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光谱法结合分子模拟法分析毛蕊花糖苷与血清白蛋白的分子作用机制 被引量：5
1
作者 郭明 王晓萌 +1 位作者 詹敏忠 范文翔 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期541-548,共8页
目的研究毛蕊花糖苷(verbascoside,VER)与牛血清白蛋白(bovine serum albumin,BSA)的分子作用机制。方法生理条件下,光谱法测定VER与BSA的相互作用参数,分子模拟建立VER-BSA结合模型,分析其结合反应机制。结果构建的VER-BSA模型表明,维... 目的研究毛蕊花糖苷(verbascoside,VER)与牛血清白蛋白(bovine serum albumin,BSA)的分子作用机制。方法生理条件下,光谱法测定VER与BSA的相互作用参数,分子模拟建立VER-BSA结合模型,分析其结合反应机制。结果构建的VER-BSA模型表明,维持VER与BSA的相互作用力主要是氢键和范德华力,兼有疏水作用力。光谱实验表明VER与BSA的相互作用为静态结合过程,结合强度较强,VER与BSA的结合距离(r)值较小,说明发生了能量转移现象。VER对BSA的结构域微区构象产生影响,使结合位域的疏水性发生改变。解析荧光相图得出VER与BSA反应构象型态的变迁为"二态"模型。热力学参数表明VER与BSA的相互作用是以氢键和范德华力为主的分子间作用。荧光偏振定量证明BSA与VER相互作用中生成了非共价复合物。结论光谱实验与计算机模拟结果一致,可为研究VER与BSA分子作用机制提供一定参考。 展开更多
关键词 毛蕊花糖苷 牛血清白蛋白 光谱实验 分子模拟 结合反应
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金银花活性成分绿原酸与不同蛋白质相互作用机制的比较分析研究 被引量：5
2
作者 郭明 詹敏忠 +1 位作者 鲁小旺 范文翔 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第16期2714-2720,共7页
目的:分析比较金银花活性成分绿原酸(chlorogenic acid,CGA)与乳铁蛋白(bovine lactoferrin,BLF)及血清白蛋白(bovine serum albumin,BSA)的分子作用机制。方法:光谱法结合计算机模拟技术测定药物与蛋白质相互作用的结合参数、能量转移... 目的:分析比较金银花活性成分绿原酸(chlorogenic acid,CGA)与乳铁蛋白(bovine lactoferrin,BLF)及血清白蛋白(bovine serum albumin,BSA)的分子作用机制。方法:光谱法结合计算机模拟技术测定药物与蛋白质相互作用的结合参数、能量转移参数与热力学函数,探讨分子作用机制并比较分析绿原酸与不同蛋白质的相互作用差异。结果:CGA与BLF的相互作用表现为动态分子作用机制,而CGA与BSA结合生成静态复合物,结合强度因温度不同存在一定差异;金银花活性成分与各蛋白质的结合距离r均很小,说明发生了能量转移现象;分子模建结果显示药物与蛋白质的相互作用力主要是氢键,兼有范德华力和疏水作用。结论:计算机模拟与实验测试获得了一致性结果。 展开更多
关键词 绿原酸 乳铁蛋白 血清白蛋白 荧光光谱 紫外吸收光谱 分子模建
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光谱及分子模拟法对HSA和BSA与酪氨酸激酶抑制剂Imatinib相互作用的比较分析 被引量：2
3
作者 郭明 王晓萌 +1 位作者 左玉廷 詹敏忠 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期723-733,共11页
研究一种酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)伊马替尼(imatinib,IMA)与人血清清蛋白(HSA)及牛血清清蛋白(BSA)的相互作用,比较分析HSA和BSA与IMA相互作用机制的差异.模拟生理条件下,计算机模拟技术结合荧光光谱和紫外光谱... 研究一种酪氨酸激酶抑制剂(tyrosine kinase inhibitor,TKI)伊马替尼(imatinib,IMA)与人血清清蛋白(HSA)及牛血清清蛋白(BSA)的相互作用,比较分析HSA和BSA与IMA相互作用机制的差异.模拟生理条件下,计算机模拟技术结合荧光光谱和紫外光谱法,研究IMA与蛋白质的作用机制.分子模建IMA与血清清蛋白的结合模型,表明伊马替尼与蛋白质的相互作用力为疏水作用力,兼有氢键作用.光谱结果表明,IMA与HSA和BSA的相互作用表现为静态结合过程,结合强度较强,IMA与HSA和BSA分子的结合距离r值较小,说明发生了能量转移现象.IMA对HSA和BSA的结构域微区构象产生影响,使结合位域的疏水性发生改变.荧光相图技术解析出IMA与HSA和BSA反应构象型态的变迁为"二态"模型.HSA与IMA相互作用的热力学参数表明,IMA与HSA之间是以疏水作用为主的分子间作用,而IMA与BSA之间的作用力为氢键和范德华力,兼有少量的疏水作用力.光谱实验与计算机模拟结果基本一致,可为研究IMA与HSA和BSA相互作用本质提供一定参考. 展开更多
关键词 伊马替尼 人血清清蛋白 牛血清清蛋白 光谱实验 分子模拟
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香草酸与多酚氧化酶的相互作用机制及新型指纹谱构建 被引量：2
4
作者 郭明 詹敏忠 +1 位作者 胡智燕 成纪予 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1236-1243,共8页
生物大分子与小分子之间的相互作用机制研究是当今各个学科领域的前沿和热点,不仅有利于进一步认识大分子的结构和功能,还能进一步获得检测生物大分子或小分子的新途径.本研究将中药材特征指纹图谱应用于植物多酚氧化酶(polyphenol oxid... 生物大分子与小分子之间的相互作用机制研究是当今各个学科领域的前沿和热点,不仅有利于进一步认识大分子的结构和功能,还能进一步获得检测生物大分子或小分子的新途径.本研究将中药材特征指纹图谱应用于植物多酚氧化酶(polyphenol oxidase,PPO)与植物体内活性成分香草酸(vanillic acid,VA)的具体相互作用机制的研究,采用光谱实验法结合分子模拟技术,分析VA与PPO的相互作用机制,并构建其三维相互作用指纹谱.光谱实验结果显示,VA增强了PPO的荧光强度.维持VA-PPO体系的相互作用力主要为疏水作用,VA与PPO的结合距离r值为2.48 nm,发生了非辐射能量转移.由光谱实验数据构建的λ-UV-F新型指纹图谱,系统地反映了活性分子VA与PPO之间相互作用特征.分子模拟结果精确显示了VA与PPO的结合位域与结合作用力,表明维持VA与PPO的相互作用力主要为疏水作用和氢键(位于氨基酸残基Met258,His88,His109,His240,His244和His274位).计算机模拟与光谱学实验结果一致,并成功构建了VA-PPO相互作用特征关系的新型指纹图谱. 展开更多
关键词 香草酸 多酚氧化酶 荧光加强 分子模拟
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药物-酶相互作用谱分析环糊精-木犀草素超分子包合性能及理论模建 被引量：1
5
作者 郭明 陈磊 +2 位作者 詹敏忠 蒋彦可 边平凤 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期681-688,共8页
目的采用药物-酶相互作用谱研究β-环糊精(β-cyclodextrin,β-CD)与木犀草素(luteolin,Lut)药物超分子包合作用并比较分析其与经典方法的异同。方法采用光谱实验测定Lut/β-CD-Lut包合物与溶菌酶(lysozyme,LZM)的相互作用,利用Gaussia... 目的采用药物-酶相互作用谱研究β-环糊精(β-cyclodextrin,β-CD)与木犀草素(luteolin,Lut)药物超分子包合作用并比较分析其与经典方法的异同。方法采用光谱实验测定Lut/β-CD-Lut包合物与溶菌酶(lysozyme,LZM)的相互作用,利用Gaussian量化方法计算β-环糊精与Lut的稳定包合构型,计算各构型的总能量。运用分子模建方法探索木犀草素/包合物与溶菌酶相互作用过程中超分子包合物的稳定构型并比较分析其差异性。结果相互作用谱法既能更灵敏地表征包合物的包合性能,又能有效展现LZM输送包合物的机制,分子模拟结果与量化计算结果基本一致,均获得了包合物的最稳定构型。结论相关结果可为研究木犀草素-β-环糊精包合物的药理作用提供实验结果,可为包合物超分子体系的研究方法提供参考。 展开更多
关键词 木犀草素 包合物 量化理论计算 分子模拟
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药物-蛋白质相互作用谱分析环糊精-白藜芦醇超分子包合性能及理论模型建立 被引量：1
6
作者 郭明 詹敏忠 蒋彦可 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期726-733,共8页
采用药物-蛋白质相互作用谱研究β-环糊精(β-cyclodextrin,β-CD)与白藜芦醇(resveratrol,Res)药物超分子包合作用并比较分析其与经典方法的异同。利用Gaussian量化方法计算β-环糊精与Res的稳定包合构型,计算各构型的总能量。运用分... 采用药物-蛋白质相互作用谱研究β-环糊精(β-cyclodextrin,β-CD)与白藜芦醇(resveratrol,Res)药物超分子包合作用并比较分析其与经典方法的异同。利用Gaussian量化方法计算β-环糊精与Res的稳定包合构型,计算各构型的总能量。运用分子模建方法探索白藜芦醇/包合物与牛乳铁蛋白(bovine lactoferrin,BLF)相互作用过程中超分子包合物的稳定构型并比较分析其差异性。结果表明,相互作用谱法既能更灵敏地表征包合物的包合性能,又能有效展现BLF输送包合物的机制,分子模拟结果与量化计算结果基本一致,均获得了包合物的最稳定构型。相关结果可为研究白藜芦醇-β-环糊精包合物的药理作用提供实验依据,为包合物超分子体系的研究方法提供参考。 展开更多
关键词 白藜芦醇 包合物 量化理论计算 分子模拟
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VEGF-B与去甲斑蝥素相互作用的分子动力学研究
7
作者 郭明 郭敏 +1 位作者 范文翔 詹敏忠 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1489-1492,共4页
利用分子对接(Molecular docking)结合分子动力学(Molecular dynamics,MD)模拟方法,建立去甲斑蝥素(Norcantharidin,NCTD)与血管内皮生长因子B(Vascular endothelial growth factor B,VEGF-B)的相互作用模型,分析二者的结合方式,结合能... 利用分子对接(Molecular docking)结合分子动力学(Molecular dynamics,MD)模拟方法,建立去甲斑蝥素(Norcantharidin,NCTD)与血管内皮生长因子B(Vascular endothelial growth factor B,VEGF-B)的相互作用模型,分析二者的结合方式,结合能力,探究NCTD与VEGF-B的相互作用机制。结果表明,分子对接生成稳定的NCTD/VEGF-B复合物,NCTD与VEGF-B蛋白主链的Tyr117,Cys156,Gln46形成了氢键。经4ns的MD模拟后,NCTD/VEGF-B复合物体系达到了平衡,分析动力学轨迹并计算结合自由能证明了NCTD与VEGF-B的结合稳定合理。氢键、静电作用和疏水性为NCTD与VEGF-B稳定结合的主要贡献。本工作模建结果对开展NCTD抑制VEGF-B活性来控制肿瘤发生具有一定的理论意义。 展开更多
关键词 血管内皮生长因子B 去甲斑蝥素 分子对接 分子动力学
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