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基于生物信息学分析探讨CD59在肺癌中的表达及其临床意义
被引量：
2
1
作者
王卫东
董
婧
珂
+3 位作者
龚永生
孙慧
王洁
金艳霞
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2022年第4期361-369,376,共10页
CD59为含128个氨基酸的糖基磷脂酰肌醇锚定的糖蛋白,是膜结合性补体调节蛋白的重要成员,在血液和多种组织中表达。本研究通过转录组测序数据分析发现,CD59在早期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者的外周血白细胞中表...
CD59为含128个氨基酸的糖基磷脂酰肌醇锚定的糖蛋白,是膜结合性补体调节蛋白的重要成员,在血液和多种组织中表达。本研究通过转录组测序数据分析发现,CD59在早期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者的外周血白细胞中表达下调,在此基础上,利用Oncomine、GEPIA、UniProt、COMSIC、SWISS-MODEL、STRING和Kaplan-Meier Plotter等数据库探讨了CD59在肺癌中的表达、蛋白质结构变化及其与患者生存之间的关系,并利用免疫印迹法(Western-blot)分析了CD59在早期肺癌组织和血清中的水平。Oncomine和GEPIA数据库分析发现,CD59的m RNA在肺癌组织中表达下降;Western-blot实验证实,CD59蛋白在早期肺癌组织和血清中的水平也下降。COSMIC数据库分析发现,肺癌患者中的CD59蛋白有3个氨基酸位点(即8、87和128位)存在突变,其中第8和128位点的突变属于同义突变,而第87位的氨基酸由酪氨酸(Y)突变为苯丙氨酸(F);进一步的SWISS-MODEL同源模建结果显示,第87位酪氨酸仅与第53位异亮氨酸(I)有氢键作用,突变成苯丙氨酸后,其与53位异亮氨酸之间的氢键并未发生变化。蛋白质相互作用网络分析发现,CD59蛋白与CD55、C9、C3AR1、C8A、C8B、INS、PLAUR、CD47、ITGAM和CEACAM8有相互作用。Kaplan-Meier Plotter数据库分析发现,CD59低表达的肺癌患者生存时间更短。本研究通过生物信息学分析CD59在肺癌中的表达情况及临床意义,为进一步探索CD59参与肺癌发生机制和预后判断提供了参考依据。
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关键词
肺癌
CD59蛋白
表达水平
生存分析
生物信息学
数据库
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职称材料
题名
基于生物信息学分析探讨CD59在肺癌中的表达及其临床意义
被引量：
2
1
作者
王卫东
董
婧
珂
龚永生
孙慧
王洁
金艳霞
机构
湖北师范大学生命科学学院
南京医科大学附属苏州医院
武汉大学生命科学学院
华中科技大学同济医院
出处
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2022年第4期361-369,376,共10页
基金
国家自然科学基金青年项目(32000908)
湖北省科技厅自然科学基金项目(2020CFB417)
+1 种基金
食用野生植物保育与利用湖北省重点实验室开放课题基金项目(EWPL201801)
湖北师范大学2018年引进人才科研启动基金项目(HS2019RC008)。
文摘
CD59为含128个氨基酸的糖基磷脂酰肌醇锚定的糖蛋白,是膜结合性补体调节蛋白的重要成员,在血液和多种组织中表达。本研究通过转录组测序数据分析发现,CD59在早期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者的外周血白细胞中表达下调,在此基础上,利用Oncomine、GEPIA、UniProt、COMSIC、SWISS-MODEL、STRING和Kaplan-Meier Plotter等数据库探讨了CD59在肺癌中的表达、蛋白质结构变化及其与患者生存之间的关系,并利用免疫印迹法(Western-blot)分析了CD59在早期肺癌组织和血清中的水平。Oncomine和GEPIA数据库分析发现,CD59的m RNA在肺癌组织中表达下降;Western-blot实验证实,CD59蛋白在早期肺癌组织和血清中的水平也下降。COSMIC数据库分析发现,肺癌患者中的CD59蛋白有3个氨基酸位点(即8、87和128位)存在突变,其中第8和128位点的突变属于同义突变,而第87位的氨基酸由酪氨酸(Y)突变为苯丙氨酸(F);进一步的SWISS-MODEL同源模建结果显示,第87位酪氨酸仅与第53位异亮氨酸(I)有氢键作用,突变成苯丙氨酸后,其与53位异亮氨酸之间的氢键并未发生变化。蛋白质相互作用网络分析发现,CD59蛋白与CD55、C9、C3AR1、C8A、C8B、INS、PLAUR、CD47、ITGAM和CEACAM8有相互作用。Kaplan-Meier Plotter数据库分析发现,CD59低表达的肺癌患者生存时间更短。本研究通过生物信息学分析CD59在肺癌中的表达情况及临床意义,为进一步探索CD59参与肺癌发生机制和预后判断提供了参考依据。
关键词
肺癌
CD59蛋白
表达水平
生存分析
生物信息学
数据库
Keywords
lung cancer
CD59 protein
expression level
survival analysis
bioinformatics
database
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于生物信息学分析探讨CD59在肺癌中的表达及其临床意义
王卫东
董
婧
珂
龚永生
孙慧
王洁
金艳霞
《生命科学研究》
CAS
CSCD
2022
2
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