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龙眼DRB家族全基因组鉴定及其表达分析
被引量:
2
1
作者
蔡
柔
荻
厉雪
+4 位作者
陈燕
徐小萍
陈晓慧
赖钟雄
林玉玲
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期921-933,共13页
为了解龙眼中双链RNA结合蛋白家族(DRB)的潜在功能,采用生物信息学方法鉴定龙眼DRB基因家族成员,并分析其在龙眼体胚发生早期、不同组织部位和外源脱落酸、水杨酸、茉莉酸甲酯处理下的表达模式。结果显示:龙眼DRB家族的8个成员分布在5...
为了解龙眼中双链RNA结合蛋白家族(DRB)的潜在功能,采用生物信息学方法鉴定龙眼DRB基因家族成员,并分析其在龙眼体胚发生早期、不同组织部位和外源脱落酸、水杨酸、茉莉酸甲酯处理下的表达模式。结果显示:龙眼DRB家族的8个成员分布在5个亚组中,并且都具有2~3个双链RNA结合结构域,内含子数1~7;龙眼DRB家族含有6种motif;启动子中含有大量光响应元件、激素响应元件和逆境胁迫响应元件;龙眼DRB家族成员在体胚发生的各个阶段、各器官中均有表达,但表达量差异较大;外源脱落酸、水杨酸及茉莉酸甲酯处理显著抑制龙眼DRB家族成员的表达。本研究结果表明,龙眼DRB家族成员高度保守,该家族成员可能参与龙眼体胚及各器官各阶段的生长发育过程,且参与脱落酸、水杨酸及茉莉酸甲酯响应过程。
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关键词
龙眼
DRB基因家族
全基因组鉴定
启动子
生物信息学
表达分析
原文传递
龙眼miR408与DlLAC12克隆及其在球形胚发生和非生物胁迫下的表达分析
2
作者
徐小萍
曹清影
+6 位作者
蔡
柔
荻
官庆栩
张梓浩
陈裕坤
徐涵
林玉玲
赖钟雄
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第9期1866-1882,共17页
为探讨miR408及靶基因DlLAC12在龙眼球形体细胞胚诱导及不同非生物胁迫下的表达模式,采用miR-RACE PCR和Tail-PCR克隆获得pri-miR408 cDNA和转录起始位点、dlo-miR408 gDNA、靶基因DlLAC12 cDNA及启动子pro-MIR408序列。研究结果显示:dl...
为探讨miR408及靶基因DlLAC12在龙眼球形体细胞胚诱导及不同非生物胁迫下的表达模式,采用miR-RACE PCR和Tail-PCR克隆获得pri-miR408 cDNA和转录起始位点、dlo-miR408 gDNA、靶基因DlLAC12 cDNA及启动子pro-MIR408序列。研究结果显示:dlo-pri-miR408 cDNA、gDNA全长均为706 bp,5′端转录起始位点为胞嘧啶(C)。DlLAC12 cDNA全长为1725 bp,pro-MIR408全长为1532 bp。pro-MIR408序列上存在ABA、GA_(3)、JA等激素信号传导顺式作用元件和响应光、低温胁迫等相关元件。qRT-PCR结果显示,dlo-miR408-3p随外源添加的蔗糖浓度、Cu^(2+)浓度及培养温度的变化呈现动态表达;而dlo-miR408-5p1对蔗糖不敏感,在铜离子失衡和低温时下调表达。dlo-miR408-3p与DlLAC12负调控模式能响应高浓度ABA(≥500μmol•L^(-1))处理,而不同浓度GA_(3)处理下二者表达模式一致。dlo-miR408-3p与DlLAC12在球形胚诱导不同天数呈现负调控,说明在球形胚诱导过程发挥作用。试验表明,dlo-miR408与靶基因DlLAC12可参与龙眼体胚发生与非生物胁迫响应。
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关键词
龙眼
体胚发生
miR408
DlLAC12
非生物胁迫
原文传递
题名
龙眼DRB家族全基因组鉴定及其表达分析
被引量:
2
1
作者
蔡
柔
荻
厉雪
陈燕
徐小萍
陈晓慧
赖钟雄
林玉玲
机构
福建农林大学园艺植物生物工程研究所
出处
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第5期921-933,共13页
基金
国家自然科学基金项目(31672127)
福建省高原学科建设经费项目(102/71201801101)
+1 种基金
福建省自然科学基金项目(2020J01543)
福建农林大学创新基金项目(CXZX2018078,CXZX2018076,CXZX2019033S)。
文摘
为了解龙眼中双链RNA结合蛋白家族(DRB)的潜在功能,采用生物信息学方法鉴定龙眼DRB基因家族成员,并分析其在龙眼体胚发生早期、不同组织部位和外源脱落酸、水杨酸、茉莉酸甲酯处理下的表达模式。结果显示:龙眼DRB家族的8个成员分布在5个亚组中,并且都具有2~3个双链RNA结合结构域,内含子数1~7;龙眼DRB家族含有6种motif;启动子中含有大量光响应元件、激素响应元件和逆境胁迫响应元件;龙眼DRB家族成员在体胚发生的各个阶段、各器官中均有表达,但表达量差异较大;外源脱落酸、水杨酸及茉莉酸甲酯处理显著抑制龙眼DRB家族成员的表达。本研究结果表明,龙眼DRB家族成员高度保守,该家族成员可能参与龙眼体胚及各器官各阶段的生长发育过程,且参与脱落酸、水杨酸及茉莉酸甲酯响应过程。
关键词
龙眼
DRB基因家族
全基因组鉴定
启动子
生物信息学
表达分析
Keywords
Dimocarpus longan
DRB gene family
genome-wide identification
promoter
bioinformatics
expression analysis
分类号
S667.2 [农业科学—果树学]
原文传递
题名
龙眼miR408与DlLAC12克隆及其在球形胚发生和非生物胁迫下的表达分析
2
作者
徐小萍
曹清影
蔡
柔
荻
官庆栩
张梓浩
陈裕坤
徐涵
林玉玲
赖钟雄
机构
福建农林大学园艺学院
法国图卢兹综合科学研究所(IRIT-ARI)
出处
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第9期1866-1882,共17页
基金
国家自然科学基金项目(31572088)
福建省高原学科建设经费项目(102/71201801101)
福建农林大学创新基金项目(CXZX2017189,CXZX2017314,CXZX2018076,CXZX2019037S)。
文摘
为探讨miR408及靶基因DlLAC12在龙眼球形体细胞胚诱导及不同非生物胁迫下的表达模式,采用miR-RACE PCR和Tail-PCR克隆获得pri-miR408 cDNA和转录起始位点、dlo-miR408 gDNA、靶基因DlLAC12 cDNA及启动子pro-MIR408序列。研究结果显示:dlo-pri-miR408 cDNA、gDNA全长均为706 bp,5′端转录起始位点为胞嘧啶(C)。DlLAC12 cDNA全长为1725 bp,pro-MIR408全长为1532 bp。pro-MIR408序列上存在ABA、GA_(3)、JA等激素信号传导顺式作用元件和响应光、低温胁迫等相关元件。qRT-PCR结果显示,dlo-miR408-3p随外源添加的蔗糖浓度、Cu^(2+)浓度及培养温度的变化呈现动态表达;而dlo-miR408-5p1对蔗糖不敏感,在铜离子失衡和低温时下调表达。dlo-miR408-3p与DlLAC12负调控模式能响应高浓度ABA(≥500μmol•L^(-1))处理,而不同浓度GA_(3)处理下二者表达模式一致。dlo-miR408-3p与DlLAC12在球形胚诱导不同天数呈现负调控,说明在球形胚诱导过程发挥作用。试验表明,dlo-miR408与靶基因DlLAC12可参与龙眼体胚发生与非生物胁迫响应。
关键词
龙眼
体胚发生
miR408
DlLAC12
非生物胁迫
Keywords
longan
somatic embryogenesis
miR408
DlLAC12
abiotic stress
分类号
S667.2 [农业科学—果树学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
龙眼DRB家族全基因组鉴定及其表达分析
蔡
柔
荻
厉雪
陈燕
徐小萍
陈晓慧
赖钟雄
林玉玲
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
原文传递
2
龙眼miR408与DlLAC12克隆及其在球形胚发生和非生物胁迫下的表达分析
徐小萍
曹清影
蔡
柔
荻
官庆栩
张梓浩
陈裕坤
徐涵
林玉玲
赖钟雄
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
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