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大肠杆菌gdhA基因的密码子偏好性分析及优化
被引量：
14
1
作者
苏惠
李永光
+2 位作者
谭文
雍
滕卫丽
李文滨
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期521-529,共9页
本研究对10种生物的谷氨酸脱氢酶gdh A基因分别进行了针对单独生物的密码子使用偏好性的分析并进行了比较。分析结果表明:在10种生物中,gdh A基因在编码时对密码子的使用存在较大不同,水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、大肠杆菌的有效密码子...
本研究对10种生物的谷氨酸脱氢酶gdh A基因分别进行了针对单独生物的密码子使用偏好性的分析并进行了比较。分析结果表明:在10种生物中,gdh A基因在编码时对密码子的使用存在较大不同,水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、大肠杆菌的有效密码子数(effective number of codons,ENc)值均在40左右,说明水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、大肠杆菌的密码子使用偏好性较强;其余6种生物的ENc值均在50左右,差异并不大,说明其余6种生物的密码子偏好性要相对弱些。水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、沙门氏菌、地衣芽孢杆菌和大肠杆菌这6种生物的gdh A基因在编码时偏好使用G或C结尾的密码子;玉米、大豆、蓖麻及拟南芥这4种生物的gdh A基因在编码时偏好使用A或T结尾的密码子。在10种生物中,密码子CUA、UAG的RSCU(relative synonymous codon usage)值均小于1,属于使用频率较低的密码子;其余各种密码子在不同生物中均表现出不同的偏好性。在聚类分析中,10种生物基于gdh A基因密码子用法与基于CDS序列的聚类结果大体一致。根据密码子分析的结果,对gdh A基因进行密码子优化,以期提高在大豆中的表达水平。
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关键词
gdhA基因
密码子偏好性
密码子优化
原文传递
具有除草剂抗性的TA克隆植物表达载体的构建
被引量：
5
2
作者
李梦婷
谭文
雍
+2 位作者
孙铭阳
李永光
李文滨
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期2436-2440,共5页
TA克隆载体由于能够用于PCR产物的快速克隆且操作简单,因此被广泛应用。p CXSN是以TA克隆为连接方式的植物表达载体,T-DNA区筛选标记为潮霉素抗性基因。本实验利用抗除草剂基因bar、gdh A替换载体上的潮霉素基因,构建了两种可以直接连接...
TA克隆载体由于能够用于PCR产物的快速克隆且操作简单,因此被广泛应用。p CXSN是以TA克隆为连接方式的植物表达载体,T-DNA区筛选标记为潮霉素抗性基因。本实验利用抗除草剂基因bar、gdh A替换载体上的潮霉素基因,构建了两种可以直接连接PCR产物的TA克隆植物表达载体,获得的含有除草剂抗性基因的p CXSN表达载体适合用于基因的正义和反义表达,不需要添加酶切位点,可以直接连接PCR产物,节省载体构建的步骤和时间。
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关键词
植物表达载体
TA克隆
除草剂
原文传递
题名
大肠杆菌gdhA基因的密码子偏好性分析及优化
被引量：
14
1
作者
苏惠
李永光
谭文
雍
滕卫丽
李文滨
机构
东北农业大学
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期521-529,共9页
基金
抗除草剂转基因大豆新品种培育(2014ZX08004001)资助
文摘
本研究对10种生物的谷氨酸脱氢酶gdh A基因分别进行了针对单独生物的密码子使用偏好性的分析并进行了比较。分析结果表明:在10种生物中,gdh A基因在编码时对密码子的使用存在较大不同,水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、大肠杆菌的有效密码子数(effective number of codons,ENc)值均在40左右,说明水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、大肠杆菌的密码子使用偏好性较强;其余6种生物的ENc值均在50左右,差异并不大,说明其余6种生物的密码子偏好性要相对弱些。水稻、痢疾杆菌、柠檬酸杆菌、沙门氏菌、地衣芽孢杆菌和大肠杆菌这6种生物的gdh A基因在编码时偏好使用G或C结尾的密码子;玉米、大豆、蓖麻及拟南芥这4种生物的gdh A基因在编码时偏好使用A或T结尾的密码子。在10种生物中,密码子CUA、UAG的RSCU(relative synonymous codon usage)值均小于1,属于使用频率较低的密码子;其余各种密码子在不同生物中均表现出不同的偏好性。在聚类分析中,10种生物基于gdh A基因密码子用法与基于CDS序列的聚类结果大体一致。根据密码子分析的结果,对gdh A基因进行密码子优化,以期提高在大豆中的表达水平。
关键词
gdhA基因
密码子偏好性
密码子优化
Keywords
gdhA gene,Codon usage bias,Codon optimization
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
具有除草剂抗性的TA克隆植物表达载体的构建
被引量：
5
2
作者
李梦婷
谭文
雍
孙铭阳
李永光
李文滨
机构
大豆生物学教育部重点实验室/农业部东北大豆生物学与遗传育种重点实验室东北农业大学
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第11期2436-2440,共5页
基金
东北农业大学"青年才俊"项目(14QC26)
东北农业大学科学研究基金(2012RCB39)
+3 种基金
中国博士后科学基金(2014M551205)
黑龙江省教育厅基金(12541015)
黑龙江省博士后基金(LBH-Z12050)
抗逆转基因大豆新品种培育(2014ZX08004002)基金项目共同资助
文摘
TA克隆载体由于能够用于PCR产物的快速克隆且操作简单,因此被广泛应用。p CXSN是以TA克隆为连接方式的植物表达载体,T-DNA区筛选标记为潮霉素抗性基因。本实验利用抗除草剂基因bar、gdh A替换载体上的潮霉素基因,构建了两种可以直接连接PCR产物的TA克隆植物表达载体,获得的含有除草剂抗性基因的p CXSN表达载体适合用于基因的正义和反义表达,不需要添加酶切位点,可以直接连接PCR产物,节省载体构建的步骤和时间。
关键词
植物表达载体
TA克隆
除草剂
Keywords
Plant expression vector,TA cloning,Herbicide
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
S481 [农业科学—农药学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大肠杆菌gdhA基因的密码子偏好性分析及优化
苏惠
李永光
谭文
雍
滕卫丽
李文滨
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2015
14
原文传递
2
具有除草剂抗性的TA克隆植物表达载体的构建
李梦婷
谭文
雍
孙铭阳
李永光
李文滨
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2015
5
原文传递
已选择
0
条
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