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缺血性脑卒中患者的循环免疫circRNA-miRNA-mRNA轴预测
1
作者 薛如卉 刘丹 张广炜 《包头医学院学报》 CAS 2024年第2期20-27,共8页
目的:探讨缺血性卒中(Ischemic Stroke,IS)患者的循环免疫环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-信使RNA(messenger RNA,mRNA)轴,寻找治疗IS的分子靶点。方法:从GEO数据库中检索到了GSE16561、GSE195442数据集,使用R... 目的:探讨缺血性卒中(Ischemic Stroke,IS)患者的循环免疫环状RNA(circular RNA,circRNA)-微小RNA(microRNA,miRNA)-信使RNA(messenger RNA,mRNA)轴,寻找治疗IS的分子靶点。方法:从GEO数据库中检索到了GSE16561、GSE195442数据集,使用R软件或者GEO2R工具查找缺血性卒中患者与正常对照血液之间差异表达的基因、circRNAs。通过STRING数据库,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,用Cytoscape3.9.1进行可视化,使用CytoNCA中的介数中心度筛选出评分较高的基因。对筛选出前15个评分较高的差异基因进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)途径富集分析。之后,根据mirTargets 2.0数据库预测靶标miRNAs,构建miRNA-mRNA调控网络。使用GEO2R工具筛选出IS患者差异表达的circRNAs,结合文献挑选出显著差异并且已经经过PCR验证过的circRNAs,使用Circular RNA Interactome构建circRNA-miRNA调控网络。对两组调控网络取交集,预测出IS中可能存在的调控网络,进一步构建免疫相关circRNA-miRNA-mRNA轴,使用GSE117064数据集对免疫相关circRNA-miRNA-mRNA轴中的miRNAs进行验证。结果:本研究鉴定了许多转录因子,基因包括CD247、IL2RB、STAT1,miRNAs包括hsa-miR-892a、hsa-miR-938、hsa-miR-338-3p等,并且预测了hsa_circ_0112036-hsa-miR-892a-CD247、hsa_circ_0112036-hsa-miR-892a-IL2RB、hsa_circ_0093708-hsa-miR-1248-STAT1等7条可能的免疫相关circRNA-miRNA-mRNA轴。结论:hsa_circ_0112036可能作为hsa-miR-892a、hsa-miR-938、hsa-miR-1276、hsa-miR-1208、hsa-miR-338-3p的分子海绵调控IS的进展。hsa_circ_0093708可能作为hsa-miR-1248的分子海绵调控IS的进展。 展开更多
关键词 circRNAs MIRNAS 缺血性脑卒中
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环状RNA在血管钙化中的研究进展
2
作者 薛如卉 刘丹 张广炜 《医学综述》 CAS 2023年第21期4477-4483,共7页
血管钙化是指血管中钙磷酸盐复合物的矿物沉积,在动脉粥样硬化、糖尿病、慢性肾脏病和心血管疾病等患者中多见。然而,目前对于血管钙化的具体机制和有效治疗手段仍不清楚。随着测序技术和生物信息学的发展,环状RNA(circRNA)成为研究热点... 血管钙化是指血管中钙磷酸盐复合物的矿物沉积,在动脉粥样硬化、糖尿病、慢性肾脏病和心血管疾病等患者中多见。然而,目前对于血管钙化的具体机制和有效治疗手段仍不清楚。随着测序技术和生物信息学的发展,环状RNA(circRNA)成为研究热点,其不仅可以通过分子海绵作用调控血管钙化,还在血管平滑肌表型转换中发挥重要的调控作用。目前血管钙化与骨生成的相似性已被广泛研究,探索circRNA在骨生成中的作用可为circRNA与血管钙化的研究提供新视角。 展开更多
关键词 血管钙化 环状RNA 动脉粥样硬化 血管平滑肌细胞 骨生成
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