期刊文献+
共找到4篇文章
< 1 >
每页显示 20 50 100
基于芯片和填充测序数据的肉鸡屠宰性状基因组选择准确性评估 被引量:1
1
作者 尹畅 朱墨 +3 位作者 陈艳茹 赵桂苹 刘杨 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第15期3032-3039,共8页
【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大,随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降,基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上,标记密度更高可获得更高准... 【背景】畜禽育种工作的核心是基因组估计育种值的准确性。不同水平的遗传标记密度对估计育种值的影响较大,随着基因分型技术的发展和高通量测序价格的下降,基于重测序数据的基因组选择研究不断涌现。理论上,标记密度更高可获得更高准确性的估计育种值。因为影响目标性状的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)至少与覆盖全基因组范围的高密度标记中的一个标记处于连锁不平衡状态。所以,较高密度的标记水平,理论上标记与QTL之间的紧密连锁更好,从而保证了较高的预测准确性。但也有研究表明,填充测序数据与芯片数据相比,基因组预测的准确性提升并不明显。【目的】利用GBLUP方法,通过比较填充测序数据和芯片数据在肉鸡屠宰性状的基因组选择准确性,为肉鸡基因组选择育种的基因分型策略提供理论依据。【方法】依据芯片数据和填充测序(whole-genome sequence,WGS)数据,利用GBLUP方法,针对白羽肉鸡胸肌重、屠体重和腿肌重性状进行基因组预测,对其在基因组预测的准确性进行比较。首先,使用“京芯一号”鸡55 K SNP芯片对3362只鸡进行基因分型,并从第7世代的第9批次中随机选取230只鸡进行全基因组重测序,然后利用Beagle 5.1软件将55 K SNP芯片数据填充至重测序数据水平。为避免染色体大小对填充准确性的影响,将选择鸡较大的3号染色体和较小的14号染色体来进行计算等位基因准确率(allele correct rate,CR)和基因型相关系数(correlation,Cor),并以此判断填充准确性。利用填充测序数据对3个屠宰性状的基因组育种值进行预测,并采用5-折交叉验证的方法评价预测结果的准确性、秩相关和无偏性。【结果】两条染色体的平均等位基因准确率为0.924,平均基因型相关系数为0.885,填充准确率较高,可以用于后期基因组预测研究。SNP芯片数据基因组育种值的� 展开更多
关键词 白羽肉鸡 屠宰性状 基因组育种值预测 填充测序数据 芯片数据 评估
下载PDF
二花脸公猪不同耐冻性精子的蛋白质组学分析
2
作者 任智彬 +3 位作者 林斐 葛雨竹 陶景丽 刘杨 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第23期4743-4752,共10页
【目的】二花脸猪是我国优良的地方猪种之一,冷冻精液可提高二花脸公猪的利用率,并加强其种质资源保护,但目前生产的二花脸猪冷冻精液基本不能满足生产需要。研究通过分析二花脸公猪不同耐冻性精子的蛋白质组学,以促进二花脸公猪精子耐... 【目的】二花脸猪是我国优良的地方猪种之一,冷冻精液可提高二花脸公猪的利用率,并加强其种质资源保护,但目前生产的二花脸猪冷冻精液基本不能满足生产需要。研究通过分析二花脸公猪不同耐冻性精子的蛋白质组学,以促进二花脸公猪精子耐冻性蛋白质标志物的筛选,从遗传水平分析精子耐冻性的影响因素,为提高精子耐冻性提供参考依据。【方法】通过冻存14头二花脸种公猪的精液,再对冷冻精液的冻后质量进行分析,根据精子冻后活率和冻后活力的高低筛选出耐冻性好和差(good freezability ejaculates,GFE和poor freezability ejaculates,PFE)的公猪各3头,利用串联质谱标记(tandem mass tag,TMT)技术对GFE组和PFE组的精子蛋白进行定量蛋白质组学分析,鉴定出GFE组和PFE组精子中的差异蛋白(differentially abundant proteins,DAPs)。利用GO富集分析对差异蛋白的功能进行注释,利用KEGG富集分析对差异蛋白的生物通路进行注释,通过STRING蛋白质互作数据库进行差异蛋白的互作网络分析并利用Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。【结果】研究发现GFE组和PFE组间共存在138个差异蛋白,PFE组与GFE组相比,有109个DAPs上调,29个DAPs下调。GO富集分析表明,共124个DAPs富集到47个GO term,主要富集到“细胞进程”“单有机体过程”“分子结合”“细胞”“细胞组分”等GO term。KEGG富集分析表明,DAPs主要富集到“肾素-血管紧张素系统”“补体和凝血级联”“血小板活化”等通路。从PPI网络可见53个节点和69条连接边线,有8个具有强互作关系的蛋白ALB、ACRBP、ACR、ZAN、ZPBP2、HSPA5、FGB、FGG,这些蛋白质的功能主要富集于“单受精”“有性生殖”“精细胞发育”等与动物生殖生理以及精子发生密切相关的功能。进一步分析表明,GFE组和PFE组间的DAPs主要包括氧化还原相关蛋白(GSTM3、PRDX5、ALB、PDIA1� 展开更多
关键词 二花脸公猪 精子耐冻性 TMT 差异蛋白
下载PDF
影响猪冻精质量因素的研究进展 被引量:4
3
作者 李雅楠 +2 位作者 朱墨 谢锐 刘杨 《畜牧与兽医》 北大核心 2021年第5期133-137,共5页
精液冷冻保存作为精液长期保存的最佳方法,具有保存时间长、生产成本低等优点,但由于猪精子较其他物种更容易受到低温的损伤,导致猪精液冷冻后精子活力低、受精率低,从而限制了冻精在养猪生产中的广泛使用。为优化猪精液冷冻-解冻方法,... 精液冷冻保存作为精液长期保存的最佳方法,具有保存时间长、生产成本低等优点,但由于猪精子较其他物种更容易受到低温的损伤,导致猪精液冷冻后精子活力低、受精率低,从而限制了冻精在养猪生产中的广泛使用。为优化猪精液冷冻-解冻方法,提高猪冻精质量,本文基于猪精液冷冻保存的损伤机理,从冷冻前处理、精液稀释液、冷冻和解冻程序等方面对影响猪精液冷冻质量的因素进行了详细阐述和总结。 展开更多
关键词 猪精液 冷冻保存 损伤机理 影响因素
原文传递
基于重测序数据的湖羊产羔数性状全基因组关联分析
4
作者 谢锐 朱墨 +2 位作者 赵福平 刘杨 《畜牧与兽医》 北大核心 2021年第5期1-4,共4页
旨在利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)挖掘与湖羊繁殖性状相关的候选基因,解析湖羊高繁殖性状的遗传基础。本研究利用206只湖羊母羊的全基因二代重测序数据(群体平均测序深度为6×),结合第一胎产羔数、... 旨在利用全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)挖掘与湖羊繁殖性状相关的候选基因,解析湖羊高繁殖性状的遗传基础。本研究利用206只湖羊母羊的全基因二代重测序数据(群体平均测序深度为6×),结合第一胎产羔数、第二胎产羔数及2胎平均产羔数的表型性状,基于混合线性模型,并利用质控后的1 604 526个SNP标记进行全基因组关联分析。结果:未发现影响湖羊第一胎产羔数、第二胎产羔数和2胎平均产羔数的显著SNP位点,这可能与羊的繁殖性状是一种低遗传力性状、且受微效多基因控制有关。此外表明,本研究所使用的混合线性模型被验证是可信的。 展开更多
关键词 全基因组关联分析 产羔数 重测序 湖羊
原文传递
上一页 1 下一页 到第
使用帮助 返回顶部