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基于16S rRNA基因测序分析微生物群落多样性 被引量：27
1
作者 黄志强 邱景璇 +2 位作者 李杰 许东坡 刘箐 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1044-1063,共20页
微生物群落多样性的研究对于挖掘微生物资源,探索微生物群落功能,阐明微生物群落与生境间的关系具有重要意义。随着宏基因组概念的提出以及测序技术的快速发展,16S rRNA基因测序在微生物群落多样性的研究中已被广泛应用。文中系统地介绍... 微生物群落多样性的研究对于挖掘微生物资源,探索微生物群落功能,阐明微生物群落与生境间的关系具有重要意义。随着宏基因组概念的提出以及测序技术的快速发展,16S rRNA基因测序在微生物群落多样性的研究中已被广泛应用。文中系统地介绍了16S rRNA基因测序分析流程中的四个重要环节,包括测序平台与扩增区的选择、测序数据预处理以及多样性分析方法,就其面临的问题与挑战进行了探讨并对未来的研究方向进行了展望,以期为微生物群落多样性相关研究提供参考。 展开更多
关键词 生物信息学 16S rRNA 微生物群落多样性 测序技术 扩增子
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纳米颗粒在侧流免疫层析技术中的应用研究进展 被引量：7
2
作者 田亚晨 王淑娟 +10 位作者 马兰 谢曼曼 许东坡 刘程 丁承超 郭亮 方水琴 王翔 邱景璇 董庆利 刘箐 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第17期348-356,共9页
侧流免疫层析技术(lateral flow immunoassay,LFIA)有效地结合了色谱分析卓越的分离能力和免疫分析的高度特异性,加之其便携性,使其为需要灵敏、定量的现场检测提供了一个理想的平台。LFIA中,标记物是影响其灵敏度的关键因素之一。目前,... 侧流免疫层析技术(lateral flow immunoassay,LFIA)有效地结合了色谱分析卓越的分离能力和免疫分析的高度特异性,加之其便携性,使其为需要灵敏、定量的现场检测提供了一个理想的平台。LFIA中,标记物是影响其灵敏度的关键因素之一。目前,LFIA的检测性能主要通过使用纳米颗粒标记物来改善。纳米颗粒标记物按材料可分为有色纳米颗粒、发光纳米颗粒以及磁性纳米颗粒等。本文旨在归纳总结纳米颗粒作为标记物在LFIA中的最新研究进展,详尽解析了各类纳米颗粒对试纸条分析性能的改善情况,以期为研究者在设计试纸条时对适宜纳米颗粒的选择提供有力的技术支持。 展开更多
关键词 纳米颗粒 标记物 侧流免疫层析技术
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单增李斯特菌CdaA的抗原表位分析及抗体的制备 被引量：5
3
作者 孙静娟 邱景璇 +5 位作者 曾海娟 丁承超 王广彬 李杰 王淑娟 刘箐 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期163-171,共9页
生物信息学分析结果显示单增李斯特菌腺苷酸环化酶CdaA具有良好的种内保守性、种间特异性和抗原表位结构,本研究对该蛋白的免疫原性进行验证并制备单克隆抗体,拟以CdaA为检测靶标检测单增李斯特菌。考虑到跨膜区可能会阻碍CdaA的表达,... 生物信息学分析结果显示单增李斯特菌腺苷酸环化酶CdaA具有良好的种内保守性、种间特异性和抗原表位结构,本研究对该蛋白的免疫原性进行验证并制备单克隆抗体,拟以CdaA为检测靶标检测单增李斯特菌。考虑到跨膜区可能会阻碍CdaA的表达,因而构建pET30a-Δ300cdaA并诱导表达Δ100CdaA。以纯化的Δ100CdaA制备的多克隆抗体效价可达1∶128 000。Western-blotting分析表明多抗能够识别从单增李斯特菌中提取的CdaA。另外,筛选得到一株单克隆抗体,3F8,单抗效价可达1∶512 000。Western blotting分析可知该单抗能够与9株单增李斯特菌和2株非致病李斯特菌的提取蛋白结合,并且与大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等7株其他菌种的提取蛋白不结合,表明该单抗具有良好的特异性。利用生物信息学筛选检测靶标并分析抗原表位结构,最后成功制备多克隆抗体和单克隆抗体。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 cdaA 生物信息学 抗原表位 单克隆抗体
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细菌nox基因研究进展 被引量：2
4
作者 王艳 丁承超 +3 位作者 邱景璇 陈国薇 谢曼曼 刘箐 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期112-120,共9页
细菌nox基因编码合成一种含核黄素的NADH氧化酶,NADH氧化酶可催化双原子氧还原为H2O2或H2O,同时将NADH氧化为NAD+。该反应发生在多种代谢途径中,从而对细菌的氧化应激、菌膜形成、毒力调控及代谢产物生成等生理生化过程产生一系列影响... 细菌nox基因编码合成一种含核黄素的NADH氧化酶,NADH氧化酶可催化双原子氧还原为H2O2或H2O,同时将NADH氧化为NAD+。该反应发生在多种代谢途径中,从而对细菌的氧化应激、菌膜形成、毒力调控及代谢产物生成等生理生化过程产生一系列影响。目前对高等动植物体中的nox基因及其编码的NADH氧化酶已有较深入的研究,但近年来一些研究表明,细菌nox基因的功能及作用通路与动植物体存在较大差异,因此,有必要详细了解细菌中nox基因和NADH氧化酶的具体作用机制及其对细胞产生的影响。综合分析近年来细菌nox基因及NADH氧化酶的研究成果,结合我们的研究,对目前存在的问题和未来的发展进行综述。 展开更多
关键词 细菌 nox 基因 NADH氧化酶 氧化应激 菌膜 毒力
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单增李斯特菌prsA1基因的截短表达、纯化及多克隆抗体的制备 被引量：1
5
作者 孙静娟 邱景璇 +5 位作者 曾海娟 丁承超 王广彬 李杰 王淑娟 刘箐 《生物技术进展》 2018年第3期254-260,共7页
单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)是一种常见的食源性致病菌,能够引发李斯特菌病,对食品安全构成巨大威胁。prsA1具有保守性和特异性,利用Signal P 4.1 Server程序、TMHMM Server V.2.0程序和SEPPA 2.0程序预测了Prs A1的信号肽段... 单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)是一种常见的食源性致病菌,能够引发李斯特菌病,对食品安全构成巨大威胁。prsA1具有保守性和特异性,利用Signal P 4.1 Server程序、TMHMM Server V.2.0程序和SEPPA 2.0程序预测了Prs A1的信号肽段、跨膜区域及空间抗原表位,预测结果显示Prs A1的N端含有信号肽段及跨膜区且该蛋白具有良好抗原表位结构,因而可作为检测靶标。在此基础上,采用PCR法获得prsA1的非跨膜区序列即Δ84prsA1,构建重组质粒pET30a-Δ84prsA1并转入到大肠杆菌中诱导表达Δ28Prs A1,Ni-IDA柱亲和纯化重组蛋白Δ28PrsA1,以纯化的Δ28PrsA1为抗原制备多克隆抗体。间接ELISA检测多克隆抗体的效价,高达1∶128 000。Western blotting分析结果显示该多克隆抗体能够识别从单增李斯特菌中提取的PrsA1蛋白。利用生物信息学筛选检测靶标并分析抗原表位结构,最后成功制备了多克隆抗体,为单增李斯特菌检测靶标的筛选和免疫学检测提供了实践基础。 展开更多
关键词 单增李斯特菌 prsA1 生物信息学 原核表达 多克隆抗体
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食品类本科专业课程增加食品信息学内容的思考 被引量：1
6
作者 邱景璇 许东坡 董庆利 《食品安全质量检测学报》 CAS 2020年第20期7516-7520,共5页
食品信息学是大数据时代下对食品相关营养、物流、微生物等数据进行收集、分析及处理的一门交叉学科。当前开设食品本科专业的高等院校里开设食品信息学专业课的较少,建议在食品相关本科专业中增加食品信息学内容,使大学生了解并初步掌... 食品信息学是大数据时代下对食品相关营养、物流、微生物等数据进行收集、分析及处理的一门交叉学科。当前开设食品本科专业的高等院校里开设食品信息学专业课的较少,建议在食品相关本科专业中增加食品信息学内容,使大学生了解并初步掌握利用食品相关数据进行数据库构建、信息分析、预测模型建立等技能,及时跟进食品信息学领域新进展,有助于食品专业大学生适应大数据时代下新的人才要求。该内容的加入是对食品专业本科教学体系的重要补充。 展开更多
关键词 食品信息学 数据处理 本科教学
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减毒单核细胞增生李斯特氏菌作为疫苗载体在肿瘤治疗中的应用 被引量：1
7
作者 汪舒颖 丁承超 +6 位作者 马俊飞 李杰 董庆利 许东坡 王翔 邱景璇 刘箐 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2019年第5期87-97,共11页
肿瘤免疫疗法已成为继手术、化疗和放疗之后的第四种肿瘤治疗方法,是当今肿瘤治疗的新希望。将细菌疫苗应用于肿瘤治疗的研究已经历了多方面的探索。单核细胞增生李斯特氏菌因其能够趋向肿瘤病灶,在肿瘤微环境保护下激起肿瘤浸润细胞的... 肿瘤免疫疗法已成为继手术、化疗和放疗之后的第四种肿瘤治疗方法,是当今肿瘤治疗的新希望。将细菌疫苗应用于肿瘤治疗的研究已经历了多方面的探索。单核细胞增生李斯特氏菌因其能够趋向肿瘤病灶,在肿瘤微环境保护下激起肿瘤浸润细胞的免疫反应,削弱免疫抑制作用而受到研究者的广泛关注。并且,其在乳腺癌、肝癌、黑素瘤、胰腺癌等癌症中都已具有较为广泛的研究。本文就单核细胞增生李斯特氏菌的免疫应答方式、作为肿瘤载体的优势、减毒策略以及在多种肿瘤免疫治疗中的应用进行综述。 展开更多
关键词 单核细胞增生李斯特氏菌 肿瘤疫苗 免疫抑制 肿瘤微环境 原发性肿瘤 转移瘤
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新型冠状病毒刺突蛋白基因型分型与抗原性聚类的关系分析
8
作者 田欣心 张璐 +2 位作者 汪萱怡 裘天颐 邱景璇 《国际生物制品学杂志》 CAS 2023年第5期241-246,共6页
目的对新型冠状病毒刺突蛋白(spike,S)进行抗原性聚类与基因型聚簇的关联分析,为疫苗设计的方向提供参考。方法基于476条新型冠状病毒基因,分析S序列的氨基酸进化情况并构建系统发育树。在抗原抗体结合界面提取抗原表位并对序列进行三... 目的对新型冠状病毒刺突蛋白(spike,S)进行抗原性聚类与基因型聚簇的关联分析,为疫苗设计的方向提供参考。方法基于476条新型冠状病毒基因,分析S序列的氨基酸进化情况并构建系统发育树。在抗原抗体结合界面提取抗原表位并对序列进行三维空间结构模拟,将提取表位与模拟结构两两配对计算抗原性距离,构建抗原相似性聚类树。通过比较毒株对应的序列系统发育树和抗原相似性聚类树,评估新型冠状病毒进化与抗原性的关系。结果新型冠状病毒的系统发育树上不同谱系的毒株分别聚在相应的分支上,其中Alpha分支与Gamma分支相距最远,序列相似度最低;同时Omicron株的BA.1到BA.5分支聚在一起,呈现出高度的序列相似性,且与野生型毒株的距离较远。抗原性的聚类表明,Omicron株的5个谱系的抗原性聚集情况与序列聚类情况不一致,并未呈现出较为明显的抗原性聚类。结论新型冠状病毒S的抗原性聚类与序列聚类情况可能并不一致,而是更倾向于抗原表位的差异。疫苗设计中,考虑抗原性位点差异特征的设计思路将会比基于家族谱系的设计思路更为有效。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 刺突蛋白 抗原表位 抗原性位点 系统发育树
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计算生物学类通识课程的探索
9
作者 邱景璇 裘天颐 《科技视界》 2021年第24期38-40,共3页
在当前高校的通识教育中,已形成共识的是,生命科学类通识课程是培养学生综合素质的一个必要环节。随着大数据时代的到来,计算机信息技术与生命科学的相互结合为传统生命科学的发展起了巨大的推动作用,学科交叉带来的融合创新已充分说明... 在当前高校的通识教育中,已形成共识的是,生命科学类通识课程是培养学生综合素质的一个必要环节。随着大数据时代的到来,计算机信息技术与生命科学的相互结合为传统生命科学的发展起了巨大的推动作用,学科交叉带来的融合创新已充分说明了学科交叉的必要性及优势。在本科生通识课程设置中,引入计算生物学类的通识课程,培养学生利用大数据的思维创新解决生物学问题,对培养大学生综合素质具有重要作用。计算生物学类通识课程的设置应侧重计算方法的具体应用,采用多种灵活的授课方式,介绍计算方法与生物知识的有机结合,引导学生培养学科交叉思维。 展开更多
关键词 生命科学 计算科学 通识课程
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