊吉马烯A合成酶基因的cDNA全长为1 785 bp,命名为CnGAS(GenBank登录号为KU589283),包含1个1 683 bp的开放阅读框(ORF),编码561个氨基酸,预测的相对分子质量和等电点分别为6 470和5.21。CnGAS基因编码的氨基酸序列与其他植物的GAS蛋白高度同源,且含有DDxx D保守序列。系统进化树表明CnGAS基因与菊科植物的GAS基因的亲缘关系最近。qRT-PCR结果显示CnGAS基因在罗马洋甘菊各组织中均有表达,且花中表达量最高。结论从罗马洋甘菊中克隆得到CnGAS基因,分析了该基因在不同组织中的表达水平,为罗马洋甘菊萜类化合物的生物合成代谢途径的研究奠定了基础。
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关键词
罗马洋甘菊
吉马烯A合成酶
基因克隆
生物信息学
基因表达
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Keywords
Chamaemelum nobile L.
germacrene A synthase
gene cloning
bioinformatics
gene expression
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分类号
R282.12
[医药卫生—中药学]
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