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小麦胚芽鞘长度QTL定位和GWAS分析
1
作者
郝
倩
琳
杨廷志
+6 位作者
吕新茹
秦慧敏
王亚林
贾晨飞
夏先春
马武军
徐登安
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期590-602,共13页
在干旱条件下,小麦(Triticum aestivum L.)适当深播可提高出苗率,胚芽鞘长度决定了小麦播种的最大深度,因此培育长胚芽鞘小麦品种至关重要。为了挖掘控制小麦胚芽鞘长度相关的数量性状位点(quantitative trait loci,QTL),本研究以275份...
在干旱条件下,小麦(Triticum aestivum L.)适当深播可提高出苗率,胚芽鞘长度决定了小麦播种的最大深度,因此培育长胚芽鞘小麦品种至关重要。为了挖掘控制小麦胚芽鞘长度相关的数量性状位点(quantitative trait loci,QTL),本研究以275份豆麦/石4185重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体和186份自然群体为材料,根据90K SNP芯片的分型结果,利用3个环境下小麦胚芽鞘长度表型数据进行QTL鉴定。采用完备区间作图法(inclusive composite interval mapping,ICIM)在RIL群体中鉴定到2个稳定的QTL位点,分别位于4BS(30.17~40.59 Mb)和6BL(700.08~703.53 Mb)染色体上,解释表型变异率(PVE)分别为26.29%~28.46%和4.16%~4.36%;全基因组关联分析(GWAS)采用混合线性模型(Mixed linear model,MLM)方法,共鉴定到36个稳定的QTL位点,分别位于1A(3)、1B(3)、1D(2)、2A(1)、3A(2)、3B(2)、4B(11)、5A(1)、5B(3)、6B(4)、7A(2)、7B(2)染色体上,在3个环境中重复检测到的显著关联位点有7个,其中3个位点与已报道的位点重叠或邻近,其他4个位点推测为新位点,分别位于1A(499.03 Mb)、3A(73.06 Mb)、4B(648.74~648.87 Mb)、7A(36.31 Mb)染色体上,预测了5个候选基因(TraesCS1A03G0748300、Rht1、TraesCS4B03G0110000、TraesCS4B03G0112200和TraesCS7A03G0146600)。在两个群体中均鉴定到位于4BS(30.17~40.59 Mb)染色体上的主效QTL位点,该位点的候选基因Rht1已被证实能降低小麦胚芽鞘长度。该研究结果为挖掘控制小麦胚芽鞘长度的基因以及胚芽鞘长度相关性状分子标记辅助选择育种奠定了基础。
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关键词
小麦
胚芽鞘长度
QTL定位
全基因组关联分析
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职称材料
玉米ZmGly1基因的生物信息学与表达特性分析
被引量：
2
2
作者
王春晓
郝
倩
琳
+3 位作者
于秋鸿
裴玉贺
宋希云
李军
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2022年第10期2290-2295,共6页
【目的】分析玉米ZmGly1基因在不同组织器官和不同胁迫处理下的表达差异,找出ZmGly1在高温和干旱胁迫应答中的可能作用,为将来培育耐热和抗旱的玉米新品种提供基因资源。【方法】利用DNAMAN 8.0、ProtParam tool、MEGA 7.0等生物信息学...
【目的】分析玉米ZmGly1基因在不同组织器官和不同胁迫处理下的表达差异,找出ZmGly1在高温和干旱胁迫应答中的可能作用,为将来培育耐热和抗旱的玉米新品种提供基因资源。【方法】利用DNAMAN 8.0、ProtParam tool、MEGA 7.0等生物信息学软件对ZmGly1基因编码蛋白的结构、理化性质和亲缘关系进行分析;利用qRT-PCR分析玉米ZmGly1基因在不同组织器官和不同胁迫处理下的表达情况。【结果】ZmGly1的cDNA序列长度为669 bp,编码蛋白有222个氨基酸,理论分子量为24.98 kD,等电点为6.6。带负电荷的氨基酸(Asp+Glu)残基总数为30,带正电荷的氨基酸(Arg+Lys)残基总数为29,疏水系数是-0.448,为亲水性蛋白。该蛋白不含跨膜结构域,为细胞质蛋白。在蛋白的A链和B链上各包含1个Zn^(2+)金属结合位点,分别位于Gln^(68)、Glu^(134)和His^(162)、Glu^(208)。系统进化树分析表明,ZmGly1蛋白与高粱SbGly1蛋白序列同源性最高,为92.51%,说明它们之间亲缘关系最近。qRT-PCR分析表明,玉米ZmGly1基因在叶片中的表达量最高,在根和茎中表达量相对较低。与对照相比,干旱处理下ZmGly1在叶片中的表达随时间的延长呈现出先升高后降低的趋势,而在高温处理下ZmGly1随时间的延长呈现出先降低后升高再降低的趋势。【结论】ZmGly1编码蛋白是一种依赖Zn的金属酶,与高粱SbGly1亲缘关系最近,参与了植物对干旱和高温的胁迫应答,为下阶段解析其生物学功能奠定了基础。
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关键词
玉米
ZmGly1
生物信息学
高温
干旱
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职称材料
题名
小麦胚芽鞘长度QTL定位和GWAS分析
1
作者
郝
倩
琳
杨廷志
吕新茹
秦慧敏
王亚林
贾晨飞
夏先春
马武军
徐登安
机构
青岛农业大学农学院
中国农业科学院作物科学研究所
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期590-602,共13页
基金
青岛农业大学高层次人才科研启动基金(663/1122023)
山东省自然科学基金项目(ZR202103020229)
国家自然科学基金青年科学基金项目(32101733)资助。
文摘
在干旱条件下,小麦(Triticum aestivum L.)适当深播可提高出苗率,胚芽鞘长度决定了小麦播种的最大深度,因此培育长胚芽鞘小麦品种至关重要。为了挖掘控制小麦胚芽鞘长度相关的数量性状位点(quantitative trait loci,QTL),本研究以275份豆麦/石4185重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体和186份自然群体为材料,根据90K SNP芯片的分型结果,利用3个环境下小麦胚芽鞘长度表型数据进行QTL鉴定。采用完备区间作图法(inclusive composite interval mapping,ICIM)在RIL群体中鉴定到2个稳定的QTL位点,分别位于4BS(30.17~40.59 Mb)和6BL(700.08~703.53 Mb)染色体上,解释表型变异率(PVE)分别为26.29%~28.46%和4.16%~4.36%;全基因组关联分析(GWAS)采用混合线性模型(Mixed linear model,MLM)方法,共鉴定到36个稳定的QTL位点,分别位于1A(3)、1B(3)、1D(2)、2A(1)、3A(2)、3B(2)、4B(11)、5A(1)、5B(3)、6B(4)、7A(2)、7B(2)染色体上,在3个环境中重复检测到的显著关联位点有7个,其中3个位点与已报道的位点重叠或邻近,其他4个位点推测为新位点,分别位于1A(499.03 Mb)、3A(73.06 Mb)、4B(648.74~648.87 Mb)、7A(36.31 Mb)染色体上,预测了5个候选基因(TraesCS1A03G0748300、Rht1、TraesCS4B03G0110000、TraesCS4B03G0112200和TraesCS7A03G0146600)。在两个群体中均鉴定到位于4BS(30.17~40.59 Mb)染色体上的主效QTL位点,该位点的候选基因Rht1已被证实能降低小麦胚芽鞘长度。该研究结果为挖掘控制小麦胚芽鞘长度的基因以及胚芽鞘长度相关性状分子标记辅助选择育种奠定了基础。
关键词
小麦
胚芽鞘长度
QTL定位
全基因组关联分析
Keywords
wheat
coleoptile length
QTL mapping
GWAS
分类号
S512.1 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
玉米ZmGly1基因的生物信息学与表达特性分析
被引量：
2
2
作者
王春晓
郝
倩
琳
于秋鸿
裴玉贺
宋希云
李军
机构
青岛农业大学农学院
出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2022年第10期2290-2295,共6页
基金
山东省自然科学基金面上项目(ZR2020MC109)。
文摘
【目的】分析玉米ZmGly1基因在不同组织器官和不同胁迫处理下的表达差异,找出ZmGly1在高温和干旱胁迫应答中的可能作用,为将来培育耐热和抗旱的玉米新品种提供基因资源。【方法】利用DNAMAN 8.0、ProtParam tool、MEGA 7.0等生物信息学软件对ZmGly1基因编码蛋白的结构、理化性质和亲缘关系进行分析;利用qRT-PCR分析玉米ZmGly1基因在不同组织器官和不同胁迫处理下的表达情况。【结果】ZmGly1的cDNA序列长度为669 bp,编码蛋白有222个氨基酸,理论分子量为24.98 kD,等电点为6.6。带负电荷的氨基酸(Asp+Glu)残基总数为30,带正电荷的氨基酸(Arg+Lys)残基总数为29,疏水系数是-0.448,为亲水性蛋白。该蛋白不含跨膜结构域,为细胞质蛋白。在蛋白的A链和B链上各包含1个Zn^(2+)金属结合位点,分别位于Gln^(68)、Glu^(134)和His^(162)、Glu^(208)。系统进化树分析表明,ZmGly1蛋白与高粱SbGly1蛋白序列同源性最高,为92.51%,说明它们之间亲缘关系最近。qRT-PCR分析表明,玉米ZmGly1基因在叶片中的表达量最高,在根和茎中表达量相对较低。与对照相比,干旱处理下ZmGly1在叶片中的表达随时间的延长呈现出先升高后降低的趋势,而在高温处理下ZmGly1随时间的延长呈现出先降低后升高再降低的趋势。【结论】ZmGly1编码蛋白是一种依赖Zn的金属酶,与高粱SbGly1亲缘关系最近,参与了植物对干旱和高温的胁迫应答,为下阶段解析其生物学功能奠定了基础。
关键词
玉米
ZmGly1
生物信息学
高温
干旱
Keywords
Zea mays
ZmGly1
Bioinformatic
High temperature
Drought
分类号
S513 [农业科学—作物学]
S188
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
小麦胚芽鞘长度QTL定位和GWAS分析
郝
倩
琳
杨廷志
吕新茹
秦慧敏
王亚林
贾晨飞
夏先春
马武军
徐登安
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
玉米ZmGly1基因的生物信息学与表达特性分析
王春晓
郝
倩
琳
于秋鸿
裴玉贺
宋希云
李军
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2022
2
下载PDF
职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
统计分析
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