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不依赖天然外显子的蛋白质内含子定向进化筛选系统 被引量：1
1
作者 邱沛然 胡芳 +1 位作者 林瑛 孟清 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期79-83,共5页
蛋白质剪接技术为在蛋白质水平上直接对蛋白质进行修饰和加工提供了一种全新的解决方案,因而在蛋白质工程及相关领域具有非常广阔的应用前景。现阶段,大部分天然的蛋白质内含子在异源蛋白质中剪接活性非常低,极大限制了蛋白质内含子的... 蛋白质剪接技术为在蛋白质水平上直接对蛋白质进行修饰和加工提供了一种全新的解决方案,因而在蛋白质工程及相关领域具有非常广阔的应用前景。现阶段,大部分天然的蛋白质内含子在异源蛋白质中剪接活性非常低,极大限制了蛋白质内含子的开发和应用。为了开发一个可以同时对蛋白质内含子通用性和剪接活性进行筛选的系统,利用Bsa I限制性内切酶识别位点和切割不重合的特性,将Ter ThyX内含子(不含外显子序列)插入到卡那霉素抗性蛋白基因的多个位点。并且摒弃了以往需要结合天然外显子以实现剪接的方法,可以同时对蛋白质内含子的剪接活性和通用性进行筛选。Western blot结果和卡那霉素平板生长结果表明,通过卡那霉素筛选系统可以精确的将蛋白质内含子剪接反应与卡那霉素抗性结合起来,仅从卡那霉素平板上的菌落生长情况即可完成蛋白质内含子剪接活性阳性突变的筛选,是一个快速,稳定的定向进化筛选系统。 展开更多
关键词 蛋白质内含子剪接 卡那霉素筛选系统 不依赖外显子
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基于修正的伪氨基酸组成预测水解酶亚家族的研究
2
作者 张光亚 邱沛然 +1 位作者 葛慧华 方柏山 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期557-560,共4页
从序列出发预测水解酶亚家族类型具有重要意义。本文利用不同标度的伪氨基酸组成提取序列特征值,采用k-近邻算法预测水解酶亚家族类型。选择参数后,三种方法各自在最优运行参数下预测水解酶亚家族的准确率分别为:85.15%,82.65%和80.14%... 从序列出发预测水解酶亚家族类型具有重要意义。本文利用不同标度的伪氨基酸组成提取序列特征值,采用k-近邻算法预测水解酶亚家族类型。选择参数后,三种方法各自在最优运行参数下预测水解酶亚家族的准确率分别为:85.15%,82.65%和80.14%。其中以Z标度的伪氨基酸组成效果最佳,比氨基酸组成识别精度提高12.85%。本文研究结果说明从序列出发,预测水解酶亚家族是可行的,且修正的伪氨基酸组成可望成为一种新的有效提取蛋白质序列特征值的方法。 展开更多
关键词 特征值提取 水解酶 修正的伪氨基酸组成 K-近邻
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定向进化提高微小蛋白质内含子Ter DnaE-3剪接活性的研究
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作者 荀启静 林瑛 +1 位作者 邱沛然 孟清 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期79-84,共6页
目前,蛋白质内含子在蛋白质工程领域中得到越来越广泛的应用。为提高微小蛋白质内含子Ter DnaE-3(Trichodesmium erythraeum)在异源宿主中的剪接活性,采用易错PCR技术,通过改变反应体系中dNTP、Mg2+、Mn2+的浓度等手段,借助依赖卡那霉... 目前,蛋白质内含子在蛋白质工程领域中得到越来越广泛的应用。为提高微小蛋白质内含子Ter DnaE-3(Trichodesmium erythraeum)在异源宿主中的剪接活性,采用易错PCR技术,通过改变反应体系中dNTP、Mg2+、Mn2+的浓度等手段,借助依赖卡那霉素的蛋白质内含子筛选系统进行筛选。Western印迹结果表明:通过定向进化,其中5号突变体的剪接活性从原始的约20%提高至约85%;9号突变体能够避免发生剪接副反应,即N端断裂反应。氨基酸突变位点与剪接活性变化的相关性分析表明:参与α-helix形成的氨基酸的突变极有可能影响蛋白质内含子的断裂反应,参与β-sheet形成的氨基酸的突变则有可能影响蛋白质内含子结构的紧凑性。通过定向进化提高微小蛋白质内含子Ter DnaE-3在异源宿主中的剪接活性,进一步验证依赖卡那霉素抗性的筛选系统的可行性,为扩大蛋白质内含子的应用范围奠定基础。 展开更多
关键词 蛋白质内含子 卡那筛选系统 定向进化 蛋白质剪接
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