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蒙古冰草AmWRKY1-like基因克隆及表达分析 被引量：3
1
作者 陈燕福 范菠菠 +3 位作者 赵彦 武小娟 赵娜勤 马艳红 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期386-391,共6页
基于转录组测序数据,该研究采用PCR扩增方法从蒙古冰草中克隆AmWRKY1-like的全长cDNA,并对其进行了生物信息学和亚细胞定位分析,为深入研究AmWRKY1-like在蒙古冰草干旱胁迫响应中的调控作用提供理论基础。结果发现:成功克隆得到了AmWRKY... 基于转录组测序数据,该研究采用PCR扩增方法从蒙古冰草中克隆AmWRKY1-like的全长cDNA,并对其进行了生物信息学和亚细胞定位分析,为深入研究AmWRKY1-like在蒙古冰草干旱胁迫响应中的调控作用提供理论基础。结果发现:成功克隆得到了AmWRKY1-like基因,其开放阅读边框(ORF)为1182 bp、编码393个氨基酸,含有典型的WRKY转录因子保守结构域;qRT-PCR表明,在自然干旱和15%PEG-6000模拟干旱下,蒙古冰草叶片中AmWRKY1-like均可诱导表达,较对照呈下调表达趋势;亚细胞定位表明,AmWRKY1-like基因在细胞核中特异表达。 展开更多
关键词 蒙古冰草 AmWRKY1-like基因 克隆 亚细胞定位 QRT-PCR
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紫色马铃薯bHLH转录因子家族基因的鉴定及表达分析 被引量：3
2
作者 王沛捷 马艳红 +2 位作者 武小娟 范菠菠 赵娜勤 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期601-616,共16页
bHLH转录因子家族是第二大转录因子家族,在植物生长发育、花青素生物合成途径的调控、逆境胁迫响应等发挥重要作用。为挖掘马铃薯(Solanum tuberosum)的紫色块茎花青素合成相关的bHLH基因,本研究基于紫色马铃薯转录组测序数据筛选bHLH基... bHLH转录因子家族是第二大转录因子家族,在植物生长发育、花青素生物合成途径的调控、逆境胁迫响应等发挥重要作用。为挖掘马铃薯(Solanum tuberosum)的紫色块茎花青素合成相关的bHLH基因,本研究基于紫色马铃薯转录组测序数据筛选bHLH基因,通过生物信息学方法对其进行序列分析,对bHLH基因在不同时期的表达与功能进行分析与预测,并通过RT-qPCR技术分析花青素合成相关的5个bHLH基因在不同发育时期的表达水平。结果表明:紫色马铃薯中筛选出103个bHLH基因,编码的蛋白大小在129~699 aa,等电点在4.65~9.75,均为亲水性蛋白;碱性区域由15个碱性氨基酸组成,均有高度保守的H5-E9-R12序列(His5-Glu9-Arg12),两个螺旋区内含有高度保守的亮氨酸(L)、精氨酸(R)和缬氨酸(V);基序预测得到2个保守基序,最长的基序含35个氨基酸;有36个bHLH基因在整个生育期呈下调表达、有67个bHLH基因呈上调表达,其中41个bHLH基因在3个发育时期差异表达显著;103个紫色马铃薯bHLH基因与拟南芥(Arabidopsis thaliana)bHLH基因聚类为13个亚族;GO富集分析发现103个bHLH基因广泛参与花青素生物合成、防御反应、生长发育等72项功能,其中参与花青素和类黄酮合成的bHLH基因有5个,其RT-qPCR结果与测序表达一致。 展开更多
关键词 紫色马铃薯 bHLH转录因子 基因序列 差异表达分析 RT-QPCR
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彩色马铃薯中miR858表达及其花青素含量变化分析 被引量：3
3
作者 范菠菠 刘旭婷 +4 位作者 陈燕福 武小娟 赵娜勤 于卓 马艳红 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第17期5563-5569,共7页
microRNA是植物体内普遍存在的非编码小RNA,广泛参与植物生长发育、代谢调节及多种逆境胁迫响应。研究表明miR858可能是参与植物花青素合成调控的miRNA之一,但其在彩色马铃薯中调控花青素的研究尚未见有报道。本研究对彩色马铃薯不同部... microRNA是植物体内普遍存在的非编码小RNA,广泛参与植物生长发育、代谢调节及多种逆境胁迫响应。研究表明miR858可能是参与植物花青素合成调控的miRNA之一,但其在彩色马铃薯中调控花青素的研究尚未见有报道。本研究对彩色马铃薯不同部位中miR858的表达情况进行研究,同时对其花青素进行测定,以明确miR858与花青素合成间的调控关系。结果表明miR858在3个彩色马铃薯品种不同组织中均有表达,但不同组织的花青素含量与miR858的表达存在品种差异性,其中紫色马铃薯品种‘黑金刚’、‘华颂66号’中miR858的表达情况和花青素的含量呈正相关,红色马铃薯品种‘红美’miR858的表达情况和花青素的含量呈负相关,这可能是马铃薯的品种特异性决定了其花青素调控中基因表达的差异性。 展开更多
关键词 彩色马铃薯 miR858 花青素 实时荧光定量PCR
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基于RNA-Seq的彩色马铃薯MYB转录因子家族分析 被引量：2
4
作者 武小娟 范菠菠 +4 位作者 赵娜勤 陈燕福 宋昌海 于卓 马艳红 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第21期6990-6999,共10页
植物MYB转录因子是功能多样、数量众多的转录因子之一,对植物的生长发育和代谢调控起着极其重要的作用。本研究基于彩色马铃薯块茎转录组测序数据,对彩色马铃薯发育过程中MYB转录因子基因进行筛选,并对其保守结构域、亚细胞定位进行分析... 植物MYB转录因子是功能多样、数量众多的转录因子之一,对植物的生长发育和代谢调控起着极其重要的作用。本研究基于彩色马铃薯块茎转录组测序数据,对彩色马铃薯发育过程中MYB转录因子基因进行筛选,并对其保守结构域、亚细胞定位进行分析;同时利用TMEV软件对其中R2R3-MYB转录因子的差异表达进行分析,并对差异显著的R2R3-MYB转录因子进行功能预测。结果表明,基于转录组测序数据,筛选得到143个彩色马铃薯MYB类转录因子基因,根据结构特征分为4大类:1R-MYB、R2R3-MYB、3R-MYB和4R-MYB;亚细胞定位结果显示,138个MYB转录因子定位于细胞核,4个定位于细胞膜,1个定位细胞质;保守域分析显示,R2R3-MYB类转录因子的保守基序为R2、R3;彩色马铃薯R2R3-MYB转录因子基因在不同时期差异表达,其中上调表达10个、下调表达5个;根据GO富集性分析,共注释到6个和花青素相关的R2R3-MYB转录因子,本研究为下一步彩色马铃薯花青素合成相关MYB基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考。 展开更多
关键词 彩色马铃薯 转录组测序 MYB家族 表达模式
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