目的分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）/丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）混合感染者体内HCV各基因型在6个月时间间隔前后基因变化规律,为针对HCV制定预防治疗策略和后续的研究提供...目的分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）/丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）混合感染者体内HCV各基因型在6个月时间间隔前后基因变化规律,为针对HCV制定预防治疗策略和后续的研究提供基础。方法对新疆地区2013年4月确认为HIV-1抗体阳性的102例感染者进行HCV抗体检测,HCV抗体阳性的研究对象在6个月后（2013年10月）进行第二次采血。对HCV抗体阳性的2次标本抽提血浆病毒RNA,反转录后扩增HCV 5′UTR基因,将所得到的序列与HCV的国际标准株进行比较,确定被检样本的HCV基因型。基于2次采样毒株的序列变异,使用MEGA 6软件计算其基因离散率,使用Beast v1.8.0软件分析起源时间和进化速率。结果 102例HIV-1感染者中有89例（87.25%）HCV抗体阳性,其中成功扩增出HCV 5′UTR基因2次序列的有77例（77/89,86.52%）。HCV 5′UTR基因片段分型结果显示有4种基因型：1a（9/77,11.69%）,1b（31/77,40.26%）,3a（24/77,31.17%）,3b（13/77,16.88%）。HCV的1b基因型6个月后样本的组内基因离散率（0.025±0.007）%明显大于首次采样的（0.001±0.001）%,其他3种基因型的基因离散率在6个月后无明显变化。HCV的5′UTR基因平均进化速率为1.62×10^-3（95%HPD 1.52×10-3～5.38×10^-3）替换/（位点·年）,各基因亚型之间的进化速率相差1～3倍,3a亚型祖先株形成时间最为久远。结论新疆地区HIV-1感染者中静脉吸毒人群合并HCV感染率高,HCV的3种基因型（1a、3b、3a）在HIV-1感染者体内稳定存在,总体变异不大,但1b基因型随着时间的推移相对比较活跃。展开更多
目的分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者中流行的CRF07_BC亚型毒株gag基因的遗传变异特性。方法对75例HIV-1感染者分别于间隔6个月的两个时间点采集标本。抽提标本RNA反转录后用巢式...目的分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者中流行的CRF07_BC亚型毒株gag基因的遗传变异特性。方法对75例HIV-1感染者分别于间隔6个月的两个时间点采集标本。抽提标本RNA反转录后用巢式聚合酶链反应扩增gag基因片段,将得到的2次序列进行亚型、同源性、基因离散率和选择压力分析。结果进化树上同一样本的2次序列聚集成一个小分枝,有15大簇分枝的共同特征是每枝上的几个毒株来源的新疆下属地区相同且同源相似性在94.2%-99.4%之间,具有这种特征的标本超过全部标本量的半数;与首次采样的序列相比,6个月后的样本序列组内基因离散率、与标准株间的组间基因离散率均呈现出增加的趋势;基因选择压力分析表明新疆地区的HIV-1毒株正受到正向选择压力。结论进化树上每簇分枝上的几个样本来源的地区相同和序列高度同源提示每簇上的几例标本很有可能是由同一株亲本毒株进化而来的;基因离散率随流行时间的增长而增加和基因选择压力分析结果均表明HIV-1毒株发生着连续的定向突变。展开更多
文摘目的分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者中流行的CRF07_BC亚型毒株gag基因的遗传变异特性。方法对75例HIV-1感染者分别于间隔6个月的两个时间点采集标本。抽提标本RNA反转录后用巢式聚合酶链反应扩增gag基因片段,将得到的2次序列进行亚型、同源性、基因离散率和选择压力分析。结果进化树上同一样本的2次序列聚集成一个小分枝,有15大簇分枝的共同特征是每枝上的几个毒株来源的新疆下属地区相同且同源相似性在94.2%-99.4%之间,具有这种特征的标本超过全部标本量的半数;与首次采样的序列相比,6个月后的样本序列组内基因离散率、与标准株间的组间基因离散率均呈现出增加的趋势;基因选择压力分析表明新疆地区的HIV-1毒株正受到正向选择压力。结论进化树上每簇分枝上的几个样本来源的地区相同和序列高度同源提示每簇上的几例标本很有可能是由同一株亲本毒株进化而来的;基因离散率随流行时间的增长而增加和基因选择压力分析结果均表明HIV-1毒株发生着连续的定向突变。
