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Amycolatopsis sp.的全基因组测序及香兰素合成途径分析
被引量:
1
1
作者
王冠娜
郑义
培
郑璞
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期25-30,共6页
拟无枝酸菌(Amycolatopsis sp.)CCTCC NO:M2011265是一株可以转化阿魏酸生成香兰素菌株,该研究利用Illumina Hiseq测序平台对拟无枝酸菌进行全基因组测序、拼接、基因预测及功能注释,并从拟无枝酸菌的全基因组中筛选和鉴定参与香兰素合...
拟无枝酸菌(Amycolatopsis sp.)CCTCC NO:M2011265是一株可以转化阿魏酸生成香兰素菌株,该研究利用Illumina Hiseq测序平台对拟无枝酸菌进行全基因组测序、拼接、基因预测及功能注释,并从拟无枝酸菌的全基因组中筛选和鉴定参与香兰素合成的功能基因。结果表明,总共组装得到64个scaffolds,整个基因组组装大小约为8425551 bp,总GC含量为71.89%。通过生物信息学分析发现了香兰素合成关键基因ech、fcs和ech2基因,及香兰素分解代谢基因vdh基因,其中ech和fcs为一个基因簇,并进一步构建过表达ech-fcs-ech2菌株,其摇瓶发酵表明转化阿魏酸生成香兰素速率加快,发酵时间显著缩短。该研究获得的拟无枝酸菌的全基因组信息为解析其转化阿魏酸生成香兰素发酵过程中的代谢机理提供遗传信息基础,也为通过代谢工程获得高产香兰素菌株的研究提供理论支持。
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关键词
香兰素
拟无枝酸菌
全基因组测序
阿魏酸
基因功能注释
下载PDF
职称材料
利用CRISPR-Cas9技术构建敲除VDH的产香兰素拟无枝酸菌
被引量:
2
2
作者
郑义
培
吴丹
郑璞
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期3583-3593,共11页
【目的】建立适用于拟无枝酸菌(Amycolatopsis sp.)的CRISPR-Cas9基因编辑系统,敲除其编码香兰素脱氢酶基因(VDH),减少发酵副产物香草酸。【方法】以VDH为靶标基因,将pKCcas9dO质粒上的tipA、j23119启动子分别替换为pRLE6质粒Kmr启动子...
【目的】建立适用于拟无枝酸菌(Amycolatopsis sp.)的CRISPR-Cas9基因编辑系统,敲除其编码香兰素脱氢酶基因(VDH),减少发酵副产物香草酸。【方法】以VDH为靶标基因,将pKCcas9dO质粒上的tipA、j23119启动子分别替换为pRLE6质粒Kmr启动子、链霉菌中常用的强启动子permE*,同时将sgRNA替换为能识别靶基因香兰素脱氢酶的特异性sgRNA,获得质粒pKCKmCas9VDH。然后将其与靶基因的上下游同源臂连接,获得敲除质粒pLYZYP01。将pLYZYP01质粒电转进Amycolatopsis sp.感受态细胞,筛选获得VDH的敲除突变体菌株。【结果】利用上述方法,成功获得VDH敲除菌株Amycolatopsis sp.ΔVDH。【结论】建立了适用于拟无枝酸菌CCTCC M 2011265的基因敲除系统,成功敲除VDH基因,在添加12 g/L底物阿魏酸的情况下,香兰素产量达到9.19 g/L,摩尔转化率由88.6%提高到97.7%。
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关键词
拟无枝酸菌
CRISPR-Cas9
基因敲除
香兰素
原文传递
题名
Amycolatopsis sp.的全基因组测序及香兰素合成途径分析
被引量:
1
1
作者
王冠娜
郑义
培
郑璞
机构
江南大学生物工程学院
出处
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期25-30,共6页
基金
国家轻工业技术与工程一流学科计划(LITE2018-04)。
文摘
拟无枝酸菌(Amycolatopsis sp.)CCTCC NO:M2011265是一株可以转化阿魏酸生成香兰素菌株,该研究利用Illumina Hiseq测序平台对拟无枝酸菌进行全基因组测序、拼接、基因预测及功能注释,并从拟无枝酸菌的全基因组中筛选和鉴定参与香兰素合成的功能基因。结果表明,总共组装得到64个scaffolds,整个基因组组装大小约为8425551 bp,总GC含量为71.89%。通过生物信息学分析发现了香兰素合成关键基因ech、fcs和ech2基因,及香兰素分解代谢基因vdh基因,其中ech和fcs为一个基因簇,并进一步构建过表达ech-fcs-ech2菌株,其摇瓶发酵表明转化阿魏酸生成香兰素速率加快,发酵时间显著缩短。该研究获得的拟无枝酸菌的全基因组信息为解析其转化阿魏酸生成香兰素发酵过程中的代谢机理提供遗传信息基础,也为通过代谢工程获得高产香兰素菌株的研究提供理论支持。
关键词
香兰素
拟无枝酸菌
全基因组测序
阿魏酸
基因功能注释
Keywords
vanillin
Amycolatopsis sp.
whole genome sequencing
ferulic acid
gene function annotation
分类号
TQ920.1 [轻工技术与工程—发酵工程]
下载PDF
职称材料
题名
利用CRISPR-Cas9技术构建敲除VDH的产香兰素拟无枝酸菌
被引量:
2
2
作者
郑义
培
吴丹
郑璞
机构
江南大学工业生物技术教育部重点实验室
江南大学生物工程学院
出处
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第11期3583-3593,共11页
基金
国家轻工技术与工程一流学科自主课题(LITE2018-04)。
文摘
【目的】建立适用于拟无枝酸菌(Amycolatopsis sp.)的CRISPR-Cas9基因编辑系统,敲除其编码香兰素脱氢酶基因(VDH),减少发酵副产物香草酸。【方法】以VDH为靶标基因,将pKCcas9dO质粒上的tipA、j23119启动子分别替换为pRLE6质粒Kmr启动子、链霉菌中常用的强启动子permE*,同时将sgRNA替换为能识别靶基因香兰素脱氢酶的特异性sgRNA,获得质粒pKCKmCas9VDH。然后将其与靶基因的上下游同源臂连接,获得敲除质粒pLYZYP01。将pLYZYP01质粒电转进Amycolatopsis sp.感受态细胞,筛选获得VDH的敲除突变体菌株。【结果】利用上述方法,成功获得VDH敲除菌株Amycolatopsis sp.ΔVDH。【结论】建立了适用于拟无枝酸菌CCTCC M 2011265的基因敲除系统,成功敲除VDH基因,在添加12 g/L底物阿魏酸的情况下,香兰素产量达到9.19 g/L,摩尔转化率由88.6%提高到97.7%。
关键词
拟无枝酸菌
CRISPR-Cas9
基因敲除
香兰素
Keywords
Amycolatopsis
CRISPR-Cas9
gene knockout
vanillin
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
Amycolatopsis sp.的全基因组测序及香兰素合成途径分析
王冠娜
郑义
培
郑璞
《食品与发酵工业》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
下载PDF
职称材料
2
利用CRISPR-Cas9技术构建敲除VDH的产香兰素拟无枝酸菌
郑义
培
吴丹
郑璞
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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