目的:利用RNA高通量测序和生物信息学分析筛选出调控食管胃结合部腺癌(adenocarcinoma of esophagogastric junction,AEG)增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子,并对其作用方式进行初步探究。方法:提取22对食管胃结合部腺癌组织及癌旁正常...目的:利用RNA高通量测序和生物信息学分析筛选出调控食管胃结合部腺癌(adenocarcinoma of esophagogastric junction,AEG)增殖、侵袭能力的关键环状RNA分子,并对其作用方式进行初步探究。方法:提取22对食管胃结合部腺癌组织及癌旁正常黏膜组织的RNA。采用RNA高通量测序(测序深度200×),利用生物信息分析云平台进行差异基因筛选,同时对差异表达的基因构建共表达网络和circRNAs-miRNAs-mRNAs间的内源性RNA竞争机制(ceRNA)网络;利用RNA图谱共表达网络构建和内源性竞争RNA负相关分析,筛选出在AEG发生过程中可能发挥关键作用的circRNAs。并预测可与该circRNA存在ceRNA关系的miRNAs和mRNAs;通过qRT-PCR等方法对该circRNA在胃癌组织、癌旁组织中的表达进行验证。结果:通过RNA高通量测序,共预测得到46553个circRNAs,对测序数据进行严格质控,得到26个差异表达的circRNAs(fold change≥2或fold change≤0.5,false discovery rate<0.05),其中10个circRNAs表达上调,16个circRNAs表达下调。对组织样本进行m RNA和miRNA测序分析,构建circRNAs-miRNAs-mRNAs间的ceRNA网络、RNA图谱共表达网络和内源性竞争RNA负相关分析。结果表明,hascirc0007766在AEG肿瘤组织中特异性高表达,可能在AEG发生发展过程中起关键作用;同时发现,miR4492与circRNA0007766和MET mRNA均有结合位点。结论:hascirc0007766可能通过miR4492-circRNA0007766-MET m RNA的ceRNA网调控食管胃结合部腺癌增殖、侵袭,是AEG发生发展的关键circRNA。展开更多
