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基于网络药理学联合差异分析及分子对接探讨养阴清肺汤干预慢性阻塞性肺疾病的作用机制 被引量:3
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作者 梓珂 蔡孟成 金永生 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第1期41-45,共5页
目的养阴清肺汤具有养阴润燥,清肺利咽的功效,在临床上可用于治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)。文章旨在通过探讨养阴清肺汤干预COPD的潜在作用机制以期为临床应用提供理论依据。方法通过BATMAN-TCM数据库获得养阴清肺汤的活性成分及作用靶... 目的养阴清肺汤具有养阴润燥,清肺利咽的功效,在临床上可用于治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)。文章旨在通过探讨养阴清肺汤干预COPD的潜在作用机制以期为临床应用提供理论依据。方法通过BATMAN-TCM数据库获得养阴清肺汤的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COPD的相关靶点,并与养阴清肺汤活性成分作用靶点取交集获得共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络;利用GEO数据库获取COPD的基因数据,并利用R软件绘制火山图;再用潜在活性成分靶点-疾病靶点的交集基因与GEO数据库获得的差异基因(P<0.05及-1<logFC<1)进行交集,获得公共基因;通过ClueGO进行GO和KEGG富集分析,并运用Cytoscape将结果进行可视化;采用AutoDock Tools和Pymol进行分子对接研究。结果利用BATMAN数据库根据cut-off>48获得养阴清肺汤潜在活性成分95个,靶点498个。从Gene Card数据库中获得COPD的靶点6577个,通过交集获得公共靶点237个,GEO数据库中获得3个公共基因,分别为:人乙醇脱氢酶1C(ADH1C)、谷胱甘肽硫转移酶T1(GSTT1)、谷胱甘肽硫转移酶A1(GSTA1)。GO及KEGG富集分析结果显示养阴清肺干预COPD的作用机制主要与谷胱甘肽代谢、调节氧化应激等有关。分子对接结果显示薄荷酮与ADH1C、GSTT1以及GSTA1有一定的亲合力。结论养阴清肺汤含有的活性成分可作用于ADH1C、GSTT1、GSTA1等靶点,调节抗氧化的相关通路,从而发挥干预COPD的作用。 展开更多
关键词 养阴清肺汤 慢性阻塞性肺疾病 网络药理学 GEO数据分析 分子对接
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基于网络药理学对降脂护肝胶囊干预脂肪肝的机制研究 被引量:2
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作者 蔡孟成 金永生 +2 位作者 郑巍 梓珂 郭良君 《药学实践杂志》 CAS 2021年第3期232-239,248,共9页
目的应用网络药理学方法,探讨降脂护肝胶囊(JZHG)治疗脂肪肝(FL)的可能机制,为其临床用药提供理论指导。方法利用TCMSP与TCMID检索JZHG的活性成分和靶点,通过GeneCard与OMIM数据库检索FL的相关靶点,并采用交集法筛选出二者的共同靶点,运... 目的应用网络药理学方法,探讨降脂护肝胶囊(JZHG)治疗脂肪肝(FL)的可能机制,为其临床用药提供理论指导。方法利用TCMSP与TCMID检索JZHG的活性成分和靶点,通过GeneCard与OMIM数据库检索FL的相关靶点,并采用交集法筛选出二者的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络,利用STRING软件构建PPI网络。通过Bioconductor数据库以及R软件进行GO和KEGG富集分析。结果根据口服生物利用度和类药性筛选出46种活性成分,从GeneCard与OMIM数据库中筛选靶点7406个。成分靶点与疾病靶点取交集,获得118个共同靶点。这些靶点主要参与氧化应激、细胞凋亡、炎症反应、激素抵抗等生物学过程。其作用机制与PI3K-Akt信号通路,人巨细胞病毒感染和癌症中的微小RNA等信号通路有关。结论JZHG中的活性化合物干预脂肪肝的机制可能是通过抗氧化应激和抗炎等作用改善脂代谢,降低肝脏脂肪堆积实现的。 展开更多
关键词 降脂护肝胶囊 脂肪肝 网络药理学
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基于铁死亡基因的乳腺癌预后模型构建 被引量:1
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作者 万坤铭 谢玮 +4 位作者 梓珂 蔡孟成 金永生 罗鹏飞 俞超芹 《海军军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期286-293,共8页
目的通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库挖掘与乳腺癌预后相关的铁死亡基因,构建乳腺癌预后模型。方法下载TCGA数据库中转录组与临床数据,获取与预后相关的在乳腺癌组织与癌旁正常组织中存在差异表达的铁死亡基因,利用最小绝对收缩和选择算... 目的通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库挖掘与乳腺癌预后相关的铁死亡基因,构建乳腺癌预后模型。方法下载TCGA数据库中转录组与临床数据,获取与预后相关的在乳腺癌组织与癌旁正常组织中存在差异表达的铁死亡基因,利用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归法构建风险评分模型。将TCGA数据库中获取的患者信息作为模型测试集数据,通过ROC曲线评估预后模型的效能,通过单因素与多因素Cox回归分析评价差异表达的铁死亡基因和风险评分能否作为预后因子。利用国际肿瘤基因组协作组(ICGC)数据库与基因表达汇编(GEO)数据库数据作为验证集对该模型进行验证。结果共筛选出51个在乳腺癌组织与癌旁正常组织中存在差异表达的铁死亡基因,单因素Cox回归分析表明11个差异表达的铁死亡基因与乳腺癌预后相关。利用这11个基因构建乳腺癌预后风险评分模型:风险评分=ALOX15×0.11+CHAC1×0.07+CISD1×0.15+CS×0.24+GCLC×0.04+GPX4×(-0.07)+NCOA4×0.17+EMC2×0.30+G6PD×0.19+ACSF2×(-0.04)+SQLE×0.12,ROC曲线分析表明该模型在测试集中预测乳腺癌患者术后2、4、6年生存率的AUC分别为0.678、0.680、0.612,多因素Cox回归分析结果显示预后模型风险评分可作为独立预后因子(HR=3.104,P<0.001)。根据预后模型风险评分是否≥4.277将患者分为高风险组和低风险组,在测试集与验证集中高风险组患者的生存率均低于低风险组患者(P均<0.001)。结论基于铁死亡基因的乳腺癌预后模型具有较好的预测效能,该模型中的铁死亡基因为乳腺癌靶向治疗提供了新的靶点。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 铁死亡 预后模型 靶向治疗 生物信息学
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基于网络药理学探讨昆仙胶囊治疗类风湿关节炎的作用机制
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作者 梓珂 刘明林 +1 位作者 杜娟 姚茹冰 《药学实践与服务》 CAS 2022年第6期519-525,545,共8页
目的采用网络药理学方法,探讨昆仙胶囊治疗类风湿关节炎(RA)的分子靶点及可能的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)结合本草组鉴(HERB)检索昆仙胶囊所含中药的化学成分,并依据TCMSP数据库的口服生物利用度(OB)和... 目的采用网络药理学方法,探讨昆仙胶囊治疗类风湿关节炎(RA)的分子靶点及可能的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)结合本草组鉴(HERB)检索昆仙胶囊所含中药的化学成分,并依据TCMSP数据库的口服生物利用度(OB)和类药性指数(DL)筛选出主要有效活性成分,并获取其对应的靶点。通过Genecards数据库与OMIM数据库筛选出RA的靶点,利用Venn图制作网站获取药物与疾病的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络;使用String数据库绘制靶蛋白相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape软件中的ClueGo功能对公共靶点进行GO富集分析和KEGG富集分析。结果该研究共筛选出昆仙胶囊的有效活性成分81个,作用靶点913个,去除重复得到228个。从GeneCard数据库与OMIM数据库中获得RA的靶点4494个,通过交集获得公共靶点162个。揭示了槲皮素、木犀草素、山奈酚、β-谷甾醇及雷公藤甲素等5种成分是昆仙胶囊中的主要活性成分,AKT1、IL-10、STAT3、CASP8及CDKN1A可能是该药治疗RA的关键靶点。GO及KEGG富集分析结果显示,昆仙胶囊干预RA的作用机制主要与活性氧代谢过程的调控、激酶活性的调节、IL-17信号通路等有关,涉及感染、炎症及免疫的重要生物过程和信号通路。结论本研究从网络药理学角度,初步探讨了昆仙胶囊治疗RA的物质基础和作用机制,提示了其多成分、多靶点、多途径的整体调节特点,为后续分子生物学实验研究提供了思路与依据。 展开更多
关键词 昆仙胶囊 类风湿关节炎 网络药理学
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浅谈红小豆的经济价值及产业化开发 被引量:3
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作者 梓珂 《农技服务》 2015年第12期232-232,共1页
红小豆是我国重要的豆类作物,红小豆以其独有的医疗保健与营养功能被开发成各类产品,体现出了巨大的经济价值。本文主要针对红小豆的经济价值及产业化开发线路进行分析。
关键词 红小豆 经济价值 产业化开发
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对余秋雨笔下苏轼形象的分析
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作者 梓珂 《青年与社会(下)》 2015年第12期296-296,共1页
苏轼是唐宋八大家之一,也是豪放派的开山鼻祖,对于苏轼的描写,最具代表性的当属林语堂、胡兰成和余秋雨,尤其是余秋雨,无论是对苏轼性情特征还是人生境遇的描写,都独具风格。在《苏东坡突围》中,余秋雨描述了苏轼的苦难人生,塑... 苏轼是唐宋八大家之一,也是豪放派的开山鼻祖,对于苏轼的描写,最具代表性的当属林语堂、胡兰成和余秋雨,尤其是余秋雨,无论是对苏轼性情特征还是人生境遇的描写,都独具风格。在《苏东坡突围》中,余秋雨描述了苏轼的苦难人生,塑造出一个圣洁、清白的苏轼形象,文章主要针对余秋雨笔下的苏轼形象进行分析。 展开更多
关键词 余秋雨 苏轼形象 分析
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