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蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用
被引量:
2
1
作者
王
攀
文
龚新奇
+2 位作者
李春华
陈慰祖
王
存新
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第11期2729-2734,共6页
蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题.本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark3.0中的双链蛋白质复合物进行了研究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方...
蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题.本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark3.0中的双链蛋白质复合物进行了研究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方法.发现模块的溶剂可接近表面积与其内部接触面积的乘积(PSAIA)值能够提供结合位点的信息.在78个双链蛋白质复合物中,有74个体系其受体或配体上具有最大或次大PSAIA值的模块是界面模块.将该方法获得的结合位点信息应用在CAPRI竞赛Target39的复合物结构预测中取得了较好的结果.本文提出的基于模块的蛋白质结合位点预测方法不同于以残基为基础且仅考虑表面残基的传统预测方法,为蛋白质-蛋白质复合物结合位点预测提供了新思路.
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关键词
蛋白质结合位点预测
模块划分
溶剂可接近表面积
内部接触面积
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职称材料
沼虾体色调节之初探
被引量:
2
2
作者
张宽
王
攀
文
+1 位作者
黄金刚
盛岳
《太原师范学院学报(自然科学版)》
2004年第1期38-42,共5页
实验通过单色光、明暗环境变化、虾的眼柄提取液、虾的肌肉提取液、蟹的眼柄提取液、海水、肾上腺素以及不同浓度的乙醇溶液对沼虾体色变化的影响 ,发现了沼虾体色调节的部分机制 ,眼柄提取液的无种间特异性 ,以及乙醇对虾的体色的抑制...
实验通过单色光、明暗环境变化、虾的眼柄提取液、虾的肌肉提取液、蟹的眼柄提取液、海水、肾上腺素以及不同浓度的乙醇溶液对沼虾体色变化的影响 ,发现了沼虾体色调节的部分机制 ,眼柄提取液的无种间特异性 ,以及乙醇对虾的体色的抑制作用 .本实验还通过认真观察对比发现了沼虾色素细胞分布的规律和一些特殊的色素细胞 .
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关键词
沼虾
色素细胞
眼柄提取液
单色光
乙醇
肾上腺素
体色
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职称材料
不同K^+浓度对阳生及阴生植物气孔开度的影响
被引量:
1
3
作者
张宽
王
攀
文
+1 位作者
汤璇
盛岳
《长治学院学报》
2005年第2期11-13,共3页
本实验通过不同K+浓度对阳生植物及阴生植物气孔开度的变化的影响,得出阳生植物及阴生植物其气孔开度随K+浓度变化的不同规律,并通过对比,初步解释了产生这种规律及其规律出现不同表现的原因。
关键词
气孔开度
阴生植物
阳生植物
浓度变化
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职称材料
题名
蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用
被引量:
2
1
作者
王
攀
文
龚新奇
李春华
陈慰祖
王
存新
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
清华大学生命科学学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第11期2729-2734,共6页
基金
国家自然科学基金(31171267
10974008)
+2 种基金
北京市自然科学基金(4102006)
科技部国际合作项目(2010DFA31710)
北京市教委科技创新平台-自然基础研究项目资助~~
文摘
蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题.本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark3.0中的双链蛋白质复合物进行了研究,计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积,并据此提出了蛋白质表面模块划分方法.发现模块的溶剂可接近表面积与其内部接触面积的乘积(PSAIA)值能够提供结合位点的信息.在78个双链蛋白质复合物中,有74个体系其受体或配体上具有最大或次大PSAIA值的模块是界面模块.将该方法获得的结合位点信息应用在CAPRI竞赛Target39的复合物结构预测中取得了较好的结果.本文提出的基于模块的蛋白质结合位点预测方法不同于以残基为基础且仅考虑表面残基的传统预测方法,为蛋白质-蛋白质复合物结合位点预测提供了新思路.
关键词
蛋白质结合位点预测
模块划分
溶剂可接近表面积
内部接触面积
Keywords
Protein binding site prediction
Patch division
Solvent accessible surface area
Interior contact area
分类号
O629.73 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
沼虾体色调节之初探
被引量:
2
2
作者
张宽
王
攀
文
黄金刚
盛岳
机构
武汉大学生命科学学院
出处
《太原师范学院学报(自然科学版)》
2004年第1期38-42,共5页
文摘
实验通过单色光、明暗环境变化、虾的眼柄提取液、虾的肌肉提取液、蟹的眼柄提取液、海水、肾上腺素以及不同浓度的乙醇溶液对沼虾体色变化的影响 ,发现了沼虾体色调节的部分机制 ,眼柄提取液的无种间特异性 ,以及乙醇对虾的体色的抑制作用 .本实验还通过认真观察对比发现了沼虾色素细胞分布的规律和一些特殊的色素细胞 .
关键词
沼虾
色素细胞
眼柄提取液
单色光
乙醇
肾上腺素
体色
Keywords
shrimps living in natural pond
pigment cell
extrations of eyestalk
homochromous light
ethanol
adrenalin
分类号
S966.12 [农业科学—水产养殖]
Q959.223 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
不同K^+浓度对阳生及阴生植物气孔开度的影响
被引量:
1
3
作者
张宽
王
攀
文
汤璇
盛岳
机构
武汉大学生物学实验教学中心基础生物学实验室
出处
《长治学院学报》
2005年第2期11-13,共3页
文摘
本实验通过不同K+浓度对阳生植物及阴生植物气孔开度的变化的影响,得出阳生植物及阴生植物其气孔开度随K+浓度变化的不同规律,并通过对比,初步解释了产生这种规律及其规律出现不同表现的原因。
关键词
气孔开度
阴生植物
阳生植物
浓度变化
Keywords
drought-resistant plant
wet-resistant plant
the density of K+
light inspirable H+pump
opening degree of stoma
分类号
S688.904 [农业科学—观赏园艺]
Q945.19 [农业科学—园艺学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白质表面模块划分及其在结合位点预测中的应用
王
攀
文
龚新奇
李春华
陈慰祖
王
存新
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012
2
下载PDF
职称材料
2
沼虾体色调节之初探
张宽
王
攀
文
黄金刚
盛岳
《太原师范学院学报(自然科学版)》
2004
2
下载PDF
职称材料
3
不同K^+浓度对阳生及阴生植物气孔开度的影响
张宽
王
攀
文
汤璇
盛岳
《长治学院学报》
2005
1
下载PDF
职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
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