为探究MADS-box基因家族对德国鸢尾多季花品种花期的影响,本研究基于德国鸢尾(Iris germanica)转录组数据,利用生物信息学方法对MADS-box家族基因进行筛选鉴定,并对其理化性质、功能域及亲/疏水性等方面进行预测分析,且构建德国鸢尾和...为探究MADS-box基因家族对德国鸢尾多季花品种花期的影响,本研究基于德国鸢尾(Iris germanica)转录组数据,利用生物信息学方法对MADS-box家族基因进行筛选鉴定,并对其理化性质、功能域及亲/疏水性等方面进行预测分析,且构建德国鸢尾和模式植物拟南芥MADS-box蛋白家族的系统进化树。结果表明,在德国鸢尾中鉴定出39个MADS-box基因家族成员,其编码的氨基酸序列分子量在4704.58~30112.19 k D之间,理论等电点(pI)介于5.01~10.92之间,其中32个表现为碱性蛋白,7个表现为酸性蛋白。大多数MADS-box蛋白定位于细胞核和线粒体基质,少许分布在其他细胞器均不含有信号肽。α-螺旋和无规则卷曲为二级结构的主要原件,所有蛋白均表现为亲水性蛋白。进化树分析结果显示,德国鸢尾MADS-box蛋白可聚为5大类(MIKC,Mα,Mβ,Mγ,Mδ)。本研究可为今后进一步研究德国鸢尾MADS-box蛋白的生物学功能提供一定的参考依据。展开更多
文摘为探究MADS-box基因家族对德国鸢尾多季花品种花期的影响,本研究基于德国鸢尾(Iris germanica)转录组数据,利用生物信息学方法对MADS-box家族基因进行筛选鉴定,并对其理化性质、功能域及亲/疏水性等方面进行预测分析,且构建德国鸢尾和模式植物拟南芥MADS-box蛋白家族的系统进化树。结果表明,在德国鸢尾中鉴定出39个MADS-box基因家族成员,其编码的氨基酸序列分子量在4704.58~30112.19 k D之间,理论等电点(pI)介于5.01~10.92之间,其中32个表现为碱性蛋白,7个表现为酸性蛋白。大多数MADS-box蛋白定位于细胞核和线粒体基质,少许分布在其他细胞器均不含有信号肽。α-螺旋和无规则卷曲为二级结构的主要原件,所有蛋白均表现为亲水性蛋白。进化树分析结果显示,德国鸢尾MADS-box蛋白可聚为5大类(MIKC,Mα,Mβ,Mγ,Mδ)。本研究可为今后进一步研究德国鸢尾MADS-box蛋白的生物学功能提供一定的参考依据。
