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昆虫基因组及数据库研究进展 被引量：11
1
作者 尹传林 李美珍 +4 位作者 贺康 丁思敏 郭殿豪 席羽 李飞 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2017年第1期1-18,共18页
基因组序列为昆虫分子生物学研究提供丰富的数据资源,推动系统生物学在古老的昆虫学中蓬勃发展。昆虫基因组学研究已经成为当前的研究热点,目前在NCBI登录注册的昆虫基因组测序计划有494项,其中已提交原始测序数据的昆虫有225种,完成基... 基因组序列为昆虫分子生物学研究提供丰富的数据资源,推动系统生物学在古老的昆虫学中蓬勃发展。昆虫基因组学研究已经成为当前的研究热点,目前在NCBI登录注册的昆虫基因组测序计划有494项,其中已提交原始测序数据的昆虫有225种,完成基因组拼接的有215种,具有基因注释的有65种,公开发表的昆虫基因组有43篇。本文综述了测序技术发展的历史及其对昆虫基因组研究的推动作用、昆虫基因组的组装和注释及其存在的问题、昆虫基因组测序进展、昆虫基因组数据库的发展及基因数据挖掘利用的基本思路和对策,以及昆虫基因大数据在害虫防治和资源昆虫利用中的应用前景。 展开更多
关键词 昆虫基因组 组装与注释 数据挖掘与分析 基因组数据库 害虫防治 资源昆虫利用
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稳态下肺新型调节性树突状细胞亚群的初步鉴定
2
作者 步苏芹 李忍 +2 位作者 王美祥 郭殿豪 唐华 《山东第一医科大学（山东省医学科学院）学报》 CAS 2023年第10期721-725,共5页
目的初步鉴定肺新型调节性树突状细胞(dendritic cell,DC)亚群的表型特征及功能特性。方法通过单细胞转录组测序(single-cell RNA sequence,scRNA-seq)及生物信息学分析技术解析肺DC各亚群的基因表达特征;利用流式细胞术进一步分析肺新... 目的初步鉴定肺新型调节性树突状细胞(dendritic cell,DC)亚群的表型特征及功能特性。方法通过单细胞转录组测序(single-cell RNA sequence,scRNA-seq)及生物信息学分析技术解析肺DC各亚群的基因表达特征;利用流式细胞术进一步分析肺新型调节性DC亚群的表型特征;此外,结合体外细胞共培养体系和流式细胞术探究肺新型调节性DC亚群的功能特性。结果单细胞数据分析显示,在稳态条件下肺组织中存在一群独立且不同于经典DC1(conventional DC1,cDC1)、经典DC2(conventional DC2,cDC2)和浆样DC(plasmacytoid DC,pDC),并特异性高表达Ccr7、Cd80等成熟DC特征基因以及Cd274等负向调控基因的肺新型调节性DC亚群(regulatory DC,DCreg);流式分析数据进一步验证了DCreg在肺组织中的存在,并具有显著性高表达共刺激分子CD80、CD86的表型特征;体外细胞共培养实验结果表明,肺DCreg可促进Treg产生。结论在稳态条件下,初步发现一群独立且不同于c DC1、c DC2和pDC,并可体外促进Treg产生的肺新型调节性DC亚群。 展开更多
关键词 树突状细胞亚群 调节性 肺 TREG
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烟粉虱基因组和转录组研究及展望 被引量：3
3
作者 王书平 郭殿豪 李飞 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期18-23,共6页
烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)是世界性的重要害虫,为物种复合体,其中少数隐种近30年来入侵世界各国,并暴发成灾。在我国,最近几年MED隐种已经逐渐替代了之前入侵的MEAM1隐种,成为我国农田生态系统中的主要致害隐种。基因组和转录组... 烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)是世界性的重要害虫,为物种复合体,其中少数隐种近30年来入侵世界各国,并暴发成灾。在我国,最近几年MED隐种已经逐渐替代了之前入侵的MEAM1隐种,成为我国农田生态系统中的主要致害隐种。基因组和转录组研究的不断深入极大地推动了烟粉虱入侵机制、隐种替代机制、种系发生、不同隐种或地理种群鉴定、抗药性机制、烟粉虱与共生菌互作等领域的研究。本文简要综述了烟粉虱基因组和转录组测序的研究进展,介绍了转录组数据在种的分化和鉴定、共生菌的互作及抗药性研究领域的应用。 展开更多
关键词 烟粉虱 基因组 转录组
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微型桩群支护体系在治理滑坡方面中的研究 被引量：1
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作者 黄道锋 郭殿豪 +1 位作者 郭志恒 赵家栋 《居业》 2021年第1期52-53,共2页
滑坡是一种常见且极具破坏性的地质灾害,它分布广泛,规模巨大,常常造成严重的危害。每年国内外大大小小的滑坡都会造成达数十亿美元的经济损失。虽然抗滑桩支挡结构的技术和设计理念已经成熟,但是在某些方面中却暴露出了不足,造价高昂,... 滑坡是一种常见且极具破坏性的地质灾害,它分布广泛,规模巨大,常常造成严重的危害。每年国内外大大小小的滑坡都会造成达数十亿美元的经济损失。虽然抗滑桩支挡结构的技术和设计理念已经成熟,但是在某些方面中却暴露出了不足,造价高昂,设施庞大不利施工等。据此,特提出一项经济且高效的技术“微型桩群支护体系”,来改善抗滑桩治理滑坡的不足。本文通过对微型桩群支护体系进行介绍和其作用机理说明来体现微型桩相对传统抗滑桩的优越性。最后,在微型桩群支护体系治理滑坡于前人的研究基础之上进行推广并做出评价。 展开更多
关键词 滑坡 微型桩群支护体系 抗滑支挡结构
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一株戴尔福特菌NF83-1的鉴定及评价 被引量：1
5
作者 梁雪杰 郭殿豪 +3 位作者 刘邮洲 唐永清 乔俊卿 杜艳 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期248-254,共7页
为研究拮抗菌株NF83-1的分类与生物学特性以及评价其生防能力,通过生理生化特征和16S rRNA基因序列分析对菌株NF83-1进行种属鉴定,以选择性培养基检测其分泌的多种胞外酶,以结晶紫染色法检测其生物膜的形成,采用室内平板对峙生长法测定... 为研究拮抗菌株NF83-1的分类与生物学特性以及评价其生防能力,通过生理生化特征和16S rRNA基因序列分析对菌株NF83-1进行种属鉴定,以选择性培养基检测其分泌的多种胞外酶,以结晶紫染色法检测其生物膜的形成,采用室内平板对峙生长法测定其抑菌活性,室外盆栽法测定其对番茄立枯病的防效。结果表明,菌株NF83-1被鉴定为戴尔福特菌Delftia tsuruhatensis;菌株NF83-1能产生纤维素酶和嗜铁素,且能在管壁形成较厚的生物膜。菌株NF83-1对立枯丝核菌Rhizoctonia solani、甘蓝黑斑病菌Alternaria brassicae、油菜菌核病菌Sclerotinia sclerotiorum、梨胶孢炭疽病菌Colletotrichum gloeosporioides等病原真菌,梨火疫病菌Erwinia amylovora、番茄青枯病菌Ralstonia solanacearum、水稻细菌性条斑病菌Xanthomonas oryzae pv.oryzicola等革兰氏阴性病原细菌及革兰氏阳性细菌巨大芽胞杆菌Bacillus megaterium都具有明显的抑制作用;菌株NF83-1发酵液原液和100倍稀释液对番茄立枯病的防效分别为48.78%~57.69%和26.83%~36.54%。研究表明,菌株NF83-1是一株具有较好生防应用潜力的拮抗菌株。 展开更多
关键词 戴尔福特菌 种属鉴定 拮抗能力 胞外酶 生物膜
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1q42.3染色质区域一个前列腺癌特异性超级增强子样元件通过染色质相互作用促进细胞迁移
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作者 李洪霞 郭殿豪 +1 位作者 赵忠芳 石建党 《南开大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期46-50,共5页
前列腺癌在全球男性中发病率居于前列,遗传因素是影响前列腺癌发生发展的主要因素.研究报道1号染色体长臂42区3带至43区(1q42.3-43)存在一个潜在的前列腺癌易感染色体座位.但这个易感座位与肿瘤关联的分子机制迄今未得到确认.增强子是... 前列腺癌在全球男性中发病率居于前列,遗传因素是影响前列腺癌发生发展的主要因素.研究报道1号染色体长臂42区3带至43区(1q42.3-43)存在一个潜在的前列腺癌易感染色体座位.但这个易感座位与肿瘤关联的分子机制迄今未得到确认.增强子是能够改变染色质活化状态的DNA序列,通过精准调控基因时空表达从而决定细胞身份命运.通过ChIP-seq发现1q42.3染色质区域存在一个前列腺癌特异性超级增强子样元件;利用CRISPR/Cas9系统敲除该区段后发现细胞迁移能力明显降低,并利用RNA-seq筛选出多个差异表达的基因;通过Hi-C鉴定出与该超级增强子样元件相互作用的染色质区段:最后将RNA-seq和Hi-C进行综合分析预测出该超级增强子样元件直接调控的基因. 展开更多
关键词 CRISPR Hi-C 前列腺癌:超级增强子样元件 细胞迁移
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