【目的】了解南明河城区河段细菌群落结构及多样性变化,探讨城区河段环境因子对细菌群落结构的影响。【方法】应用对细菌16S r DNA V4区的高通量测序技术,分析和比较了南明河流经城区的5个样点的细菌群落多样性;然后采用冗余分析(RDA)...【目的】了解南明河城区河段细菌群落结构及多样性变化,探讨城区河段环境因子对细菌群落结构的影响。【方法】应用对细菌16S r DNA V4区的高通量测序技术,分析和比较了南明河流经城区的5个样点的细菌群落多样性;然后采用冗余分析(RDA)探讨了水体环境因子与细菌多样性的关系。【结果】南明河贵阳区段细菌多样性指数(Shannon-Wiener指数)分析结果显示,多样性指数平均达7.5,乌当桥采样点的细菌多样性>水口寺采样点>五眼桥采样>花溪大桥采样点>冠洲桥采样点。序列比对结果显示,南明河内细菌除了部分分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,其余分布于11个门包含327个属的细菌,优势菌门为变形菌门(Proteobacterice,66.1%±3.30%),其中γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria,54.76%±4.86%)为优势亚群,假单胞菌属(Pseudomonas,16.92%±0.02%)为优势菌属;RDA结果表明不同菌群受不同环境因子的影响不同,菌属群落Ⅳ和环境中总氮、总磷显著正相关。【结论】高通量测序分析能获得更为全面的细菌群落多样性信息。河流经过城区后环境因子发生较大变化,影响河流细菌群落结构改变。这为研究河流城市区段的细菌结构多样性及与环境因子的关系提供了新的科学数据。展开更多
本研究基于免培养和高通量测序技术,对金钗石斛种子内生菌16 S rDNA V 4区和ITS 1区扩增序列进行分析,揭示内生菌的组成和丰度。结果表明:扩增的内生细菌16 S rDNA序列归为13 OTUs,隶属于变形菌门(Proteobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacte...本研究基于免培养和高通量测序技术,对金钗石斛种子内生菌16 S rDNA V 4区和ITS 1区扩增序列进行分析,揭示内生菌的组成和丰度。结果表明:扩增的内生细菌16 S rDNA序列归为13 OTUs,隶属于变形菌门(Proteobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria);其中变形菌门为优势门,泛菌属(Pantoea)为优势属;香农指数、辛普森指数和Chao 1指数分别为1.82、0.69和11.00。内生真菌序列归为14个OTUs,隶属于子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和接合菌门(Zygomycota);其中子囊菌门为优势门,德巴利酵母属(Debaryomyces)为优势属;香农指数、辛普森指数和Chao1指数分别为0.57、0.79和14.13。金钗石斛种子的内生细菌与内生真菌具有一定的多样性。此研究为进一步促进金钗石斛种子萌发及幼苗栽培具有一定的指导意义。展开更多
文摘【目的】了解南明河城区河段细菌群落结构及多样性变化,探讨城区河段环境因子对细菌群落结构的影响。【方法】应用对细菌16S r DNA V4区的高通量测序技术,分析和比较了南明河流经城区的5个样点的细菌群落多样性;然后采用冗余分析(RDA)探讨了水体环境因子与细菌多样性的关系。【结果】南明河贵阳区段细菌多样性指数(Shannon-Wiener指数)分析结果显示,多样性指数平均达7.5,乌当桥采样点的细菌多样性>水口寺采样点>五眼桥采样>花溪大桥采样点>冠洲桥采样点。序列比对结果显示,南明河内细菌除了部分分类地位不明确的菌群和稀有菌群外,其余分布于11个门包含327个属的细菌,优势菌门为变形菌门(Proteobacterice,66.1%±3.30%),其中γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria,54.76%±4.86%)为优势亚群,假单胞菌属(Pseudomonas,16.92%±0.02%)为优势菌属;RDA结果表明不同菌群受不同环境因子的影响不同,菌属群落Ⅳ和环境中总氮、总磷显著正相关。【结论】高通量测序分析能获得更为全面的细菌群落多样性信息。河流经过城区后环境因子发生较大变化,影响河流细菌群落结构改变。这为研究河流城市区段的细菌结构多样性及与环境因子的关系提供了新的科学数据。
文摘本研究基于免培养和高通量测序技术,对金钗石斛种子内生菌16 S rDNA V 4区和ITS 1区扩增序列进行分析,揭示内生菌的组成和丰度。结果表明:扩增的内生细菌16 S rDNA序列归为13 OTUs,隶属于变形菌门(Proteobacteria)和蓝细菌门(Cyanobacteria);其中变形菌门为优势门,泛菌属(Pantoea)为优势属;香农指数、辛普森指数和Chao 1指数分别为1.82、0.69和11.00。内生真菌序列归为14个OTUs,隶属于子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和接合菌门(Zygomycota);其中子囊菌门为优势门,德巴利酵母属(Debaryomyces)为优势属;香农指数、辛普森指数和Chao1指数分别为0.57、0.79和14.13。金钗石斛种子的内生细菌与内生真菌具有一定的多样性。此研究为进一步促进金钗石斛种子萌发及幼苗栽培具有一定的指导意义。
