目的获得东紫苏Elsholtzia bodinieri转录组数据信息,了解东紫苏挥发油单萜生物合成途径。方法采用Illumina Hiseq 2000高通量测序获得东紫苏的转录组数据,通过对数据进行组装、拼接及注释,挖掘其单萜类化合物代谢途径相关基因。结果东...目的获得东紫苏Elsholtzia bodinieri转录组数据信息,了解东紫苏挥发油单萜生物合成途径。方法采用Illumina Hiseq 2000高通量测序获得东紫苏的转录组数据,通过对数据进行组装、拼接及注释,挖掘其单萜类化合物代谢途径相关基因。结果东紫苏2个样品材料测序后共获得13.67Gb数据,91169356条高质量序列,利用Trinity组装获得93327条unigenes,平均长度1756 bp。将组装所得到的unigenes分别与NCBI官方的蛋白序列数据库(RefSeq non-redundant proteins,NR)、基因本体论数据库(gene ontology,GO)、真核生物蛋白质同源簇数据库(clusters of orthologous groups for eukaryotic complete genomes,KOG)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等数据库进行BLAST比对分析。通过KEGG代谢通路分析,结果显示有2个单萜代谢相关途径,为萜类骨架生物合成(编号为ko00900)和单萜类生物合成(编号为ko00902),相关unigenes分别有11条和30条;进行实时荧光定量PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)和测序,成功验证6个单萜合成相关候选基因全长unigenes。结论首次对东紫苏进行高通量转录组测序分析,获得了单萜生物合成的关键酶基因,为后续基因功能的研究奠定基础。展开更多
文摘目的获得东紫苏Elsholtzia bodinieri转录组数据信息,了解东紫苏挥发油单萜生物合成途径。方法采用Illumina Hiseq 2000高通量测序获得东紫苏的转录组数据,通过对数据进行组装、拼接及注释,挖掘其单萜类化合物代谢途径相关基因。结果东紫苏2个样品材料测序后共获得13.67Gb数据,91169356条高质量序列,利用Trinity组装获得93327条unigenes,平均长度1756 bp。将组装所得到的unigenes分别与NCBI官方的蛋白序列数据库(RefSeq non-redundant proteins,NR)、基因本体论数据库(gene ontology,GO)、真核生物蛋白质同源簇数据库(clusters of orthologous groups for eukaryotic complete genomes,KOG)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等数据库进行BLAST比对分析。通过KEGG代谢通路分析,结果显示有2个单萜代谢相关途径,为萜类骨架生物合成(编号为ko00900)和单萜类生物合成(编号为ko00902),相关unigenes分别有11条和30条;进行实时荧光定量PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)和测序,成功验证6个单萜合成相关候选基因全长unigenes。结论首次对东紫苏进行高通量转录组测序分析,获得了单萜生物合成的关键酶基因,为后续基因功能的研究奠定基础。
