拟使用生物信息学方法探索TFE3对胆汁淤积疾病的防御调控分子机制,为以TFE3为新靶点,开发防治胆汁淤积性疾病的药物提供理论依据.首先对胆道闭锁GEO数据库(GSE46960)进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,筛选出与疾病呈负相关的模块.该...拟使用生物信息学方法探索TFE3对胆汁淤积疾病的防御调控分子机制,为以TFE3为新靶点,开发防治胆汁淤积性疾病的药物提供理论依据.首先对胆道闭锁GEO数据库(GSE46960)进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,筛选出与疾病呈负相关的模块.该模块中的基因再与胆汁淤积GEO数据库(GSE152494、GSE169072)差异表达基因以及TFE3下游靶基因共同取交集,获得TFE3可能调节的对于胆汁淤积性疾病具有抑制作用的候选基因.最后利用JASPAR数据库分析TFE3与候选基因启动子CLEAR(coordinated lysosomal expression and regulation)序列结合的可能性.通过WGCNA分析共获得7个与疾病显著相关的模块,其中,4个模块与疾病呈显著负相关.这4个模块里的基因经与胆汁淤积数据库差异表达基因、GTRD预测的TFE3靶基因共同取交集,获得14个受TFE3调控的候选靶基因.JASPAR数据库分析TFE3与C4BPB、C9、DHODH、HAO2、HMGCS1和SC5D启动子上具有结合位点.该研究首次从生物信息学角度全面解析了TFE3对胆汁淤积性疾病保护作用的调节机理,推测TFE3可能通过调节这6个靶基因对胆汁淤积疾病起到防御保护作用.展开更多
文摘拟使用生物信息学方法探索TFE3对胆汁淤积疾病的防御调控分子机制,为以TFE3为新靶点,开发防治胆汁淤积性疾病的药物提供理论依据.首先对胆道闭锁GEO数据库(GSE46960)进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,筛选出与疾病呈负相关的模块.该模块中的基因再与胆汁淤积GEO数据库(GSE152494、GSE169072)差异表达基因以及TFE3下游靶基因共同取交集,获得TFE3可能调节的对于胆汁淤积性疾病具有抑制作用的候选基因.最后利用JASPAR数据库分析TFE3与候选基因启动子CLEAR(coordinated lysosomal expression and regulation)序列结合的可能性.通过WGCNA分析共获得7个与疾病显著相关的模块,其中,4个模块与疾病呈显著负相关.这4个模块里的基因经与胆汁淤积数据库差异表达基因、GTRD预测的TFE3靶基因共同取交集,获得14个受TFE3调控的候选靶基因.JASPAR数据库分析TFE3与C4BPB、C9、DHODH、HAO2、HMGCS1和SC5D启动子上具有结合位点.该研究首次从生物信息学角度全面解析了TFE3对胆汁淤积性疾病保护作用的调节机理,推测TFE3可能通过调节这6个靶基因对胆汁淤积疾病起到防御保护作用.
