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逍遥散治疗抑郁症代谢网络的模块划分与生物学机制研究 被引量:3
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作者 高耀 +4 位作者 令狐婷 周玉枝 高晓霞 秦雪梅 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期528-537,共10页
逍遥散的抗抑郁作用已经明确,应用代谢网络的功能模块划分方法,从功能模块角度探究逍遥散治疗抑郁症的生物学机制具有重要意义和价值。通过数据库收集逍遥散调节差异代谢物、差异代谢物相关的酶以及与抑郁症相关的蛋白,对逍遥散调节差... 逍遥散的抗抑郁作用已经明确,应用代谢网络的功能模块划分方法,从功能模块角度探究逍遥散治疗抑郁症的生物学机制具有重要意义和价值。通过数据库收集逍遥散调节差异代谢物、差异代谢物相关的酶以及与抑郁症相关的蛋白,对逍遥散调节差异代谢物进行通路富集分析和交互分析,利用STRING工具构建差异代谢物相关的酶与抑郁症的蛋白网络,应用CNM分解算法提取网络蛋白功能模块并进行功能模块富集分析。结果发现,逍遥散调节差异代谢物97个、差异代谢物相关酶234个、抑郁症相关蛋白258个。通路交互分析划分为2个子网络,其中一个为神经系统和细胞信号转导相关通路,另一个为内分泌系统和代谢途径相关通路。对蛋白网络以及使用CNM算法从中提取的9个蛋白功能模块进行KEGG通路富集分析,结果发现模块1和模块3属于可用较少的蛋白富集到较多的通路,这些通路对应的功能包括内分泌系统、氨基酸代谢、神经系统和信号转导等。本研究采用通路交互分析和代谢网络模块划分策略阐释逍遥散治疗抑郁症的生物学机制,为从代谢调控角度深入研究中药复方药理作用机制提供思路参考和方法借鉴。 展开更多
关键词 逍遥散 抑郁症 通路交互分析 功能模块 核心蛋白
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具有社区结构的无标度网络生成算法 被引量:3
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作者 郑文萍 曲瑞 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期76-83,共8页
近年来,生成图模型在复杂网络研究中的作用越来越重要。图的生成过程对于研究疾病的蔓延和信息的传播具有重大意义,同时图模型的生成也有助于更深入地研究复杂网络的特性。为了能够生成既符合真实网络特征又具有结构多样性的复杂网络,... 近年来,生成图模型在复杂网络研究中的作用越来越重要。图的生成过程对于研究疾病的蔓延和信息的传播具有重大意义,同时图模型的生成也有助于更深入地研究复杂网络的特性。为了能够生成既符合真实网络特征又具有结构多样性的复杂网络,提出了一种具有社区结构的可调节聚集系数和模块性的无标度网络生成算法——TCMSN(Scale Free Network with Tunable Clustering Coefficient and Modularity)。通过调节混合参数可以调节生成网络的模块性,通过调节社区内连边的概率和混合参数可以对网络聚集系数进行调节。TCMSN采用了合理的连边策略,在不破坏网络结构多样性的情况下,能尽可能维持网络的无标度特性。人工构造数据和真实网络数据的对比实验结果表明,TCMSN算法能够生成可调节聚集系数和模块性的无标度网络模型,且能够生成最接近真实网络社区结构特征的网络模型。 展开更多
关键词 网络生成模型 BA无标度网络 聚集系数 社区结构
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一种基于节点稳定性的社区发现算法 被引量:1
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作者 郑文萍 刘美麟 +1 位作者 杨贵 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期101-109,共9页
许多成功的社区发现算法已经被广泛应用于复杂网络社区发现任务中.随着数据复杂性的增加,网络中节点间的关系也呈现多样化的特点,因此提出一种基于信息熵的节点稳定性度量方法,衡量网络中节点在社区划分中的稳定性;并在此基础上提出一... 许多成功的社区发现算法已经被广泛应用于复杂网络社区发现任务中.随着数据复杂性的增加,网络中节点间的关系也呈现多样化的特点,因此提出一种基于信息熵的节点稳定性度量方法,衡量网络中节点在社区划分中的稳定性;并在此基础上提出一种基于节点稳定性的社区发现算法(Node Stability⁃based Algorithm,NSA).首先得到网络的t种社区划分,计算各节点的标签熵,选择熵小于一定阈值的节点作为网络的稳定节点集S;然后,利用所得到的稳定节点集S从原网络中抽取一个包含S的连通子图Gs,使Gs中节点的不稳定性尽可能低;在连通子图Gs上进行社区发现,得到初始聚类结果,再计算其他未聚类节点与初始类簇的距离,确定其社区归属,得到最终聚类结果.在四个带标签真实网络数据集和八个不带标签的真实网络数据集上,与LPA,Infomap,Walktrap,BGLL,LPA⁃S等经典算法的比较实验表明,所提出的NSA算法能够较好地进行社区发现,在NMI和模块度等方面表现良好. 展开更多
关键词 复杂网络 社区结构 标签熵 节点稳定性 标签传播
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新型冠状病毒感染与2型糖尿病共病联系的生物信息学分析
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作者 黄泰 于琦 +5 位作者 刘格良 薛丹阳 陈浩然 常敏静 贺培风 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期65-79,共15页
本文基于转录组数据研究了新型冠状病毒感染(Coronavirus disease 2019,COVID-19)和2型糖尿病(Type 2diabetes,T2D)的相互作用机制,寻找疾病的潜在功能模块,为其治疗提供新思路。本文收集了来自GEO(Gene expression omnibus)数据库的10... 本文基于转录组数据研究了新型冠状病毒感染(Coronavirus disease 2019,COVID-19)和2型糖尿病(Type 2diabetes,T2D)的相互作用机制,寻找疾病的潜在功能模块,为其治疗提供新思路。本文收集了来自GEO(Gene expression omnibus)数据库的10个COVID-19和T2D基因表达谱数据集,并按照4:6的比例分为训练集和验证集,并进行差异表达基因(Differential expression genes,DEGs)的富集分析和构建蛋白质相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络进行模块化分析,找到了与COVID-19和T2D最紧密相关的关键基因和蛋白质特征模块。基于各组织的DEGs交集结果,本文发现43个共有DEGs,并确定了5个关键基因(HSP90AA1、SRC、EGFR、MAPK3、CDK1),其中CDK1表现出最高的网络连接性。通过XGBoost等6种机器学习算法进行性能检验显示了关键基因对诊断COVID-19和T2D的潜在价值,并通过qPCR实验证实了关键基因在COVID-19患者和正常对照组PBMC中的表达差异。此外,本文基于模块划分算法得到了PPI网络的6个潜在功能模块,这些模块主要与糖类、脂类代谢和细胞复制相关联。最后,本文建立了miRNA-TF-mRNA调控网络,并筛选出TP53和NFIC作为调节共有基因转录的枢纽转录因子(Transcription factor,TF)。总之,本文分析了COVID-19和T2D之间共有的表达特征、生物学通路和调控因子,并探索了基因在转录和翻译中的复杂相互作用,为未来COVID-19和T2D的治疗提供了新思路。 展开更多
关键词 生物信息学 新冠疫情 二型糖尿病 基因表达谱 炎症
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一种基于相对熵的随机游走相似性度量模型 被引量:5
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作者 郑文萍 刘韶倩 《南京大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期984-999,共16页
针对基于随机游走的节点相似性度量模型中存在的大度节点依赖问题,从信息论的角度提出了一种改进的随机游走节点相似性度量方法:基于相对熵的随机游走相似性度量方法RE model(A random walk similarity measure model based on Relative... 针对基于随机游走的节点相似性度量模型中存在的大度节点依赖问题,从信息论的角度提出了一种改进的随机游走节点相似性度量方法:基于相对熵的随机游走相似性度量方法RE model(A random walk similarity measure model based on Relative Entropy).首先根据随机游走模型得到网络中节点的转移概率向量,再计算两个节点转移概率向量的相对熵得到该节点对的相似性.由于转移概率向量给出了从一个特定节点出发经过多步随机游走后到达网络其他所有节点的概率,导致网络中的每个节点在计算相对熵的过程中都被等同看待,并且网络规模的增大会使计算得到的节点间相似性耗时更多且存在较大偏差.根据节点经过多步随机游走后到达网络中影响力较大的节点的转移概率来构造该节点的转移概率分布,计算两个节点的转移概率分布的相对熵以得到网络中节点对之间的差异分数,进而得到网络节点间的相似性矩阵.RE model度量方法降低了传统随机游走相似性度量对于大度节点的依赖性.通过在真实网络数据集上的实验表明,RE model算法在对称性、网络传播及社区发现等方面表现良好. 展开更多
关键词 复杂网络 相对熵 节点相似性度量 随机游走
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基于机器学习算法筛选胰腺癌诊断标志物及药物敏感性分析
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作者 齐荣暄 胡超扬 +7 位作者 李渊 王灿 薛丹阳 纪之琳 葛川 贺培凤 于琦 《现代消化及介入诊疗》 2023年第5期644-648,共5页
目的通过生物信息学方法和机器学习算法挖掘基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中胰腺癌的关键表达基因,探究胰腺癌的诊断标志物。方法以GEO数据库获得的芯片数据集GSE15471、GSE16515作为训练组,GSE28735作为验证组,用... 目的通过生物信息学方法和机器学习算法挖掘基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中胰腺癌的关键表达基因,探究胰腺癌的诊断标志物。方法以GEO数据库获得的芯片数据集GSE15471、GSE16515作为训练组,GSE28735作为验证组,用于筛选出差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs)。利用套索算法(Least absolute shrinkage and selection operator,Lasso)与支持向量机的递归特征消除算法(Support Vector Machines with Recursive Feature Elimination,SVM-RFE)从DEGs中筛选出胰腺癌的关键表达基因,并在验证组中进行验证。采用受试者工作特征(Receiver Operating Characteristic,ROC)曲线的曲线下面积(Area Under Curve,AUC)评价关键表达基因的诊断效能。使用Kaplan-Meier生存曲线对关键表达基因进行预后生存分析。通过CellMiner数据库探究关键表达基因与药物敏感性之间关系。结果训练组中筛选得到123个DEGs,其中上调基因85个,下调基因38个。LASSO筛选获得19个特征基因,SVM-RFE筛选获得16个特征基因,两种算法取交集得到2个关键表达基因(ITGA2、KRT19)。ITGA2、KRT19在训练组中的AUC值分别为0.933和0.903,在验证组中的AUC值分别为0.900和0.903,均表现出了较高的敏感性与特异性。生存分析结果显示不同表达量的ITGA2(P=0.0019)、KRT19(P=0.0045)患者生存率有显著差异。药物敏感性分析显示,ITGA2,KRT19和多种肿瘤的化疗药物的耐药性增加有关(P<0.05)。结论通过生物信息学与机器学算法筛选出的关键表达基因与胰腺癌发生发展密切相关,可作为胰腺癌的诊断标志物在指导肿瘤靶向治疗方面发挥潜在作用。 展开更多
关键词 胰腺癌 机器学习 诊断标志物 药物敏感性
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结肠癌免疫相关基因筛选和预后模型建立
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作者 齐荣暄 刘格良 +4 位作者 李晨龙 李渊 贺培凤 于琦 《实用临床医药杂志》 2023年第14期63-71,77,共10页
目的筛选结肠癌(CC)关键预后相关免疫基因(KIGs),构建免疫相关预后模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载CC患者的基因表达数据和临床数据,基于免疫分型筛选差异表达基因(DEGs),将DEGs与ImmPort数据库中免疫基因取交集得到差异... 目的筛选结肠癌(CC)关键预后相关免疫基因(KIGs),构建免疫相关预后模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载CC患者的基因表达数据和临床数据,基于免疫分型筛选差异表达基因(DEGs),将DEGs与ImmPort数据库中免疫基因取交集得到差异表达免疫基因(DEIGs)。通过单因素Cox回归分析、Lasso-Cox回归分析筛选出KIGs,建立免疫相关预后模型,并验证预后模型的预测性能。分析风险评分与临床特征、免疫浸润细胞、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性的相关性。应用单因素和多因素Cox回归分析筛选CC的独立预后因素,进一步构建用于预测CC患者总生存率(OS)的列线图。结果基于免疫分型筛选出1439个DEGs,DEGs与ImmPort数据库免疫基因取交集得到379个DEIGs,通过单因素Cox回归分析、Lasso-Cox回归分析筛选出12个KIGs,构建免疫相关预后模型。高风险评分(高风险组)患者和低风险评分(低风险组)患者的OS差异有统计学意义(P<0.05);预后模型预测1、3、5年OS的受试者工作特征曲线的曲线下面积(AUC)分别为0.735、0.725、0.699,表明预后模型的预测效果较好。不同疾病分期、不同TNM分期患者的风险评分比较,差异有统计学意义(P<0.05);KIGs与众多免疫浸润细胞均存在相关性(P<0.05);高风险组与低风险组的肿瘤突变负荷比较,差异有统计学意义(P<0.05);高风险组的微卫星不稳定性比低风险组更强。单因素和多因素Cox回归分析发现,风险评分是CC的独立预后因素(P<0.001),进一步构建的列线图对CC患者生存状态具有良好的预测能力和准确性。结论本研究构建了基于12个KIGs的免疫相关预后模型,并建立了可用于预测CC患者OS的列线图,有助于医生做出个体化治疗决策。 展开更多
关键词 结肠癌 癌症基因组图谱 转录组 免疫基因 肿瘤微环境 预后模型
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基于重连机制的复杂网络鲁棒性分析 被引量:2
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作者 郑文萍 +1 位作者 王杰 梁吉业 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2021年第7期130-136,共7页
随着电力系统、交通系统、通信系统等基础设施网络的广泛使用,提高复杂网络的鲁棒性具有重要意义。重连机制是一种高效且简洁的方法,常用于提高网络的鲁棒性。基于0阶零模型的重连机制通过对边的随机删除和创建操作来提高网络的鲁棒性,... 随着电力系统、交通系统、通信系统等基础设施网络的广泛使用,提高复杂网络的鲁棒性具有重要意义。重连机制是一种高效且简洁的方法,常用于提高网络的鲁棒性。基于0阶零模型的重连机制通过对边的随机删除和创建操作来提高网络的鲁棒性,其尽管保持了网络的边数,但会引起节点的度值发生变化,如基于香农熵的重连算法;基于1阶零模型的重连机制通过随机选择两条边进行换边操作来提高网络的鲁棒性,其尽管保持了网络的度分布,但随机选边难以准确找到合适的节点,增加了算法的时间成本,如基于最大连通分支的重连算法。因此,为了保持网络的度分布且快速提高网络的鲁棒性,提出了一种基于1阶零模型的快速重连算法(Fast Rewiring Mechanism based on 1-order Null Model,FRM)。FRM算法通过比较每条边的两个端点度值的差异为边加权,根据边的权重优先选择权重较大的两条边,并创建度值相似节点之间的连边来提高网络的鲁棒性。在3个真实网络数据上与4种代表性重连算法相比,对比实验结果表明,FRM算法在度中心性、介数中心性和Page-Rank中心性攻击下最大连通分支中的节点比例s(Q)、基于最大连通分支的鲁棒性指标R和基于香农熵的鲁棒性指标I(G)的表现都更好。 展开更多
关键词 复杂网络 重连机制 鲁棒性 最大连通分支 香农熵
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面向复杂网络的节点相似性度量 被引量:2
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作者 梁吉业 +2 位作者 郑文萍 刘韶倩 王杰 《计算机科学与探索》 CSCD 北大核心 2020年第5期749-759,共11页
在复杂网络中,度量节点之间的相似性是一项基础且具有挑战性的工作。基于邻域节点的相似性度量仅考虑了节点的邻域信息。基于路径的相似性度量考虑了节点之间的路径信息,使得多数节点与大度节点相似。为了更准确地度量节点之间的相似性... 在复杂网络中,度量节点之间的相似性是一项基础且具有挑战性的工作。基于邻域节点的相似性度量仅考虑了节点的邻域信息。基于路径的相似性度量考虑了节点之间的路径信息,使得多数节点与大度节点相似。为了更准确地度量节点之间的相似性且避免多数节点与大度节点相似,定义了每个节点的距离分布,并在此基础上采用相对熵和距离分布提出了一种节点相似性度量方法(DDRE)。DDRE方法通过节点之间的最短路径生成每个节点的距离分布,根据距离分布计算节点之间的相对熵,进而得到节点之间的相似性。6个真实网络数据集的对比实验结果表明,DDRE方法在对称性以及SIR模型中影响其他节点的能力这两方面表现较好。 展开更多
关键词 复杂网络 节点相似性 节点距离分布 相对熵
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