【背景和目的】从蛋白质水平上揭示烟叶衰老机理。【方法】以烤烟品种K326为材料,测定烟叶未熟(IM)、适熟(WM)和过熟(OM)3个时期超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、过氧化物酶(POD)和抗坏血酸过氧化物酶(APX)活性;采用同位素相对...【背景和目的】从蛋白质水平上揭示烟叶衰老机理。【方法】以烤烟品种K326为材料,测定烟叶未熟(IM)、适熟(WM)和过熟(OM)3个时期超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、过氧化物酶(POD)和抗坏血酸过氧化物酶(APX)活性;采用同位素相对标记与绝对定量技术(iTRAQ)鉴定3个时期烟叶响应衰老差异表达蛋白,对所获得的差异蛋白进行生物信息学分析,筛选出烟叶衰老潜在靶标蛋白。同时,选择12个蛋白进行平行反应监测(PRM)验证。【结果】(1)随着烟叶成熟度的增加,SOD、CAT、POD和APX活性逐渐降低。(2) 共鉴定出4747种蛋白,过熟与未熟相比,存在321个差异蛋白,包括122个上调蛋白与199个下调蛋白。过熟与适熟相比,存在319个差异蛋白,其中124个表现为上调,195个表现为下调。适熟与未熟相比,发现223个差异蛋白质,包括125个上调蛋白和98个下调蛋白。(3)在基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释中,差异蛋白质主要参与生物过程(代谢过程、细胞过程)、细胞组成(细胞、细胞组分、细胞器)和分子功能(催化活性)。(4)在京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能富集中,差异蛋白质显著富集于代谢途径、光合作用、次生代谢产物的生物合成等。(5)PRM验证发现对比组OM vs IM,OM vs WM和WM vs IM中,分别有10/9/10个蛋白质验证结果与iTRAQ定量表现出相同的趋势。6个差异蛋白包括Q1WL43、A0A1S4DCM1、A0A1S4C433、A0A1S4AKK6、A0A1S3ZQP6、A0A140G1P2可能是烟叶衰老潜在靶标蛋白。【结论】本研究采用iTRAQ 结合PRM 技术,筛选出烟草叶片响应衰老差异表达蛋白,可为深入认识烟草衰老的应答分子调控机制奠定基础。展开更多
肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是世界上最常见的恶性肿瘤之一。目前，已在人类多种恶性肿瘤中发现了以多个基因同时甲基化为特征的CpG岛甲基化表型（CpG island methylator phenotype，CIMP）的存在。CIMP对肝癌的发生、...肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是世界上最常见的恶性肿瘤之一。目前，已在人类多种恶性肿瘤中发现了以多个基因同时甲基化为特征的CpG岛甲基化表型（CpG island methylator phenotype，CIMP）的存在。CIMP对肝癌的发生、发展、转移、复发等过程具有重要作用。检测肝癌相关基因的甲基化状态可以为肝癌的早期诊断、肝癌分型，预测肝癌复发、转移和预后判断提供非常有价值的信息。展开更多
文摘【背景和目的】从蛋白质水平上揭示烟叶衰老机理。【方法】以烤烟品种K326为材料,测定烟叶未熟(IM)、适熟(WM)和过熟(OM)3个时期超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、过氧化物酶(POD)和抗坏血酸过氧化物酶(APX)活性;采用同位素相对标记与绝对定量技术(iTRAQ)鉴定3个时期烟叶响应衰老差异表达蛋白,对所获得的差异蛋白进行生物信息学分析,筛选出烟叶衰老潜在靶标蛋白。同时,选择12个蛋白进行平行反应监测(PRM)验证。【结果】(1)随着烟叶成熟度的增加,SOD、CAT、POD和APX活性逐渐降低。(2) 共鉴定出4747种蛋白,过熟与未熟相比,存在321个差异蛋白,包括122个上调蛋白与199个下调蛋白。过熟与适熟相比,存在319个差异蛋白,其中124个表现为上调,195个表现为下调。适熟与未熟相比,发现223个差异蛋白质,包括125个上调蛋白和98个下调蛋白。(3)在基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释中,差异蛋白质主要参与生物过程(代谢过程、细胞过程)、细胞组成(细胞、细胞组分、细胞器)和分子功能(催化活性)。(4)在京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)功能富集中,差异蛋白质显著富集于代谢途径、光合作用、次生代谢产物的生物合成等。(5)PRM验证发现对比组OM vs IM,OM vs WM和WM vs IM中,分别有10/9/10个蛋白质验证结果与iTRAQ定量表现出相同的趋势。6个差异蛋白包括Q1WL43、A0A1S4DCM1、A0A1S4C433、A0A1S4AKK6、A0A1S3ZQP6、A0A140G1P2可能是烟叶衰老潜在靶标蛋白。【结论】本研究采用iTRAQ 结合PRM 技术,筛选出烟草叶片响应衰老差异表达蛋白,可为深入认识烟草衰老的应答分子调控机制奠定基础。
文摘肝细胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是世界上最常见的恶性肿瘤之一。目前，已在人类多种恶性肿瘤中发现了以多个基因同时甲基化为特征的CpG岛甲基化表型（CpG island methylator phenotype，CIMP）的存在。CIMP对肝癌的发生、发展、转移、复发等过程具有重要作用。检测肝癌相关基因的甲基化状态可以为肝癌的早期诊断、肝癌分型，预测肝癌复发、转移和预后判断提供非常有价值的信息。
