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菜用型和果用型番木瓜表型性状表达差异性分析
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作者 刘迪发 黄东益 +4 位作者 夏薇 高玲 陈媚 纪长绵 魏守兴 《中国南方果树》 北大核心 2024年第2期83-90,共8页
为了给番木瓜品种DUS(特异性、一致性和稳定性)测试操作手册制订和测试指南修订提供依据,以为开展不同类型番木瓜种质创制及评价打下基础,对3个菜用型和3个果用型番木瓜品种的49个表型性状进行观测分析,比较菜用型和果用型番木瓜,及同... 为了给番木瓜品种DUS(特异性、一致性和稳定性)测试操作手册制订和测试指南修订提供依据,以为开展不同类型番木瓜种质创制及评价打下基础,对3个菜用型和3个果用型番木瓜品种的49个表型性状进行观测分析,比较菜用型和果用型番木瓜,及同类型不同品种间表型性状表达差异性。结果表明,菜用型和果用型番木瓜在果实纵径、果实形状、单果质量等24个性状上存在明显差异,且明显差异性状主要集中在果实完熟期,其中果实形状、单果质量、果实中部空腔形状等17个性状达到极明显差异。菜用型和果用型番木瓜品种间均在叶柄花青甙显色强度、花冠长度、果实纵径等14个性状上存在明显差异,可将其确定为菜用型和果用型番木瓜差异化表达的表型性状,并作为区分两者的主要性状。菜用型番木瓜品种间均在植株始花高度、株高、叶柄长度等4个性状上存在明显差异,可将其作为区分菜用型番木瓜品种的主要性状。这些差异性状可为修订番木瓜DUS测试指南提供参考。 展开更多
关键词 番木瓜 菜用型 果用型 性状表达 差异性分析
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基于三角褐指藻全基因组假基因的识别及相关生物信息学分析
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作者 纪长绵 黄爱优 +2 位作者 刘文岭 潘光华 王广策 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第33期3139-3146,3213-3223,共8页
假基因是与功能基因序列相似,但不能表达为功能蛋白质的DNA序列.识别和注释假基因是认识基因组的结构功能的关键.三角褐指藻属于海洋硅藻,富含不饱和脂肪酸,目前其全基因组信息已经解析.为了识别三角褐指藻基因组中的假基因,本研究采用... 假基因是与功能基因序列相似,但不能表达为功能蛋白质的DNA序列.识别和注释假基因是认识基因组的结构功能的关键.三角褐指藻属于海洋硅藻,富含不饱和脂肪酸,目前其全基因组信息已经解析.为了识别三角褐指藻基因组中的假基因,本研究采用生物信息学的方法构建了从三角褐指藻的基因组中寻找假基因的流程,得到1654条加工假基因、714条非加工假基因和4729条假基因片段.结果表明,尽管三角褐指藻属于低等光合生物,其基因组中存在较多假基因及假基因片段. 展开更多
关键词 三角褐指藻 假基因 假基因片段 生物信息学分析
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番木瓜赖氨酸基序类受体激酶LysM-RLK基因家族鉴定及生物信息学分析 被引量：1
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作者 郭盼 孔华 +6 位作者 王雨 戴云素 贾瑞宗 周瑶 郭安平 纪长绵 马春花 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2023年第5期867-879,共13页
本研究采用生物信息学方法在番木瓜全基因组范围系统鉴定了7个LysM-RLK家族基因,并解析了其染色体分布特征、基因结构特征、蛋白理化性质和亚细胞定位信息。基因家族进化分析表明番木瓜的7个LysM-RLK基因可划分为3个亚组(Lym-II,Lym-III... 本研究采用生物信息学方法在番木瓜全基因组范围系统鉴定了7个LysM-RLK家族基因,并解析了其染色体分布特征、基因结构特征、蛋白理化性质和亚细胞定位信息。基因家族进化分析表明番木瓜的7个LysM-RLK基因可划分为3个亚组(Lym-II,Lym-III,Lym-IV),并分布于4条染色体上。基因复制是番木瓜LysM-RLK家族进化的主要驱动力,基因复制分析鉴定得到7对复制基因。启动子序列调控元件分析发现其包含多个光响应元件及参与低温应答和逆境相关激素信号应答的元件。大规模比较转录组分析系统地解析了LysM-RLK在番木瓜生物胁迫、非生物胁迫条件下及不同组织中的基因表达模式,揭示其特异性的表达模式及潜在的生物学功能。复制基因对的表达分化、结构域组成差异和蛋白质三级结构的变化,暗示其在进化过程中的亚功能化现象。生物和非生物胁迫条件下的核心共表达网络分析鉴定了27个与LysM-RLK3强关联的核心基因,揭示了LysM-RLK3潜在的转录调控模式。相关结果为番木瓜LysM-RLK家族起源演化、功能分化及其在逆境响应和生长发育过程中的角色提供重要依据。 展开更多
关键词 番木瓜 LysM-RLK家族 生物信息分析 基因表达 蛋白三维结构
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