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分子模拟在生物化学中的应用实例 被引量：5
1
作者 王春芳 王靖方 +1 位作者 栗琳 魏冬青 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期316-320,共5页
分子模拟是一种描述和模拟分子和分子体系运动状态和性质的方法.随着电子计算机技术的飞速发展,分子模拟进入了一个前所未有的新时代.在此之前,人们只能通过机械模型和纸笔计算进行简单的分子模拟,现在通过利用电子计算机人们可以做更... 分子模拟是一种描述和模拟分子和分子体系运动状态和性质的方法.随着电子计算机技术的飞速发展,分子模拟进入了一个前所未有的新时代.在此之前,人们只能通过机械模型和纸笔计算进行简单的分子模拟,现在通过利用电子计算机人们可以做更为复杂、更为全面的分子模拟.本文通过两个实例来简单阐述了分子模拟在生物化学中的应用.一则是通过模拟膦酰基氧化腈和丙乙腈的1,3偶极环加成反应过程,用密度泛函理论方法在B3LYP/6-31G(d,p)水平上解释了得到2∶1的加成产物的现象,来解释1,3偶极环加成反应得到2:1加成产物的现象.一则是通过结构生物信息学的方法建立H5N1高致病性禽流感病毒蛋白的三维结构,模拟其与一些药物分子的相互作用,研究H5N1的活性中心. 展开更多
关键词 分子模拟 1 3偶极环加成反应 H5N1高致病性禽流感病毒
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浅谈传统摄影行业的创新发展之路——以“天真蓝”照相馆为例 被引量：6
2
作者 王靖方 《中国商论》 2016年第16期135-137,共3页
回首摄影行业在我国产生与发展的历史进程,探究传统摄影行业在科技高度发达的网络时代所面临的发展困境,进一步挖掘传统摄影行业走向没落的深层原因。本文以"天真蓝"照相馆为例,剖析其成功之道,并从中汲取经验为传统摄影行业... 回首摄影行业在我国产生与发展的历史进程,探究传统摄影行业在科技高度发达的网络时代所面临的发展困境,进一步挖掘传统摄影行业走向没落的深层原因。本文以"天真蓝"照相馆为例,剖析其成功之道,并从中汲取经验为传统摄影行业的创新发展指明方向。 展开更多
关键词 摄影行业 摄影市场 企业 文化 品牌
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基于等效理论计算的电力变压器绕组变形分析
3
作者 何泽维 王靖方 龙高玮淋 《电力设备管理》 2023年第18期285-287,共3页
本文通过对变压器试验项目直流电阻、介损电容量、短路阻抗等进行参数变化分析,提出试验值或曲线变化与绕组变形之间的关联关系,同时对比某一变压器两次试验数据的变化情况,精确预判该变压器的A相和B相中压、低压绕组存在严重变形,且这... 本文通过对变压器试验项目直流电阻、介损电容量、短路阻抗等进行参数变化分析,提出试验值或曲线变化与绕组变形之间的关联关系,同时对比某一变压器两次试验数据的变化情况,精确预判该变压器的A相和B相中压、低压绕组存在严重变形,且这一变形在电动力累积效应的作用下有恶化的趋势;对变压器解体后的绕组变形情况与预判一致,然后根据变压器短路强度计算、临界失稳强度和承受短路耐热能力计算结果,确定变压器设计能够满足国家标准要求,研究判断变压器绕组变形是由于变压器长时间运行过程中,多次遭受短路冲击,导致绕组的电磁线的屈服强度降低导致的结果。 展开更多
关键词 直流电阻 短路阻抗 绕组变形 介损
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细胞色素酶2D6的分子对接以及分子动力学研究 被引量：1
4
作者 王靖方 张成城 魏冬青 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第1期40-44,共5页
细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶.通常,这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子,并且负责代谢超过90%的已知药物分子.细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员,它负责代谢大约20%～30%的已知药物分子.利用分子对接和分子动力学模... 细胞色素酶P450是人体内重要的药物代谢酶.通常,这类酶在其结构中都含有一个亚铁血红色分子,并且负责代谢超过90%的已知药物分子.细胞色素酶2D6是这类酶中的重要一员,它负责代谢大约20%～30%的已知药物分子.利用分子对接和分子动力学模拟的方法,研究了细胞色素酶2D6的结构特征以及其与药物分子之间的相互作用.并且发现,细胞色素酶2D6活性位点中的Glu216,Asp301,Ser304和Ala305在其与药物分子的相互作用中有着重要的作用.它们可以形成一个或者多个氢键来固定药物分子.同时其活性位点中的Phe120可以通过形成一定的Π-Π相互作用来识别和固定药物分子.这些发现有助于进一步了解细胞色素酶2D6的结构特征,特别是其活性位点附近的结构特征,理解细胞色素酶2D6代谢药物的机理.同时,由于细胞色素酶2D6存在着单核苷酸多肽性,所得到的结果可以为个性化医疗提供一定的理论基础. 展开更多
关键词 细胞色素酶 分子对接 分子动力学模拟 药物代谢机理 个性化医疗
原文传递
木糖还原酶定点突变设计的生物信息学分析 被引量：1
5
作者 杜红丽 王靖方 +4 位作者 曾琦锴 凌飞 魏冬青 林影 王小宁 《华南理工大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第12期122-127,共6页
木糖代谢过程中,木糖还原酶(XR)和木糖醇脱氢酶(XDH)的氧化还原不平衡是利用纤维素生成酒精的关键问题之一.文中借助生物信息学手段(同源建模、酶和辅酶分子对接),通过分析数据库资源,找到了一些影响XR活性或辅酶依赖性的关键氨基酸.结... 木糖代谢过程中,木糖还原酶(XR)和木糖醇脱氢酶(XDH)的氧化还原不平衡是利用纤维素生成酒精的关键问题之一.文中借助生物信息学手段(同源建模、酶和辅酶分子对接),通过分析数据库资源,找到了一些影响XR活性或辅酶依赖性的关键氨基酸.结果表明:树干毕赤氏酵母XR与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP)之间形成氢键的氨基酸有Lys21、Val222、Glu223、Phe236和Thr273,与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)之间形成氢键的氨基酸有Val222、Glu223、Phe236、Glu237和Thr273;突变Lys21(完全保守)使树干毕赤氏酵母XR只与辅酶NAD结合,突变Glu237(不完全保守)使树干毕赤氏酵母XR只与辅酶NADP结合;热带假丝酵母XR与NADP之间形成氢键的氨基酸有Asn278和Arg282(两者都不完全保守),要改变其NADP依赖性,可以替代Asn278和/或Arg282. 展开更多
关键词 木糖还原酶 定点突变 同源建模 分子对接 辅酶 生物信息学
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受磷蛋白的空间结构及其分子动力学模拟
6
作者 汤孛 巩克 +2 位作者 王靖方 李亦学 魏冬青 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第9期773-778,共6页
受磷蛋白通过可逆的磷酸化来调控肌浆网钙泵活性,它在生物体中的空间结构一直是一个受关注的焦点.本文通过总结受磷蛋白空间结构的研究进展,利用分子动力学方法对其空间结构进行了系统的模拟和研究.我们将核磁共振所得到的风铃草结构单... 受磷蛋白通过可逆的磷酸化来调控肌浆网钙泵活性,它在生物体中的空间结构一直是一个受关注的焦点.本文通过总结受磷蛋白空间结构的研究进展,利用分子动力学方法对其空间结构进行了系统的模拟和研究.我们将核磁共振所得到的风铃草结构单链的前22个残基取出,并且分别保持原始结构;而对第16位进行磷酸化,第9位进行单点突变,从而得到3个不同的肽段.通过在水环境中进行10ns的分子动力学模拟,我们发现原始结构的第3～15个残基很好地保持了螺旋结构,而第16位残基的磷酸化和第9位残基的突变会减少周围残基呈现螺旋状态的几率,这与一些具体实验中的结论一致.这一变化也可能是降低受磷蛋白对肌浆网钙泵活性抑制作用的原因. 展开更多
关键词 受磷蛋白 空间结构 磷酸化 单点突变 螺旋结构 分子动力学模拟
原文传递
CYP2C19基因与药物代谢相关性研究进展 被引量：7
7
作者 杜红丽 王靖方 +3 位作者 崔建勋 凌飞 魏冬青 王小宁 《广东药学院学报》 CAS 2008年第5期532-535,共4页
关键词 CYP2C19 SNP 单倍型 药物代谢 个性化药物设计
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