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中药材DNA条形码分子鉴定指导原则 被引量：414
1
作者 陈士林 姚辉 +8 位作者 韩建萍 辛天怡 庞晓慧 石林春 罗焜 宋经元 侯典云 石上梅 钱忠直 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期141-148,共8页
随着中药材DNA条形码分子鉴定方法研究的深入与普及,国家药典委员会讨论通过在《中国药典》增补本中列入中药材DNA条形码分子鉴定指导原则,该指导原则通过对大样本量中药材进行DNA条形码分子鉴定研究,建立以ITS2为核心,psbA-trnH为辅的... 随着中药材DNA条形码分子鉴定方法研究的深入与普及,国家药典委员会讨论通过在《中国药典》增补本中列入中药材DNA条形码分子鉴定指导原则,该指导原则通过对大样本量中药材进行DNA条形码分子鉴定研究,建立以ITS2为核心,psbA-trnH为辅的植物类药材DNA条形码鉴定体系和以COI为主、ITS2为辅的动物类药材DNA条形码鉴定体系。该文介绍了中药材DNA条形码分子鉴定指导原则及其起草说明,并对该原则在中药材鉴定方面的应用前景进行展望。 展开更多
关键词 中国药典 中药材 DNA条形码 分子鉴定 指导原则
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中药DNA条形码鉴定体系及研究方向 被引量：210
2
作者 陈士林 庞晓慧 +2 位作者 姚辉 韩建萍 罗焜 《世界科学技术-中医药现代化》 2011年第5期747-754,共8页
近年来,中药DNA条形码分子鉴定得到快速发展,加快了中药鉴定标准化的进程。通过中药DNA条形码鉴定研究,我国首次提出将ITS2序列作为药用植物鉴定的通用条形码序列,并建立以ITS2为核心、psbA-trnH为补充序列的植物类药材DNA条形码鉴定体... 近年来,中药DNA条形码分子鉴定得到快速发展,加快了中药鉴定标准化的进程。通过中药DNA条形码鉴定研究,我国首次提出将ITS2序列作为药用植物鉴定的通用条形码序列,并建立以ITS2为核心、psbA-trnH为补充序列的植物类药材DNA条形码鉴定体系和以COI序列为核心、ITS2为辅助序列的动物类药材DNA条形码鉴定体系,为中药DNA条形码鉴定的发展奠定了坚实基础。本文结合课题组研究工作就构建中药DNA条形码鉴定体系进行了综述,包括中药DNA条形码序列的筛选确定、中药DNA条形码鉴定流程和中药DNA条形码鉴定数据库系统构建,并介绍了中药DNA条形码鉴定的研究方向。 展开更多
关键词 中药 DNA条形码 ITS2 COI 鉴定
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药用植物DNA条形码鉴定策略及关键技术分析 被引量：156
3
作者 陈士林 宋经元 +3 位作者 姚辉 石林春 罗焜 韩建萍 《中国天然药物》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期322-327,共6页
DNA条形码(DNA barcoding)是近年来生物分类和鉴定的研究热点和方向,其在药用植物鉴定中的成功应用将可能是生药鉴定方法的革命性突破。本文结合具体研究工作就构建药用植物DNA条形码鉴定平台的标准化流程、药用植物DNA条形码鉴定序列... DNA条形码(DNA barcoding)是近年来生物分类和鉴定的研究热点和方向,其在药用植物鉴定中的成功应用将可能是生药鉴定方法的革命性突破。本文结合具体研究工作就构建药用植物DNA条形码鉴定平台的标准化流程、药用植物DNA条形码鉴定序列的选择、DNA条形码序列校对机制、DNA条形码序列鉴定效率评价方法进行了探讨,并展望了DNA条形码的发展趋势。 展开更多
关键词 药用植物 DNA条形码 鉴定 标准化
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重楼属药用植物DNA条形码鉴定研究 被引量：153
4
作者 朱英杰 陈士林 +4 位作者 姚辉 谭睿 宋经元 罗焜 鲁静 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期376-382,共7页
为评价DNA条形码候选序列对重楼属药用植物的鉴定作用,探讨重楼属药用植物鉴定新方法,本研究对重楼属11个物种17份样品的psbA-trnH、rpoB、rpoC1、rbcL、matK和核ITS2序列进行PCR扩增和测序,比较各序列扩增和测序效率、种内和种间变异,... 为评价DNA条形码候选序列对重楼属药用植物的鉴定作用,探讨重楼属药用植物鉴定新方法,本研究对重楼属11个物种17份样品的psbA-trnH、rpoB、rpoC1、rbcL、matK和核ITS2序列进行PCR扩增和测序,比较各序列扩增和测序效率、种内和种间变异,进行barcoding gap分析,采用BLAST1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力。结果显示,ITS2序列在所研究的重楼属药用植物中的扩增和测序效率均为100%,其种内种间变异、barcoding gap与其他DNA条形码候选序列相比具有明显的优势,ITS2序列在重楼属中的鉴定成功率达到100%,而生物条形码协会(CBOL)植物工作组推荐的matK和rbcL序列的鉴定成功率分别为52.9%和5.9%,二者联合鉴定能力没有提高,对于ITS2序列扩大至29个物种67份样品依然具有100%的鉴定成功率。实验结果表明,ITS2序列能够准确鉴定重楼属药用植物,可以作为潜在的药用植物通用条形码序列。 展开更多
关键词 重楼属 DNA条形码 ITS2 药用植物 鉴定
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羌活药材ITS/ITS2条形码鉴定及其稳定性与准确性研究 被引量：110
5
作者 辛天怡 姚辉 +6 位作者 罗焜 向丽 马晓冲 韩建萍 林余霖 宋经元 陈士林 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1098-1105,共8页
为验证DNA条形码鉴定的稳定性与准确性,本文选用羌活药材作为研究对象,对31份样本提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列并进行双向测序,所得序列... 为验证DNA条形码鉴定的稳定性与准确性,本文选用羌活药材作为研究对象,对31份样本提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列并进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件与其混伪品进行序列比对,计算种内和种间距离,构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ Tree)。ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMMer)的注释方法获得。结果表明,羌活药材ITS序列长度为603～604 bp,ITS2序列长度均为228 bp,羌活药材ITS/ITS2序列单倍型与其基原植物叶片序列一致。两种基原植物ITS/ITS2序列种内平均kimura 2-parameter(K2P)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;NJ树结果显示羌活、宽叶羌活与其混伪品均可明显区分,表现出良好单系性。因此ITS/ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别羌活药材,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 羌活 ITS/ITS2 物种鉴定 稳定性 准确性
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多基原药材秦艽ITS2条形码鉴定研究 被引量：75
6
作者 罗焜 马培 +6 位作者 姚辉 辛天怡 胡燕 郑司浩 黄林芳 刘军 宋经元 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1710-1717,共8页
DNA条形码技术的快速发展将促进我国中药材的质量控制和标准化建设,是国际生物分类和鉴定研究中引人注目的新方向,但目前为止该技术相关报道多采用中药材基原植物叶片进行鉴定研究,直接应用于中药材鉴定较少,业内广泛关注的采用DNA条形... DNA条形码技术的快速发展将促进我国中药材的质量控制和标准化建设,是国际生物分类和鉴定研究中引人注目的新方向,但目前为止该技术相关报道多采用中药材基原植物叶片进行鉴定研究,直接应用于中药材鉴定较少,业内广泛关注的采用DNA条形码技术鉴定中药材过程涉及的①如何从根茎类中药材中提取DNA;②不同产地样本种内变异情况;③采用DNA条形码鉴定中药材时的稳定性和准确性等研究报道不足。在此背景下,本文选取多基原中药材秦艽作为研究对象,广泛收集其主产区不同基原和其常见混伪品及其近缘种共86个样品,改良传统DNA试剂盒提取方法,对比植物DNA条形码热点候选序列ITS(internal transcribedspacer),psbA-trnH,matK,rbcL和ITS2优劣,结果显示改良后的试剂盒法可使秦艽药材DNA全部提取成功,基于ITS2序列100%成功鉴定秦艽药材及其混伪品,同时基于本研究建立的鉴定流程成功将药店购买的秦艽药材样品鉴定到基原物种。 展开更多
关键词 秦艽药材 ITS2 物种鉴定 稳定性 准确性
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生物资源的DNA条形码技术 被引量：63
7
作者 陈士林 庞晓慧 +3 位作者 罗焜 姚辉 韩建萍 宋经元 《生命科学》 CSCD 2013年第5期458-466,共9页
DNA条形码是近年提出的一种分子鉴定新技术,该技术有利于发现新种和保护生物多样性,可有效监控珍稀濒危物种进、出口贸易,可实现有害生物及入侵种的快速查验,对我国生物资源保护具有重大意义。对DNA条形码技术在生物物种鉴定与分类、珍... DNA条形码是近年提出的一种分子鉴定新技术,该技术有利于发现新种和保护生物多样性,可有效监控珍稀濒危物种进、出口贸易,可实现有害生物及入侵种的快速查验,对我国生物资源保护具有重大意义。对DNA条形码技术在生物物种鉴定与分类、珍稀濒危和贵重生物资源保护、海关贸易监控、生物多样性保护及中药鉴定领域的重要实践应用进行了综述,认为DNA条形码技术在生物分类学、生物物种监管及中药流通管理等领域具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 生物资源 DNA条形码 生物多样性 中药 鉴定
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中药DNA条形码鉴定中的DNA提取方法研究 被引量：51
8
作者 罗焜 马培 +3 位作者 姚辉 宋经元 陈科力 刘义梅 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2012年第2期1433-1439,共7页
目的:建立一种直接从药材中提取DNA的方法以满足中药材DNA条形码研究的需要。方法:以麦冬药材为实验对象,对比5种常用植物DNA提取方法,筛选出最优方法后,对不同部位入药的10种中药材进行DNA提取,采用琼脂糖凝胶电泳及PCR扩增效果进行检... 目的:建立一种直接从药材中提取DNA的方法以满足中药材DNA条形码研究的需要。方法:以麦冬药材为实验对象,对比5种常用植物DNA提取方法,筛选出最优方法后,对不同部位入药的10种中药材进行DNA提取,采用琼脂糖凝胶电泳及PCR扩增效果进行检测。结果:改良的CTAB法较适合药材DNA提取,虽然所有样品DNA都出现降解,但基于ITS2序列引物PCR扩增成功率为90%。结论:通过增加药材的预处理、核分离液等步骤,并改良CTAB浓度等措施,CTAB法能够用于上述不同药用部位入药的9种药材DNA提取,可以为中药DNA条形码鉴定中的DNA提取提供参考。 展开更多
关键词 中药DNA条形码 DNA提取 CTAB法
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基于COI条形码序列的《中国药典》动物药材鉴定研究 被引量：35
9
作者 张辉 姚辉 +8 位作者 崔丽娜 杜鹤 林喆 高晓晨 郎雪 宋经元 罗焜 石林春 陈士林 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2013年第3期371-380,共10页
药用动物是我国中药资源的重要组成部分,线粒体COI基因被公认为动物界中标准的DNA条形码基因,但利用此技术系统研究药用动物或动物药材鉴定的报道不多。本研究选取药典中45个动物药材,涉及基原物种51种,分析样品COI序列的种内种间变异情... 药用动物是我国中药资源的重要组成部分,线粒体COI基因被公认为动物界中标准的DNA条形码基因,但利用此技术系统研究药用动物或动物药材鉴定的报道不多。本研究选取药典中45个动物药材,涉及基原物种51种,分析样品COI序列的种内种间变异情况,barcoding gap,鉴定效率等,考察COI序列鉴定动物药材的有效性和准确性。结果表明,种间变异最小值远大于种内变异最大值,barcoding gap图显示种间变异和种内变异重合较少,鉴定效率较高,除节肢动物门外,在物种水平和属水平上,鉴定效率均为100%,所构建的动物药材及其混伪品的NJ树能很好地区分正品来源与其混伪品。因此COI序列作为DNA条形码适用于药典中动物药材的鉴定。本研究为COI条形码准确鉴定药典中动物药材提供了分子依据,扩充了DNA条形码数据库中药用动物序列,并建立了利用此技术鉴定动物药材的具体技术流程。 展开更多
关键词 动物药材 药典 COI序列 DNA条形码 鉴定
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基于ITS2序列鉴定川贝母及其混伪品基原植物 被引量：34
10
作者 罗焜 马培 +3 位作者 姚辉 宋经元 陈科力 刘义梅 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2012年第1期1153-1158,共6页
本研究对川贝母5种不同基原植物ITS2序列进行PCR扩增和测序;同时扩大研究范围,从GenBank上下载川贝母及其常见混伪品共10个物种13个样本的ITS2序列。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利... 本研究对川贝母5种不同基原植物ITS2序列进行PCR扩增和测序;同时扩大研究范围,从GenBank上下载川贝母及其常见混伪品共10个物种13个样本的ITS2序列。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果显示川贝母基原植物种内最大K-2-P距离为0.0276,与混伪品的种间最小K-2-P距离为0.0583;川贝母及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示川贝母不同基原物种聚为一支,能较好与混伪品区分。研究结果表明ITS2条形码序列能够成功鉴定川贝母及其混伪品的原植物,为川贝母混伪鉴别提供了新工具。 展开更多
关键词 川贝母 ITS2序列 分子鉴定
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HPLC-ELSD测定不同加工方法川贝母中3种生物碱 被引量：31
11
作者 黄林芳 陈士林 +3 位作者 刘辉 王丽芝 张艺 罗焜 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1560-1564,共5页
目的:建立同时测定川贝母中3种生物碱成分的方法,并考察不同加工方法对川贝母质量的影响。方法:采用HPLC-ELSD法同时测定川贝母中3种生物碱贝母辛、贝母甲素和贝母乙素的含量,采用的色谱柱:W aters XTerra MSC18(4.6 mm×150 mm,5μ... 目的:建立同时测定川贝母中3种生物碱成分的方法,并考察不同加工方法对川贝母质量的影响。方法:采用HPLC-ELSD法同时测定川贝母中3种生物碱贝母辛、贝母甲素和贝母乙素的含量,采用的色谱柱:W aters XTerra MSC18(4.6 mm×150 mm,5μm),流动相:乙腈-水-碳酸氢铵(pH=10.10)。结果:本色谱条件下3种生物碱均具有良好的分离度,且3种成分的浓度与各自峰面积之间线性关系良好,精密度、重复性及加样回收率的RSD均小于3%。结论:该法简单、快速、可靠,可同时测定川贝母中的3种生物碱,可用于川贝母的质量控制,并建议水洗60℃烘干为川贝母最佳加工方法。 展开更多
关键词 生物碱 HPLC-ELSD 贝母辛 贝母甲素 贝母乙素
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DNA条形码序列对9种蒿属药用植物的鉴定 被引量：28
12
作者 刘美子 宋经元 +3 位作者 罗焜 林余霖 刘萍 姚辉 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1393-1397,共5页
目的采用DNA条形码序列对9种常见的蒿属药用植物进行鉴定,为常见蒿属药用植物的鉴定提供分子依据。方法对9种常见蒿属药用植物的4条候选DNA条形码序列(ITS2、rbcL、matK、psbA-trnH)进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率,应用B... 目的采用DNA条形码序列对9种常见的蒿属药用植物进行鉴定,为常见蒿属药用植物的鉴定提供分子依据。方法对9种常见蒿属药用植物的4条候选DNA条形码序列(ITS2、rbcL、matK、psbA-trnH)进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增和测序效率,应用BLAST1、Distance方法来评估各序列的鉴定效率。此外,基于MEGA5分析9种常见蒿属药用植物ITS2序列种间K2P遗传距离并构建NJ树。结果除matK外,其余3条片段的PCR扩增和测序效率均为100%,ITS2序列对9种蒿属药用植物的物种水平鉴定成功率最高,为100%,而psbA-trnH、rbcL、matK、matK+rbcL的鉴定成功率(BLAST1法)分别为83.3%、66.7%、54.5%、75%。通过ITS2序列的种间K2P遗传距离及NJ树均能将不同物种全部区分。结论 ITS2序列可以作为鉴定蒿属药用植物的潜在条形码。 展开更多
关键词 蒿属:DNA条形码 ITS2 PCR扩增 遗传距离
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DNA条形码鉴定洋金花及其伪品 被引量：28
13
作者 韩建萍 李美妮 +3 位作者 罗焜 刘美子 陈晓辰 陈士林 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1408-1412,共5页
为建立有毒中药洋金花及其伪品DNA条形码鉴定方法,采用国际通用的条形码序列ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL对洋金花原植物白花曼陀罗及其伪品毛曼陀罗、曼陀罗和木本曼陀罗4个种共计20份材料进行了比较研究。PCR及测序成功率分别为ITS2(1... 为建立有毒中药洋金花及其伪品DNA条形码鉴定方法,采用国际通用的条形码序列ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL对洋金花原植物白花曼陀罗及其伪品毛曼陀罗、曼陀罗和木本曼陀罗4个种共计20份材料进行了比较研究。PCR及测序成功率分别为ITS2(100%)、matK(100%)、psbA-trnH(90%)、rbcL(85%)。采用CodonCode Aligner进行序列拼接,采用MEGA 4.1计算白花曼陀罗及其伪品的种内、种间的K2P距离,并基于K2P模型构建NJ树。结果显示ITS2序列共有30个单核苷酸多态性(SNPs)位点、psbA-trnH序列有33个单碱基的插入和缺失I。TS2和psbA-trnH序列种间遗传距离大于种内,matK和rbcL种内和种间没有明显"Barcoding Gap"。4个条形码序列及其组合获得的分子系统树(ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL、matK+rbcL)均分成了两大支,木本曼陀罗单聚为一支,该分子证据支持将Brugmansia提升为属水平。实验结果表明ITS2及psbA-trnH序列可以作为洋金花及其伪品鉴定用的条形码序列。 展开更多
关键词 曼陀罗属 DNA条形码 分子鉴定
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ITS2序列鉴定筋骨草及其近缘种 被引量：16
14
作者 韩建萍 石林春 +3 位作者 陈士林 钱俊 罗焜 陈科力 《世界科学技术-中医药现代化》 2008年第6期86-89,81,共5页
本研究对筋骨草ITS2区段测序,探讨该片段用于中药筋骨草、白苞筋骨草、白毛夏枯草和夏枯草种间分子鉴别和系统学研究中的意义,我们对核基因ITS2区段进行PCR扩增并测序,获得了该区间的完整序列,所得序列用软件MEGA4.0进行相关分析。测得... 本研究对筋骨草ITS2区段测序,探讨该片段用于中药筋骨草、白苞筋骨草、白毛夏枯草和夏枯草种间分子鉴别和系统学研究中的意义,我们对核基因ITS2区段进行PCR扩增并测序,获得了该区间的完整序列,所得序列用软件MEGA4.0进行相关分析。测得筋骨草、白苞筋骨草、夏枯草和白毛夏枯草的ITS2片段长度分别为312bp,304bp,303bp,304bp。四个物种ITS2片段序列的遗传距离(Kimura2)为0.010～0.175,各个筋骨草种内的不同产地该序列无差异。用MP法根据ITS2序列的遗传距离建立系统发生树,聚类结果和形态分类相符。根据ITS2序列特征,能有效区分筋骨草和其他易混中药材。ITS2具有做为鉴定的条形码序列的潜力。应用该序列可以有效鉴定筋骨草及其近缘种。 展开更多
关键词 ITS2序列 筋骨草 序列分析 鉴定
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ITS2序列鉴定小茴香及其常见混伪品 被引量：14
15
作者 刘义梅 罗焜 +1 位作者 陈科力 陈士林 《环球中医药》 CAS 2011年第4期260-263,共4页
目的探讨基于ITS2序列鉴定小茴香及其混伪品的新方法。方法对小茴香4份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank上下载小茴香及其常见混伪品共6个物种42个样本。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各物种间ITS2序列二... 目的探讨基于ITS2序列鉴定小茴香及其混伪品的新方法。方法对小茴香4份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank上下载小茴香及其常见混伪品共6个物种42个样本。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列构建其系统发育树。结果小茴香种内最大K-2-P距离为0.0307,与混伪品的种间最小K-2-P距离为0.0405;小茴香及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;构建的系统发育树显示小茴香的不同来源样本聚在一支,能很好与混伪品区分。结论 ITS2序列能够成功鉴定小茴香及其易混伪品,可以作为小茴香及其混伪品的分子鉴定方法。 展开更多
关键词 小茴香 ITS2序列 分子鉴定
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大黄与易混伪品土大黄、虎杖原植物的ITS2序列鉴定 被引量：10
16
作者 李美妮 韩蕊莲 +3 位作者 韩建萍 姚辉 罗焜 宋经元 《环球中医药》 CAS 2012年第3期185-189,共5页
目的分析大黄与其易混伪品原植物的rDNA上的ITS2序列信息,探索鉴定大黄及其混伪品的新方法。方法提取DNA模板后对其ITS2区进行PCR扩增、测序;拼接序列;计算种内种间K2P距离,最后基于K2P距离建立NJ树。结果大黄与其混伪品的最小种间K2P距... 目的分析大黄与其易混伪品原植物的rDNA上的ITS2序列信息,探索鉴定大黄及其混伪品的新方法。方法提取DNA模板后对其ITS2区进行PCR扩增、测序;拼接序列;计算种内种间K2P距离,最后基于K2P距离建立NJ树。结果大黄与其混伪品的最小种间K2P距离(38.6%)大于最大种内K2P距离(8.0%),NJ树中大黄三个基原的不同来源样品聚为一支。结论因此ITS2序列可以作为鉴定大黄与易混伪品土大黄、虎杖的候选条形码序列,DNA条形码技术在中药鉴定中具有极大的前景。 展开更多
关键词 大黄 混伪品 鉴定 ITS2序列
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蛇床及其近缘物种的ITS2分子鉴定 被引量：6
17
作者 殷秀梅 罗焜 +1 位作者 刘美子 罗红梅 《中国现代中药》 CAS 2012年第3期9-11,共3页
目的:对传统中药蛇床子基原植物及其近缘物种的ITS2条形码序列进行分析,探讨药用植物蛇床子的分子鉴定方法。方法:采用PCR技术扩增蛇床ITS2基因片段,进行双向测序,运用CodonCodeAligner拼接后,用MEGA5.0软件进行相关数据分析,构建NJ树... 目的:对传统中药蛇床子基原植物及其近缘物种的ITS2条形码序列进行分析,探讨药用植物蛇床子的分子鉴定方法。方法:采用PCR技术扩增蛇床ITS2基因片段,进行双向测序,运用CodonCodeAligner拼接后,用MEGA5.0软件进行相关数据分析,构建NJ树。应用Schultz等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果:蛇床与其近缘物种ITS2序列间存在明显差异,基于ITS2序列的NJ树及其ITS2二级结构均可以将蛇床及其近缘物种区分开。结论:ITS2可有效地鉴别蛇床及其近缘物种。 展开更多
关键词 蛇床 近缘物种 DNA条形码 ITS2 鉴定
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荷花玉兰叶绿体全基因组高通量测序及结构解析 被引量：7
18
作者 李西支 高欢欢 +9 位作者 王一涛 宋经元 Henry Robert 吴和珍 胡志刚 姚辉 罗红梅 罗焜 潘宏林 陈士林 《中国科学：生命科学》 CSCD 北大核心 2012年第12期947-956,共10页
荷花玉兰是重要的药用、观赏及园林绿化植物.应用454高通量测序技术对荷花玉兰叶绿体全基因组进行测序,解析了其基因组结构,并与近缘物种基因组进行了比较分析.荷花玉兰叶绿体基因组全长为159623bp,两个反向互补重复区(IRs)长26563bp,... 荷花玉兰是重要的药用、观赏及园林绿化植物.应用454高通量测序技术对荷花玉兰叶绿体全基因组进行测序,解析了其基因组结构,并与近缘物种基因组进行了比较分析.荷花玉兰叶绿体基因组全长为159623bp,两个反向互补重复区(IRs)长26563bp,被分隔的大单拷贝区(LSC)和小单拷贝区(SSC)长度分别为87757和18740bp.成功注释129个叶绿体基因,其中18个基因含有内含子.基因的种类、数目以及GC含量等与其他木兰科物种相类似.生物信息学分析获得218个SSR位点,大多位点富含A-T,具有碱基偏好性.木兰科物种的重复基序类型和丰度相对保守,有利于开发叶绿体基因组载体.木兰亚纲植物叶绿体基因组的大小及IR区边界的变化与ycf1的长度密切相关.采用30个物种叶绿体基因组的66个共有蛋白编码基因构建系统发育树,对木兰属在被子植物中的进化位置进行了探讨.荷花玉兰叶绿体全基因组序列的获得和结构解析对优良品种培育、叶绿体基因组工程、木兰科物种分子标记开发及系统发育关系的研究具有重要价值. 展开更多
关键词 内含子 反向互补重复区 重复序列 系统进化
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核桃新品种‘黔核7号’ 被引量：8
19
作者 潘学军 樊卫国 +2 位作者 张政 彭剑 罗焜 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期1411-1412,共2页
‘黔核7号’是由西南地区特有种质泡核桃(Juglans sigillata Dode.)实生群体中选育出的晚实核桃新品种。坚果近圆形,平均单果质量9.9 g;壳厚0.7 mm,缝合线窄而凸起,较松;坚果壳面略麻,内褶壁退化;核仁饱满,浅白色,出仁率58%,易取整仁;... ‘黔核7号’是由西南地区特有种质泡核桃(Juglans sigillata Dode.)实生群体中选育出的晚实核桃新品种。坚果近圆形,平均单果质量9.9 g;壳厚0.7 mm,缝合线窄而凸起,较松;坚果壳面略麻,内褶壁退化;核仁饱满,浅白色,出仁率58%,易取整仁;粗脂肪含量67.9%,蛋白质含量16.7%,味香甜。适应性及抗病性强,丰产性好。 展开更多
关键词 核桃 实生选种 品种
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基于ITS2条形码的五加皮基原植物及其易混品的鉴定 被引量：6
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作者 曾旭 李秋实 +4 位作者 王钤 谢丽芳 张亚兰 罗焜 刘志华 《中国现代中药》 CAS 2012年第2期15-18,共4页
目的:对五加皮基原植物及其易混品进行分子鉴别,为临床用药提供科学依据。方法:从GenBank数据库下载五加皮基原植物及其易混品的ITS2序列,经CodonCode Aligner,MEGA4.0等软件进行序列拼接和分析,构建NJ(邻接)、ME(最小进化)树,并应用Koe... 目的:对五加皮基原植物及其易混品进行分子鉴别,为临床用药提供科学依据。方法:从GenBank数据库下载五加皮基原植物及其易混品的ITS2序列,经CodonCode Aligner,MEGA4.0等软件进行序列拼接和分析,构建NJ(邻接)、ME(最小进化)树,并应用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构辅助分析。结果:基于ITS2序列的两种系统聚类树都易于将五加皮基原植物细柱五加与其易混品鉴别开;比较与细柱五加亲缘关系较近的同属易混品二级结构可以看出,细柱五加在螺旋区茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面,与其易混品间具有较明显区别。结论:ITS2序列可以将五加皮基原植物及其易混品区分开,在药用植物基原鉴定方面具有重要应用价值。 展开更多
关键词 五加皮 DNA条形码 ITS2 分子鉴定
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