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胶原三股螺旋重叠蛋白1的理化性质和分子结构分析
1
作者 王萱 田九博 +2 位作者 张丽娜 马培元 于保锋 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2019年第11期1210-1215,共6页
目的分析胶原三股螺旋重叠蛋白1(collagen triple helix repeat containing 1,CTHRC1)的理化性质和分子结构,为进一步研究CTHRC1的分子功能及促癌机制提供参考。方法利用NCBI、ExPASy、SignalP、TMHMM、PSORTⅡ、SOPMA、Conserved Domai... 目的分析胶原三股螺旋重叠蛋白1(collagen triple helix repeat containing 1,CTHRC1)的理化性质和分子结构,为进一步研究CTHRC1的分子功能及促癌机制提供参考。方法利用NCBI、ExPASy、SignalP、TMHMM、PSORTⅡ、SOPMA、Conserved Domain、SWISS-MODEL、STRING等软件对CTHRC1蛋白进行系统分析。结果CTHRC1为一种碱性不稳定的亲水性蛋白,有信号肽,无跨膜区,定位于细胞外的可能性最大;CTHRC1二级结构的主要形式是无规卷曲,含有1个Collagen结构域,属于Collagen超家族;经GO和KEGG通路分析,CTHRC1相互作用蛋白主要包括FZD、DVL及ROR2。结论CTHRC1可能参与Wnt、Hippo等信号通路,为进一步研究其分子作用机制提供了参考。 展开更多
关键词 胶原三股螺旋重叠蛋白1 肿瘤 理化性质 分子结构 相互作用蛋白
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赤子爱胜蚓蛋白磷酸酶2A类似激活剂样蛋白cDNA和氨基酸序列分析
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作者 马培元 于保锋 +5 位作者 王萱 张丽娜 田九博 穆秀丽 孟涛涛 弓韬 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2020年第3期266-270,共5页
目的分析赤子爱胜蚓蛋白磷酸酶2A(protein phosphatase 2A,PP2A)类似激活剂样蛋白的cDNA和氨基酸序列。方法从赤子爱胜蚓cDNA文库中随机测序得到目标cDNA序列,应用DNAMAN、NCBI ORF finder、BLAST、Conserved Domains、GOR、SWISS-MODEL... 目的分析赤子爱胜蚓蛋白磷酸酶2A(protein phosphatase 2A,PP2A)类似激活剂样蛋白的cDNA和氨基酸序列。方法从赤子爱胜蚓cDNA文库中随机测序得到目标cDNA序列,应用DNAMAN、NCBI ORF finder、BLAST、Conserved Domains、GOR、SWISS-MODEL、PDB等基因和蛋白质分析软件进行该目标基因测序及氨基酸序列分析。结果赤子爱胜蚓PP2A类似激活剂样蛋白cDNA序列长547 bp,编码87个氨基酸残基;与该蛋白基因序列相似度较高的多是不同物种中PP2A类似激活剂蛋白基因序列,其中与Crassostrea virginica serine/threonine-protein phosphatase 2A activator-like mRNA核苷酸相似度为67%;与该蛋白氨基酸序列相似度较高的多是不同物种中的PP2A类似激活剂蛋白氨基酸序列,其中与serine/threonine-protein phosphatase 2A activator(Crassostrea gigas)氨基酸相似度为70%;目标序列中存在一段PTPA超家族保守结构域,蛋白质二级结构以α螺旋以及无规则卷曲为主,三级预测结果与二级结构一致。结论本实验分析的赤子爱胜蚓PP2A类似激活剂样蛋白与牡蛎PP2A类似激活剂蛋白及存在于所有真核生物中且高度保守的PTPA同源度较高,可能具有特异性激活肿瘤抑制因子PP2A的间接抑制肿瘤作用。 展开更多
关键词 赤子爱胜蚓 蛋白磷酸酶2A 类似激活物样蛋白 cDNA 氨基酸 序列分析
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赤子爱胜蚓Calreticulin的cDNA和氨基酸序列分析
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作者 张丽娜 田九博 +5 位作者 王萱 马培元 孟凡秀 文朝朝 魏艳 于保锋 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2020年第1期26-32,共7页
目的分析赤子爱胜蚓Calreticulin的cDNA和氨基酸序列。方法从本院构建的赤子爱胜蚓cDNA文库中经测序获得其Calreticulin cDNA序列。采用生物信息学分析工具DNAMAN、NCBI ORF finder、ExPASy Protparam、ExPASY Protscale、NCBI Conserve... 目的分析赤子爱胜蚓Calreticulin的cDNA和氨基酸序列。方法从本院构建的赤子爱胜蚓cDNA文库中经测序获得其Calreticulin cDNA序列。采用生物信息学分析工具DNAMAN、NCBI ORF finder、ExPASy Protparam、ExPASY Protscale、NCBI Conserved Domains、SignalP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0、SOSUI、NetPhos 3.1 Server、PSORT、SOPMA、ExPASy COILS、SWISS-MODEL分别对Calreticulin的cDNA序列、氨基酸序列、一级结构基本理化性质、亲/疏水性、保守结构域、信号肽、跨膜区、可溶性、磷酸化修饰、亚细胞定位、二级结构、卷曲螺旋域以及三级结构进行预测及分析。结果赤子爱胜蚓Calreticulin cDNA序列长476 bp,其中包含354 bp的开放阅读框,编码118个氨基酸残基;Calreticulin由19种氨基酸组成,呈酸性,为稳定的可溶性亲水蛋白;具有1段Calreticulin超家族保守结构域;不存在信号肽和跨膜结构;具有12个潜在的磷酸化位点;主要存在于细胞核中;二级结构元件主要由α-螺旋(29.66%)和无规则卷曲(50.85%)组成,具有卷曲螺旋;三级结构预测结果与二级结构一致。结论掌握了赤子爱胜蚓Calreticulin的理化性质,预测了其潜在的特征,并分析了其结构,为后续深入开展其功能及分子作用机制的研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 赤子爱胜蚓 CALRETICULIN CDNA 氨基酸 序列分析
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应用流式细胞仪检测聚合物纳米胶束表面抗体偶联效率
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作者 田九博 张丽娜 +6 位作者 王萱 马培元 穆秀丽 孟涛涛 孟凡秀 弓韬 于保锋 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2019年第9期1020-1024,共5页
目的探索应用流式细胞仪(flow cytometer,FCM)检测纳米级聚合物胶束(polymeric micelles,PMs)表面偶联抗体效率的方法。方法将DMPE-PEG-Maleimide、DPPE-PEG-Maleimide、DSPE-PEG-Maleimide、DOPE-PEG-Malei-mide、DLPE-PEG-Maleimide... 目的探索应用流式细胞仪(flow cytometer,FCM)检测纳米级聚合物胶束(polymeric micelles,PMs)表面偶联抗体效率的方法。方法将DMPE-PEG-Maleimide、DPPE-PEG-Maleimide、DSPE-PEG-Maleimide、DOPE-PEG-Malei-mide、DLPE-PEG-Maleimide聚合物纳米胶束分别与Anti-GOLPH2抗体共同孵育,使其彼此偶联;再与SNU-423细胞共同孵育,采用FCM检测SNU-423细胞膜表面GOLPH2抗原的阳性表达率,并比较各类聚合物纳米胶束与AntiGOLPH2抗体的相对偶联效率。结果 SNU-423细胞表面GOLPH2抗原的阳性表达率为1.23%;在各类聚合物纳米胶束中,DLPE-PEG-Maleimide与Anti-GOLPH2抗体的相对偶联效率最高,且与抗体浓度呈正相关。结论应用FCM检测聚合物纳米胶束表面抗体偶联效率的方法,能在一定程度上反映抗体与聚合物纳米胶束的抗体偶联情况,其检测结果具有一定的参考价值。 展开更多
关键词 流式细胞仪 聚合物纳米胶束 GOLPH2抗原 Anti-GOLPH2抗体 抗体偶联比
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