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星形细胞瘤生存预后相关miRNA⁃mRNA调控关系对筛选 被引量：1
1
作者 牛晓辰 高艾 +3 位作者 吉泽 曹灵杰 苏龙龙 王昕苑 《生物信息学》 2021年第3期205-215,共11页
利用GEO数据库中的芯片数据,筛选与星形细胞瘤生存预后相关的miRNA⁃mRNA调控关系对,为后续研究提供理论支持。下载芯片数据利用R语言进行差异表达分析,得到星形细胞瘤较正常组织表达显著改变的miRNA与mRNA;通过miRNA靶基因预测,将靶基... 利用GEO数据库中的芯片数据,筛选与星形细胞瘤生存预后相关的miRNA⁃mRNA调控关系对,为后续研究提供理论支持。下载芯片数据利用R语言进行差异表达分析,得到星形细胞瘤较正常组织表达显著改变的miRNA与mRNA;通过miRNA靶基因预测,将靶基因与差异表达mRNA取交集,明确mRNA与miRNA之间的关系;利用GEPIA2.0工具在TCGA数据库中筛选有生存价值的mRNA并验证表达情况,利用OncoLnc工具对相应miRNA进行生存分析。筛选到差异表达的miR⁃NA 90个(表达上调22个,下调68个);差异表达的mRNA 644个(表达下调476个,上调168个);根据miRNA靶基因预测结果,整理出miRNA⁃mRNA关系对30个,对其中的mRNA与miRNA进行生存分析,共得到7个miRNA⁃mRNA关系对与LGG患者生存预后明显相关,未筛选到与GBM患者生存预后有关的调控关系对。本研究筛选到的7个miRNA⁃mRNA调控关系对与LGG患者生存预后显著相关,可为相关研究与治疗提供靶点和参考方向。 展开更多
关键词 星形细胞瘤 miRNA⁃mRNA GEO数据库 生存分析
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肝细胞癌患者自噬相关基因的预后作用 被引量：1
2
作者 桂子玮 李艳 +3 位作者 王昕苑 韩佳奇 姚诗琪 牛晓辰 《生物信息学》 2021年第3期170-183,共14页
构建由自噬相关基因组成的预后模型,预测肝细胞癌(HCC)患者的生存预后情况,为其个性化诊疗和临床研究提供依据。利用TCGA数据库中HCC的测序信息与人类自噬数据库联合,筛选差异表达的自噬相关基因,对其进行GO富集与KEGG通路分析;通过单... 构建由自噬相关基因组成的预后模型,预测肝细胞癌(HCC)患者的生存预后情况,为其个性化诊疗和临床研究提供依据。利用TCGA数据库中HCC的测序信息与人类自噬数据库联合,筛选差异表达的自噬相关基因,对其进行GO富集与KEGG通路分析;通过单因素与多因素Cox分析筛选与患者生存预后明显相关的风险基因,构建预后风险评分模型;根据模型计算患者风险值并验证模型,利用GEPIA2.0网页工具与HPA数据库对风险基因在HCC中的表达情况以及与生存预后的关系进行验证。结果发现,HCC肿瘤组织相较正常组织共筛选到61个差异表达的自噬相关基因(表达上调57个,下调4个),GO富集与KEGG通路分析显示均与自噬有关;单因素Cox分析共筛选到12个与患者生存预后相关的基因,多因素Cox分析后共有4个基因被纳入预后风险评分模型,分别是SQSTM1、HDAC1、RHEB和ATIC,计算公式为:风险值(risk score)=SQSTM1表达量×0.185+HDAC1表达量×0.382+RHEB表达量×0.423+ATIC表达量×0.438;K-M生存曲线显示高风险组生存率低于低风险组,风险曲线提示4个基因与不良预后密切相关,ROC曲线证明模型具有预测意义;GEPIA2.0网页工具以及HPA数据库表明高表达4个基因均导致患者生存率降低。所构建预后风险评分模型可有效预测HCC患者生存预后情况,并提供个性化诊疗策略。 展开更多
关键词 肝细胞癌 自噬 预后模型
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利用TCGA数据库构建肾透明细胞癌相关miRNA预后模型
3
作者 高艾 王昕苑 +3 位作者 苏依琳 苏龙龙 张建辉 牛晓辰 《生物信息学》 2021年第4期260-269,共10页
利用TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,并筛选与生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为研究提供理论依据。下载并整理TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据;对数据进行... 利用TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据及临床信息,构建由miRNA组成的预后风险评分模型,并筛选与生存预后相关的miRNA-mRNA调控关系对,为研究提供理论依据。下载并整理TCGA数据库中肾透明细胞癌的miRNA与mRNA数据;对数据进行差异分析,将差异表达的miRNA与临床信息进行合并,利用单因素与多因素Cox回归分析,构建预后模型并进行模型评价;对模型中的miRNA进行靶基因预测,结果与差异表达的mRNA进行取交集,构建miRNA⁃mRNA调控网络;对网络中的mRNA进行生存分析,筛选生存相关的miRNA⁃mRNA调控关系对。共得到49个差异表达的miRNA与3613个差异表达的mRNA;预后模型计算公式为:风险值(risk score)=hsa⁃miR⁃21⁃5p表达量×0.603+hsa⁃miR⁃1251⁃5p表达量×-0.093;调控网络中共纳入31个miRNA⁃mRNA调控关系对;对mRNA进行生存分析,共得到7个有价值的关系对。所构建预后模型可有效预测肾透明细胞癌患者生存预后情况,筛选到的miRNA⁃mRNA调控关系对可为相关研究与治疗提供参考。 展开更多
关键词 肾透明细胞癌 miRNA⁃mRNA 预后模型 TCGA数据库
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盐酸贝那普利联合螺内酯治疗糖尿病患者心脏病心力衰竭疗效和安全性的Meta分析
4
作者 牛晓辰 高艾 +3 位作者 解天乐 桂子玮 王昕苑 韩佳奇 《黑龙江医学》 2020年第7期879-883,共5页
目的评价盐酸贝那普利联合螺内酯治疗糖尿病心脏病(DC)心力衰竭的有效性和安全性。方法以盐酸贝那普利联合螺内酯治疗DC心力衰竭疗效与安全性为中心内容,计算机检索PubMed、EMbase、Web of Science、The Cochrane Library、SinoMed、CNK... 目的评价盐酸贝那普利联合螺内酯治疗糖尿病心脏病(DC)心力衰竭的有效性和安全性。方法以盐酸贝那普利联合螺内酯治疗DC心力衰竭疗效与安全性为中心内容,计算机检索PubMed、EMbase、Web of Science、The Cochrane Library、SinoMed、CNKI、WanFang Data和VIP数据库中有关的随机对照试验(RCT)。由两位研究员独立完成文献筛选、提取资料以及纳入文献的质量和偏倚风险评价后,采用Rev Man5.3软件进行Meta分析。结果共纳入12个RCT,包括908例患者。分析结果显示:试验组即盐酸贝那普利联合螺内酯治疗组,在临床疗效上优于常规治疗对照组(RR=1.29,95%CI1.20~1.37,P<0.01),在改善左心室射血分数(LVEF)上优于常规治疗对照组(WMD=6.79,95%CI6.26~7.31,P<0.01),在左心室舒张末期内径(LVEDD)缩小程度上优于常规治疗对照组(WMD=-4.83,95%CI-5.47^-4.19,P<0.01),在心率减慢程度上改善优于常规治疗对照组(WMD=-8.04,95%CI-10.10^-5.99,P<0.01)。有关两组之间的不良反应发生率差异无统计学意义(RR=0.55,95%CI 0.28~1.06,P=0.07)。结论有限的证据显示,盐酸贝那普利联合螺内酯治疗DC心力衰竭的效果优于常规疗法,且安全性较好。受纳入研究数量和质量的限制,上述结论尚待更多高质量研究予以验证。 展开更多
关键词 贝那普利 螺内酯 糖尿病心脏病 心力衰竭 META分析
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