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干预miR-206/MECOM/TGF-β/smad3轴对三阴性乳腺癌恶性进展的影响机制
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作者 王亚帝 +2 位作者 谭琦 陈素贤 何东宁 《锦州医科大学学报》 CAS 2024年第5期93-99,共7页
目的以三阴性乳腺癌细胞株231为研究对象,探讨干预miR-206/MECOM/TGF-β/smad3轴对三阴性乳腺癌恶性进展的影响及机制。方法使用ualcan与Kaplan Meier Plotter在线分析MECOM、TGF-βR1、TGF-βR2、smad3、smad4、HDAC1、HDAC2及CTBP在... 目的以三阴性乳腺癌细胞株231为研究对象,探讨干预miR-206/MECOM/TGF-β/smad3轴对三阴性乳腺癌恶性进展的影响及机制。方法使用ualcan与Kaplan Meier Plotter在线分析MECOM、TGF-βR1、TGF-βR2、smad3、smad4、HDAC1、HDAC2及CTBP在乳腺癌组与正常乳腺组之间差异表达和与预后的关系。采用细胞共培养及共转染技术,在MDA-MB-231细胞中分别沉默转录因子MECOM、过表达和沉默miR-206,以及将二者共转染,采用RT-qPCR法检测TGF-βR1、TGF-βR2、smad3、smad4、HDAC1、HDAC2及CTBPmRNA表达水平;结果ualcan在线分析在TCGA-BRCA中MECOM、TGF-βR2乳腺癌组低于正常乳腺组,差异有统计学意义(P<0.05);Kaplan Meier Plotter在线分析MECOM、TGF-βR1、TGF-βR2、smad3、smad4、HDAC1、HDAC2及CTBP差异表达与预后的关系。在TCGA数据库结果提示MECOM低表达较高表达患者中位生存期(overall survival,OS)长(P<0.05),smad3与smad4高表达较低表达患者OS长,差异有统计学意义(P<0.05),TGF-βR1、TGF-βR2、HDAC1、HDAC2及CTBP高表达与低表达患者OS差异无统计学意义(P>0.05)。单纯沉默MECOM后,与空白对照组相比,Si-MECOM组的TGF-βR2、HDAC1、HDAC2、smad3、smad4、CTBP mRNA表达水平降低(P<0.05);单纯干预miR-206后,MECOM、TGF-βR1、TGF-βR2、HDAC1、HDAC2、smad4、CTBP mRNA表达水平降低(P<0.05);共转染MECOM与miR-206后,与Si-MECOM组相比,siMECOM+inhibitor miR-206组的TGF-βR1、HDAC1、smad3、smad4mRNA表达水平降低,差异有统计学意义(P<0.05),TGF-βR2、HDAC2、CTBP mRNA表达水平升高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论miR-206对MECOM的调控可能是通过影响TGF-βR2、HDAC2、CTBPmRNA的表达来抑制TGF-β/SMAD通路活化阻止TNBC进展。 展开更多
关键词 三阴性乳腺癌 miR-206 MECOM 预后
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蒽环类药物致心脏毒性潜在的生物标志物研究 被引量:3
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作者 赵恒 谭琦 +2 位作者 杜晓宇 王亚帝 《心血管病学进展》 CAS 2022年第3期282-288,共7页
目的对蒽环类药物致心脏毒性相关的基因表达数据集进行分析,寻找关键调控信使RNA(mRNA)及靶向微小RNA(miRNA),为蒽环类药物致心肌损伤提供早期诊断标志物。方法利用GEO数据库获得蒽环类药物所致心脏毒性的相关基因表达谱数据(GSE76314)... 目的对蒽环类药物致心脏毒性相关的基因表达数据集进行分析,寻找关键调控信使RNA(mRNA)及靶向微小RNA(miRNA),为蒽环类药物致心肌损伤提供早期诊断标志物。方法利用GEO数据库获得蒽环类药物所致心脏毒性的相关基因表达谱数据(GSE76314),其对特异性人诱导多能干细胞源性心肌细胞使用0μmol(A组)、1μmol(B组)阿霉素诱导24 h的mRNA表达数据进行差异性分析,获得差异性mRNA表达谱;通过基因本体功能注释及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析差异表达mRNA发挥的功能;对所有差异表达基因进行二次筛选,界定|FC|>2为明显差异表达基因,分别对上调和下调基因进行靶向miRNA预测。筛选出目标miRNA,使用5μmol吡柔比星诱导人心肌细胞后,通过qPCR验证目标miRNA表达情况。结果数据集GSE76314得到上调基因10个,下调基因7个(|FC|>2,P<0.05),基因本体分析发现,差异表达基因主要在细胞黏附及脂质代谢等方面发挥调控作用;KEGG通路富集差异表达基因主要参与PPAR、p53和甾体生物合成等信号通路。对明显差异表达基因经miRanda和TargetScan软件进行靶向miRNA预测,选取条件为Score>170,Energe<-30,发现miR-1273g-3p是金属硫蛋白1F与S期激酶相关蛋白2的共同靶向miRNA,miR-1273g-3p可能在蒽环类药物导致的心肌损伤中发挥重要的调控作用。qPCR结果显示,经吡柔比星诱导后的人心肌细胞中miR-1273g-3p表达水平明显高于对照组。结论miR-1273g-3p可能通过重点调控金属硫蛋白1F和S期激酶相关蛋白2在蒽环类药物致心肌损伤的发生和发展中发挥重要作用,成为蒽环类药物致心肌损伤的有效的临床标志物。 展开更多
关键词 生物信息学 乳腺癌 心脏毒性 微小RNA
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芦丁对人结肠癌SW480细胞凋亡的促进作用及其作用机制 被引量:3
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作者 陈素贤 +3 位作者 马炀斐 谭琦 李琪 王亚帝 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期356-363,共8页
目的:探讨芦丁对人结肠癌(CRC)SW480细胞凋亡的影响,阐明芦丁在CRC治疗中的作用及其可能的分子机制。方法:毒性与基因比较数据库(CTD)和GeneCards数据库预测与芦丁相关的交集mRNA,基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库... 目的:探讨芦丁对人结肠癌(CRC)SW480细胞凋亡的影响,阐明芦丁在CRC治疗中的作用及其可能的分子机制。方法:毒性与基因比较数据库(CTD)和GeneCards数据库预测与芦丁相关的交集mRNA,基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库预测交集mRNA的生物学功能及作用通路,采用String数据库寻找与Notch-1相关作用蛋白;以人CRC SW480细胞作为研究对象,分别给予0.1、1.0和10.0μmol·L^(-1)γ-分泌酶抑制剂DAPT初步筛选,进而给予1、2、4、8和10μmol·L^(-1)DAPT干预,筛选出芦丁与DAPT的最适给药浓度。实验分为空白对照组、芦丁组(22μmol·L^(-1))、DAPT组(1μmol·L^(-1))和芦丁+DAPT组(22μmol·L^(-1)芦丁+1μmol·L^(-1)DAPT);MTT法检测SW480细胞增殖活性,Hoechst33258核染色观察各组细胞凋亡形态,流式细胞术检测各组SW480细胞凋亡率,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测各组细胞中Notch-1 mRNA表达水平,Western blotting法检测各组细胞中,Notch-1、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3(caspase-3)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶9(caspase-9)、B细胞淋巴瘤(Bcl-2)和Bcl-2相关X蛋白(Bax)的蛋白表达水平。结果:CTD和GeneCards数据库共有芦丁的34个交集mRNA;GO和KEGG数据库预测出交集mRNA与CRC细胞凋亡过程相关;String数据库中与Notch-1相关蛋白16个[相互作用分数(score)>0.42];芦丁与DAPT的最适给药浓度分别为22μmol·L^(-1)和1μmol·L^(-1)。与空白对照组比较,芦丁组、DAPT组和芦丁+DAPT组细胞凋亡率明显升高(P<0.05),细胞中Notch-1 mRNA和蛋白表达水平均明显降低(P<0.05),细胞中caspase-3、caspase-9和Bax蛋白表达水平均明显升高(P<0.05),Bcl-2蛋白表达水平明显降低(P<0.05)。芦丁组与DAPT组细胞凋亡率比较差异无统计学意义(P>0.05)。与芦丁组和DAPT组比较,芦丁+DAPT组细胞凋亡率明显升高(P<0.05),caspase-3、caspase-9和Bax蛋白表达水平明显升高(P<0.05),而Bcl-2蛋白表达水平明 展开更多
关键词 芦丁 DAPT 结肠肿瘤 细胞凋亡 丝裂原活化蛋白激酶 NOTCH-1
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p16^(INK4a)免疫细胞化学法对子宫颈癌筛查价值的Meta分析 被引量:1
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作者 陈素贤 谭琦 +3 位作者 马炀斐 李琪 艾浩 《中国妇产科临床杂志》 CSCD 2022年第2期131-134,共4页
目的采用循证医学方法综合评价子宫颈液基薄层细胞学检查(Thinprep liquid based cytology test,TCT)与p16^(INK4a)免疫细胞化学(p16^(INK4a)immunocytochemistry,p16^(INK4a)ICC)在子宫颈癌筛查中的价值。方法检索Pubmed,Google schola... 目的采用循证医学方法综合评价子宫颈液基薄层细胞学检查(Thinprep liquid based cytology test,TCT)与p16^(INK4a)免疫细胞化学(p16^(INK4a)immunocytochemistry,p16^(INK4a)ICC)在子宫颈癌筛查中的价值。方法检索Pubmed,Google scholar,Cochrane clinical trial,中国知网,万方医学网等数据库,纳入有关p16^(INK4a)ICC及TCT筛查子宫颈癌的文献。采用诊断准确性实验质量评价纳入文献质量,采用Stata 16.0软件进行Meta分析。结果最终纳入10篇文献,共2694例患者,TCT与p16^(INK4a)ICC筛查的合并敏感度为86%(95%CI:77%~92%)和90%(95%CI:81%~95%),合并特异度为64%(95%CI:48%~78%)和79%(95%CI:69%~86%),合并阳性似然比为2.4(95%CI:1.6~3.6)和4.2(95%CI:2.8~6.3),合并阴性似然比为0.21(95%CI:0.13~0.34)和0.13(95%CI:0.06~0.25),合并诊断比值比为11(95%CI:6~22)和33(95%CI:13~85),受试者工作特征曲线下面积(AUC)为0.85和0.91。结论子宫颈癌筛查中应用p16^(INK4a)ICC检测较TCT具有更高的敏感性和特异性,有助于提高子宫颈癌筛查的准确性,避免漏诊。 展开更多
关键词 p16^(INK4a) 子宫颈液基薄层细胞学 免疫细胞化学 子宫颈癌筛查 META分析
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MAL2在乳腺癌中的差异表达及预后分析 被引量:1
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作者 何东宁 周浩东 +3 位作者 刘畅 谭琦 王亚帝 《暨南大学学报(自然科学与医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期128-137,共10页
目的:通过数据挖掘分析T细胞分化蛋白2(MAL2)在乳腺癌(BC)中的表达及意义.方法:通过Oncomine、基因表达谱交互分析(GEPIA)及人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析MAL2在正常乳腺组织和BC组织中的表达情况;应用GEPIA分析MAL2表达与BC预后... 目的:通过数据挖掘分析T细胞分化蛋白2(MAL2)在乳腺癌(BC)中的表达及意义.方法:通过Oncomine、基因表达谱交互分析(GEPIA)及人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析MAL2在正常乳腺组织和BC组织中的表达情况;应用GEPIA分析MAL2表达与BC预后的相关性;应用STRING分析MAL2表达与上下游蛋白的相互作用.结果:MAL2在BC组织中的表达显著高于正常乳腺组织(P<0.05).在三阴性乳腺癌(TNBC)中,基底样1型的MAL2表达为高于间充质干细胞型、骨髓干细胞型及未特指型(P<0.05),HER-2过表达型的MAL2表达高于间充质干细胞型(P<0.05).癌症组学(TCGA)数据分析结果显示,MAL2高表达BC患者的总体生存率明显低于MAL2低表达患者(P<0.05),但无病生存率无统计学差异(P>0.05);MAL2与TPD52、TPD52L2、YIF1A、IGR、FRMD4B、SH3YL1、OCLN等22个蛋白相互作用(PPI=0.001746),并参与补体和凝血级联、细胞间紧密连接、白细胞经内皮细胞迁移等生物学过程.结论:MAL2在BC组织中表达高于正常乳腺组织,其高表达可能与BC患者的不良预后有关. 展开更多
关键词 T细胞分化蛋白2(MAL2) 乳腺癌 预后
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INHBA在结直肠癌中的表达及其与微卫星状态和临床病理特征的关系
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作者 马炀斐 谭琦 +4 位作者 李琪 王亚帝 李伦 陈素贤 《肿瘤研究与临床》 CAS 2023年第10期733-738,共6页
目的探讨INHBA在结直肠癌中的表达及其与微卫星状态、临床病理特征之间的关系。方法基于基因表达综合(GEO)数据库及基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库进行生物信息学分析,选定结直肠癌差异表达预后相关目标基因。收集2016年1月至2022年6... 目的探讨INHBA在结直肠癌中的表达及其与微卫星状态、临床病理特征之间的关系。方法基于基因表达综合(GEO)数据库及基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库进行生物信息学分析,选定结直肠癌差异表达预后相关目标基因。收集2016年1月至2022年6月于锦州医科大学附属第三医院行手术治疗的107例结直肠癌患者蜡块组织,制备组织芯片,采用免疫组织化学法检测结直肠癌组织中微卫星状态[错配修复(MMR)蛋白MLH1、MSH2、MSH6、PMS2均为阳性表达为错配修复完整(pMMR),代表微卫星低度不稳定或微卫星稳定;若其中任何一个指标为阴性,则判定为错配修复缺陷(dMMR),代表微卫星高度不稳定]和INHBA的表达情况。回顾性分析患者临床病理资料,分析INHBA与微卫星状态及临床病理特征之间的关系。结果从GEO数据库筛选出结直肠癌3个数据集:GSE110223(13个癌组织、13个癌旁组织)、GSE110224(17个癌组织、17个癌旁组织)、GSE113513(14个癌组织、14个癌旁组织),筛选出癌组织和癌旁组织间差异表达上调和下调的前50个基因,经韦恩图分析3个数据集的交集基因,筛选出上调基因12个,下调基因17个;根据GEPIA数据库,共有的上调和下调差异基因中AQP8、ZG16、INHBA基因与结直肠癌预后相关,INHBA在结直肠癌组织中表达水平较癌旁(距肿瘤边缘≥5 cm)组织高(P<0.05),选定INHBA基因进行分析。对收集的结直肠癌蜡块组织进行免疫组织化学检测显示,结直肠癌组织INHBA高表达患者比例高于癌旁组织INHBA高表达患者比例[85.05%(91/107)比67.29%(72/107),P<0.05]。癌组织INHBA高表达与病灶部位[右半结肠比左半结直肠:94.00%(47/50)比77.19%(44/57)]、肿瘤长径[>5 cm比≤5 cm:92.73%(51/55)比76.92%(40/52)]、浸润深度[T3~4期比T1~2期:96.43%(54/56)比72.55%(37/51)]、分化程度[低、中分化比高分化:91.04%(61/67)比75.00%(30/40)]、淋巴结转移[是比否:93.02%(40/43)比78.13%(50/64) 展开更多
关键词 结直肠肿瘤 微卫星不稳定性 INHBA基因
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免疫应答基因JCHAIN在乳腺癌中差异表达及其与预后的相关性
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作者 何东宁 周浩东 +3 位作者 刘畅 谭琦 王亚帝 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2020年第11期2392-2396,共5页
目的分析TCGA数据库中人类乳腺癌组织与癌旁组织基因之间的差异表达,获得免疫相关特异性标志基因,为乳腺癌的分子分型、免疫治疗等提供参考依据。方法利用TCGA数据库1 075例乳腺癌样本中的RNA-Seq数据结合患者的完整生存时间信息,运用... 目的分析TCGA数据库中人类乳腺癌组织与癌旁组织基因之间的差异表达,获得免疫相关特异性标志基因,为乳腺癌的分子分型、免疫治疗等提供参考依据。方法利用TCGA数据库1 075例乳腺癌样本中的RNA-Seq数据结合患者的完整生存时间信息,运用人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库分析与乳腺癌预后良好相关的JCHAIN基因,利用Ualcan和HPA分析免疫应答基因JCHAIN在乳腺癌组织中mRNA和蛋白质水平的变化,进一步采用基因表达谱动态分析(GEPIA)数据库分析JCHAIN mRNA在乳腺癌中差异表达及与预后的相关性。结果与正常组织比较,JCHAIN在乳腺癌癌组织中表达降低(P=0.000),其低表达与乳腺癌预后不良相关,浸润性小叶癌较浸润性导管癌、黏液腺癌的JCHAIN表达增加(P=0.000),绝经前较绝经后患者JCHAIN表达增加(P=0.044);JCHAIN表达与性别相关,女性乳腺癌患者较男性乳腺癌患者表达增高,但较正常人明显降低(P<0.000);高加索人群较非裔美国人乳腺癌中JCHAIN表达水平高(P=0.014);亚洲人与高加索人、非裔美国人比较JCHAIN表达水平无统计学差异。生存分析结果发现,JCHAIN高表达组总生存期较低表达组显著延长(P=0.002);JCHAIN高表达组无疾病进展生存期与低表达组无显著差异(P=0.067)。结论免疫应答基因JCHAIN在乳腺癌组织中呈低表达,且与乳腺癌患者预后不良相关。 展开更多
关键词 JCHAIN 免疫 乳腺癌
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奥沙利铂通过调控miRNA-7-5p/RAF-1促进胃癌SGC-7901细胞凋亡的研究 被引量:7
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作者 任立群 +4 位作者 李琪 王亚帝 谭琦 娄小倩 陈素贤 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 2020年第3期175-180,共6页
目的探讨奥沙利铂如何调控MAPK通路,抑制胃癌细胞的增殖。方法NCBI检索文献,利用TargetScan、StarBase和miRBase数据库,进行GO分析与KEGG通路富集,找到相关miRNAs,预测靶基因。应用Real-time PCR、MTT、Hoechst33258、流式细胞术、细胞... 目的探讨奥沙利铂如何调控MAPK通路,抑制胃癌细胞的增殖。方法NCBI检索文献,利用TargetScan、StarBase和miRBase数据库,进行GO分析与KEGG通路富集,找到相关miRNAs,预测靶基因。应用Real-time PCR、MTT、Hoechst33258、流式细胞术、细胞划痕实验、Western blot等方法分析人胃癌SGC-7901细胞的增殖、细胞周期、侵袭及蛋白表达情况。结果胃癌细胞中miR-7-5p显著低表达,RAF1与miR-7-5p存在互靶关系。miR-7-5p mimics与奥沙利铂均可促进SGC-7901细胞的凋亡,提高G1期细胞百分率(P<0.05),降低侵袭、迁移速度。caspase3、caspase9蛋白表达升高,Bcl-2/Bax比值降低(P<0.05)。结论过表达miR-7-5p与奥沙利铂均可促进胃癌SGC-7901细胞的凋亡,提示奥沙利铂可能通过上调miRNA-7-5p促进SGC-7901细胞的凋亡,降低侵袭、迁移速度。 展开更多
关键词 miR-7-5p 奥沙利铂 胃癌 凋亡 侵袭
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生物信息学在三阴性乳腺癌miRNA生物标志物筛选中的应用 被引量:4
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作者 谭琦 任立群 +4 位作者 张祎冰 王亚帝 黄鹏 陈素贤 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1098-1105,I0006,共9页
目的:通过医学癌症数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分析三阴性乳腺癌(TNBC)中差异表达微小RNA(miRNAs)并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点。方法:下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的... 目的:通过医学癌症数据库(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分析三阴性乳腺癌(TNBC)中差异表达微小RNA(miRNAs)并预测其靶基因,探讨其生物学功能和分子机制,寻找TNBC预后相关靶点。方法:下载TCGA数据库中343项关于乳腺癌组织与癌旁组织相关的miRNAs表达数据,筛选乳腺癌与癌旁组织中差异表达的miRNAs;GEO数据库验证miRNAs在TNBC细胞 系的26种细胞株中的表达以及TNBC患者经过化疗前后血清中miRNAs的变化;通过基因本体(GO)功能注释及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集、蛋白质互作网络分析候选miRNAs的靶基因功能。结果:TCGA数据库,在乳腺癌组织中的miR-21-5p表达水平明显高于相邻癌旁组织(logFC=5.557,P<0.01);GEO数据库筛选,miR-21-5p在TNBC细胞 系中表达水平明显升高,在26种TNBC细胞株中超过20种细胞株相对表达水平>70000,TNBC患者 经联合化疗后miR-21-5p的表达水平明显降低(logFC=-5.07,P<0.01);GO分析,miR-21-5p主要在DNA复制、转录以及血管重构等方面发挥调控作用;KEGG富集分析,miR-21-5p主要通过促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)和转化生长因子β(TGF-β)等通路影响TNBC的发生发展。结论:miR-21-5p在TNBC组织 中表达上调,在TNBC进展中发挥正调控作用,可能成为鉴定TNBC相关预后程度的关键生物学标志物。DUSP8等可能作为miR-21-5p的靶基因参与调控TNBC的发生发展。 展开更多
关键词 miR-21-5p 乳腺肿瘤 三阴性乳腺癌 生物信息学 靶基因
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