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短短芽孢杆菌几丁质酶BBChi4基因的原核表达及抑菌活性研究
被引量:
2
1
作者
陶小买
曾丽娜
+4 位作者
贾
化
可
张婷婷
任建国
张洁
刘红美
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期3533-3539,共7页
采用生物信息学方法分析短短芽孢杆菌GZDF3菌株几丁质酶BBChi4基因,以GZDF3菌株全基因组DNA为模版设计特异性引物,通过PCR扩增出BBChi4基因的全序列并对其测序验证。将测序验证无误的基因序列连接到原核表达载体(pET-28a),构建重组表达...
采用生物信息学方法分析短短芽孢杆菌GZDF3菌株几丁质酶BBChi4基因,以GZDF3菌株全基因组DNA为模版设计特异性引物,通过PCR扩增出BBChi4基因的全序列并对其测序验证。将测序验证无误的基因序列连接到原核表达载体(pET-28a),构建重组表达载体pET-28a-BBchi4,转入大肠杆菌BL21进行诱导表达,利用打孔法对诱导表达产物进行抑菌活性研究。生物信息学分析显示BBChi4基因全长为2 181 bp,编码726个氨基酸,分子量大小为77.69 kD,等电点为4.83,属于酸性几丁质酶。破碎重组表达菌体上清液SDS-PAGE电泳显示,重组蛋白质分子量大约为78 kD,与生物信息学预测结果一致。诱导表达最佳参数为1 mmol/L IPTG,30℃诱导4 h。破碎重组表达菌体上清液对半夏致病真菌(尖孢镰刀菌)有较强的拮抗作用。重组表达载体pET-28a-BBchi4的成功构建及表达为深入研究几丁质酶的功能提供科学依据。
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关键词
短短芽孢杆菌
几丁质酶基因
原核表达
抑菌活性
原文传递
短短芽孢杆菌GZDF3中PilZ结构域基因的挖掘和糖基转移酶的原核表达
2
作者
贾
化
可
张功友
+3 位作者
陶小买
吴东明
隆耀航
刘红美
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第11期2944-2951,共8页
【背景】PilZ结构域是最早发现的环二鸟苷酸(Cyclic diguanylate,c-di-GMP)受体信号分子,与c-di-GMP结合后可以调控目标基因或者蛋白的活性,在细菌的生长过程中发挥着至关重要的作用,而短短芽孢杆菌中PilZ结构域的研究相对缺乏。【目的...
【背景】PilZ结构域是最早发现的环二鸟苷酸(Cyclic diguanylate,c-di-GMP)受体信号分子,与c-di-GMP结合后可以调控目标基因或者蛋白的活性,在细菌的生长过程中发挥着至关重要的作用,而短短芽孢杆菌中PilZ结构域的研究相对缺乏。【目的】挖掘短短芽孢杆菌GZDF3菌株中的PilZ结构域蛋白基因,并进行重组表达,为研究其功能奠定基础。【方法】从Pfam数据库中下载PilZ结构域模型,HMMScan软件扫描GZDF3全基因组序列,在保守结构域数据库(Conserved domain database,CDD)中分析蛋白保守结构域,Protein BLAST比对分析;采用ExPASy在线软件预测蛋白的基本理化性质;构建重组表达载体进行蛋白重组表达。【结果】GZDF3基因中存在5个含有PilZ结构域的蛋白编码基因,其中命名为Gene4836的基因经Protein BLAST比对分析显示其编码糖基转移酶,Gene1423为YcgR超家族蛋白编码基因,Gene1723编码透明质酸合成酶,属于糖基转移酶超家族2,其余Gene2571、Gene2956编码假定蛋白;Gene4836的编码产物分子量为24.08 kD,等电点为6.39,为酸性亲水性蛋白;C端有一个PilZ结构域;0.5 mmol/L乳糖诱导、30°C培养20 h,表达出一大小约为25kD的重组蛋白,与生物信息学预测结果相符。【结论】首次对短短芽孢杆菌含有PilZ结构域蛋白编码基因进行原核表达,并成功纯化出重组蛋白,为后续研究其功能奠定了基础。
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关键词
短短芽孢杆菌
PilZ结构域
糖基转移酶
原核表达
重组蛋白
原文传递
短短芽孢杆菌GZDF3嗜铁素合成酶基因Gene5693的生物信息学分析及原核表达
3
作者
袁林
贾
化
可
+4 位作者
盛淼淼
王兵
曾丽娜
刘红美
隆耀航
《贵州医科大学学报》
CAS
2019年第8期916-920,共5页
目的:从短短芽孢杆菌GZDF3菌株中克隆嗜铁素合成酶基因Gene5693,构建其原核表达载体并进行重组表达。方法:利用antiSMASH软件对GZDF3全基因组序列进行次级代谢物预测分析,然后采用ExPASy在线分析预测嗜铁素合成酶基因Gene5693的基本理...
目的:从短短芽孢杆菌GZDF3菌株中克隆嗜铁素合成酶基因Gene5693,构建其原核表达载体并进行重组表达。方法:利用antiSMASH软件对GZDF3全基因组序列进行次级代谢物预测分析,然后采用ExPASy在线分析预测嗜铁素合成酶基因Gene5693的基本理化性质并进行重组表达。结果:生物信息学分析结果显示,短短芽孢杆菌GZDF3全基因组序列与Petrobactin嗜铁素基因簇的相似性为83%,Gene5693基因编码的蛋白与Petrobactin嗜铁素编码的蛋白AsbE的相似性为51.06%;Gene5693编码蛋白氨基酸长度为327个氨基酸,分子量为39.05kDa,等电点(pI)为4.94,为酸性亲水性蛋白;Gene5693基因的PCR扩增成功获得预测的Gene5693基因片段,菌落PCR及重组DNA分子的双酶切电泳结果显示成功构建重组质粒;SDS-PAGE结果表明Gene5693编码的蛋白大小与生物信息学预测的结果一致。结论:成功克隆了嗜铁素合成基因Gene5693,并进行了重组表达。
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关键词
嗜铁素
短短芽孢杆菌
生物信息学
原核表达
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职称材料
题名
短短芽孢杆菌几丁质酶BBChi4基因的原核表达及抑菌活性研究
被引量:
2
1
作者
陶小买
曾丽娜
贾
化
可
张婷婷
任建国
张洁
刘红美
机构
贵州医科大学
贵州医科大学
贵州医科大学
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第8期3533-3539,共7页
基金
贵州省免疫细胞与抗体工程研究中心(贵州医科大学)(黔教合KY字(2017)017)
贵州医科大学生物与医学工程重点实验室(校重点实验室2016002)
+1 种基金
贵州医科大学医药生物技术工程研究中心(校工程中心2016002)
一种防治中药材根(块)茎腐烂病的微生物杀菌剂研制(QZYY-2015-013)项目共同资助
文摘
采用生物信息学方法分析短短芽孢杆菌GZDF3菌株几丁质酶BBChi4基因,以GZDF3菌株全基因组DNA为模版设计特异性引物,通过PCR扩增出BBChi4基因的全序列并对其测序验证。将测序验证无误的基因序列连接到原核表达载体(pET-28a),构建重组表达载体pET-28a-BBchi4,转入大肠杆菌BL21进行诱导表达,利用打孔法对诱导表达产物进行抑菌活性研究。生物信息学分析显示BBChi4基因全长为2 181 bp,编码726个氨基酸,分子量大小为77.69 kD,等电点为4.83,属于酸性几丁质酶。破碎重组表达菌体上清液SDS-PAGE电泳显示,重组蛋白质分子量大约为78 kD,与生物信息学预测结果一致。诱导表达最佳参数为1 mmol/L IPTG,30℃诱导4 h。破碎重组表达菌体上清液对半夏致病真菌(尖孢镰刀菌)有较强的拮抗作用。重组表达载体pET-28a-BBchi4的成功构建及表达为深入研究几丁质酶的功能提供科学依据。
关键词
短短芽孢杆菌
几丁质酶基因
原核表达
抑菌活性
Keywords
Brevibacillus brevis
Chitinase
Prokaryotic expression
Antibacterial activity
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
短短芽孢杆菌GZDF3中PilZ结构域基因的挖掘和糖基转移酶的原核表达
2
作者
贾
化
可
张功友
陶小买
吴东明
隆耀航
刘红美
机构
贵州医科大学医药生物技术与工程研究中心
贵州医科大学生物与医学工程重点实验室
贵州省免疫细胞与抗体工程研究中心
出处
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第11期2944-2951,共8页
基金
贵阳市联合基金([2017] 5-33)
贵州省科技厅科技支撑计划([2017] 2833)~~
文摘
【背景】PilZ结构域是最早发现的环二鸟苷酸(Cyclic diguanylate,c-di-GMP)受体信号分子,与c-di-GMP结合后可以调控目标基因或者蛋白的活性,在细菌的生长过程中发挥着至关重要的作用,而短短芽孢杆菌中PilZ结构域的研究相对缺乏。【目的】挖掘短短芽孢杆菌GZDF3菌株中的PilZ结构域蛋白基因,并进行重组表达,为研究其功能奠定基础。【方法】从Pfam数据库中下载PilZ结构域模型,HMMScan软件扫描GZDF3全基因组序列,在保守结构域数据库(Conserved domain database,CDD)中分析蛋白保守结构域,Protein BLAST比对分析;采用ExPASy在线软件预测蛋白的基本理化性质;构建重组表达载体进行蛋白重组表达。【结果】GZDF3基因中存在5个含有PilZ结构域的蛋白编码基因,其中命名为Gene4836的基因经Protein BLAST比对分析显示其编码糖基转移酶,Gene1423为YcgR超家族蛋白编码基因,Gene1723编码透明质酸合成酶,属于糖基转移酶超家族2,其余Gene2571、Gene2956编码假定蛋白;Gene4836的编码产物分子量为24.08 kD,等电点为6.39,为酸性亲水性蛋白;C端有一个PilZ结构域;0.5 mmol/L乳糖诱导、30°C培养20 h,表达出一大小约为25kD的重组蛋白,与生物信息学预测结果相符。【结论】首次对短短芽孢杆菌含有PilZ结构域蛋白编码基因进行原核表达,并成功纯化出重组蛋白,为后续研究其功能奠定了基础。
关键词
短短芽孢杆菌
PilZ结构域
糖基转移酶
原核表达
重组蛋白
Keywords
Brevibacillus brevis
PilZ domain
Glycosyltransferase
Prokaryotic expression
Recombinant protein
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
短短芽孢杆菌GZDF3嗜铁素合成酶基因Gene5693的生物信息学分析及原核表达
3
作者
袁林
贾
化
可
盛淼淼
王兵
曾丽娜
刘红美
隆耀航
机构
贵州医科大学医药生物技术研究中心
贵州医科大学生物与医学工程重点实验室
贵州省教育厅免疫细胞与抗体工程研究中心
贵州医科大学生物与工程学院
出处
《贵州医科大学学报》
CAS
2019年第8期916-920,共5页
基金
贵州省科技支撑计划[黔科合支撑(2017)2833]
贵州医科大学医药生物技术工程研究中心(2016002)
+1 种基金
贵阳市联合基金[(2017)5-33]
贵州省科技计划项目[黔科合基础(2019)1253]
文摘
目的:从短短芽孢杆菌GZDF3菌株中克隆嗜铁素合成酶基因Gene5693,构建其原核表达载体并进行重组表达。方法:利用antiSMASH软件对GZDF3全基因组序列进行次级代谢物预测分析,然后采用ExPASy在线分析预测嗜铁素合成酶基因Gene5693的基本理化性质并进行重组表达。结果:生物信息学分析结果显示,短短芽孢杆菌GZDF3全基因组序列与Petrobactin嗜铁素基因簇的相似性为83%,Gene5693基因编码的蛋白与Petrobactin嗜铁素编码的蛋白AsbE的相似性为51.06%;Gene5693编码蛋白氨基酸长度为327个氨基酸,分子量为39.05kDa,等电点(pI)为4.94,为酸性亲水性蛋白;Gene5693基因的PCR扩增成功获得预测的Gene5693基因片段,菌落PCR及重组DNA分子的双酶切电泳结果显示成功构建重组质粒;SDS-PAGE结果表明Gene5693编码的蛋白大小与生物信息学预测的结果一致。结论:成功克隆了嗜铁素合成基因Gene5693,并进行了重组表达。
关键词
嗜铁素
短短芽孢杆菌
生物信息学
原核表达
Keywords
ferritin
Bacillus brevis
bioinformatics
prokaryotic expression
分类号
R34-33 [医药卫生—基础医学]
S476 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
短短芽孢杆菌几丁质酶BBChi4基因的原核表达及抑菌活性研究
陶小买
曾丽娜
贾
化
可
张婷婷
任建国
张洁
刘红美
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
原文传递
2
短短芽孢杆菌GZDF3中PilZ结构域基因的挖掘和糖基转移酶的原核表达
贾
化
可
张功友
陶小买
吴东明
隆耀航
刘红美
《微生物学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
0
原文传递
3
短短芽孢杆菌GZDF3嗜铁素合成酶基因Gene5693的生物信息学分析及原核表达
袁林
贾
化
可
盛淼淼
王兵
曾丽娜
刘红美
隆耀航
《贵州医科大学学报》
CAS
2019
0
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