目的:利用生物信息学分析帕金森病人黑质基因表达谱,为进一步帕金森病研究提供研究方向。方法:在Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中使用“帕金森病”、“组织”、“表达谱”,并限定组织来源为“智人”,获得2020年3月22日前GEO数据...目的:利用生物信息学分析帕金森病人黑质基因表达谱,为进一步帕金森病研究提供研究方向。方法:在Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中使用“帕金森病”、“组织”、“表达谱”,并限定组织来源为“智人”,获得2020年3月22日前GEO数据库中的所有生物学样本信息数据。使用GEO2R、DAVID、STRING网站和Cytoscape软件进行数据分析。结果:根据检索条件获得了两个数据集,GSE42966 (对照组3名,帕金森病组6名)和GSE49036 (对照组8名,帕金森病组7个)。分析两个数据集GSE42966和GSE49036中分别存在632和1247个差异表达基因。在这两个数据集的差异基因中共有92个共表达差异基因,其中表达上调基因49个,表达下调基因43个。此外根据KEGG信号通路分析主要集中在细菌侵袭上皮细胞、神经营养蛋白信号通路、轴突导向和MAPK信号通路信号中富集。通过STRING网站构建PPI蛋白网络然后通过Cytoscape软件分析发现其中NTRK3、BDNF、GAB1、PCSK1、CHURC1、GFRA1、SHC4、DOK6、ASPA和ZEB2这十个基因为鉴定帕金森病的主关键基因。结论:通过两个数据集的生物信息学联合分析,找到与帕金森病相关的10个主关键基因,这可能为帕金森病分子通路的研究以及临床上治疗帕金森病提供新思路。展开更多
