笔者旨在进一步了解番茄GRAS基因家族的结构特征和进化信息,为GRAS转录因子的后续研究提供理论基础。利用HMMER 3.0软件,通过从Pfam蛋白数据库中下载的GRAS保守域(PF03514),来鉴定番茄GRAS基因。采用MEGA5.2、Web Logo 3、DNAMAN 5.0、M...笔者旨在进一步了解番茄GRAS基因家族的结构特征和进化信息,为GRAS转录因子的后续研究提供理论基础。利用HMMER 3.0软件,通过从Pfam蛋白数据库中下载的GRAS保守域(PF03514),来鉴定番茄GRAS基因。采用MEGA5.2、Web Logo 3、DNAMAN 5.0、Map Inspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术检测番茄GRAS基因在番茄根、茎、叶、花和果实中的表达情况。番茄基因组共挖掘出53条GRAS转录子基因,划分为I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII 8个亚族。系统进化树结果显示V和VI组中GRAS家族成员最多,且拟南芥的GRAS基因家族中基因功能类似的基因聚类的在一起,则可能同组内番茄GRAS基因家族成员也具有类似功能;染色体定位分析显示GRAS基因在12条染色体中呈不均匀分布;根据Web Logo 3.0对GRAS基因家族的结构域蛋白分析,结果显示GRAS基因家族的蛋白序列并不都是高度保守的;保守元件分析表明番茄GRAS基因家族成员是部分高度保守的。番茄GRAS基因家族大部分成员结构是高度保守,可能参与调控番茄生长和发育等过程。展开更多
文摘笔者旨在进一步了解番茄GRAS基因家族的结构特征和进化信息,为GRAS转录因子的后续研究提供理论基础。利用HMMER 3.0软件,通过从Pfam蛋白数据库中下载的GRAS保守域(PF03514),来鉴定番茄GRAS基因。采用MEGA5.2、Web Logo 3、DNAMAN 5.0、Map Inspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术检测番茄GRAS基因在番茄根、茎、叶、花和果实中的表达情况。番茄基因组共挖掘出53条GRAS转录子基因,划分为I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII 8个亚族。系统进化树结果显示V和VI组中GRAS家族成员最多,且拟南芥的GRAS基因家族中基因功能类似的基因聚类的在一起,则可能同组内番茄GRAS基因家族成员也具有类似功能;染色体定位分析显示GRAS基因在12条染色体中呈不均匀分布;根据Web Logo 3.0对GRAS基因家族的结构域蛋白分析,结果显示GRAS基因家族的蛋白序列并不都是高度保守的;保守元件分析表明番茄GRAS基因家族成员是部分高度保守的。番茄GRAS基因家族大部分成员结构是高度保守,可能参与调控番茄生长和发育等过程。
