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综合生物信息学分析探索与哮喘严重程度相关的生物标志物
1
作者 肖照明 晏鑫 +2 位作者 李菲 肖康文 刘光辉 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1458-1468,共11页
本研究利用综合生物信息学方法寻找能够预测哮喘严重程度的新生物标志物。于2022年6至12月,在武汉大学中南医院过敏反应科开展并完成该临床医学研究。从高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中筛选并下载基因芯片数据集GS... 本研究利用综合生物信息学方法寻找能够预测哮喘严重程度的新生物标志物。于2022年6至12月,在武汉大学中南医院过敏反应科开展并完成该临床医学研究。从高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中筛选并下载基因芯片数据集GSE43696,使用R语言“affy”包和“rma”算法完成基因芯片数据预处理。利用“edgeR”包和“limma”包筛选出正常对照者、轻中度哮喘患者和重度哮喘患者两两之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),然后用“clusterProfiler”包对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,最后用STRING网站构建差异表达基因的蛋白-蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,进一步筛选差异表达基因。使用R语言“WGCNA”包对数据集GSE43696进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选出与哮喘严重程度显著相关的模块,将WGCNA分析结果与PPI筛选的差异表达基因取交集得到关键(hub)基因。利用数据集GSE43696和GSE63142对hub基因表达量进行验证,依据ROC曲线评估诊断价值,并通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)进一步明确数据集GSE43696中hub基因的潜在功能。结果显示,共筛选出251个DEGs,其中正常组和轻中度哮喘组39个,正常组和重度哮喘组178个,轻中度哮喘组和重度哮喘组34个,主要参与对有毒物质的反应、对氧化应激的反应、细胞外结构组织、细胞外基质组织等生物过程。筛选出两个与哮喘严重程度显著相关的模块(red模块,P=7e-6,r=0.43;pink模块,P=5e-8,r=-0.51),最终得到6个hub基因,包括B3GNT6、CEACAM5、CCK、ERBB2、CSH1和DPPA5。通过数据集GSE43696和GSE63142的基因表达水平比较和ROC曲线分析进一步验证了这6个hub基因,可能与o-聚糖生物合成、α-亚麻酸代谢、亚油酸代谢和戊糖葡萄糖酸的相互转化等过程相关。综上,通过 展开更多
关键词 支气管哮喘 生物信息学 关键基因
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用二次函数观点反思“在同一直线上两物体瞬间作用的物理过程”
2
作者 周其高 文雄英 肖照明 《物理教师（高中版）》 2009年第5期38-39,共2页
“在同一直线上两物体瞬间作用的过程”，物理学中列举了“1．子弹击穿木块”，“2．两球完全非弹性碰撞”，“3．两球不完全非弹性碰撞”，“4．两球弹性碰撞”及“5．一物块爆裂成两物块”等常见的5种情况．根据这5个物理过程特点的... “在同一直线上两物体瞬间作用的过程”，物理学中列举了“1．子弹击穿木块”，“2．两球完全非弹性碰撞”，“3．两球不完全非弹性碰撞”，“4．两球弹性碰撞”及“5．一物块爆裂成两物块”等常见的5种情况．根据这5个物理过程特点的不同列出表1． 展开更多
关键词 物理过程 同一直线 函数观点 间作 物体 完全非弹性碰撞 过程特点 物理学
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“粒子源”问题归类与解析
3
作者 肖照明 《物理通报》 2011年第8期72-74,共3页
2010年高考全国理综能力测试卷Ⅰ，Ⅱ物理压卷题，虽然仍是粒子在磁场中的偏转，但不是单个带电粒子在磁场中的多阶段运动，而是由“粒子源”从同一点发出多个同速率不同方向的同种粒子在磁场中的运动问题．有关“粒子源”问题．笔者认... 2010年高考全国理综能力测试卷Ⅰ，Ⅱ物理压卷题，虽然仍是粒子在磁场中的偏转，但不是单个带电粒子在磁场中的多阶段运动，而是由“粒子源”从同一点发出多个同速率不同方向的同种粒子在磁场中的运动问题．有关“粒子源”问题．笔者认为可以从以下几方面归纳解析． 展开更多
关键词 粒子源 解析 归类 运动问题 带电粒子 磁场 物理
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“血月”成因分析
4
作者 张贤哲 肖照明 《物理教师》 北大核心 2014年第10期66-67,共2页
北京时间2014年4月16日,月全食这一天文现象在夜空中上演,而更为神奇的是,此次月全食出现了500年3次的“血月”,令人大饱眼福.按照常识分析,在月全食过程中,太阳射向月球的光被地球挡住的时候（即月球处于本影区的时候）,月球的光应该... 北京时间2014年4月16日,月全食这一天文现象在夜空中上演,而更为神奇的是,此次月全食出现了500年3次的“血月”,令人大饱眼福.按照常识分析,在月全食过程中,太阳射向月球的光被地球挡住的时候（即月球处于本影区的时候）,月球的光应该完全消失. 展开更多
关键词 成因分析 月全食 北京时间 天文现象 月球 夜空 地球 太阳
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