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密码子偏性的分析方法及相关研究进展 被引量:185
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作者 吴宪明 吴松锋 +2 位作者 任大明 朱云平 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期420-426,共7页
密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有重要的生物学意义;文章概述了密码子偏性研究方面的基本理论和常用分析方法,归纳了密... 密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有重要的生物学意义;文章概述了密码子偏性研究方面的基本理论和常用分析方法,归纳了密码子使用分析的常用软件和提供在线分析网站,介绍了与密码子偏性相关的生物学领域及最新的研究进展,并对深入研究进行展望。 展开更多
关键词 密码子偏性 基因表达 遗传密码
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nr数据库分析及其本地化 被引量:104
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作者 邓泱泱 荔建琦 +3 位作者 吴松锋 朱云平 陈耀文 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期71-73,76,共4页
通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较,论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上,设计方案实现了nr数据库的本地化,对nr数据库的记录进行了统计分析,提供了数据库的内部访问... 通过用NCBI的blastp程序对nr数据库与IPI数据库中属于人类的蛋白质序列进行比较,论证了nr数据库整合到蛋白质注释系统中的必要性。并在此基础上,设计方案实现了nr数据库的本地化,对nr数据库的记录进行了统计分析,提供了数据库的内部访问,为蛋白质注释系统整合nr数据库做好了第一步工作。 展开更多
关键词 蛋白质序列数据库 序列比对 蛋白质注释 本地化
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生物信息学:生物实验数据和计算技术结合的新领域 被引量:38
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作者 欧阳曙光 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1999年第14期1457-1468,共12页
大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科“生物信息学” .分别从基因序列或蛋白质结构等生物信息数据库、基因组分析或蛋白... 大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科“生物信息学” .分别从基因序列或蛋白质结构等生物信息数据库、基因组分析或蛋白质结构分析等常规生物学计算软件、基因组数据库检索或蛋白质空间结构识别与预测等在线生物学计算服务器、人工生命等几个方面 ,概述了发展中的生物信息学的最近动态和有关信息 ,并同时提供了相关的热门生物信息学站点和资源在互联网上的超文本或文件传输协议地址 .此外 ,还介绍了讨论组、新闻组等其他形式的医学、生物学、信息学资源 .最后 ,就生物信息学存在的问题与前景进行了讨论 ,指出生物信息学将是一次国际性的科学大协作 。 展开更多
关键词 生物信息学 计算机科学 生物实验数据 计算技术
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蛋白质组技术的研究进展 被引量:33
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作者 万晶宏 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1999年第9期904-911,共8页
简要介绍目前蛋白质组研究的技术及其进展 蛋白质组研究是对基因组研究的重要补充 ,它是在蛋白质水平定量、动态、整体性研究生物体 双向电泳是目前唯一分离蛋白质组成分的技术 ,是其研究的核心 ,它要求高分辨率和重复性 目前多应用... 简要介绍目前蛋白质组研究的技术及其进展 蛋白质组研究是对基因组研究的重要补充 ,它是在蛋白质水平定量、动态、整体性研究生物体 双向电泳是目前唯一分离蛋白质组成分的技术 ,是其研究的核心 ,它要求高分辨率和重复性 目前多应用固相pH梯度技术作为第一向分离蛋白 分离后分析即鉴定技术是其研究的支柱 ,其中 ,图象分析依靠计算机为基础的数据处理 ,定量分析可确定蛋白质的基本属性如等电点和分子量 ;微量测序如自动化的Ed man降解和N 末端序列标签测定可直接对蛋白质测序 ,是鉴定蛋白质的基石 ;与质谱相关的肽质指纹技术和肽片段部分测序目前多为酶解、液相色谱分离、串联质谱和计算机算法联合起来 ,将蛋白质组研究提高到一个新的水平 ,具有极高的分辨率和精确度 ;氨基酸组分分析则利用组分的性质从另一角度鉴定蛋白质 这些技术皆需依据各种数据库、相应的软件和网络比较鉴定蛋白质 另外 ,蛋白质组技术要求大规模的高流通量筛选 。 展开更多
关键词 蛋白质组 双向电泳 图象分析 基因组 分离
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采用RACE技术获得全长人新基因MAGE-D1 被引量:27
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作者 邢桂春 张成岗 +1 位作者 魏汉东 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第2期203-208,共6页
c DNA末端快速扩增 (RACE)技术是快速获得新基因 5′和 3′端未知序列的有效手段 .鉴于新报导的人肿瘤基因 MAGE家族成员之一 MAGE- D1的 c DNA序列不完全 ,从而拟用 RACE技术获得 MAGE- D1的全长 c DNA序列 .结果显示 ,MAGE- D1的 c DN... c DNA末端快速扩增 (RACE)技术是快速获得新基因 5′和 3′端未知序列的有效手段 .鉴于新报导的人肿瘤基因 MAGE家族成员之一 MAGE- D1的 c DNA序列不完全 ,从而拟用 RACE技术获得 MAGE- D1的全长 c DNA序列 .结果显示 ,MAGE- D1的 c DNA全长为 2 80 0个碱基 ,编码778个氨基酸 .同时对 RACE技术应用时的一些关键问题进行了讨论 . 展开更多
关键词 CDNA末端快速扩增技术 人黑色素瘤抗原相关基因D1 全长CDNA序列
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蛋白质组分析中蛋白质分步提取方法的建立 被引量:33
6
作者 兰彦 钱小红 +4 位作者 王阁 李勇 罗凌 柳正良 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第3期415-418,共4页
利用细胞裂解液充分溶解细胞蛋白质是成功进行蛋白质组分析的先决条件 .尝试利用三步提取法 ,即以三种溶解性能不同的裂解液分步提取细胞中的蛋白质组 ,并分别进行二维聚丙烯酰胺凝胶电泳 (two dimensionalpolyacrylamidegelelectrophor... 利用细胞裂解液充分溶解细胞蛋白质是成功进行蛋白质组分析的先决条件 .尝试利用三步提取法 ,即以三种溶解性能不同的裂解液分步提取细胞中的蛋白质组 ,并分别进行二维聚丙烯酰胺凝胶电泳 (two dimensionalpolyacrylamidegelelectrophoresis,2 DPAGE)分离 .通过对 2 DPAGE蛋白质图谱的比较 ,发现其与常规方法相比 ,具有蛋白质提取率高、双向电泳 (two dimensionalelectrophoresis,2 DE)分辨率高等优点 . 展开更多
关键词 分步提取 蛋白质组 二维降丙烯酰胺凝胶电泳
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蛋白质组(proteome)研究——后基因组时代的生力军 被引量:26
7
作者 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1999年第2期113-122,共10页
随着人类基因组计划的全面推进与十余种模式生物基因组全序列测定的完成 ,基因组计划的重心已逐渐由结构基因组研究转移到功能基因组研究 ,生命科学随之开始了一个新的纪元———后基因组时代 ,蛋白质组研究则应运而生 .现在简要介绍后... 随着人类基因组计划的全面推进与十余种模式生物基因组全序列测定的完成 ,基因组计划的重心已逐渐由结构基因组研究转移到功能基因组研究 ,生命科学随之开始了一个新的纪元———后基因组时代 ,蛋白质组研究则应运而生 .现在简要介绍后基因组时代的生力军———“蛋白质组研究”问世的历史背景、定义与内容、技术路线与相关方法、已有进展及趋势 ,并提出了我国蛋白质组研究的应对策略 . 展开更多
关键词 蛋白质组 基因组 后基因组时代 基因组计划 HGP
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蛋白质组研究进展 被引量:29
8
作者 胡志远 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1999年第3期202-205,共4页
蛋白质组研究技术是后基因组时代的重要研究手段.综述了流感嗜血杆菌、细菌、酵母、线虫。
关键词 蛋白质组 双向电泳 数据库
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肝再生增强因子的cDNA克隆、表达及表达产物的生物活性研究 被引量:32
9
作者 杨晓明 谢玲 +3 位作者 邱兆华 宫锋 吴祖泽 《生物化学杂志》 CSCD 1997年第2期130-135,共6页
以肝部分切除后再生肝组织为起始材料,利用RT-PCR扩增出大鼠肝再生增强因子(ALR),亚克隆于pGEM-T载体,核苷酸序列测定证实为大鼠ALR;将ALRcDNA亚克隆于pBV220质粒,构建了原核表达栽体,并获高效表达菌株,特异表达蛋白占细菌总... 以肝部分切除后再生肝组织为起始材料,利用RT-PCR扩增出大鼠肝再生增强因子(ALR),亚克隆于pGEM-T载体,核苷酸序列测定证实为大鼠ALR;将ALRcDNA亚克隆于pBV220质粒,构建了原核表达栽体,并获高效表达菌株,特异表达蛋白占细菌总蛋白的15%,原核表达的ALR在体外缺乏促进大鼠原代培养肝细胞及SMMC-7721肝癌细胞DNA合成的活性,但在体内1/3肝部分切除模型中可刺激肝细胞DNA合成;ALR在生物学活性方面与肝脏刺激物(HSS)存在一定差别,ALR和HSS应是两种不同的活性因子.ALR还具有促肝损伤修复的作用,对其深入研究可能为临床治疗严重肝病提供有效的药物. 展开更多
关键词 肝再生增强因子 CDNA 克隆 表达 表达产物
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生物信息学在新基因全长cDNA序列分析及功能预测中的应用 被引量:17
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作者 张成岗 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第1期159-163,共5页
差异表达基因的检测与分析已成为研究具有差异的生物学表型的常规策略 .对通过实验所获得的差异基因片段进行生物信息学分析 ,主要包括基于国际互联网的序列相似性分析、片段重叠群分析和全长cDNA序列分析 ,以及如何构建局域网并采用本... 差异表达基因的检测与分析已成为研究具有差异的生物学表型的常规策略 .对通过实验所获得的差异基因片段进行生物信息学分析 ,主要包括基于国际互联网的序列相似性分析、片段重叠群分析和全长cDNA序列分析 ,以及如何构建局域网并采用本地服务器进行规模化的数据分析 ,从而为研究人员提供可参考的生物信息学数据分析方案 . 展开更多
关键词 生物信息学 全长cDNA序列分析 功能预测 PC机 数据分析 新基因
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差异蛋白质组学的研究进展 被引量:21
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作者 孙言伟 姜颖 《生命科学》 CSCD 2005年第2期137-140,共4页
差异蛋白质组是蛋白质组学研究的一个主要内容,其核心在于寻找某种特定因素引起样本之间蛋白质组的差异,揭示并验证蛋白质组在生理或病理过程中的变化。进一步对蛋白质组差异信息分析后,理论上可以推断造成这种变化的原因。因此,对于临... 差异蛋白质组是蛋白质组学研究的一个主要内容,其核心在于寻找某种特定因素引起样本之间蛋白质组的差异,揭示并验证蛋白质组在生理或病理过程中的变化。进一步对蛋白质组差异信息分析后,理论上可以推断造成这种变化的原因。因此,对于临床上肿瘤预诊、药物靶标寻找、细胞调控分子的鉴别等有着极大的实际意义。差异蛋白质组研究要求可靠性和可重复性。因此,对于样本处理要求较高,激光微切割技术和高丰度蛋白去除技术的应用优化了样本处理方法。目前差异蛋白质组的主要研究方法仍是2-DE分离和MS鉴定联合应用,基于2-DE的2-DDIGE方法弥补了2-DE的弱点,更适用于差异蛋白质组研究。除2-DE技术外的其他几种技术手段,如多维液相色谱分离技术、ICAT技术、蛋白芯片技术等差异蛋白质组学研究技术可以作为2-DE技术的补充,甚至或替代技术。 展开更多
关键词 差异蛋白质组 二维电泳 液相色谱 ICAT 蛋白芯片
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mTOR的研究进展 被引量:22
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作者 潘智 张令强 +1 位作者 蒋继志 《细胞生物学杂志》 CSCD 2006年第3期395-398,共4页
mTOR(mammaliantargetofrapamycin)是丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在感受营养信号、调节细胞生长与增殖中起着关键性的作用。mTOR可磷酸化p70S6K和4E-BP1,促进蛋白质合成。mTOR的活性受氨基酸尤其是亮氨酸浓度的调节,生长因子及能量水平也能... mTOR(mammaliantargetofrapamycin)是丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,在感受营养信号、调节细胞生长与增殖中起着关键性的作用。mTOR可磷酸化p70S6K和4E-BP1,促进蛋白质合成。mTOR的活性受氨基酸尤其是亮氨酸浓度的调节,生长因子及能量水平也能通过AMPK调节mTOR活性。PI3K/Akt和Akt/TSC1-TSC2两条信号通路都可调控mTOR活性,进而调节细胞的生长与增殖。mTOR信号通路的异常会导致肿瘤的发生,可以针对mTOR研制出治疗肿瘤的靶向药物。 展开更多
关键词 雷帕霉素 MTOR 信号通路 肿瘤
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大鼠脑红蛋白基因编码区的克隆、多态性分析及该基因组织表达谱研究 被引量:22
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作者 张成岗 李林 +5 位作者 邓美玉 谢芳 王春丽 周婉琼 王航雁 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第11期997-1001,共5页
参考人和小鼠脑红蛋白 (Neuroglobin,NGB)的cDNA序列设计简并引物 ,用RT -PCR方法从大鼠脑组织中扩增出大鼠NGB基因编码区的cDNA序列。该序列与小鼠NGB基因编码区的序列同源性为 96% ,与人NGB基因编码区的序列同源性为 88%。进一步分析... 参考人和小鼠脑红蛋白 (Neuroglobin,NGB)的cDNA序列设计简并引物 ,用RT -PCR方法从大鼠脑组织中扩增出大鼠NGB基因编码区的cDNA序列。该序列与小鼠NGB基因编码区的序列同源性为 96% ,与人NGB基因编码区的序列同源性为 88%。进一步分析表明 ,大鼠NGB基因编码区存在多个多态性位点 :1 1 3t c[L38P],1 33a g[N45D],388a g[R1 30G],41 7t c。该序列已被GenBank接受 ,登录号为AF3332 4 5。RT -PCR分析表明 ,该基因在大鼠脑、肝、肾、心肌和骨骼肌中均有较高水平表达 ,提示了其功能上的重要性。 展开更多
关键词 大鼠 脑红蛋白 多态性 组织表达谱 基因克隆
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重组人肝再生增强因子在体外能刺激HTC肝癌细胞DNA合成 被引量:24
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作者 杨晓明 胡志远 +2 位作者 谢玲 吴祖泽 《生理学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第5期557-561,共5页
在成功克隆人肝再生增强因子(hALR)CDNA的基础上,本研究将人ALR编码区cDNA亚克隆于真核瞬间表达质粒pCDNAⅠ,构建了真核表达质粒pCDNAⅠ-hALR,转染cos-7细胞后,表达产物生物活性检测表明:真核表达的hALR在体外能刺激HTC肝癌细... 在成功克隆人肝再生增强因子(hALR)CDNA的基础上,本研究将人ALR编码区cDNA亚克隆于真核瞬间表达质粒pCDNAⅠ,构建了真核表达质粒pCDNAⅠ-hALR,转染cos-7细胞后,表达产物生物活性检测表明:真核表达的hALR在体外能刺激HTC肝癌细胞增殖,这一体外活性的确定为重组人ALR的纯化提供了简洁、可靠的检测方法。 展开更多
关键词 肝再生增强因子 DNA合成 肝癌 药理学
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人肝再生增强因子的cDNA克隆与序列分析 被引量:23
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作者 杨晓明 谢玲 +3 位作者 邱兆华 胡志远 吴祖泽 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 1996年第4期241-244,共4页
利用大鼠肝再生增强因子(augmenterofliverregeneration,ALR)核苷酸序列,从人胎肝cDNA文库中筛选到人肝再生增强因子cDNA克隆,该克隆含有1.5kb的外源插入片段,核苷酸序列测定表明含... 利用大鼠肝再生增强因子(augmenterofliverregeneration,ALR)核苷酸序列,从人胎肝cDNA文库中筛选到人肝再生增强因子cDNA克隆,该克隆含有1.5kb的外源插入片段,核苷酸序列测定表明含375bp的读码框架,能编码125个氨基酸的蛋白质;与大鼠肝再生增强因子相比,核苷酸序列同源性达87%,氨基酸序列同源性达84.8%。 展开更多
关键词 肝再生 生长物质 聚合酶链反应 CDNA 克隆
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细胞凋亡中的Bcl-2家族蛋白及其BH3结构域的功能研究 被引量:20
16
作者 柳向军 张令强 +1 位作者 刘小林 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第3期221-225,共5页
凋亡相关蛋白中的Bcl-2家族是细胞凋亡的关键调节分子,由抗凋亡和促凋亡成员组成,这些成员之间通过相互协同作用调节了线粒体结构与功能的稳定性,从而在线粒体水平发挥着细胞凋亡的“开关”作用.抗凋亡成员大都分布于线粒体的外膜,与促... 凋亡相关蛋白中的Bcl-2家族是细胞凋亡的关键调节分子,由抗凋亡和促凋亡成员组成,这些成员之间通过相互协同作用调节了线粒体结构与功能的稳定性,从而在线粒体水平发挥着细胞凋亡的“开关”作用.抗凋亡成员大都分布于线粒体的外膜,与促凋亡成员的BH3结构域相互作用对细胞凋亡发挥抵抗作用.促凋亡成员则主要分布于细胞浆中,细胞接受死亡信号刺激后,促凋亡成员自身受到一系列的调节,如典型的Bax构象改变、BAD和Bik的磷酸化调节以及Bid和Bim的蛋白裂解效应等,使得促凋亡成员在凋亡信号的刺激下整合于线粒体外膜,最终导致线粒体通透转换孔的开放,进而释放包括细胞色素c、凋亡诱导因子、Smac等重要的凋亡因子,随后caspase被激活进而断裂重要的细胞内结构蛋白与功能分子,执行细胞凋亡. 展开更多
关键词 BCL-2家族 BH3结构域 细胞凋亡 线粒体 细胞色素C
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肺癌转移相关蛋白的比较蛋白质组分析与鉴定 被引量:20
17
作者 蒋代凤 应万涛 +3 位作者 万晶宏 邱宗荫 钱小红 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第4期586-593,共8页
采用比较蛋白质组技术对肺巨细胞癌高、低转移株的蛋白质表达谱进行双向电泳分离和MALDI TOF分析 ,并在蛋白质和mRNA水平进行进一步验证 ,成功鉴定了 11个肺癌转移相关蛋白 .其中 ,候选蛋白膜联蛋白1(ANX1)、细胞骨架蛋白 (CK18)、Rho ... 采用比较蛋白质组技术对肺巨细胞癌高、低转移株的蛋白质表达谱进行双向电泳分离和MALDI TOF分析 ,并在蛋白质和mRNA水平进行进一步验证 ,成功鉴定了 11个肺癌转移相关蛋白 .其中 ,候选蛋白膜联蛋白1(ANX1)、细胞骨架蛋白 (CK18)、Rho GDP解离抑制剂 1(GDIR)、原肌球蛋白 3(TPMF)、蛋白谷氨酰胺γ 谷氨酰转移酶 (TGLC)和白介素 18(IL 18)在肺巨细胞癌高转移株显著高表达 ,而候选蛋白核氯离子通道蛋白 1(CLI1)、蛋白质二硫键异构酶 (ER6 0 )、肌酸激酶、硫氧还蛋白过氧化物酶 1(PDX1)和热休克蛋白 6 0(CH6 0 )在肺巨细胞癌高转移株显著低表达 .大多数的候选蛋白可通过调控肿瘤细胞的生长、迁移、粘附、凋亡和肿瘤免疫等环节来影响肿瘤细胞的侵袭和转移能力 .迄今为止 ,还未见候选蛋白CLI1和IL 18与肺癌转移相关的报道 。 展开更多
关键词 肺癌 转移 蛋白质组 核氯离子通道蛋白1 白介素18
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人肝再生增强因子促肝增殖及其抗肝损伤作用 被引量:22
18
作者 杨晓明 王爱民 +3 位作者 周平 王清明 吴祖泽 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1998年第6期616-620,共5页
在克隆、表达人肝再生增强因子 (ALR)的基础上 ,对重组人ALR促肝细胞增殖及其抗肝损伤作用进行了研究 ,结果表明重组ALR不仅在体内外均可促进肝细胞增殖 ,而且在肝损伤修复过程中可能有重要作用 ,是一种重要的肝再生调控因子 .
关键词 肝再生增强因子 抗肝损伤 治疗 肝疾病
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肝部分切除后肝再生增强因子信使核糖核酸(mRNA)表达增强 被引量:17
19
作者 杨晓明 谢玲 +1 位作者 吴祖泽 《生理学报》 CAS CSCD 北大核心 1997年第5期599-601,共3页
肝再生增强因子(ALR)是一种新的肝增殖刺激因子。本研究选择70%肝部分切除(PH)大鼠为模型,观察了PH后残存肝组织胞浆液促肝细胞增殖活性与ALR特异mRNA表达动态变化的关系。发现正常肝组织几无ALRmRNA表达,其肝胞质液也无促肝细... 肝再生增强因子(ALR)是一种新的肝增殖刺激因子。本研究选择70%肝部分切除(PH)大鼠为模型,观察了PH后残存肝组织胞浆液促肝细胞增殖活性与ALR特异mRNA表达动态变化的关系。发现正常肝组织几无ALRmRNA表达,其肝胞质液也无促肝细胞增殖活性;70%PH后12h肝组织AthmRNA表达明显增加,并于术后24h达高峰,肝胞质液活性也于术后24h内达高峰,这种mRNA表达一效应的时间关系提示:ALR可能是一种重要的生理性肝再生调控因子。 展开更多
关键词 肝部分切除 肝再生增强因子 MRNA
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大规模蛋白质相互作用研究方法进展 被引量:13
20
作者 关薇 王建 《生命科学》 CSCD 2006年第5期507-512,共6页
随着2000年酵母大规模蛋白质相互作用网络图谱的成功描绘,蛋白质相互作用特别是大规模蛋白质相互作用研究成为生命科学领域的又一个研究热点。酵母、果蝇、线虫以及人类蛋白的大规模相互作用图谱的相继完成,不仅对系统研究细胞内各种生... 随着2000年酵母大规模蛋白质相互作用网络图谱的成功描绘,蛋白质相互作用特别是大规模蛋白质相互作用研究成为生命科学领域的又一个研究热点。酵母、果蝇、线虫以及人类蛋白的大规模相互作用图谱的相继完成,不仅对系统研究细胞内各种生命活动有着重要意义,也标志着蛋白质相互作用研究方法的不断发展和完善。本文综述了当前大规模研究蛋白质相互作用的技术方法并进行了比较分析。每种技术都有其各自的优缺点,在实验中要根据不同的要求和目的选择适宜的方法。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 酵母双杂交 串联亲和纯化
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