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基于DNA条形码的川贝母及其近缘种的分子鉴定与亲缘关系研究 被引量：18
1
作者 郑辉 邓楷煜 +7 位作者 陈安琪 付绍兵 周德 王威威 倪典墨 任瑶瑶 周嘉裕 廖海 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2326-2334,共9页
基于ITS2与psbA-trnH条形码序列,对川贝母及其近缘种开展分子生物学鉴定与亲缘关系研究。本文在采用《中国药典》规定的PCR-RFLP鉴定方法对川贝母及其近缘种的鉴定基础上,扩增所有样品的ITS2及psbA-trnH条形码序列,对其遗传距离进行分析... 基于ITS2与psbA-trnH条形码序列,对川贝母及其近缘种开展分子生物学鉴定与亲缘关系研究。本文在采用《中国药典》规定的PCR-RFLP鉴定方法对川贝母及其近缘种的鉴定基础上,扩增所有样品的ITS2及psbA-trnH条形码序列,对其遗传距离进行分析,构建进化树,评价ITS2及psbA-trnH条形码的鉴定效果,探讨样品的亲缘关系。结果显示,PCR-RFLP方法仅能将样品分为非酶切组(包括平贝母、浙贝母及伊犁贝母)与酶切组(包括浓蜜贝母、中华贝母、康定贝母、长腺贝母与川贝母)。进一步获得川贝母与其近缘种的ITS2与psbA-trnH序列,发现ITS2序列长度为235~239 bp,种内和种间平均遗传距离为0.001和0.022,NJ树能够将样品分为“北方贝母群”(包括平贝母与伊犁贝母)与“南方贝母群”(包括浙贝母、浓蜜贝母、中华贝母、康定贝母、长腺贝母和川贝母)。后者又可细分为浙贝母与“川贝母复合群”,其中“川贝母复合群”中的贝母品种具有相近的亲缘关系。psbA-trnH序列长度为337~373 bp,种内及种间的遗传距离为0.263和0.329,NJ树未能有效聚类。说明ITS2条形码序列不仅能够对川贝母及其部分近缘种进行快速、准确地鉴定,还能够清晰不同贝母种之间的亲缘关系,这为川贝母分子标记的开发、药用植物资源的有效保护和合理开发利用提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 川贝母 ITS2 PSBA-TRNH DNA条形码 PCR-RFLP
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峨眉山区唇形科药用植物ITS2和matK条形码序列鉴定 被引量：6
2
作者 郑辉 李秋娥 +5 位作者 陈安琪 邓楷煜 廖海 任瑶瑶 周嘉裕 谭睿 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第22期5563-5570,共8页
目的评价以ITS2和matK序列作为DNA条形码对峨眉山区唇形科药用植物的鉴定效果。方法从峨眉山区采集23种唇形科药用植物样本,提取DNA,PCR扩增ITS2序列,并从Genbank上分别下载54与51条唇形科植物的ITS2及matK序列;使用MEGA 5.0软件计算全... 目的评价以ITS2和matK序列作为DNA条形码对峨眉山区唇形科药用植物的鉴定效果。方法从峨眉山区采集23种唇形科药用植物样本,提取DNA,PCR扩增ITS2序列,并从Genbank上分别下载54与51条唇形科植物的ITS2及matK序列;使用MEGA 5.0软件计算全部序列的种间、种内遗传距离及序列变异位点,构建Neighbor Joining(NJ)系统进化树,最后开展barcoding gap分析。结果峨眉山唇形科药用植物的ITS2序列长度为190~237 bp,GC含量为53%~73%,具有较为明显的barcoding gap,对唇形科植物的识别率为94%,而matK序列的barcoding gap不显著,有明显重叠现象,对唇形科植物的识别率为96%。结论ITS2从种水平上对唇形科植物有更好的鉴定能力,但matK序列对唇形科植物的识别率更高,因此,以ITS2为主,matK序列为辅的鉴定方法能够对唇形科药用植物进行快速、准确的鉴定和识别,准确阐明物种之间的亲缘关系,对峨眉山区唇形科药用植物资源的有效保护和合理开发提供了理论依据。 展开更多
关键词 峨眉山 唇形科 DNA条形码 ITS2 MATK 遗传距离
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拟南芥COMT基因家族的全基因组分析 被引量：4
3
作者 陈安琪 宋思敏 +4 位作者 邓楷煜 郑乔木 谭国栋 廖海 周嘉裕 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第19期6388-6396,共9页
COMT是木质素生物合成途径的关键酶,对植物的抗逆性有着重要意义。为了进一步研究COMT基因的功能,在植物基因组网站Phytozome下载拟南芥等不同植物来源的COMT基因成员,利用HMMER、Pfam与SMART等工具进一步筛选得到17个成员。系统进化树... COMT是木质素生物合成途径的关键酶,对植物的抗逆性有着重要意义。为了进一步研究COMT基因的功能,在植物基因组网站Phytozome下载拟南芥等不同植物来源的COMT基因成员,利用HMMER、Pfam与SMART等工具进一步筛选得到17个成员。系统进化树显示COMT基因家族的基本特征在单双子叶植物分离之前就已形成。对17条拟南芥COMT蛋白的理化性质、二级结构、保守基序与染色体定位进行分析。结果表明,拟南芥COMT基因家族成员的二级结构主要:由α-螺旋和无规则卷曲组成;甘氨酸和缬氨酸为含量较高的氨基酸残基;拟南芥COMT基因家族中存在10种不同的保守基序,其中motif 3在所有COMT基因中均有出现;COMT基因在染色体上也呈现不均等分布。盐胁迫处理和比较转录组学分析发现,AT1G21100、AT1G77520与AT1G77530的m RNA表达水平发生显著变化,推测这3条基因可能参与拟南芥对盐胁迫的响应过程,其高表达可能提高拟南芥的耐旱能力,这一结果可为提高植物抗逆性提供理论依据。 展开更多
关键词 拟南芥(Arabidopsis thaliana) COMT 基因家族 生物信息学分析
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川芎α-淀粉酶抑制剂基因的原核表达与条件优化 被引量：1
4
作者 邓楷煜 安秋菊 +3 位作者 陈安琪 俞继华 张富丽 廖海 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期7-11,17,共6页
利用实验室前期已获得的α-淀粉酶抑制剂基因(LASI),将其分别连接到不同载体上构建重组原核表达质粒,在原核表达系统中诱导表达LASI重组蛋白,并优化其诱导条件。通过Western Blot分析鉴定LASI重组蛋白,并采用碘-淀粉呈色法测定LASI对猪... 利用实验室前期已获得的α-淀粉酶抑制剂基因(LASI),将其分别连接到不同载体上构建重组原核表达质粒,在原核表达系统中诱导表达LASI重组蛋白,并优化其诱导条件。通过Western Blot分析鉴定LASI重组蛋白,并采用碘-淀粉呈色法测定LASI对猪源淀粉酶的抑制活性。结果表明:pET28a是LASI的较好表达载体,当诱导时间为8 h,IPTG终浓度为1.0 mmol/L,诱导温度为27℃时,LASI重组蛋白的表达量达到最佳;在最优的诱导表达条件下,表达出的部分LASI重组蛋白以可溶性蛋白的形式存在,并能够与HIS标签单抗杂交;经纯化后获得的LASI重组蛋白对猪源淀粉酶存在抑制作用,终抑制比为34%。研究优化LASI重组蛋白的表达条件,获得足量的LASI重组蛋白,为进一步研究LASI的功能奠定基础。 展开更多
关键词 川芎 Α-淀粉酶抑制剂 原核表达 条件优化
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