目的了解重庆地区门诊腹泻患儿感染诺如病毒(NV)流行株的变迁及基因重组情况。方法采集2012年1~12月就诊于重庆医科大学附属儿童医院的疑似病毒性腹泻患儿的粪便标本。采用JVl2/JVl3、GⅠSKF/GⅠSKR(COG2F/GⅡSKR)两对引物,对NV基因组...目的了解重庆地区门诊腹泻患儿感染诺如病毒(NV)流行株的变迁及基因重组情况。方法采集2012年1~12月就诊于重庆医科大学附属儿童医院的疑似病毒性腹泻患儿的粪便标本。采用JVl2/JVl3、GⅠSKF/GⅠSKR(COG2F/GⅡSKR)两对引物,对NV基因组的部分RNA依赖的RNA聚合酶区和衣壳蛋白的N/S区分别进行RT-PCR核酸检测,所有阳性产物进行回收纯化、测序,用DNAstar和MEGA 5.05软件对序列分别进行比对和构建进化树。并将疑似重组株的标本再用JVl2/GⅠSKR(JVl2/GⅡSKR)进行PCR扩增,用SimPlot软件对序列进行重组鉴定。结果 384例腹泻患儿粪便标本进入本文分析,男248例,女136例,年龄(13.1±14.4)个月。①NV阳性84/384例(21.9%),<60月龄组NV阳性构成比为96.4%(81/84)。NV在6、8和9月份检出率较高,3和4月份检出率最低。②84例NV阳性标本capsid的N/S区基因片段测序显示,GⅡ.4 2006b型37例,GⅡ.4 New Orleans 2009型1例,GⅡ.4 Sydney 2012型27例,GⅡ.3型12例,GⅡ.6型3例,GⅡ.13型3例,GⅡ.5型1例;1~7月份GⅡ.4 2006b型为主要流行株,8~12月GⅡ.4Sydney 2012型为主要流行株;③共检出44株重组株,分别是GⅡ.e/GⅡ.4 Sydney 2012型27株、GⅡ.7/GⅡ.6型1株、GⅡ.22/GⅡ.5型1株、GⅡ.12/GⅡ.3型12株,GⅡ.16/GⅡ.13型3株。结论重庆地区NV重组现象非常明显,2012年8~12月NV优势株逐渐由GⅡ.4 2006b型转为GⅡ.e/GⅡ.4 Sydney 2012型的重组株,并检出GⅡ.22/GⅡ.5型和GⅡ.16/GⅡ.13型2种新型重组株。展开更多
目的：探讨5例乙肝疫苗接种失败儿童及其母亲在母婴传播过程中乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）＂a＂决定簇准种变化趋势。方法：选择5例重庆地区乙肝疫苗接种失败的儿童及其母亲,应用PCR法扩增其HBV基因组全长,构建HBV全基因组...目的：探讨5例乙肝疫苗接种失败儿童及其母亲在母婴传播过程中乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）＂a＂决定簇准种变化趋势。方法：选择5例重庆地区乙肝疫苗接种失败的儿童及其母亲,应用PCR法扩增其HBV基因组全长,构建HBV全基因组测序文库后进行solexa高通量测序,并对测序数据进行生物信息学分析。结果：母子HBV序列同源性为99%～100%;5对母子HBV基因型均为B＋C混合型,其中4对优势基因型为B型,1对为C型,母子优势基因型相同;所有儿童均在＂a＂决定簇存在复杂度明显增高位点;5对母子＂a＂决定簇复杂度明显增高的氨基酸（Amino acid,aa）位点共有10个,仅存在于儿童的有2个,为aa126和aa143,儿童中有1例发生优势氨基酸突变,突变形式为G145R。结论：乙肝疫苗接种失败儿童在＂a＂决定簇存在准种现象,儿童体内的突变株可能来源于其母亲。展开更多
文摘目的了解重庆地区门诊腹泻患儿感染诺如病毒(NV)流行株的变迁及基因重组情况。方法采集2012年1~12月就诊于重庆医科大学附属儿童医院的疑似病毒性腹泻患儿的粪便标本。采用JVl2/JVl3、GⅠSKF/GⅠSKR(COG2F/GⅡSKR)两对引物,对NV基因组的部分RNA依赖的RNA聚合酶区和衣壳蛋白的N/S区分别进行RT-PCR核酸检测,所有阳性产物进行回收纯化、测序,用DNAstar和MEGA 5.05软件对序列分别进行比对和构建进化树。并将疑似重组株的标本再用JVl2/GⅠSKR(JVl2/GⅡSKR)进行PCR扩增,用SimPlot软件对序列进行重组鉴定。结果 384例腹泻患儿粪便标本进入本文分析,男248例,女136例,年龄(13.1±14.4)个月。①NV阳性84/384例(21.9%),<60月龄组NV阳性构成比为96.4%(81/84)。NV在6、8和9月份检出率较高,3和4月份检出率最低。②84例NV阳性标本capsid的N/S区基因片段测序显示,GⅡ.4 2006b型37例,GⅡ.4 New Orleans 2009型1例,GⅡ.4 Sydney 2012型27例,GⅡ.3型12例,GⅡ.6型3例,GⅡ.13型3例,GⅡ.5型1例;1~7月份GⅡ.4 2006b型为主要流行株,8~12月GⅡ.4Sydney 2012型为主要流行株;③共检出44株重组株,分别是GⅡ.e/GⅡ.4 Sydney 2012型27株、GⅡ.7/GⅡ.6型1株、GⅡ.22/GⅡ.5型1株、GⅡ.12/GⅡ.3型12株,GⅡ.16/GⅡ.13型3株。结论重庆地区NV重组现象非常明显,2012年8~12月NV优势株逐渐由GⅡ.4 2006b型转为GⅡ.e/GⅡ.4 Sydney 2012型的重组株,并检出GⅡ.22/GⅡ.5型和GⅡ.16/GⅡ.13型2种新型重组株。
文摘目的：探讨5例乙肝疫苗接种失败儿童及其母亲在母婴传播过程中乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）＂a＂决定簇准种变化趋势。方法：选择5例重庆地区乙肝疫苗接种失败的儿童及其母亲,应用PCR法扩增其HBV基因组全长,构建HBV全基因组测序文库后进行solexa高通量测序,并对测序数据进行生物信息学分析。结果：母子HBV序列同源性为99%～100%;5对母子HBV基因型均为B＋C混合型,其中4对优势基因型为B型,1对为C型,母子优势基因型相同;所有儿童均在＂a＂决定簇存在复杂度明显增高位点;5对母子＂a＂决定簇复杂度明显增高的氨基酸（Amino acid,aa）位点共有10个,仅存在于儿童的有2个,为aa126和aa143,儿童中有1例发生优势氨基酸突变,突变形式为G145R。结论：乙肝疫苗接种失败儿童在＂a＂决定簇存在准种现象,儿童体内的突变株可能来源于其母亲。
