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水稻根系盐胁迫响应miRNA和tRF的鉴定 被引量：7
1
作者 孟淑君 张雪海 +4 位作者 王琪月 张稳 黄力 丁冬 汤继华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期669-682,共14页
【目的】水稻(Oryza sativa L.)是中国最重要的粮食作物,也是盐胁迫敏感作物。研究水稻盐胁迫响应基因表达,发掘水稻耐盐基因对水稻抵御盐胁迫的分子机制及解析其调控网络,为培育耐盐水稻品种奠定基础。【方法】以水稻品种日本晴种子为... 【目的】水稻(Oryza sativa L.)是中国最重要的粮食作物,也是盐胁迫敏感作物。研究水稻盐胁迫响应基因表达,发掘水稻耐盐基因对水稻抵御盐胁迫的分子机制及解析其调控网络,为培育耐盐水稻品种奠定基础。【方法】以水稻品种日本晴种子为试验材料,在1/2MS培养基培养条件下对其进行盐处理(150 mmol·L-1 NaCl),对盐处理和非盐处理21 d的根系进行小分子量RNA组学测序。通过生物信息学分析,以log2 Fold Change(log2FC)>1或<-1为筛选条件,寻找在盐胁迫和非盐胁迫条件下差异表达的miRNA和tRF(tRNA-derived RNA fragments),分析其靶基因,并通过实时荧光定量PCR对测序结果及靶基因进行验证。【结果】以至少一组数据RPM(Reads Per Million reads)>500和log2FC>1或<-1为筛选条件,共得到31个差异表达miRNA,其中8个为盐胁迫诱导miRNA,23个为盐胁迫抑制miRNA,这些差异表达miRNA属于12个miRNA家族,其中8个miRNA家族在拟南芥、玉米和小麦等物种中也被报道为盐胁迫信号响应miRNA,包括盐胁迫抑制的osa-miR397、osa-miR396、osa-miR156、osa-miR167、osa-miR1432和盐胁迫诱导的osa-miR159、osa-miR168、osa-miR164。其余4个miRNA家族osa-miR1882、osa-miR1876、osa-miR1423和osa-miR5077尚未见与盐胁迫相关的报道。通过靶基因预测,得到这31个差异表达miRNA的靶基因共162个。此外,盐处理后,水稻根系产生的34—38nt tRF数量显著多于非盐处理材料,说明tRF的产生并非随机,而是通过某种特定机制响应高盐信号,诱发tRNA特异性加工而产生。以RPM>50和log2FC>1或<-1为筛选条件,检测到盐胁迫诱导的5'端tRF 3个,3'端tRF 3个,这些tRF由6个tRNA加工产生。推测这些差异tRF是潜在的水稻盐胁迫响应tRF。【结论】共检测到12种水稻根系中盐胁迫响应miRNA,其靶基因多为转录因子编码基因,推测其通过对其靶基因转录因子的转录后调控参与了盐胁迫响应的表达调控。其中8个水 展开更多
关键词 水稻 盐胁迫 转录组 MIRNA TRF
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玉米pTAC2影响苗期叶片叶绿素合成的转录组分析 被引量：4
2
作者 张稳 孟淑君 +5 位作者 王琪月 万炯 马拴红 林源 丁冬 汤继华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期874-889,共16页
【目的】叶绿素是参与光合途径最为重要的光合色素。叶绿体的发育及叶绿素的合成在很大程度上依赖于质体基因组与核基因组之间的双向信号传导来精确协调基因表达。通过对白化表型的CRISPR/Cas9-ZmpTAC2转基因阳性纯合突变材料进行RNA-se... 【目的】叶绿素是参与光合途径最为重要的光合色素。叶绿体的发育及叶绿素的合成在很大程度上依赖于质体基因组与核基因组之间的双向信号传导来精确协调基因表达。通过对白化表型的CRISPR/Cas9-ZmpTAC2转基因阳性纯合突变材料进行RNA-seq研究,筛选和鉴定参与叶绿素合成的相关基因,为明确叶绿素的合成途径奠定基础。【方法】以CRISPR/Cas9-ZmpTAC2玉米转基因编辑纯合突变株系为研究材料,使用透射电镜观察叶绿体超微结构和分光光度法测定叶片叶绿素含量,确定叶绿体发育状态及叶绿素合成情况。对转基因阴性材料(CK)和CRISPR/Cas9-ZmpTAC2转基因纯合编辑材料(zmptac2)苗期叶片取样进行转录组测序。通过生物信息学分析,寻找CK与zmptac2间差异表达的基因;qRT-PCR对差异表达基因进行验证。通过酵母双杂交筛选与玉米pTAC2互作的蛋白质。【结果】共获得15株T0转基因植株,包括绿色植株(7株)和白色植株(8株)。绿色幼苗中3株为转基因阴性材料,4株为转基因阳性(2株为未编辑,2株为杂合编辑突变),白色植株(8株)均为转基因阳性纯合编辑。与CK相比,突变体(zmptac2)叶绿体发异常,叶绿素含量显著降低。RNA-seq的结果显示,CK与zmptac2之间共检测到1 367个基因差异表达,其中618个基因上调表达(zmptac2/CK),749个基因下调表达(zmptac2/CK)。GO富集分析显示,下调基因显著富集到叶绿体和质体中。KEGG分析表明下调表达基因显著富集在苯丙氨酸代谢、酪氨酸代谢和异喹啉生物碱生物合成等途径。选取的15个差异基因表达模式均与测序数据相一致,表明测序结果是可靠的。与CK相比,zmptac2中依赖PEP(plastid-encoded RNA polymerase)转录的基因表达量显著降低,而依赖NEP(nuclear gene-encoded RNA polymerase)转录的基因表达量则显著上升。通过对玉米cDNA文库筛选和互作验证,鉴定出ZmpTAC3与ZmpTAC2存在互作。【结论� 展开更多
关键词 玉米 叶绿素 ZmpTAC2 RNA-SEQ 基因表达调控
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玉米雌穗发育杂种优势相关miRNA的研究 被引量：3
3
作者 王琪月 孟淑君 +3 位作者 张柯 张战辉 汤继华 丁冬 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期796-813,共18页
杂种优势已广泛应用于玉米育种,在提高玉米产量、品质以及增强抗逆性等方面起到了重要的作用,然而杂种优势的分子机制尚不清楚。植物mi RNA主要在转录和转录后水平调节基因的表达。为阐明mi RNA是否及如何对玉米雌穗发育杂种优势产生影... 杂种优势已广泛应用于玉米育种,在提高玉米产量、品质以及增强抗逆性等方面起到了重要的作用,然而杂种优势的分子机制尚不清楚。植物mi RNA主要在转录和转录后水平调节基因的表达。为阐明mi RNA是否及如何对玉米雌穗发育杂种优势产生影响,本研究对玉米杂交种郑单958及其亲本自交系(昌7-2和郑58)进行了高通量mi RNA测序和降解组测序。取玉米雌穗花序分生组织(IM)发育为成对小穗分生组织(SPM),进而产生小穗分生组织(SM),及小花分生组织(FM)将3个不同时期的雌穗样品用于mi RNA建库测序,鉴定出16个mi RNA家族中的81个保守mi RNA为非加性表达,认为是与雌穗发育杂种优势形成相关的mi RNA;3个阶段中分别检测到80.30%、56.06%和48.10%的非加性表达的mi RNA被显性或超显性抑制。鉴定出8种新的mi RNA,属于7个mi RNA家族。通过雌穗降解组测序,发现在郑单958及其亲本自交系中共同检测到的mi RNA靶向42个基因的82个转录本。根据测序结果构建了mi RNA参与玉米雌穗杂种优势的模型,并推测在雌穗发育早期阶段杂交种雌穗的mi RNA的普遍抑制导致其靶基因上调表达,随着发育进程mi RNA逐步解除抑制,带来其靶基因表达量的逐步减少,这种mi RNA与其靶基因的拮抗关系也许与玉米雌穗发育杂种优势形成有关。 展开更多
关键词 雌穗发育 杂种优势 MIRNA 降解组测序 玉米
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玉米转录因子候选基因关联分析 被引量：1
4
作者 丁冬 马拴红 +6 位作者 林源 邱小倩 万炯 孟淑君 王琪月 张雪海 汤继华 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2021年第13期4206-4215,共10页
转录因子作为转录水平基因表达调控的重要上游因子,广泛参与玉米生长发育相关基因的表达调控,而目前关于转录因子候选基因关联分析的报道较少。为了研究转录因子对玉米表型的潜在影响,本研究以508份玉米自交系组成的关联群体全基因组范... 转录因子作为转录水平基因表达调控的重要上游因子,广泛参与玉米生长发育相关基因的表达调控,而目前关于转录因子候选基因关联分析的报道较少。为了研究转录因子对玉米表型的潜在影响,本研究以508份玉米自交系组成的关联群体全基因组范围内属于81个转录因子家族的2034个转录因子序列,结合21种已公布的玉米农艺及产量性状表型数据,进行了候选基因关联分析。结果表明,在Q+K模型下,共鉴定到3578个SNP与21种表型显著关联(P≤10^(-3))。这些SNP解释表型变异范围为2.37%-68.15%。其中轴色显著关联的转录因子最多,为105个;ZmMADS10关联到的表型最少,只有8个。在家族成员10个以上的转录因子家族中,G2-like家族转录因子显著性成员比例最高,FHA家族平均每个基因含有的SNP个数最多。这些显著SNP位于内含子区、外显子区、5'UTR区和3'UTR,分别占比47.19%、28.20%、12.23%和12.39%。本研究捕获了对玉米生长发育存在广泛调控的转录因子SNP,为玉米分子标记辅助育种提供了基因资源和分子标记。 展开更多
关键词 玉米 转录因子 关联分析 表型
原文传递
玉米开花期转录因子候选基因的关联分析
5
作者 马拴红 万炯 +10 位作者 梁瑞清 张雪海 邱小倩 孟淑君 徐宁坤 林源 党昆泰 王琪月 赵嘉雯 丁冬 汤继华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期12-25,I0001,I0002,I0003,共17页
【目的】生育期相关性状是玉米育种研究的重点之一。作为重要的生育期性状,开花期(抽穗期、吐丝期和散粉期)的提前,可保证玉米充分脱水,适宜机收;也为中国黄淮海地区小麦-玉米一年两熟耕作模式下的小麦播种减轻压力。转录因子是转录水... 【目的】生育期相关性状是玉米育种研究的重点之一。作为重要的生育期性状,开花期(抽穗期、吐丝期和散粉期)的提前,可保证玉米充分脱水,适宜机收;也为中国黄淮海地区小麦-玉米一年两熟耕作模式下的小麦播种减轻压力。转录因子是转录水平基因表达调控的重要上游因子,对目标基因发挥转录激活或转录抑制的作用。在全基因组水平上解析转录因子对玉米开花期的调控作用,获得开花期提前且不影响产量的玉米转录因子单倍型组合,进而挖掘优异种质资源,可为培育开花期适宜的玉米育种研究提供基因资源。【方法】使用候选基因关联分析方法,对开花期相关转录因子及显著SNP进行分析;并利用DAP-seq技术捕获了关键转录因子的结合位点和下游基因;随后对转录因子调控的下游基因进行GO分析,探究转录因子通过影响其下游基因对开花期进行调控的基因网络。【结果】玉米开花期3种性状(吐丝期、散粉期、抽穗期)中,与吐丝期和抽穗期性状以及吐丝期和散粉期性状同时关联的转录因子显著SNP均为75个,与抽穗期和散粉期性状同时关联的显著SNP为128个,同时关联到3种表型的显著SNP为58个。表明开花期3种性状可能受相同的转录因子调控。选取含有3个及以上开花期相关显著SNP的转录因子基因,通过DAP-seq,捕获了这些转录因子结合的关键基序及调控的下游基因。转录因子结合的下游基因显著富集于转录因子活性、DNA结合、RNA结合、有机氮化合物的合成代谢过程、与生殖有关的发育过程等;不同的转录因子存在共同调控的下游基因,生育期相关性状关键调控性转录因子为ARF、MYB和NAC。对关键上游转录因子进行单倍型分析,发掘了玉米生育期提前,同时对产量无负向影响的转录因子最优单倍型组合。【结论】运用DAP-seq技术并结合前人研究绘制了全基因组水平� 展开更多
关键词 玉米 转录因子 开花期 DAP-seq 单倍型
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水热法制备钛酸铋钠无铅压电陶瓷粉体
6
作者 王毅民 张帆 +1 位作者 孙冬梅 王琪月 《中国陶瓷工业》 CAS 2015年第1期15-17,共3页
以Bi(NO3)3·5H2O和纳米级Ti O2分别作为铋源和钛源,Na OH作为钠源和矿化剂,采用水热法制备钛酸铋钠无铅压电陶瓷粉体,(Na,Bi)Ti O3(NBT)粉体,并对样品进行了XRD和SEM表征。结果表明,水热反应温度为200℃时保温6 h,Na OH浓度为6 mo... 以Bi(NO3)3·5H2O和纳米级Ti O2分别作为铋源和钛源,Na OH作为钠源和矿化剂,采用水热法制备钛酸铋钠无铅压电陶瓷粉体,(Na,Bi)Ti O3(NBT)粉体,并对样品进行了XRD和SEM表征。结果表明,水热反应温度为200℃时保温6 h,Na OH浓度为6 mol/L时,可制得结晶完全的立方相NBT,粉体呈球形,粒径约为1μm。水热反应温度、矿化剂浓度和反应时间的增加能促使晶化反应的进行和晶粒长大。 展开更多
关键词 钛酸铋钠 水热法 无铅压电陶瓷粉体
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钛酸铋钾纳米粉体的水热法制备和表征
7
作者 张帆 王毅民 +1 位作者 孙冬梅 王琪月 《中国陶瓷工业》 CAS 2015年第1期5-7,共3页
以Bi(NO3)3·5H2O和纳米Ti O2作为铋源和钛源,KOH作为钾源和矿化剂,采用水热法制备钛酸铋钾,(K,Bi)Ti O3(KBT)纳米粉体,并对样品进行了XRD和SEM表征。结果表明,在反应温度为180℃时保温24 h,能够得到单一晶相的KBT粉体。KOH浓度由6 ... 以Bi(NO3)3·5H2O和纳米Ti O2作为铋源和钛源,KOH作为钾源和矿化剂,采用水热法制备钛酸铋钾,(K,Bi)Ti O3(KBT)纳米粉体,并对样品进行了XRD和SEM表征。结果表明,在反应温度为180℃时保温24 h,能够得到单一晶相的KBT粉体。KOH浓度由6 mol/L增加到8 mol/L时,KBT由赝立方晶相变为四方晶相,说明粉体粒径尺寸明显增大;KOH浓度为6 mol/L时,粒径尺寸约50 nm。 展开更多
关键词 钛酸铋钾 水热法 纳米粉体
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