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利用加权基因共表达网络分析挖掘促进乳腺癌循环肿瘤细胞转移的关键基因 被引量：3
1
作者 曾祎凡 张京伟 +2 位作者 邵尤城 龚鹏举 陈芳芳 《武汉大学学报（医学版）》 CAS 2021年第1期72-77,共6页
目的:通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选促进乳腺癌循环肿瘤细胞转移的基因,为乳腺癌转移的早期预警提供循环肿瘤细胞标志物,也为乳腺癌发展动态监测提供新策略。方法:利用WGCNA筛选出数据集GSE9893中与乳腺癌转移相关的基因,... 目的:通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选促进乳腺癌循环肿瘤细胞转移的基因,为乳腺癌转移的早期预警提供循环肿瘤细胞标志物,也为乳腺癌发展动态监测提供新策略。方法:利用WGCNA筛选出数据集GSE9893中与乳腺癌转移相关的基因,将所选基因与在循环肿瘤细胞数据库中高表达的基因取交集作为候选基因,最后在肿瘤基因组计划(TCGA)数据库中验证候选基因的表达水平。结果:1024个基因在伴转移的乳腺癌中高表达,WGCNA从中得到与乳腺癌转移相关的67个基因,其中ACTB和DDX5基因在乳腺癌循环肿瘤细胞中呈现出高表达的状态,并且DDX5在TCGA伴转移的乳腺癌样本中也高表达。结论:DDX5可作为乳腺癌发展动态监测的循环肿瘤细胞标志物,并可能为乳腺癌治疗提供新的靶点。 展开更多
关键词 乳腺癌 加权基因共表达网络分析 循环肿瘤细胞 转移
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基于TCGA数据构建乳腺癌上皮间质转化相关lncRNA的预后模型 被引量：2
2
作者 万慧芳 邵尤城 +1 位作者 魏蕾 张京伟 《武汉大学学报（医学版）》 CAS 2023年第8期985-990,共6页
目的:通过生物信息学分析,探讨上皮间质转化(EMT)相关的长链非编码RNA(lncRNA)在乳腺癌中的预后作用。方法:从TCGA数据库下载乳腺癌的转录组数据及临床信息,在MSigDB数据库下载EMT相关基因的数据集,然后利用差异分析、共表达分析、Cox... 目的:通过生物信息学分析,探讨上皮间质转化(EMT)相关的长链非编码RNA(lncRNA)在乳腺癌中的预后作用。方法:从TCGA数据库下载乳腺癌的转录组数据及临床信息,在MSigDB数据库下载EMT相关基因的数据集,然后利用差异分析、共表达分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、生存分析等生物信息学方法,构建乳腺癌中EMT相关lncRNA的风险特征,并进一步检验其预测效能。结果:乳腺癌肿瘤组和正常组有311个差异表达的EMT相关基因(P<0.05),与这些基因存在共表达关系的lncRNA有315个(皮尔逊相关系数r=0.7,P<0.001),其中,与预后可能相关的lncRNA有16个(P<0.05)。进一步行Lasso回归分析及多因素Cox回归分析,最终得到基于9个lncRNA表达水平的风险评分公式,根据风险评分的中位数将患者分为高、低风险组,生存分析结果显示,相比于低风险组,高风险组患者的总生存期更低(P<0.001)。ROC曲线结果表明,风险评分预后模型对乳腺癌的3、5、10年生存期具有较好的预测效能,Cox回归分析结果进一步表明该模型可以作为一个独立的预后因素。结论:基于9个EMT相关lncRNA的表达水平构建的风险评分预后模型对乳腺癌有独立的预后作用,为乳腺癌的预后预测提供了新的思路。 展开更多
关键词 乳腺癌 上皮间质转化 LncRNA 预后模型 TCGA数据库
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转录因子E2F1与肿瘤预后和肿瘤免疫的泛癌研究 被引量：1
3
作者 徐靓婧 邵尤城 +2 位作者 龚鹏举 陈芳芳 张京伟 《武汉大学学报（医学版）》 CAS 2021年第6期941-947,共7页
目的:揭示E2F1在肿瘤中重要的免疫调节因子的地位,为肿瘤的免疫治疗和预后预测提供新的靶点。方法:利用ONCOMINE数据库、UCSC Xena数据库综合分析E2F1在肿瘤组织以及癌旁组织中的表达。在GEPIA数据库中,测试E2F1表达和泛癌分期之间的相... 目的:揭示E2F1在肿瘤中重要的免疫调节因子的地位,为肿瘤的免疫治疗和预后预测提供新的靶点。方法:利用ONCOMINE数据库、UCSC Xena数据库综合分析E2F1在肿瘤组织以及癌旁组织中的表达。在GEPIA数据库中,测试E2F1表达和泛癌分期之间的相关性以及泛癌组织和癌旁组织之间E2F1的表达水平差异。Kaplan-Meier Plotter分析E2F1在泛癌中的差异生存曲线。并综合分析各个肿瘤中E2F1与肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)的相关性。随后使用TISIDB数据库重点研究了每种肿瘤中E2F1与肿瘤免疫浸润细胞之间的相关性。结果:E2F1在多种肿瘤中普遍高表达,且E2F1可以预测多种肿瘤患者的生存率。在多种肿瘤中,E2F1与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性明显相关。E2F1和ACT-CD4淋巴细胞的关系最为明显,尤其是在乳腺浸润癌(BRCA)、肾透明细胞癌(KIRC)和肝细胞肝癌(LIHC)这三种肿瘤中。结论:E2F1是至关重要的肿瘤预后预测因子,并在一定程度上调节多种肿瘤相关的免疫反应。 展开更多
关键词 E2F1 ACT-CD4淋巴细胞 泛癌 预后 肿瘤微环境
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利用生物信息学分析开发luminal型乳腺癌自噬相关基因预后模型
4
作者 汤倩倩 邵尤城 +1 位作者 魏蕾 张京伟 《中国医药生物技术》 2021年第3期229-238,共10页
目的建立基于大规模自噬相关基因的luminal型乳腺癌预后预测模型。方法利用TCGA数据库乳腺癌数据,分别筛选luminal型与非luminal型乳腺癌、癌旁组织中差异表达的自噬相关基因。单因素和多因素Cox回归建立luminal型乳腺癌自噬相关基因预... 目的建立基于大规模自噬相关基因的luminal型乳腺癌预后预测模型。方法利用TCGA数据库乳腺癌数据,分别筛选luminal型与非luminal型乳腺癌、癌旁组织中差异表达的自噬相关基因。单因素和多因素Cox回归建立luminal型乳腺癌自噬相关基因预后模型。Kaplan-Meier曲线和生存依赖的受试者工作特征曲线评估预后模型的准确性。结果基于差异表达自噬相关基因,建立了一个3基因(BAG1、CD46、DIRAS3)预后模型预测luminal型乳腺癌患者总生存期。3年、5年和10年的曲线下面积分别为0.708、0.752和0.837。结论 3基因预后模型可以有效预测luminal型乳腺癌患者预后,或许今后可为luminal型乳腺癌的临床治疗提供决策依据。 展开更多
关键词 luminal型乳腺癌 内分泌耐药 自噬 预后模型
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