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一株羊口疮病毒的全基因组测序及功能分析
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作者 李阳 马园 +3 位作者 王国华 田普 李成龙 张七斤 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第4期46-52,共7页
为了更好了解羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)基因组的数据库信息及功能分析,本试验通过Illumina TruSeq^(TM)Nano DNA Sample Prep Kit方法构建文库对分离株ORFV-Q进行全基因组测序,进行NR注释、GO注释、KEGG注释等进行生物信息学分析。试... 为了更好了解羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)基因组的数据库信息及功能分析,本试验通过Illumina TruSeq^(TM)Nano DNA Sample Prep Kit方法构建文库对分离株ORFV-Q进行全基因组测序,进行NR注释、GO注释、KEGG注释等进行生物信息学分析。试验结果显示,ORFV-Q株基因组大小为127160 bp,GC含量分布未见异常,预测到123个基因。根据NR数据库注释对比结果,有116个基因得到注释;根据GO数据库注释,其中参与生物学途径基因有30个,细胞组分基因有33个,分子功能基因有8个;通过与KEGG代谢通路数据库进行比对,有5个基因可以对应;Swiss-Prot数据库注释共有75个基因的蛋白序列功能被注释。本研究通过对ORFV-Q株进行全基因组测序,并对其进行基因组组分分析和基因功能注释,不仅为ORFV基因组的研究提供数据支持,也为后续疫苗的开发研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 羊口疮病毒 全基因组测序 功能分析
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口蹄疫病毒O型泛亚株VP1蛋白的二级结构及抗原表位预测 被引量:3
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作者 李阳 马园 +4 位作者 王国华 田普 李成龙 刘冬冬 张七斤 《中国动物检疫》 CAS 2021年第11期101-109,共9页
为获得口蹄疫病毒(FMDV)O/PanAsia毒株VP1蛋白的抗原信息,从而为制备多肽疫苗提供理论依据,运用生物信息学软件,对O/PanAsia毒株的结构蛋白VP1理化性质、结构功能以及细胞表位进行分析,预测抗原表位以选择合适肽段。应用ProParam、TMHMM... 为获得口蹄疫病毒(FMDV)O/PanAsia毒株VP1蛋白的抗原信息,从而为制备多肽疫苗提供理论依据,运用生物信息学软件,对O/PanAsia毒株的结构蛋白VP1理化性质、结构功能以及细胞表位进行分析,预测抗原表位以选择合适肽段。应用ProParam、TMHMM Server、ProScale和SignaIP等在线工具,分析VP1蛋白氨基酸序列,运用计算机技术和分子生物学软件,分析预测VP1蛋白的基本理化性质、结构功能以及可能的B细胞和T细胞抗原表位,筛选B细胞表位肽段并对VP1的两个主要T细胞表位CTL和Th细胞表位进行预测。结果显示:O/PanAsia毒株VP1蛋白的等电点为9.49,相对分子质量为23520.83;VP1蛋白的B细胞表位为8~23、135~149和193~205位氨基酸。预测该VP1有10个CTL和10个Th细胞抗原表位,表明其具有较好的免疫原性;最终筛选出VP1蛋白的5个CTL和5个Th优势表位。用生物信息学方法预测O/PanAsia毒株VP1蛋白为稳定性蛋白,含有T、B淋巴细胞抗原表位。本研究为FMDV的进一步研究和疫苗制备奠定了基础。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 VP1蛋白 理化性质 抗原表位
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口蹄疫病毒VP1基因密码子偏好性分析 被引量:1
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作者 马园 仲亮 +8 位作者 王国华 田普 张涛 武俊兰 刘月 马红艳 徐婉瑛 石顺利 张七斤 《中国动物检疫》 CAS 2021年第4期116-123,共8页
VP1蛋白是口蹄疫病毒(FMDV)的主要结构蛋白,可诱导机体产生中和抗体以及激发保护性免疫应答。为探究VP1基因密码子偏好性,筛选出其最佳体外表达系统,使用Visual Gene Developer、CodonW、GraphPad Prism等软件,对VP1基因进行密码子偏好... VP1蛋白是口蹄疫病毒(FMDV)的主要结构蛋白,可诱导机体产生中和抗体以及激发保护性免疫应答。为探究VP1基因密码子偏好性,筛选出其最佳体外表达系统,使用Visual Gene Developer、CodonW、GraphPad Prism等软件,对VP1基因进行密码子偏好性分析,同时将VP1基因密码子使用频率与大肠杆菌、毕赤酵母、昆虫杆状病毒和哺乳动物细胞表达系统作了比较。结果显示,VP1基因的CAI为0.21,ENC为55.43,GC3S为65.26%,表明该基因密码子使用偏好较弱并且密码子偏好以G/C碱基结尾。结合VP1基因与各表达系统密码子使用频率比值,发现其与昆虫杆状病毒表达系统频率比值差异最小且CAI最大,因此推断昆虫杆状病毒表达系统是FMDV VP1基因最适体外表达系统。本研究为FMDV亚单位疫苗研制等提供了技术基础。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 VP1基因 密码子 外源表达 昆虫杆状病毒表达系统
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羊口疮病毒强弱毒株免疫相关基因的比较分析
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作者 张艳敏 丁学东 +8 位作者 马园 张静 吉鹏华 王国华 潘相臣 刘冬冬 田普 石顺利 张七斤 《畜牧与饲料科学》 2020年第5期96-106,共11页
通过对采集到的青岛市某发病羊场羊口疮病料(强毒)在山羊成纤维细胞上连续传90代(弱毒)后,分别进行病毒基因组提取,并对提取到的基因组分别命名为ORFV-QD和ORFV-RD。根据GenBank上发表的ORFV全基因组序列设计并合成3对特异性引物,分别扩... 通过对采集到的青岛市某发病羊场羊口疮病料(强毒)在山羊成纤维细胞上连续传90代(弱毒)后,分别进行病毒基因组提取,并对提取到的基因组分别命名为ORFV-QD和ORFV-RD。根据GenBank上发表的ORFV全基因组序列设计并合成3对特异性引物,分别扩增ORFV-QD和ORFV-RD的B2L基因、F1L基因和VIR基因片段,并将扩增得到的基因组片段分别克隆到pMD-19T载体上,转化到DH5α感受态细胞中,对重组质粒进行鉴定后送至测序公司进行测序,用DNASTAR软件对测序结果进行拼接及3组基因之间核苷酸同源性比较分析,将测序结果与NCBI上已公布的13组ORFV全基因组相应基因核苷酸序列进行同源性比对分析、构建系统进化树及氨基酸序列比对分析。结果表明,3组基因与参考序列的B2L基因、F1L基因和VIR基因核苷酸同源性分别为92.1%~98.4%、96.1%~99.1%和94.6%~100%。将2株病毒基因组与参考序列进行氨基酸序列比较分析,结果显示2株病毒基因组之间并没有较为明显的差异。 展开更多
关键词 ORFV 免疫相关基因 系统进化树 同源性分析
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布鲁菌疫苗株Rev.1全基因序列的测定与分析
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作者 于环宇 张志丹 +10 位作者 刘建奇 赵丹彤 赵丽霞 刘国英 宋庆庆 王国华 潘相臣 刘冬冬 田普 石顺利 关平原 《畜牧与饲料科学》 2020年第5期91-95,共5页
为促进布鲁菌病Rev.1疫苗及相关疫苗的研发,该研究提取Rev.1疫苗株核酸,应用PacBio平台进行全基因序列测定与分析。结果表明,Rev.1疫苗株基因组大小约3299187 bp,G+C含量为57.2%,组装为染色体1、染色体2两条环状基因组,大小分别为212137... 为促进布鲁菌病Rev.1疫苗及相关疫苗的研发,该研究提取Rev.1疫苗株核酸,应用PacBio平台进行全基因序列测定与分析。结果表明,Rev.1疫苗株基因组大小约3299187 bp,G+C含量为57.2%,组装为染色体1、染色体2两条环状基因组,大小分别为2121370、1177817 bp,G+C含量分别为57.2%、57.3%。将其Ery、BLS和VirB10基因序列与9株GenBank上发表的布鲁菌参考菌株的Ery、BLS和VirB10基因序列进行比较分析,存在不同程度的差异,同源性为97.4%~100%。 展开更多
关键词 布鲁菌 布鲁菌Rev.1疫苗株 全基因组测序 基因序列对比
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